Izvorni kôd stranice Ubikvitin

{{Distinguish|Ubikvinol}}
{{Pfam box
| Symbol = ubiquitin
| Ime = Porodica ubikvitina
| image = Ubiquitin cartoon-2-.png
| width =
| caption = '''Dijagram ubikvitina'''. Sedam lizinskih [[bočni lanac|bočnih lanaca]] prikazano je žuto /narandžasto 
| Pfam= PF00240
| InterPro= IPR000626
| SMART=
| Prosite = PDOC00271
| SCOP = 1aar
| TCDB =
| OPM family=
| OPM protein=
}}
'''Ubikvitin''' ([[latinski]]: ''ubique praesentes'' = sveprisutno) je mali (8,6 [[dalton (jedinica)|kDa]]) [[regulatorni protein]] koji se nalazi u većini tkiva [[eukarioti|eukariotskih]] organizama, tj. nalazi se ''sveprisutno''. Otkrio ga je Gideon Goldstein,  1975., a  dalje  je karakteriziran tokom kasnih 1970-ih i 1980-ih.<ref name="pmid16230621">{{cite journal | vauthors = Wilkinson KD | title = The discovery of ubiquitin-dependent proteolysis | journal = Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America | volume = 102 | issue = 43 | pages = 15280–2 | date = oktobar 2005 | pmid = 16230621 | pmc = 1266097 | doi = 10.1073/pnas.0504842102 | bibcode = 2005PNAS..10215280W }}</ref> Ubikvitin u ljudskom [[genom]]u kodiraju četiri gena: [[Ubikvitin B|UBB]], [[Ubikvitin C|UBC]], [[UBA52]] i [[RPS27A]].

Dodatak ubikvitina supstratnom proteinu naziva se '''ubikvilacija''' (ili, alternativno, '''ubikvitinacija''' ili '''ubikvitinilacija'''). Ubikvilacija utiče na proteine na mnogo načina: može ih označiti za [[proteoliza|razgradnju]] putem [[proteasom]]a, promijeniti njihovu ćelijsku lokaciju, uticati na njihovu aktivnost i promovirati ili spriječiti [[interakcija protein-protein|proteinske interakcije]]. Uključuje tri glavna koraka: aktivaciju, konjugaciju i ligaciju, šro izvode [[ubikvitin-aktivirajući enzim]]i (E1s), [[ubikvitin-konjugirajući enzim]]i (E2s), odnosno [[ubikvitin-ligaza]]  (E3s). Rezultat ove sekvencijske kaskade je vezanje ubikvitina na [[lizin]]ske ostatke na proteinskoj podlozi putem [[izopeptidna veza|izopeptidne veze]], [[cistein]]skih ostataka preko [[tioester|tioesterske veze]], [[serin]]skih i [[treonin]]skih ostataka putem [[ester|esterske veze]] ili amino grupa proteinskog [[N-kraj]]a, putem [[peptidna veza|peptidne veze]].

Modifikacije proteina mogu biti ili jedan protein ubikvitina (monoubikvilacija) ili lanac ubikvitina (poliubikvitilacija). Sekundarne molekule ubikvitina su uvijek povezane sa jednim od sedam [[lizin]]skih ostataka ili [[N-terminal]]nim [[metionin]]om prethodne molekule ubikvitina. Ovi ostaci 'povezivanja' predstavljeni su s "K" ili "M" ([[jednoznačna oznaka aminokiselina]] lizina i metionina) i brojem, koji se odnosi na njegov položaj u molekuli ubikvitina kao u K48 , K29 ili M1. Prva molekula ubikvitina kovalentno je vezana preko [[C-terminal]]ne karboksilatne grupe za određeni lizin, cistein, serin, treonin ili N-kraj ciljanog proteina. Poliubikvitilacija se javlja kada je C-kraj drugog ubikvitina povezan sa jednim od sedam ostataka lizina ili prvim metioninom na prethodno dodanoj molekuli ubikvitina, stvarajući lanac. Ovaj postupak se ponavlja nekoliko puta, što dovodi do dodavanja nekoliko ubikvitina. Samo poliubikvilacija na definiranim lizinima, uglavnom na K48 i K29, povezana je s razgradnjom putem [[proteasom]]a (naziva se "molekulski poljubac smrti"), dok su druge poliubikvilacije (npr. Na K63, K11, K6 i M1) i monoubikvitilacije mogu regulirati procese kao što su [[endocitoza|promet endocita]], [[upala]], [[translacija (biologija)|translacija]] i [[popravak DNK]].

Otkriće da lanci ubikvitina ciljaju proteine na proteasom, koji  razgrađuje i reciklira proteine, počašćeno je [[Nobelova nagrada za hemiju|Nobelovom nagradom za hemiju]] 2004. godine.<ref name="pmid22524316"/><ref name="urlThe Nobel Prize in Chemistry 2004">{{cite web | url = http://nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/2004/ | title = The Nobel Prize in Chemistry 2004 | publisher = Nobelprize.org | access-date = 16. 10. 2010 }}</ref><ref name="urlPopular Information">{{
cite web | url = https://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/2004/popular.html | title = The Nobel Prize in Chemistry 2004: Popular Information | publisher =  Nobelprize.org | access-date = 14. 12. 2013 }}</ref>

==Identifikacija==
[[slika:Ubiquitin 1UBQ surface.png|thumb|250px|Površina ubikvitina]]
Ubikvitin (izvorno, '''sveprisutni imunopoetski polipeptid''') prvi je put identificiran 1975. godine<ref name="pmid1078892">{{cite journal | vauthors = Goldstein G, Scheid M, Hammerling U, Schlesinger DH, Niall HD, Boyse EA | title = Isolation of a polypeptide that has lymphocyte-differentiating properties and is probably represented universally in living cells | journal = Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America | volume = 72 | issue = 1 | pages = 11–5 | date = januar 1975 | pmid = 1078892 | pmc = 432229 | doi = 10.1073/pnas.72.1.11 | bibcode = 1975PNAS...72...11G }}</ref> kao 8,6 kDa protein, eksprimiran u svim [[eukarioti|eukariotskim]] ćelijama. Osnovne funkcije ubikvitina i komponente puta ubikvitilacije su početkom 1980-ih u ''Technion''-u objasnili [[Aaron Ciechanover]], [[Avram Hershko]] i [[Irwin Rose]] za koje su dobili Nobelovu nagrada za hemiju. 2004.

