産総研：大腸菌を昆虫共生細菌に進化させることに成功
実験室で大腸菌を昆虫共生細菌に進化させることに成功 大腸菌が単一突然変異でカメムシの生存を支える必須共生細菌になる 常識を覆し、共生進化が迅速かつ容易に起こりうることを示す 国立研究開発法人 産業技術総合研究所（以下「産総研」という）生物プロセス研究部門生物共生進化機構研究グループ 古賀 隆一 研究グループ長、森山 実 主任研究員、深津 武馬 首席研究員 兼 ERATO深津共生進化機構プロジェクト 研究総括は、国立大学法人 東京大学 大学院理学系研究科 古澤 力 教授、国立大学法人 東京大学 大学院総合文化研究科 若本 祐一 教授らと共同で、共生細菌なしでは生きられないチャバネアオカメムシから共生細菌を除去し、かわりに高速進化大腸菌を感染させて実験室で継続的に飼育維持することにより、数ヶ月から１年ほどの短期間のうちに、広域転写制御系に生じた単一突然変異により、大腸菌が宿主カメムシの生存を支
３月２６日；細菌叢の研究と細菌培養（３月１９日号Nature掲載論文 | AASJホームページ
如何に単純な生物といえども、同時に全ての性質を把握するのは難しい。そのため、生物学では常に全体と部分の問題が常に議論される。ゲノムやコンピュータのおかげで、全体が把握しやすくなると、全体を扱う研究が多くなるが、これらの結果が私たちの頭の中の理解をどう深めるのかになると、はっきりしないことが多い。これは、因果性を明らかにするためには、どうしても部分の詳細を知る必要があるからだ。もちろんAIのように過程の因果性を問わないで済ませればそれでいいのだが。 この部分と全体の問題が今最も問い直されているのが腸内細菌叢の研究だろう。ゲノム解析技術の進展によって腸内の何千、何万種類もの細菌の構成を知ることができた。また、統計的相関として様々な症状と、細菌叢の変化を関連付けることもできる。しかし、例えば免疫系の研究でわかるように、無菌動物で一個一個の細菌の免疫系への影響を見る研究の重要性は極めて高い。 今日
３月１５日：皮膚をガンから守ってくれるバクテリア（Science Translational Medicine掲載論文） | AASJホームページ
AASJホームページ > 新着情報 > 論文ウォッチ > ３月１５日：皮膚をガンから守ってくれるバクテリア（Science Translational Medicine掲載論文） 腸内細菌に大きな注目が集まっているが、もちろん体のいたるところに細菌叢は存在する。現在口腔や皮膚など他の場所に存在する細菌叢の研究も盛んに行われているが、どうしても腸内細菌叢研究と比べると研究者の数は少ない。ただ。細菌叢が注目される理由の一つは、私達の身体自体とは違い、細菌同士で形成されているバランスやその異常に介入が可能な点だ。従って介入が容易な皮膚などでは面白い可能性が開けていると思う。ただ、細菌叢としてエコシステムを形成しているとはいえ、介入可能性を本当に調べようと思うと結局は個々の菌と身体との相互作用を調べる必要がある。 今日紹介するカリフォルニア大学サンディエゴ校からの論文は、皮膚の細菌叢からガンの発生
一番好きな論文アドベントカレンダー2017
12. もう少し詳しい「光合成」とは 光 b6/fPS II PS I 光 Pq Pc Fd ATP合成 酵素 光があたると PS II: 光化学系II Pq: プラストキノン Pc: プラストシアニン b6/f: シトクロムb6/f複合体 PS I: 光化学系I Fd: フェレドキシン 本業の⽅は⼤めに⾒てください・・・ 13. もう少し詳しい「光合成」とは 光 H2O 2H+ 1/2O2 b6/fPS II PS I 光 Pq Pc Fd e– ATP合成 酵素 PS II: 光化学系II Pq: プラストキノン Pc: プラストシアニン b6/f: シトクロムb6/f複合体 PS I: 光化学系I Fd: フェレドキシン ⽔からH+, 電⼦が 本業の⽅は⼤めに⾒てください・・・ 14. もう少し詳しい「光合成」とは 光 H2O 2H+ 1/2O2 b6/fPS II PS I 2H+
細菌が作り出す真核生物の交配を導く媚薬 〜その名はEroS〜 - 高等ムーミンをめぐる冒険
ある種の生物は、他の生物を操作する事が知られる。カマキリに寄生するハリガネムシや、ゴキブリを操るエメラルドゴキブリバチなどは知っている人も多いだろう。カタツムリに寄生して鳥に食われるよう仕向ける奴も有名だ。これらはいわゆる寄生虫である。 もっと単純な、共生細菌のような原核生物が生物界を超えて真核生物を操作する例も存在する。昆虫の性別を操作するボルバキアは進化学的にも細胞生物学的にも面白い。私の青春を彩った作品の一つである「ひぐらしのなく頃に」では、人間の精神状態を変容させ特定の行動を促す感染症が登場する（フィクションです）。 今回紹介する論文は、今年9月にカリフォルニア大学のチームがCellに発表した「細菌が真核生物の交配を促す媚薬となるタンパク質を分泌する事」を発見したというものである。 V. fischeriがS. rosettaの交配を誘導することを発見 筆者たちは襟鞭毛虫Salpi
