Die Gauliga Donau-Alpenland 1943/44 war die sechste Spielzeit der Gauliga Donau-Alpenland im annektierten Österreich. Der First Vienna FC 1894 konnte erfolgreich den Gaumeistertitel verteidigen und wurden zum insgesamt fünften Mal Österreichischer Fußballmeister. Mit diesem Sieg qualifizierte sich Vienna für die deutsche Fußballmeisterschaft 1943/44, bei der sie nach Siegen über den MSV Brünn (6:3) und den STC Hirschberg (5:0) das Viertelfinale erreichten. Dort traf Wien auf den Titelverteidiger Dresdner SC. Die Begegnung fand auswärts in Dresden statt und endete mit einem knappen 3:2-Heimerfolg der Sachsen. Dies war bislang das schlechteste Abschneiden einer österreichischen Mannschaft in einer deutschen Meisterschaft.
Der SK Amateure Steyr beendete am 20. April 1944 vorzeitig den Spielbetrieb mit 3 Punkten aus 14 Spielen. Die bereits ausgetragenen Spiele wurden daraufhin annulliert. Der Verein schloss sich noch während der Spielsaison mit dem SK Vorwärts Steyr zum FC Steyr zusammen und spielte in der verbleibenden Zeit in der 1. Klasse Oberdonau. Der LSV Markersdorf wurde nach Saisonende aufgelöst, sodass dem Tabellenletzten, dem Wiener Sport-Club, der Abstieg erspart blieb.
Torschützenkönig der Saison wurde Karl Decker von der Vienna mit 32 Treffern in 16 Spielen. Zudem schoss er weitere fünf Tore in den annullierten Spielen gegen SK Amateure Steyr.
Der Beschluss, die Gauliga 1944/45 nur mit Wiener Vereinen auszuspielen, hatte die Folge, dass nur die Meister der beiden 1. Wiener Klassen A und B in dieser Saison um einen Aufstiegsplatz spielen durften. Die Aufstiegsrunde erwies sich jedoch als belanglos, da durch den freiwilligen Rückzug zweier Mannschaften aus der Gauliga, der Verlierer, SC Rapid Oberlaa, nachrücken durfte.
Nur die beiden Sieger der 1. Klassen Wien spielten in Aufstiegsspielen den Aufsteiger zur kommenden Spielzeit aus. Die 1. Klassen Oberdonau und Salzburg wurden kriegsbedingt zusammen gelegt.
Die FG Steyr (Fußballgemeinschaft Steyr) war eine Spielgemeinschaft der Vereine SK Vorwärts Steyr und SK Amateure Steyr, die kriegsbedingt während der Saison (im April 1944) beschlossen wurde.
Die Meisterschaft in der Steiermark wurde in zwei Gruppen (A und B) gespielt. Der Meister wurde in einem Entscheidungsspiel zwischen den Gruppensiegern ermittelt. Durch den Beschluss, dass zur kommenden Spielzeit nur Wiener Vereine in der obersten Gauliga Donau-Alpenland spielen durften, hatte der Sieger der Gauliga Steiermark keine Möglichkeit, in die oberste Spielklasse aufzusteigen.
Die Tiroler Vereine waren nicht in das ostmärkische Fußballgeschehen integriert, sondern spielten ihre Meisterschaft in der Kreisliga Tirol aus. Ein Aufstieg in die Gauliga Donau-Alpenland war damit von vornherein ausgeschlossen.