Ubikvitilacijski sistem je u početku okarakteriziran kao [[Adenozin-trifosfat|ATP]]-ovisni [[proteoliza|proteolitski]] sistem u ćelijskim ekstraktima. Utvrđeno je da je termički stabilan [[peptid|polipeptid]] prisutan u ovim ekstraktima, ATP-zavisni faktor proteolize 1 (APF-1), kovalentno vezan za modelni proteinski supstratni [[lizozim]] u procesu koji je zavisi od [[adenozin-trifosfat|ATP]] i [[Magnezij|Mg]]<sup>2+</sup>.<ref name="pmid22925675">{{cite journal | vauthors = Ciechanover A, Hod Y, Hershko A | title = A heat-stable polypeptide component of an ATP-dependent proteolytic system from reticulocytes. 1978 | journal = Biochemical and Biophysical Research Communications | volume = 425 | issue = 3 | pages = 565–70 | date = august 2012 | pmid = 22925675 | doi = 10.1016/j.bbrc.2012.08.025 }}</ref> Više molekula APF-1 povezano je s jednom molekulom [[Supstrat (biohemija)|supstrata]], pomoću [[izopeptid]]ne veze, a utvrđeno je da se konjugati brzo razgrađuju oslobađanjem slobodnog APF-1. Ubrzo nakon što je okarakterizirana konjugacija proteina APF-1, APF-1,  identificiran je kao ubikvitin. Karboksilna grupa [[C-terminal]]nog [[glicin]]skog ostatka ubikvitina (Gly76) identificirana je kao ostatak konjugiran sa supstratnim [[lizin]]skim ostacima.

== Protein ==
{| class=wikitable align=right style=clear:right
|+ '''Svojstva ljudskog ubikvitina
|-
! scope=row |Broj ostataka
| 76
|-
! scope=row | [[Molekularna masa|Molekulska masa]]
| 8564.8448 [[dalton (jedinica)|Da]]
|-
! scope=row | [[Izoelektrična tačka]] (pI)
| 6.79
|-
! scope=row |[[Gen]]
| [[RPS27A]] (UBA80, UBCEP1), [[UBA52]] (UBCEP2), [[Ubiquitin B|UBB]], [[Ubiquitin C|UBC]]
|-
! scope=row |Sekenca ([[aminokiselina]])
| {{mono|MQIFV'''K'''TLTG'''K'''TITLEVEPSDTIENV'''K'''A'''K'''IQD'''K'''EGIPPD
QQRLIFAG'''K'''QLEDGRTLSDYNIQ'''K'''ESTLHLVLRLRGG}}
|}

Ubikvitin je mali [[protein]] u svim [[eukarioti|eukariotskim]] [[ćelija (biologija)|ćelijama]]. Svoje  bezbrojne funkcije obavlja putem konjugacije sa velikim brojem ciljnih proteina. Može se pojaviti čitav niz različitih modifikacija. Sam protein ubikvitin sastoji se od 76 [[aminokiselina]]  i ima molekulsku masu oko 8,6 kDa. Ključne karakteristike uključuju njegov rep na [[C-terminal]]u i sedam [[lizin]]ski ostataka. Visoko je konzerviran tokom evolucije eukariota; ubikvitin ljudi i kvasaca ima 96% [[homologija sekvence|identiteta sekvence]]

== Geni ==

Ubikvitin je kod sisara kodiran sa četiri različita gena. [[UBA52]] i [[RPS27A]] kodiraju jednu kopiju ubikvitina spojenog sa [[ribosom]]skim proteinima L40, odnosno S27a. Geni [[UBB]] i [[UBC]] kodiraju prekurssorske proteine  poliubikvitina.<ref name="pmid20418328">{{cite journal | vauthors = Kimura Y, Tanaka K | title = Regulatory mechanisms involved in the control of ubiquitin homeostasis | journal = Journal of Biochemistry | volume = 147 | issue = 6 | pages = 793–8 | date = juni 2010 | pmid = 20418328 | doi = 10.1093/jb/mvq044 | doi-access = free }}</ref>

== Ubikvitilacija ==

[[Slika:Ubiquitylation.svg|thumb|right| 300px | Sistem ubikvitilacije (prikazuje RING E3 ligazu).]]

