Zobrazení zdroje stránky Tandemová hmotnostní spektrometrie

== Fragmentace ==
Fragmentace iontů v&nbsp;plynné fázi je pro tandemovou hmotnostní spektrometrii důležitá; dochází k&nbsp;ní v&nbsp;různých fázích analýzy. K&nbsp;fragmentaci iontů se používají různé postupy, které se mohou lišit způsoby fragmentace a tedy i druhem informací o struktuře a složení molekul, která je možné pomocí nich získat.

=== Fragmentace ve zdroji ===
Často je samotná ionizace dostatečně silná na to, aby se fragmenty vytvářely už ve hmotnostním spektrometru. Pokud ionty produktu zůstanou v&nbsp;nerovnovážném stavu dostatečně dlouhou dobu před autodisociací, pak se jedná o metastabilní fragmentaci.<ref>{{Citace monografie
| titul = The IUPAC Compendium of Chemical Terminology: The Gold Book
| url = https://goldbook.iupac.org/
| editoři = Victor Gold
| vydání = 4
| vydavatel = International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC)
| místo = Research Triangle Park, NC
| doi = 10.1351/goldbook.p04864
| poznámka = DOI: 10.1351/goldbook
| jazyk = en
}}</ref> Fragmentaci ve zdroji lze v&nbsp;tandemové hmotnostní spektrometrii použít prostřednictvím metody EISA, při níž fragmentace přímo odpovídá datům z&nbsp;tandemové hmotnostní spektrometrie.<ref>{{Citace periodika | autor1 = Xavier Domingo-Almenara | autor2 = J. Rafael Montenegro-Burke | autor3 = Carlos Guijas | autor4 = Erica L.-W. Majumder | autor5 = H. Paul Benton | autor6 = Gary Siuzdak | titul = Autonomous METLIN-Guided In-source Fragment Annotation for Untargeted Metabolomics | periodikum = Analytical Chemistry | datum vydání = 2019-03-05 | strany = 3246–3253 | doi = 10.1021/acs.analchem.8b03126 | pmid = 30681830}}</ref>

Fragmenty pozorované při EISA mají vyšší intenzitu signálu než běžné fragmenty, které ztrácejí energii srážkami.<ref>{{Citace periodika | autoři = Jingchuan Xue, Xavier Domingo-Almenara, Carlos Guijas, Amelia Palermo, Markus M. Rinschen, John Isbell, H. Paul Benton, Gary Siuzdak | titul = Enhanced in-Source Fragmentation Annotation Enables Novel Data Independent Acquisition and Autonomous METLIN Molecular Identification | periodikum = Analytical Chemistry | datum vydání = 2020-04-21 | strany = 6051–6059 | doi = 10.1021/acs.analchem.0c00409 | pmid = 32242660}}</ref>

EISA umožňuje získat data o fragmentaci u MS1 hmotnostních analyzátorů, jako jsou přístroje založené na době letu a jednoduchá kvadrupólová zařízení. Fragmentace uvnitř zdroje se často používá k&nbsp;umožnění dvoukrokové fragmentace u pseudo MS<sup>3</sup>&nbsp;experimentů.<ref>{{Citace periodika | autor1 = R. Körner | autor2 = M. Wilm | autor3 = K. Morand | autor4 = M. Schubert | autor5 = M. Mann | titul = Nano electrospray combined with a quadrupole ion trap for the analysis of peptides and protein digests | periodikum = [[Journal of the American Society for Mass Spectrometry]] | rok vydání = 1996 | strany = 150–156 | doi = 10.1016/1044-0305(95)00626-5 | pmid = 24203235}}</ref>

=== Srážkami indukovaná disociace ===
Postzdrojová fragmentace se v&nbsp;tandemové hmotnostní spektrometrii používá nejčastěji. Energie se dodává iontům, které jsou již většinou vibračně excitované srážkami s&nbsp;neutrálními atomy nebo molekulami, absorpcí záření, nebo přenosy či záchyty elektronů ionty s&nbsp;vícenásobnými náboji. [[Srážkami indukovaná disociace]], také někdy nazývaná aktivovaná disociace, spočívá ve srážkách iontů s&nbsp;neutrálními částicemi v&nbsp;plynné fázi a následné disociaci iontů.<ref>{{Citace monografie | autor1 = J. M. Wells | autor2 = S. A. McLuckey | titul = Methods in Enzymology | url = https://archive.org/details/biologicalmasssp0402unse | rok vydání = 2005 | kapitola = Collision‐Induced Dissociation (CID) of Peptides and Proteins | strany = [https://archive.org/details/biologicalmasssp0402unse/page/148 148]–185 | isbn = 9780121828073 | doi = 10.1016/S0076-6879(05)02005-7}}</ref><ref name=pmid15481084>{{Citace periodika | autor1 = L. Sleno | autor2 = D. A. Volmer | titul = Ion activation methods for tandem mass spectrometry | periodikum = [[Journal of Mass Spectrometry]] | rok vydání = 2004 | strany = 1091–1112 | doi = 10.1002/jms.703 | pmid = 15481084 | bibcode = 2004JMSp...39.1091S}}</ref>