今年読んだ一番好きな論文2017 Advent Calendar 2017/12/5 - mrsk63の日記
初めまして． 細菌の病原性や生存戦略に興味があります． いっぱい空きがあったので，参加させていただきました． adventar.org よろしくおねがいします． 2014年の論文と少し前の論文ですが，面白かった論文は ”A random six phase switch regulates pneumonoccal virulence via global epigenetic change" です． https://www.nature.com/articles/ncomms6055 というわけで論文の主役は Streptococcus pneumoniae （肺炎球菌） です． 肺炎球菌 DNAが遺伝子の本体ちゃうんかという実験で使われた細菌 肺炎の原因菌として最も分離頻度の高い細菌 年間推定100万人の死亡に関与 多糖体でできた莢膜を保持 莢膜は白血球による貪食作用に対する抵抗性に関
どうやって生きてるのか…「常識外れ」の細菌、泉で発見：朝日新聞デジタル
どうやって生命を維持しているのか分からない「常識外れ」の細菌を、海洋研究開発機構などのチームが発見した。細菌は、太古の地球に似た環境で生息しており、生命の起源解明につながる可能性があるという。英科学誌に２１日、掲載された。 同機構の鈴木志野・特任主任研究員らは、米カリフォルニア州で、地表に現れたマントル由来の岩石に湧く泉で、どのような生物がいるか調べたところ、２７種の微生物の遺伝子が見つかった。周辺は強アルカリ性で、約４０億年前の地球に似た過酷な環境という。 そのうち、岩石に付着した細菌では、酸素を使った呼吸など生命維持に必要とされるエネルギーを得るための遺伝子を一つも持っていなかった。 この細菌が生きる仕組みは不明だが、岩石から電子を直接得たり、未知の遺伝子が働いたりするなどが考えられるという。細菌の全遺伝子数は約４００で、ほかの生物の細胞に依存するものを除き、全生物で最も少なく、研究チ
1月15日：私たち真核生物の先祖（Natureオンライン版掲載論文） | AASJホームページ
現存の地球上の生物は、核膜でDNAを包み込んでいる真核生物と、核膜構造が見られない細菌生物に分けることができ、この細菌をさらに、真正細菌と古細菌に分けることができる。真核生物と細菌類の差は核膜の差にとどまらず、細胞骨格、ミトコンドリアやクロロプラスト、ゴルジや小胞体などの細胞小器官、細胞分裂、そしてクロマチン構造など、ありとあらゆる複雑性が真核生物誕生とともに細胞内に持ち込まれた。この過程にリン・マーギュリスの革命的アイデア内部共生説が関わることは間違いないが（生命誌研究館に書いた記事を参照してください：http://www.brh.co.jp/communication/shinka/2014/post_000008.html）、ミトコンドリアや遺伝子水平移動だけでこの複雑性の全てを説明するには至らない。特に、内部共生が可能になるためには、細胞骨格の発達、ファゴサイトーシス、細胞小器官の
2016一番好きな論文アドベントカレンダー
2. 1. 今年⼀番好きな論⽂紹介 2. 論⽂のポイント・結果解説 3. 関連研究について 4. まとめ 構成 http://www.adventar.org/calendars/1785 Twitter ハッシュタグ #今年読んだ⼀番好きな論⽂2016
今年読んだ一番好きな論文2016 - ピエール瀧になりたい
多くの人々はじめまして。@Yohei__Kです。駄ブログへようこそ。 現在博士後期課程で海洋微生物の研究をしつつ、生命情報若手の会のスタッフをやったり、ポケモン(サン)をやったり、ポケモン(GO)をやったりしています。MTGとボードゲームと音楽関係は最近全然やれてなくて悲しいので適当に誘ってください。よしなに。 今年読んだ一番好きな論文2016、たのしそうだったのでエントリーしてみましたが、どんな分野の人が見てるのかよくわからないのでとりあえず分野の紹介的なところからざっくりと始めようかと思います。微生物系の人すくなそうだし・・・ まず、僕の思う環境微生物研究の醍醐味として、「見えない世界をどう想像できるか？」というものがあります。 例えば、有名な研究として、海の微生物には大きく「自由生活性(水中を漂う)」と「付着生活性(マリンスノーとかにくっつく)」の二つの生き方があり、細菌群によって好
抗生物質がきかない恐怖の「スーパー細菌」を抗生物質なしで殺す方法
by Sarah Horrigan 抗生物質のきかない「スーパー細菌」の報告が近年増加しており、イギリス政府の発表した報告書によると、2050年にはスーパー細菌が3秒ごとに1人を殺すかもしれないとのこと。耐性を持ったスーパー細菌に対抗するため、新たな抗生物質の開発も行われていますが、ある博士課程の学生が、全く別のアプローチでスーパー細菌に対抗する技術を開発しています。 Combating multidrug-resistant Gram-negative bacteria with structurally nanoengineered antimicrobial peptide polymers : Nature Microbiology http://www.nature.com/articles/nmicrobiol2016162 How to Kill Antibiotic-Res