Ubikvitilacija (poznata i kao ubikvitinacija ili ubikvitinilacija) je enzimske [[posttranslacijska modifikacija]] u kojoj je protein ubikvitin vezan za enzimski [[supstrat (biologija)|supstratni protein]]. Ovaj postupak najčešće veže posljednju [[aminokiselina|aminokiselinu]] ubikvitina ([[glicin]] 76) za ostatak [[lizin]]a na podlozi. Izo[[peptidna veza]] nastaje između [[karboksilne kiseline|karboksil]] grupe (COO<sup>–</sup>) ubikvitinovog glicina i epsilon – [[amin (hemija)|amino grupe]] (ε- {{chem | NH | 3 | +}}) lizinskog supstrata.<ref name="pmid11395416">{{cite journal | vauthors = Pickart CM | title = Mechanisms underlying ubiquitylation | url = https://archive.org/details/sim_annual-review-of-biochemistry_2001_70/page/503 | journal = Annual Review of Biochemistry | volume = 70 | pages = 503–33 | year = 2001 | pmid = 11395416 | doi = 10.1146/annurev.biochem.70.1.503 }}</ref> Tripsinsko cijepanje supstrata konjugiranog s ubikvitinom ostavlja "ostatak" di-glicina koji se koristi za identificiranje mjesta ubikvilacije.<ref name="pmid 11955054">{{cite journal | vauthors = Marotti LA, Newitt R, Wang Y, Aebersold R, Dohlman HG | title = Direct identification of a G protein ubiquitylation site by mass spectrometry | journal = Biochemistry | volume = 41 | issue = 16 | pages = 5067–74 | date = april 2002 | pmid = 11955054 | doi = 10.1021/bi015940q }}</ref><ref name="pmid12872131">{{cite journal | vauthors = Peng J, Schwartz D, Elias JE, Thoreen CC, Cheng D, Marsischky G, Roelofs J, Finley D, Gygi SP | title = A proteomics approach to understanding protein ubiquitylation | url = https://archive.org/details/sim_nature-biotechnology_2003-08_21_8/page/921 | journal = Nature Biotechnology | volume = 21 | issue = 8 | pages = 921–6 | date = august 2003 | pmid = 12872131 | doi = 10.1038/nbt849 | s2cid = 11992443 }}</ref> Ubikvitin se takođe može vezati za druga mesta u proteinu koja su elektronama bogata [[nukleofil]]ima, nazvana "nekanonska sveprisutnost".<ref name="McDowell_2013">{{cite journal | vauthors = McDowell GS, Philpott A | title = Non-canonical ubiquitylation: mechanisms and consequences | journal = The International Journal of Biochemistry & Cell Biology | volume = 45 | issue = 8 | pages = 1833–42 | date = august 2013 | pmid = 23732108 | doi = 10.1016/j.biocel.2013.05.026 | doi-access = free }}</ref> To je prvi put uočeno kod [[amin (hemija)|aminogrupe]] proteinskog [[N-kraj]]a,  koji se koristi za ubikvuitilaciju, umjesto ostatka lizina, u proteinu [[MyoD]] <ref name="pmid9774340">{{cite journal | vauthors = Breitschopf K, Bengal E, Ziv T, Admon A, Ciechanover A | title = A novel site for ubiquitylation: the N-terminal residue, and not internal lysines of MyoD, is essential for conjugation and degradation of the protein | journal = The EMBO Journal | volume = 17 | issue = 20 | pages = 5964–73 | date = oktobar 1998 | pmid = 9774340 | pmc = 1170923 | doi = 10.1093/emboj/17.20.5964 }}</ref> i od tada je primijećen u 22 druga proteina u više vrsta i tipova,<ref name="pmid14532004">{{cite journal | vauthors = Bloom J, Amador V, Bartolini F, DeMartino G, Pagano M | title = Proteasome-mediated degradation of p21 via N-terminal ubiquitinylation | journal = Cell | volume = 115 | issue = 1 | pages = 71–82 | date = oktobar 2003 | pmid = 14532004 | doi = 10.1016/S0092-8674(03)00755-4 | s2cid = 15114828 }}</ref><ref name="pmid23696636">{{cite journal | vauthors = Scaglione KM, Basrur V, Ashraf NS, Konen JR, Elenitoba-Johnson KS, Todi SV, Paulson HL | title = The ubiquitin-conjugating enzyme (E2) Ube2w ubiquitinates the N terminus of substrates | journal = The Journal of Biological Chemistry | volume = 288 | issue = 26 | pages = 18784–8 | date = juni 2013 | pmid = 23696636 | pmc = 3696654 | doi = 10.1074/jbc.C113.477596 }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Sadeh R, Breitschopf K, Bercovich B, Zoabi M, Kravtsova-Ivantsiv Y, Kornitzer D, Schwartz A, Ciechanover A | title = The N-terminal domain of MyoD is necessary and sufficient for its nuclear localization-dependent degradation by the ubiquitin system | journal = Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America | volume = 105 | issue = 41 | pages = 15690–5 | date = oktobar 2008 | pmid = 18836078 | pmc = 2560994 | doi = 10.1073/pnas.0808373105 | bibcode = 2008PNAS..10515690S }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Coulombe P, Rodier G, Bonneil E, Thibault P, Meloche S | title = N-Terminal ubiquitylation of extracellular signal-regulated kinase 3 and p21 directs their degradation by the proteasome | journal = Molecular and Cellular Biology | volume = 24 | issue = 14 | pages = 6140–50 | date = juli 2004 | pmid = 15226418 | pmc = 434260 | doi = 10.1128/MCB.24.14.6140-6150.2004 }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Kuo ML, den Besten W, Bertwistle D, Roussel MF, Sherr CJ | title = N-terminal polyubiquitylation and degradation of the Arf tumor suppressor | journal = Genes & Development | volume = 18 | issue = 15 | pages = 1862–74 | date = august 2004 | pmid = 15289458 | pmc = 517406 | doi = 10.1101/gad.1213904 }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Ben-Saadon R, Fajerman I, Ziv T, Hellman U, Schwartz AL, Ciechanover A | title = The tumor suppressor protein p16(INK4a) and the human papillomavirus oncoprotein-58 E7 are naturally occurring lysine-less proteins that are degraded by the ubiquitin system. Direct evidence for ubiquitylation at the N-terminal residue | journal = The Journal of Biological Chemistry | volume = 279 | issue = 40 | pages = 41414–21 | date = oktobar 2004 | pmid = 15254040 | doi = 10.1074/jbc.M407201200 | doi-access = free }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Li H, Okamoto K, Peart MJ, Prives C | title = Lysine-independent turnover of cyclin G1 can be stabilized by B'alpha subunits of protein phosphatase 2A | journal = Molecular and Cellular Biology | volume = 29 | issue = 3 | pages = 919–28 | date = februar 2009 | pmid = 18981217 | pmc = 2630686 | doi = 10.1128/MCB.00907-08 }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Reinstein E, Scheffner M, Oren M, Ciechanover A, Schwartz A | title = Degradation of the E7 human papillomavirus oncoprotein by the ubiquitin-proteasome system: targeting via ubiquitylation of the N-terminal residue | journal = Oncogene | volume = 19 | issue = 51 | pages = 5944–50 | date = novembar 2000 | pmid = 11127826 | doi = 10.1038/sj.onc.1203989 | doi-access = free }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Aviel S, Winberg G, Massucci M, Ciechanover A | title = Degradation of the epstein-barr virus latent membrane protein 1 (LMP1) by the ubiquitin-proteasome pathway. Targeting via ubiquitylation of the N-terminal residue | journal = The Journal of Biological Chemistry | volume = 275 | issue = 31 | pages = 23491–9 | date = august 2000 | pmid = 10807912 | doi = 10.1074/jbc.M002052200 | doi-access = free }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Ikeda M, Ikeda A, Longnecker R | title = Lysine-independent ubiquitylation of Epstein-Barr virus LMP2A | journal = Virology | volume = 300 | issue = 1 | pages = 153–9 | date = august 2002 | pmid = 12202215 | doi = 10.1006/viro.2002.1562 }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Yang J, Hong Y, Wang W, Wu W, Chi Y, Zong H, Kong X, Wei Y, Yun X, Cheng C, Chen K, Gu J | title = HSP70 protects BCL2L12 and BCL2L12A from N-terminal ubiquitylation-mediated proteasomal degradation | journal = FEBS Letters | volume = 583 | issue = 9 | pages = 1409–14 | date = maj 2009 | pmid = 19376117 | doi = 10.1016/j.febslet.2009.04.011 | s2cid = 32330510 | doi-access = free }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Wang Y, Shao Q, Yu X, Kong W, Hildreth JE, Liu B | title = N-terminal hemagglutinin tag renders lysine-deficient APOBEC3G resistant to HIV-1 Vif-induced degradation by reduced polyubiquitylation | journal = Journal of Virology | volume = 85 | issue = 9 | pages = 4510–9 | date = maj 2011 | pmid = 21345952 | pmc = 3126286 | doi = 10.1128/JVI.01925-10 }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Trausch-Azar JS, Lingbeck J, Ciechanover A, Schwartz AL | title = Ubiquitin-Proteasome-mediated degradation of Id1 is modulated by MyoD | journal = The Journal of Biological Chemistry | volume = 279 | issue = 31 | pages = 32614–9 | date = juli 2004 | pmid = 15163661 | doi = 10.1074/jbc.M403794200 | doi-access = free }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Trausch-Azar J, Leone TC, Kelly DP, Schwartz AL | title = Ubiquitin proteasome-dependent degradation of the transcriptional coactivator PGC-1{alpha} via the N-terminal pathway | journal = The Journal of Biological Chemistry | volume = 285 | issue = 51 | pages = 40192–200 | date = decembar 2010 | pmid = 20713359 | pmc = 3001001 | doi = 10.1074/jbc.M110.131615 }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Fajerman I, Schwartz AL, Ciechanover A | title = Degradation of the Id2 developmental regulator: targeting via N-terminal ubiquitylation | journal = Biochemical and Biophysical Research Communications | volume = 314 | issue = 2 | pages = 505–12 | date = februar 2004 | pmid = 14733935 | doi = 10.1016/j.bbrc.2003.12.116 }}</ref><ref name="Vosper_2009">{{cite journal | vauthors = Vosper JM, McDowell GS, Hindley CJ, Fiore-Heriche CS, Kucerova R, Horan I, Philpott A | title = Ubiquitylation on canonical and non-canonical sites targets the transcription factor neurogenin for ubiquitin-mediated proteolysis | journal = The Journal of Biological Chemistry | volume = 284 | issue = 23 | pages = 15458–68 | date = juni 2009 | pmid = 19336407 | pmc = 2708843 | doi = 10.1074/jbc.M809366200 }}</ref><ref name="McDowell_2010">{{cite journal | vauthors = McDowell GS, Kucerova R, Philpott A | title = Non-canonical ubiquitylation of the proneural protein Ngn2 occurs in both Xenopus embryos and mammalian cells | journal = Biochemical and Biophysical Research Communications | volume = 400 | issue = 4 | pages = 655–60 | date = oktobar 2010 | pmid = 20807509 | doi = 10.1016/j.bbrc.2010.08.122 }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Tatham MH, Plechanovová A, Jaffray EG, Salmen H, Hay RT | title = Ube2W conjugates ubiquitin to α-amino groups of protein N-termini | journal = The Biochemical Journal | volume = 453 | issue = 1 | pages = 137–45 | date = juli 2013 | pmid = 23560854 | pmc = 3778709 | doi = 10.1042/BJ20130244 }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Vittal V, Shi L, Wenzel DM, Scaglione KM, Duncan ED, Basrur V, Elenitoba-Johnson KS, Baker D, Paulson HL, Brzovic PS, Klevit RE | title = Intrinsic disorder drives N-terminal ubiquitylation by Ube2w | journal = Nature Chemical Biology | volume = 11 | issue = 1 | pages = 83–9 | date = januar 2015 | pmid = 25436519 | pmc = 4270946 | doi = 10.1038/nchembio.1700 }}</ref> ukljućujući i sam ubikvitin.<ref>{{cite journal | vauthors = Johnson ES, Ma PC, Ota IM, Varshavsky A | title = A proteolytic pathway that recognizes ubiquitin as a degradation signal | journal = The Journal of Biological Chemistry | volume = 270 | issue = 29 | pages = 17442–56 | date = juli 1995 | pmid = 7615550 | doi = 10.1074/jbc.270.29.17442 | doi-access = free }}</ref> Također je sve više dokaza o ostacima nelizina kao ciljevima ubikvilacije upotrebom neaminskih grupa, kao što je [[tiol|sulfhidrilna grupa]] na cisteinu,<ref name="pmid17502423">{{cite journal | vauthors = Wang X, Herr RA, Chua WJ, Lybarger L, Wiertz EJ, Hansen TH | title = Ubiquitination of serine, threonine, or lysine residues on the cytoplasmic tail can induce ERAD of MHC-I by viral E3 ligase mK3 | journal = The Journal of Cell Biology | volume = 177 | issue = 4 | pages = 613–24 | date = maj 2007 | pmid = 17502423 | pmc = 2064207 | doi = 10.1083/jcb.200611063 }}</ref><ref name="pmid15994556">{{cite journal | vauthors = Cadwell K, Coscoy L | title = Ubiquitination on nonlysine residues by a viral E3 ubiquitin ligase | journal = Science | volume = 309 | issue = 5731 | pages = 127–30 | date = juli 2005 | pmid = 15994556 | doi = 10.1126/science.1110340 | bibcode = 2005Sci...309..127C | doi-access = free }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Cadwell K, Coscoy L | title = The specificities of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus-encoded E3 ubiquitin ligases are determined by the positions of lysine or cysteine residues within the intracytoplasmic domains of their targets | journal = Journal of Virology | volume = 82 | issue = 8 | pages = 4184–9 | date = april 2008 | pmid = 18272573 | pmc = 2293015 | doi = 10.1128/JVI.02264-07 }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Williams C, van den Berg M, Sprenger RR, Distel B | title = A conserved cysteine is essential for Pex4p-dependent ubiquitination of the peroxisomal import receptor Pex5p | journal = The Journal of Biological Chemistry | volume = 282 | issue = 31 | pages = 22534–43 | date = august 2007 | pmid = 17550898 | doi = 10.1074/jbc.M702038200 | doi-access = free }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Carvalho AF, Pinto MP, Grou CP, Alencastre IS, Fransen M, Sá-Miranda C, Azevedo JE | title = Ubiquitination of mammalian Pex5p, the peroxisomal import receptor | journal = The Journal of Biological Chemistry | volume = 282 | issue = 43 | pages = 31267–72 | date = oktobar 2007 | pmid = 17726030 | doi = 10.1074/jbc.M706325200 | doi-access = free }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Léon S, Subramani S | title = A conserved cysteine residue of Pichia pastoris Pex20p is essential for its recycling from the peroxisome to the cytosol | journal = The Journal of Biological Chemistry | volume = 282 | issue = 10 | pages = 7424–30 | date = mart 2007 | pmid = 17209040 | pmc = 3682499 | doi = 10.1074/jbc.M611627200 }}</ref><ref name="ReferenceA">{{cite journal | vauthors = Tait SW, de Vries E, Maas C, Keller AM, D'Santos CS, Borst J | title = Apoptosis induction by Bid requires unconventional ubiquitination and degradation of its N-terminal fragment | journal = The Journal of Cell Biology | volume = 179 | issue = 7 | pages = 1453–66 | date = decembar 2007 | pmid = 18166654 | pmc = 2373500 | doi = 10.1083/jcb.200707063 }}</ref><ref name="Roark_2012">{{cite journal | vauthors = Roark R, Itzhaki L, Philpott A | title = Complex regulation controls Neurogenin3 proteolysis | journal = Biology Open | volume = 1 | issue = 12 | pages = 1264–72 | date = decembar 2012 | pmid = 23259061 | pmc = 3522888 | doi = 10.1242/bio.20121750 }}</ref> i [[hidroksil]] grupa na [[treonin]]u i [[serin]]u.<ref name="Vosper_2009" /><ref name="McDowell_2010" /><ref name="pmid17502423"/><ref name="ReferenceA"/><ref name="Roark_2012" /><ref>{{cite journal | vauthors = Magadán JG, Pérez-Victoria FJ, Sougrat R, Ye Y, Strebel K, Bonifacino JS | title = Multilayered mechanism of CD4 downregulation by HIV-1 Vpu involving distinct ER retention and ERAD targeting steps | journal = PLOS Pathogens | volume = 6 | issue = 4 | pages = e1000869 | date = april 2010 | pmid = 20442859 | pmc = 2861688 | doi = 10.1371/journal.ppat.1000869 }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Tokarev AA, Munguia J, Guatelli JC | title = Serine-threonine ubiquitination mediates downregulation of BST-2/tetherin and relief of restricted virion release by HIV-1 Vpu | journal = Journal of Virology | volume = 85 | issue = 1 | pages = 51–63 | date = januar 2011 | pmid = 20980512 | pmc = 3014196 | doi = 10.1128/JVI.01795-10 }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Ishikura S, Weissman AM, Bonifacino JS | title = Serine residues in the cytosolic tail of the T-cell antigen receptor alpha-chain mediate ubiquitination and endoplasmic reticulum-associated degradation of the unassembled protein | journal = The Journal of Biological Chemistry | volume = 285 | issue = 31 | pages = 23916–24 | date = juli 2010 | pmid = 20519503 | pmc = 2911338 | doi = 10.1074/jbc.M110.127936 }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Shimizu Y, Okuda-Shimizu Y, Hendershot LM | title = Ubiquitylation of an ERAD substrate occurs on multiple types of amino acids | journal = Molecular Cell | volume = 40 | issue = 6 | pages = 917–26 | date = decembar 2010 | pmid = 21172657 | pmc = 3031134 | doi = 10.1016/j.molcel.2010.11.033 }}</ref> Krajnji rezultat ovog postupka je dodavanje jedne molekule ubikvitina (monoubikvitilacija) ili lanca molekula ubikvitina (poliubikvitinacija) proteiskog supstrata.<ref name="pmid22420755">{{cite journal | vauthors = Dikic I, Robertson M | title = Ubiquitin ligases and beyond | journal = BMC Biology | volume = 10 | pages = 22 | date = mart 2012 | pmid = 22420755 | pmc = 3305657 | doi = 10.1186/1741-7007-10-22 }}</ref>