Tento proces lze popsat následujícím schématem:

:<chem>{AB+} + M -> {A} + {B+} + M</chem>

kde se ion AB<sup>+</sup> sráží s&nbsp;neutrální částicí M a poté se rozpadá. S&nbsp;ohledem na různé konfigurace přístroje se objevují dva hlavní typy disociace: ''(i)'' paprskový (kdy jsou ionty prekurzoru fragmentovány během letu)<ref>{{Citace periodika | autor1 = Y. Xia | autor2 = X. Liang | autor3 = S. A. McLuckey | titul = Ion trap versus low-energy beam-type collision-induced dissociation of protonated ubiquitin ions | periodikum = Analytical Chemistry | rok vydání = 2006 | strany = 1218–1227 | doi = 10.1021/ac051622b | pmid = 16478115}}</ref> a ''(ii)'' iontová past (při které jsou ionty prekurzoru nejprve zachyceny, a až poté fragmentovány).<ref>{{Citace periodika | autor = Raymond E. March | titul = An Introduction to Quadrupole Ion Trap Mass Spectrometry | periodikum = Journal of Mass Spectrometry | datum vydání = 1997-04-01 | strany = 351–369 | doi = 10.1002/(sici)1096-9888(199704)32:4<351::aid-jms512>3.0.co;2-y | bibcode = 1997JMSp...32..351M}}</ref><ref>{{Citace periodika | autor1 = M. Bantscheff | autor2 = M. Boesche Eberhard | autor3 = D. Bantscheff | autor4 = T. Matthieson | autor5 = G. Sweetman | autor6 = B. Kuster | titul = Robust and sensitive iTRAQ quantification on an LTQ Orbitrap mass spectrometer | periodikum = Molecular & Cellular Proteomics | rok vydání = 2008 | strany = 1702–1713 | doi = 10.1074/mcp.M800029-MCP200 | pmid = 18511480}}</ref>

Třetím, novějším, typem srážkami indukované disociace je srážková disociace při vyšších energiích (HCD). Jedná se o techniku specifickou pro [[orbitrap]]ové hmotnostní spektrometry, u nichž fragmentace probíhá mimo iontovou past,<ref name=pmid17721543>{{Citace periodika | autor1 = J. V. Olsen | autor2 = B. Macek | autor3 = O. Lange | autor4 = A. Makarov | autor5 = S. Horning | autor6 = M. Mann | titul = Higher-energy C-trap dissociation for peptide modification analysis | periodikum = Nature Methods | rok vydání = 2007 | strany = 709–712 | doi = 10.1038/nmeth1060 | pmid = 17721543}}</ref><ref>{{Citace periodika | autoři = M. W Senko, R. M. Remes, J. D. Canterbury, R. Mathur, Q. Song, S. M. Eliuk, C. Mullen, L. Earley, M. Hardman, J. D. Blethrow, H. Bui, A. Specht, O. Lange, E. Denisov, A. Makarov, S. Horning, V. Zabrouskov | titul = Novel parallelized quadrupole/linear ion trap/Orbitrap tribrid mass spectrometer improving proteome coverage and peptide identification rates | periodikum = Analytical Chemistry | rok vydání = 2013 | strany = 11710–11714 | doi = 10.1021/ac403115c | pmid = 24251866}}</ref> proces probíhá v&nbsp;HCD komorách (v&nbsp;některých přístrojích nazývaných "iontové směrovací multipóly").<ref>{{Citace periodika | autor1 = N. M. Riley | autor2 = M. S. Westphall | autor3 = J. J. Coon | titul = Activated Ion-Electron Transfer Dissociation Enables Comprehensive Top-Down Protein Fragmentation | periodikum = Journal of Proteome Research | rok vydání = 2017 | strany = 2653–2659 | doi = 10.1021/acs.jproteome.7b00249 | pmid = 28608681}}</ref>