『見えない巨人 微生物』はスゴ本
読めば世界を見る目が変わる、一冊で一変するスゴ本。 タイトルの「見えない巨人」は絶妙のセンス。肉眼では見えない微生物を、「巨人」と形容するのは変だな？ と手に取ったのが運の尽き。「発酵」「病気」「環境」の三つの分野から一気に読ませる面白さと、自分の目を疑う知見にワクワクさせられる。読了したら、きっとタイトルを二度見する。そして大きく納得する。微生物は、生物のなかで最古・最多・最多種で、最速で進化しつづけ、地球生命圏を支え・利用するだけでなく、地球という惑星そのものと共生する、「超個体」の生物だということが、分かる。 ミクロからマクロまで、自由に視点を動かしながら、地球草創期から未来まで、歴史を自在に駆け巡り、マリアナ海溝から宇宙空間を縦横無尽に行き来する。酒やパンといった身近なものから、宇宙からコレラを監視する技術、耐性菌のメカニズムを借用した最先端の遺伝子工学など、興味深い斬り口がたくさ
染色体上からリボソームRNA遺伝子が消えた細菌を発見 ～ゲノムの常識を覆す～
東北大学大学院生命科学研究科の地圏共生遺伝生態分野と遺伝情報動態分野の微生物研究グループは、環境細菌Aureimonas（オーレイモナス）のリボソームRNA遺伝子が、安定的に維持される染色体ではなく、プラスミドに位置していることを明らかにしました。これまでは、生命の根幹をなすリボソームRNAの遺伝子は染色体上にあるのが当然と信じられてきました。本研究により、生息環境に適応して進化する過程で、細菌のゲノムは予想外にダイナミックに変化していることが示されました。本研究は、生物一般のゲノムに関する常識を覆し、遺伝の仕組みに対する研究に新たな視点を与えるものです。本研究結果は、平成27年11月3日付けで米国科学アカデミー紀要『Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (PNAS)』
電気で生きる微生物を初めて特定 | 理化学研究所
要旨 理化学研究所環境資源科学研究センター生体機能触媒研究チームの中村龍平チームリーダー、石居拓己研修生（研究当時）、東京大学大学院工学系研究科の橋本和仁教授らの共同研究チームは、電気エネルギーを直接利用して生きる微生物を初めて特定し、その代謝反応の検出に成功しました。 一部の生物は、生命の維持に必要な栄養分を自ら合成します。栄養分を作るにはエネルギーが必要です。例えば植物は、太陽光をエネルギーとして二酸化炭素からデンプンを合成します。一方、太陽光が届かない環境においては、化学合成生物と呼ばれる水素や硫黄などの化学物質のエネルギーを利用する生物が存在します。二酸化炭素から栄養分を作り出す生物は、これまで光合成か化学合成のどちらか用いていると考えられてきました。 共同研究チームは、2010年に太陽光が届かない深海熱水環境に電気を非常によく通す岩石が豊富に存在することを見出しました。そして、電
８月２７日：遺伝子の水平伝達（８月２７日号Nature掲載論文） | AASJホームページ
現在月２回ペースでJT生命誌研究館のホームページに「進化研究を覗く」と題して、進化研究について考えたり論文を紹介したりする文章を書いている。昨年このサイトに「真核生物の進化」（http://www.brh.co.jp/communication/shinka/2014/post_000008.html）と「水平遺伝子伝搬」（http://www.brh.co.jp/communication/shinka/2014/post_000009.html）というタイトルで、種間（主に原核生物と真核生物の間）で行われる遺伝子の伝搬についての研究を紹介した。そのなかでミトコンドリアや葉緑体の内部共生説を唱えたリン・マーギュリスさんたちの論文が掲載されるまでに５年以上かかった苦労話や、逆に今では産総研の深津さんたちのアズキマメゾウムシに寄生するボルバッキア遺伝子の水平伝達についての研究に見られるように
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The Evolution of Bacteria on a "Mega-Plate" Petri Dish on Vimeo
お花見メタゲノムプロジェクト powered by NGS現場の会 第四回研究会
First detailed microscopy evidence of bacteria at the lower size limit of life -- ScienceDaily
Mutant bacteria that keep on growing -- ScienceDaily