Za ubikvitinaciju su potrebna tri tipa enzima: [[ubikvitin-aktivirajući enzim]], [[ubikvitin-konjugirajući enzim]] i [[ubikvitin-ligaza]], poznati kao E1s, E2s i E3s. Proces se sastoji od tri glavna koraka:
# Aktivacija: Ubikvitin se aktivira u reakciji u dva koraka pomoću E1 [[enzim koji aktivira ubikvitin]], što ovisi o [[Adenozin-trifosfat|ATP]]. Početni korak uključuje proizvodnju intermedijera ubikvitin-adenilata. E1 veže i ATP i ubikvitin i katalizira acil-adenilaciju [[C-kraj]]a  molekule ubikvitina. Drugi korak prenosi ubikvitin na [[aktivno mesto]] [[cistein]]skog ostatka, uz oslobađanje [[Adenozin-monofosfat|AMP]]. Ovaj korak rezultira [[tioester]]skom vezom između [[C-terminal]]ne karboksilne grupe ubikvitina i E1 cisteinske [[tiol|sulfhidrilne grupe]].<ref name="pmid11395416"/><ref name="pmid19352404">{{cite journal | vauthors = Schulman BA, Harper JW | title = Ubiquitin-like protein activation by E1 enzymes: the apex for downstream signalling pathways | journal = Nature Reviews Molecular Cell Biology | volume = 10 | issue = 5 | pages = 319–31 | date = maj 2009 | pmid = 19352404 | pmc = 2712597 | doi = 10.1038/nrm2673 }}</ref> Ljudski [[genom]] sadrži dva gena koji proizvode enzime sposobne za aktiviranje ubikvitina: [[UBA1]] i [[UBE1L2|UBA6]].<ref name="pmid18353650">{{cite journal | vauthors = Groettrup M, Pelzer C, Schmidtke G, Hofmann K | title = Activating the ubiquitin family: UBA6 challenges the field | journal = Trends in Biochemical Sciences | volume = 33 | issue = 5 | pages = 230–7 | date = maj 2008 | pmid = 18353650 | doi = 10.1016/j.tibs.2008.01.005 | url = http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bsz:352-opus-85098 }}</ref>
# Konjugacija: E2 [[ubikvitin-konjugirajući enzim]]i kataliziraju transfer ubikvitina iz E1 u [[aktivno mesto]] cisteina E2 putem reakcije trans (tio) esterifikacije. Da bi izveo ovu reakciju, E2 se veže i za aktivirani ubikvitin i za enzim E1. Ljudi posjeduju 35 različitih enzima E2, dok ih ostali [[eukarioti]] imaju između 16 i 35. Karakterizira ih visoko konzervirana struktura, poznata kao ubikvitin-konjugirajući katalitski nabor (UBC).<ref name="pmid19940261">{{cite journal | vauthors = van Wijk SJ, Timmers HT | title = The family of ubiquitin-conjugating enzymes (E2s): deciding between life and death of proteins | url = https://archive.org/details/sim_faseb-journal_2010-04_24_4/page/981 | journal = FASEB Journal | volume = 24 | issue = 4 | pages = 981–93 | date = april 2010 | pmid = 19940261 | doi = 10.1096/fj.09-136259 | s2cid = 21280193 }}</ref>
[[slika:Glycine lysine isopeptide v2.svg|thumb|300px| Glicin i lizin povezani izopeptidnom vezom. Izopeptidna veza je istaknuta žutom bojom.]]
# Ligacija: E3 [[ubikvitin-ligaza]] katalizira završni korak kaskade ubikvitinacije. Najčešće stvaraju izopeptidnu vezu između lizina ciljnog proteina i [[C-terminal]]nog ubikvitinskog glicina. Općenito, ovaj korak zahtijeva aktivnost jednog od stotina E3. Enzimi E3 funkcioniraju kao [[supstrat (biohemija)|supstrat]] moduli za prepoznavanje sistema i sposobni su za interakciju s E2 i [[supstrat (biohemija)|supstrat]]. Neki enzimi E3 također aktiviraju enzime E2. E3 enzimi imaju jedan od dva [[proteinski domen|domena]]: homologni E6-AP karboksilnom [[C-kraj]]u ([[HECT domen|HECT]]) i zaista zanimljiv novi gen ([[RING prstov domain|RING]]) domen (ili usko povezana U-boks domen). HECT domen E3 u ovom procesu privremeno veže ubikvitin (obvezni tioesterski intermedijar nastaje s cisteinskog aktivnog mjesta E3), dok RING domen E3 katalizira direktan prenos sa enzima E2 na supstrat.<ref name="pmid22389392">{{cite journal | vauthors = Metzger MB, Hristova VA, Weissman AM | title = HECT and RING finger families of E3 ubiquitin ligases at a glance | journal = Journal of Cell Science | volume = 125 | issue = Pt 3 | pages = 531–7 | date = februar 2012 | pmid = 22389392 | pmc = 3381717 | doi = 10.1242/jcs.091777 }}</ref> [[Kompleks za promociju anafaze]] (APC) i [[SCF kompleks]] (za proteinski kompleks Skp1-Cullin-F-boks) dva su [[primjer]]a multi[[Proteinska podjedinica|podjedinica]] E3, uključenih u prepoznavanje i ubikvitinaciju specifičnih ciljnih proteina za razgradnju od putem [[proteasom]]a.<ref name="pmid19775879">{{cite journal | vauthors = Skaar JR, Pagano M | title = Control of cell growth by the SCF and APC/C ubiquitin ligases | journal = Current Opinion in Cell Biology | volume = 21 | issue = 6 | pages = 816–24 | date = decembar 2009 | pmid = 19775879 | pmc = 2805079 | doi = 10.1016/j.ceb.2009.08.004 }}</ref>