HCD je fragmentační metoda typu iontové pasti, která má určité vlastnosti odpovídající paprskovému typu.<ref>{{Citace periodika | autor1 = N. Nagaraj | autor2 = R. C. D'Souza | autor3 = J. Cox | autor4 = J. V. Olsen | autor5 = M. Mann | titul = Feasibility of large-scale phosphoproteomics with higher energy collisional dissociation fragmentation | periodikum = Journal of Proteome Research | rok vydání = 2010 | strany = 6786–6794 | doi = 10.1021/pr100637q | pmid = 20873877}}</ref><ref>{{Citace periodika | autoři = M. Jora, A. P. Burns, R. L. Ross, P. A. Lobue, R. Zhao, C. M. Palumbo, P. A. Beal, b. Addepalli, P. A. Limbach | titul = Differentiating Positional Isomers of Nucleoside Modifications by Higher-Energy Collisional Dissociation Mass Spectrometry (HCD MS) | periodikum = Journal of the American Society for Mass Spectrometry | rok vydání = 2018 | strany = 1745–1756 | doi = 10.1007/s13361-018-1999-6 | pmid = 29949056 | bibcode = 2018JASMS..29.1745J}}</ref> Existují volně dostupné databáze pro tandemovou hmotnostní spektrometrii, jako například METLIN, zahrnující 850&nbsp;000 molekulových standardů s&nbsp;příslušnými experimentálními CID MS/MS daty);<ref>{{Citace elektronické monografie | titul = Article Metrics - METLIN MS 2 molecular standards database: a broad chemical and biological resource | url = https://www.nature.com/articles/s41592-020-0942-5/metrics | issn = 1548-7105}}</ref> obvykle se využívají k&nbsp;identifikaci menších molekul.

=== Záchyt a přenos elektronů ===
Energie uvolněná při záchytu elektronů na vícenásobně nabitých iontech či při přenosu elektronů mezi nimi může způsobovat fragmentaci.

==== Disociace záchytem elektronu ====
Pokud je [[elektron]] zachycen vícenásobně nabitým kladným iontem, tak se uvolní [[Coulombův zákon|Coulombova energie]]; příslušný proces se nazývá [[disociace záchytem elektronu]] (ECD):<ref>{{Citace periodika | autor1 = H. J. Cooper | autor2 = K. Håkansson | autor3 = A. G. Marshall | titul = The role of electron capture dissociation in biomolecular analysis | periodikum = Mass Spectrometry Reviews | rok vydání = 2005 | strany = 201–222 | doi = 10.1002/mas.20014 | pmid = 15389856 | bibcode = 2005MSRv...24..201C}}</ref>

:<math chem>[\ce M + n\ce H]^{n+} + \ce{e^- ->} \left[ [\ce M + (n-1)\ce H]^{(n-1)+} \right]^* \ce{-> fragments}</math>

kde M je vícekrát protonovaná molekula.

==== Disociace přenosem elektronů ====
Navázání elektronu při reakci dvou iontů se nazývá [[disociace přenosem elektronu]] (ETD).<ref name=pmid15210983>{{Citace periodika | autor1 = J. E. Syka | autor2 = J. J. Coon | autor3 = M. J. Schroeder | autor4 = J. Shabanowitz | autor5 = D. F. Hunt | titul = Peptide and protein sequence analysis by electron transfer dissociation mass spectrometry | periodikum = Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America | rok vydání = 2004 | strany = 9528–9533 | doi = 10.1073/pnas.0402700101 | pmid = 15210983 | bibcode = 22004PNAS..101.9528S}}</ref><ref>{{Citace periodika | autor1 = L. M. Mikesh | autor2 = B. Ueberheide | autor3 = A. Chi | autor4 = J. J. Coon | autor5 = J. E. Syka | autor6 = J. Shabanowitz | autor7 = D. F. Hunt | titul = The utility of ETD mass spectrometry in proteomic analysis | periodikum = Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics | rok vydání = 2006 | strany = 1811–1822 | doi = 10.1016/j.bbapap.2006.10.003 | pmid = 17118725}}</ref>

