Сегодня МАЭ РАН – это не только академический музей, но и один из ведущих исследовательских центров Российской академии наук. Здесь продолжаются традиции великих русских этнографов и антропологов XVIII – XX вв. Mузей имеет статус государственного учреждения. Указами Президента Российской Федерации (№ 294 от 18 декабря 1991 г. и № 1487 от 30 ноября 1992 г.) МАЭ РАН отнесен к особо ценным объектам культурного наследия народов РФ, включен в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов РФ.

На всем протяжении своей истории Музей занимал в структуре академии наук особое место. Среди людей, руководивших Музеем в различные годы, были выдающиеся ученые: естествоиспытатель, зоолог, путешественник академик Л.И. Шренк, востоковеды и историки академики В.В. Бартольд, Б.А. Дорн, В.В. Радлов, В.В. Струве, А.А. Шифнер, африканист, член-корреспондент АН СССР Д.А. Ольдерогге, языковеды академики Е.Ф. Карский и И.И. Мещанинов.

До 1992 г., пока МАЭ являлся Ленинградской частью Института этнографии и антропологии, его возглавляли профессор Л.П. Потапов, а затем кандидат исторических наук Л.М. Сабурова. Целая эпоха в жизни Института и Музея связана с именем профессора Р.Ф. Итса, который в 1982 – 1990 гг. много способствовал сохранению и приумножению лучших научных традиций российской этнографической школы. В наши дни в МАЭ продолжают работать много коллег и учеников Р.Ф. Итса, который одновременно возглавлял воссозданную им на историческом факультете Ленинградского государственного университета кафедру этнографии и антропологии. В 1991 – 2001 гг. МАЭ возглавляли доктор исторических наук А.С. Мыльников, а затем доктор исторических наук Ч.М. Таксами.

С 2001 по 2017 гг. директором Музея являлся доктор исторических наук Ю.К. Чистов. С июня 2017 г. Музей возглавляет Андрей Владимирович Головнев, доктор исторических наук, член-корреспондент РАН, профессор. Заместитель директора по научной работе – доктор исторических наук Е.А. Резван, заместитель директора по музею – кандидат исторических наук Ю.А. Купина, главный хранитель фондов – кандидат филологических наук Н.П. Копанева, ученый секретарь – кандидат исторических наук Д.С.Ермолин. 

В Музее в настоящее время работают 79 научных сотрудников (из них 17 докторов и 56 кандидатов наук), многие среди которых отмечены международными и отечественными научными наградами и премиями. Значительная часть сотрудников МАЭ одновременно являются профессорами и преподавателями ведущих высших учебных заведений Санкт-Петербурга. Общая численность постоянных штатных сотрудников, включая музейные и вспомогательные подразделения, составляет 202 человека.