U kaskadi ubikvitinacije, E1 se može vezati za mnogo E2, koji se mogu hijerarhijski vezati za stotine E3.  Postojanje nivoa unutar kaskade omogućava strogu regulaciju mehanizma za ubikvitinaciju.<ref name="pmid15571809">{{cite journal | vauthors = Pickart CM, Eddins MJ | title = Ubiquitin: structures, functions, mechanisms | journal = Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Cell Research | volume = 1695 | issue = 1–3 | pages = 55–72 | date = novembar 2004 | pmid = 15571809 | doi = 10.1016/j.bbamcr.2004.09.019 }}</ref> Ostali proteini slični ubikvitinu (UBL) također se modificiraju putem kaskade E1-E2-E3, iako postoje varijacije u tim sistemima.<ref name="pmid16753028">{{cite journal | vauthors = Kerscher O, Felberbaum R, Hochstrasser M | title = Modification of proteins by ubiquitin and ubiquitin-like proteins | journal = Annual Review of Cell and Developmental Biology | volume = 22 | pages = 159–80 | year = 2006 | pmid = 16753028 | doi = 10.1146/annurev.cellbio.22.010605.093503 }}</ref>

Enzimi E4 ili faktori produženja lanca ubikvitina sposobni su za dodavanje unaprijed formiranih poliubikvitinskih lanaca u supstratne proteine.<ref>{{cite journal | vauthors = Koegl M, Hoppe T, Schlenker S, Ulrich HD, Mayer TU, Jentsch S | title = A novel ubiquitination factor, E4, is involved in multiubiquitin chain assembly | journal = Cell | volume = 96 | issue = 5 | pages = 635–44 | date = mart 1999 | pmid = 10089879 | doi = 10.1016/S0092-8674(00)80574-7 | doi-access = free }}</ref> Naprimjer, višestruki monoubikvitilacijski supresor tumora [[p53]] putem [[Mdm2]]<ref>{{cite journal | vauthors = Lai Z, Ferry KV, Diamond MA, Wee KE, Kim YB, Ma J, Yang T, Benfield PA, Copeland RA, Auger KR | title = Human mdm2 mediates multiple mono-ubiquitination of p53 by a mechanism requiring enzyme isomerization | journal = The Journal of Biological Chemistry | volume = 276 | issue = 33 | pages = 31357–67 | date = august 2001 | pmid = 11397792 | doi = 10.1074/jbc.M011517200 | doi-access = free }}</ref> može biti praćeno dodavanjem lanca poliubikvitina, upotrebom [[P300-CBP porodica koaktivatora|p300 i CBP]].<ref>{{cite journal | vauthors = Grossman SR, Deato ME, Brignone C, Chan HM, Kung AL, Tagami H, Nakatani Y, Livingston DM | title = Polyubiquitination of p53 by a ubiquitin ligase activity of p300 | journal = Science | volume = 300 | issue = 5617 | pages = 342–4 | date = april 2003 | pmid = 12690203 | doi = 10.1126/science.1080386 | bibcode = 2003Sci...300..342G | s2cid = 11526100}}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Shi D, Pop MS, Kulikov R, Love IM, Kung AL, Kung A, Grossman SR | title = CBP and p300 are cytoplasmic E4 polyubiquitin ligases for p53 | journal = Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America | volume = 106 | issue = 38 | pages = 16275–80 | date = septembar 2009 | pmid = 19805293 | pmc = 2752525 | doi = 10.1073/pnas.0904305106 | bibcode = 2009PNAS..10616275S }}</ref>

==== Struktura ====

Različito povezani lanci imaju specifične učinke na protein za koji su vezani, uzrokovano razlikama u konformacijama proteinskih lanaca. K29–, K33–,<ref name="pmid25752577">{{cite journal | vauthors = Michel MA, Elliott PR, Swatek KN, Simicek M, Pruneda JN, Wagstaff JL, Freund SM, Komander D | title = Assembly and specific recognition of k29- and k33-linked polyubiquitin | journal = Molecular Cell | volume = 58 | issue = 1 | pages = 95–109 | date = april 2015 | pmid = 25752577 | pmc =  4386031| doi = 10.1016/j.molcel.2015.01.042 }}</ref> K63–  M1-vezani lanci imaju prilično linearnu konformaciju; poznati su kao lanci otvorene konformacije. Vezani lanci K6–, K11– i K48 čine zatvorene konformacije. Molekule ubikvitina u lancima otvorene konformacije ne djeluju međusobno, osim kovalentne [[izopeptidna veza|izopeptidne veze]] koja ih spaja. Suprotno tome, zatvoreni konformacijski lanci imaju veze s ostacima u interakciji. Promjenom lančanih konformacija izlažu se i prikrivaju različiti dijelovi ubikvitinskih proteina, a različite veze prepoznaju proteini koji su specifični za jedinstvenu [[topologija|topologiju]], svojstvenu vezi. Proteini se mogu specifično vezati za ubikvitin putem [[ubikvitinski vezujući domeni|ubivitinskih vezujućih domena]] (UBD-ova). Udaljenost između pojedinih jedinica ubikvitina u lancima razlikuje se između lizinskih 63– i 48–vezanih lanaca. UBD-ovi to iskorištavaju tako što imaju male odstojnike između motiva interakcije ubikvitina, koji vežu lizinske 48-vezane lance (kompaktni lanci ubikvitina) i veće odstojnike, za lizinske 63-povezane lance. Mehanizmi koji su  uključeni u prepoznavanje poliubikvitinskih lanaca mogu također razlikovati lance povezane sa K63 i M1 poveznice, što pokazuje činjenica da potonji mogu izazvati proteasomsku degradaciju supstrata.<ref name="pmid22524316">{{cite journal | vauthors = Komander D, Rape M | title = The ubiquitin code | url = https://archive.org/details/sim_annual-review-of-biochemistry_2012_81/page/203 | journal = Annual Review of Biochemistry | volume = 81 | pages = 203–29 | year = 2012 | pmid = 22524316 | doi = 10.1146/annurev-biochem-060310-170328 }}</ref><ref name="pmid20385835">{{cite journal | vauthors = Zhao S, Ulrich HD | title = Distinct consequences of posttranslational modification by linear versus K63-linked polyubiquitin chains | journal = Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America | volume = 107 | issue = 17 | pages = 7704–9 | date = april 2010 | pmid = 20385835 | pmc = 2867854 | doi = 10.1073/pnas.0908764107 | bibcode = 2010PNAS..107.7704Z }}</ref>

== Funkcija ==

Sistem ubikvitinacije funkcionira u širokom spektru ćelijskih procesa, kao što su:<ref name="bostonbiochem.com">{{cite web | title = Ubiquitin Proteasome Pathway Overview| url = http://www.bostonbiochem.com/upp.php| access-date = 30. 4. 2008 |archive-url =https://web.archive.org/web/20080330210016/http://www.bostonbiochem.com/upp.php <!-- Bot retrieved archive -->|archive-date = 30. 3. 2008}}</ref>
* Obrada [[antigen]]a
* [[Apoptoza]]
* [[Biogeneza]] [[organela]]
* [[Ćelijski ciklus]] i [[ćelijska dioba|dioba]]
* [[Transkripcija (genetika)|Transkripcija]] i [[popravak DNK]]
* [[ćelijska diferencijacija|Diferencijacija]] i razvoj
* [[Imunski odgovor]] i [[upala]]
* Nervna i mišićna degeneracija
* Održavanje [[totpotentnost|pluripotencije]] <ref>{{cite journal |last1=Bax |first1=M |title=The Ubiquitin Proteasome System Is a Key Regulator of Pluripotent Stem Cell Survival and Motor Neuron Differentiation |journal=Cells |date=juni 2019 |volume=8 |issue=6 |page=581 |doi=10.3390/cells8060581 |pmid=31200561 |pmc=6627164 |doi-access=free }}</ref>
* [[Morfogeneza]] [[neuron]]skih mreža
* Modulacija receptora ćelijske površine, ionskih kanala i sekretornog puta
* Odgovor na stres i vaćelijska modulacija
* [[Biogeneza]] [[ribosom]]a
*[[Virus]]na [[infekcija]]

== Deubikvitinacija ==
[[Deubikvitinirajući enzim]]i (DUB) protive se ulozi ubikvinacije uklanjanjem ubikvitina iz proteinskog supstrata. Oni su [[proteaza|cistein-proteaze]] koje razdvajaju [[amidna veza|amidnu vezu]] između dva proteina. Vrlo su specifični, kao i E3 ligaze, koje vežu ubikvitin, sa samo nekoliko supstrata po enzimu. Mogu razdvojiti i [[izopeptidna veza|izopeptid]] (između ubikvitina i lizina) i [[peptidna veza|peptidnu vezu]] (između ubikvitina i [[N-kraj]]a).

Pored uklanjanja ubikvitina iz proteinskog supstrata, DUB imaju i mnoge druge uloge unutar ćelije. Ubikvitin se eksprimira kao višestruke kopije spojene u lanac (poliubikvitin) ili je vezan za ribosomske podjedinice. DUB cijepaju ove proteine, da bi proizveli aktivni ubikvitin. Također recikliraju ubikvitin koji je bio vezan za male [[nukleofil]]ne molekule tokom procesa ubikvitinacije. Monoubikvitin tvore DUB-ovi koji cijepaju ubikvitin iz slobodnih poliubikvitinskih lanaca koji su prethodno uklonjeni iz proteina.<ref name="pmid16325574">{{cite journal | vauthors = Nijman SM, Luna-Vargas MP, Velds A, Brummelkamp TR, Dirac AM, Sixma TK, Bernards R | title = A genomic and functional inventory of deubiquitinating enzymes | journal = Cell | volume = 123 | issue = 5 | pages = 773–86 | date = decembar 2005 | pmid = 16325574 | doi = 10.1016/j.cell.2005.11.007 | hdl = 1874/20959 | s2cid = 15575576 | hdl-access = free }}</ref>

==Ubikvitinski vezni domeni==
{| border="1" class="wikitable" align="right"
|+ Karakterizacija ubikvitinskih veznih domena  
! Domen
! Broj proteina u [[proteasom]]u
! Dužina
(aminkiseline)
! Afinitet ubikvitinskog vezanja
|-
! CUE
|''[[S. cerevisiae]]'': 7
''[[H. sapiens]]'': 21
| 42–43
| ~2–160 μM
|-
! GATII
|''S. cerevisiae'': 2
''H. sapiens'': 14
| 135
| ~180 μM
|-
! GLUE
|''S. cerevisiae'': ?
''H. sapiens'': ?
| ~135
| ~460 μM
|-
! NZF
|''S. cerevisiae'': 1
''H. sapiens'': 25
| ~35
| ~100–400 μM
|-
! PAZ
|''S. cerevisiae'': 5
''H. sapiens'': 16
| ~58
| Nepoznato
|-
! UBA
|''S. cerevisiae'': 10
''H. sapiens'': 98
| 45–55
| ~0.03–500 μM
|-
! UEV
|''S. cerevisiae'': 2
''H. sapiens'': ?
| ~145
| ~100–500 μM
|-
! UIM
|''S. cerevisiae'': 8
''H. sapiens'': 71
| ~20
| ~100–400 μM
|-
! VHS
|''S. cerevisiae'': 4
''H. sapiens'': 28
| 150
| Nepoznato
|}

[[Ubikvitin-vezujući domeni]] (UBD) su modularni proteinski domeni koji se nekovalentno vežu za ubikvitin i kontroliraju različite ćelijske događaje. Detaljne molekularne strukture poznate su po brojnim UBD-ima, specifičnost vezanja određuje njihov mehanizam djelovanja i regulacije, te kako reguliraju ćelijske proteine i procese.<ref name="Hicke 2005 610-621">{{cite journal | vauthors = Hicke L, Schubert HL, Hill CP | title = Ubiquitin-binding domains | journal = Nature Reviews Molecular Cell Biology | volume = 6 | issue = 8 | pages = 610–21 | date = august 2005 | pmid = 16064137 | doi = 10.1038/nrm1701 | s2cid = 3056635 }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Husnjak K, Dikic I | title = Ubiquitin-binding proteins: decoders of ubiquitin-mediated cellular functions | journal = Annual Review of Biochemistry | volume = 81 | pages = 291–322 | date = 1. 1. 2012 | pmid = 22482907 | doi = 10.1146/annurev-biochem-051810-094654 }}</ref>

== Vezane bolesti ==

Put ubikvitina uključen je u patogenezu širokog spektra bolesti i poremećaja, kao što su:<ref>{{cite journal |last1=Popovic |first1=D |title=Ubiquitination in disease pathogenesis and treatment |journal=Nature Medicine |date=novembar 2014 |volume=20 |issue=11 |pages=1242–1253 |doi=10.1038/nm.3739 |pmid=25375928 |s2cid=205394130 |url=https://www.nature.com/articles/nm.3739#Abs2}}</ref>

* [[Neurodegeneracija]]
* [[Infekcija]] i [[imunost]]
* [[Genetički poremećaji]]
* [[Kancer]]i

=== Dijagnostička upotreba ===
[[Imunohistohemija|Imunohistohemijska]] upotreba [[antitijela]] za ubikvitin može identificirati abnormalne nakupine ovog proteina unutar ćelija, što ukazuje na proces bolesti. Ove nakupine proteina nazivaju se [[inkluzijsko tijelo|inkluzijska tijela]] (što je opći termin za bilo koju mikroskopski vidljivu nakupinu abnormalnog materijala u ćeliji). Primjeri uključuju:
* [[Neurofibrilarni splet]]ovi u [[Alzheimerova bolest|Alzheimerovoj bolesti]]
* [[Lewyjevo tijelo]] u [[Parkinsonova bolest|Parkinsonovoj bolesti]]
* [[Pickova tijela]] u [[Pickova bolest|Pickovoj bolesti]]
* Uključeni su u [[bolest motornog neurona]] i [[Huntingtonova bolest|Huntingtonovu bolest]]
* [[Malloryjevo tijelo|Malloryjeva tijela]] u [[alkoholna bolest jetre|alkoholnoj bolesti jetre]]
* [[Rosenthalova vlakna]] u [[astrocit]]ima

== Ljudski proteini sa ubik vitinskim domenom==
Ovdje su uključeni ubikvitinoliki protrini:

[[ANUBL1]];    [[BAG1]];      [[BAT3|BAT3/BAG6]];       [[C1orf131]];       [[DDI1 (gene)|DDI1]];      [[DDI2]];      [[FAU (gene)|FAU]];       [[HERPUD1]];   [[HERPUD2]];
[[HOPS]];      [[IKBKB]];     [[ISG15]];     [[LOC391257]]; [[MIDN]];      [[NEDD8]];     [[OASL]];      [[PARK2]];
[[RAD23A]];    [[RAD23B]];    [[RPS27A]];    [[Sacsin|SACS]];     8U [[SF3A1]];     [[SUMO1]];     [[SUMO2]];     [[SUMO3]];
[[SUMO4]];     [[TMUB1]];     [[TMUB2]];     [[UBA52]];     [[Ubiquitin B|UBB]];       [[Ubiquitin C|UBC]];       [[Ubiquitin D|UBD]];       [[UBFD1]];
[[UBL4]];      [[UBL4A]];     [[UBL4B]];     [[UBL7]];      [[UBLCP1]];    [[UBQLN1]];    [[UBQLN2]];    [[UBQLN3]];
[[UBQLN4]];    [[UBQLNL]];    [[UBTD1]];     [[UBTD2]];     [[UHRF1]];     [[UHRF2]];

== Predviđanje ubikvitinacije ==

Dostupni programi predviđanja su:
* '''UbiPred''' je [[SVM]]-zasnovani poslužitelj za predviđanje zasnovan na 31 fizičko-hemijskom svojstvu za predviđanje mjesta ubikvitinacije.<ref name="UbiPred paper">{{cite journal | vauthors = Tung CW, Ho SY | title = Computational identification of ubiquitylation sites from protein sequences | journal = BMC Bioinformatics | volume = 9 | pages = 310 | date = juli 2008 | pmid = 18625080 | pmc = 2488362 | doi = 10.1186/1471-2105-9-310 }}</ref>
* '''UbPred''' je [[random forest]]-zasnovani prediktor potencijalnih mjesta ubikvitinacije u proteinima. Obučeno je na kombiniranom skupu od 266 nepotrebnih eksperimentalno provjerenih mjesta ubikvitinacije, dostupnih iz izvedenih eksperimenata i u dvije velike studije proteomike.<ref name="UbPred paper">{{cite journal | vauthors = Radivojac P, Vacic V, Haynes C, Cocklin RR, Mohan A, Heyen JW, Goebl MG, Iakoucheva LM | title = Identification, analysis, and prediction of protein ubiquitination sites | journal = Proteins | volume = 78 | issue = 2 | pages = 365–80 | date = februar 2010 | pmid = 19722269 | pmc = 3006176 | doi = 10.1002/prot.22555 }}</ref>
* '''CKSAAP_UbSite''' je predviđanje zasnovano na SVM-u i koristi sastav k-razmaknutih parova aminokiselina koji okružuju mjesto upita (tj. bilo koji lizin u sekvenci upita) kao ulaz, koristi isti skup podataka kao i UbPred.<ref name="CKSAAP_UbSite paper">{{cite journal | vauthors = Chen Z, Chen YZ, Wang XF, Wang C, Yan RX, Zhang Z | title = Prediction of ubiquitination sites by using the composition of k-spaced amino acid pairs | journal = PLOS ONE | volume = 6 | issue = 7 | pages = e22930 | year = 2011 | pmid = 21829559 | pmc = 3146527 | doi = 10.1371/journal.pone.0022930 | bibcode = 2011PLoSO...622930C | editor1-last = Fraternali | editor1-first = Franca }}</ref>

== Također pogledajte==
* [[Autofagija]]
* [[Autofagin]]
* [[ERAD]]
* [[Prokariotski protein sličan ubikvitinu]]
* [[SUMO protein]]

== Reference ==
{{Reflist|33em}}

== Vanjski linkovi ==
* [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1144/  GeneReviews/NCBI/NIH/UW entry on Angelman syndrome]
* [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/105830,601623,105830,601623 OMIM entries on Angelman syndrome]
* [https://web.archive.org/web/20060324041127/http://www.ebi.uniprot.org/uniprot-srv/uniProtView.do?proteinAc=P62988 UniProt entry for ubiquitin]
* {{cite web |title=7.340 Ubiquitination: The Proteasome and Human Disease |year=2004 |work=MIT OpenCourseWare |url=http://ocw.mit.edu/courses/biology/7-340-ubiquitination-the-proteasome-and-human-disease-fall-2004/ }} Notes from MIT course.
* {{MeshName|Ubiquitin}}

{{Proteinska posttranslacijska modifikacija}}
{{Posttranslacijska modifikacija}}
{{Modulatori hemokinskih receptora}}
{{Authority control}}

[[Kategorija:Proteini]]
[[Kategorija:Posttranslacijske modifikacije]]
[[Kategorija:Struktura proteina]]