Podobně jako u disociace záchytem elektronu ETD vyvolává fragmentaci kationtů (například peptidových nebo bílkovinových) přenášením [[elektron]]ů na tyto částice. Tuto metodu objevili [[Donald F. Hunt]], [[Joshua Coon]], John E. P. Syka a Jarrod Marto na [[University of Virginia|Univerzitě ve Virginii]].<ref>{{Citace elektronického periodika
| titul = US7534622B2 Electron transfer dissociation for biopolymer sequence mass spectrometric analysis
| periodikum = worldwide.espacenet.com
| url = https://worldwide.espacenet.com/patent/search/family/034962576/publication/US7534622B2?q=pn=US7534622
| datum přístupu = 2023-12-24
}}</ref>

ETD nevyužívá volné elektrony, ale radikálové anionty (odvozené například od [[anthracen]]u či [[azobenzen]]u):

:<math chem>[\ce M + n\ce H]^{n+} + \ce{A^- ->} \left[ [\ce M + (n-1)\ce H]^{(n-1)+} \right]^* + \ce{A -> fragments}</math>

kde A je anion.<ref>{{Citace periodika | autor1 = S. A. McLuckey | autor2 = J. L. Stephenson | titul = Ion/ion chemistry of high-mass multiply charged ions | periodikum = [[Mass Spectrometry Reviews]] | rok vydání = 1998 | strany = 369–407 | url = https://zenodo.org/record/1235512 | doi = 10.1002/(SICI)1098-2787(1998)17:6<369::AID-MAS1>3.0.CO;2-J | pmid = 10360331 | bibcode = 1998MSRv...17..369M}}</ref>
 
ETD způsobuje štěpení náhodně podél hlavního peptidového řetězce (za vzniku c- a z&nbsp;iontů), zatímco vedlejší řetězce a modifikace, jako je fosforylace, jí zasaženy nejsou. Technika dobře funguje pouze u iontů s&nbsp;většími náboji (z>2), ovšem podobně jako u srážkami vyvolávané disociace (CID) lze pomocí ETD fragmentovat i větší peptidy až bílkoviny, což má využití v&nbsp;proteomice. Podobně jako ECD je ETD dobře využitelnou metodou u peptidů s&nbsp;[[posttranslační modifikace|posttranslačními modifikacemi]], jako je fosforylace.<ref>{{Citace periodika | autoři = A. Chi, C. Huttenhower, L. Y. Geer, J. J. Coon, J. E. Syka, D. L. Bai, J. Shabanowitz, D. J. Burke, O. G. Troyanskaya, D. F. Hunt | titul = Analysis of phosphorylation sites on proteins from Saccharomyces cerevisiae by electron transfer dissociation (ETD) mass spectrometry | periodikum = Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America | rok vydání = 2007 | strany = 2193–2198 | doi = 10.1073/pnas.0607084104 | pmid = 17287358 | bibcode = 2007PNAS..104.2193C}}</ref>

Disociace přenosem elektronů a disociace srážkami s&nbsp;vyšší energií (EThcD) je kombinací ETD a HCD, kde peptidový prekurzor vstupuje do iontovo/iontových reakcí s&nbsp;anionty [[fluoranthen]]u v&nbsp;[[lineární iontová past|lineární iontové pasti]], která vytváří c- a z-ionty.<ref name=pmid15210983/><ref>{{Citace periodika | autor1 = C. K. Frese | autor2 = A. F. Altelaar | autor3 = H. van den Toorn | autor4 = D. Nolting | autor5 = J. Griep-Raming | autor6 = A. J. Heck | autor7 = S. Mohammed | titul = Toward full peptide sequence coverage by dual fragmentation combining electron-transfer and higher-energy collision dissociation tandem mass spectrometry | periodikum = Analytical Chemistry | rok vydání = 2012 | strany = 9668–9673 | doi = 10.1021/ac3025366 | pmid = 23106539}}</ref>

V&nbsp;druhém kroku se použije HCD fragmentace na všechny ionty vytvořené pomocí ETD, čímž vzniknou b- a y&nbsp;ionty, jež jsou nakonec analyzovány v&nbsp;orbitrapovém analyzátoru.<ref name=pmid17721543/> Při této metodě se používá dvojí fragmentace, protože se tvoří velké množství iontů a MS/MS spektra jsou tak bohatá na data využitelná při sekvencování peptidů a hledání posttranslačních modifikací.<ref>{{Citace periodika | autor1 = C. K. Frese | autor2 = H. Zhou | autor3 = T. Taus | autor4 = K. Mechtler | autor5 = A. J. Heck | autor6 = S. Mohammed | titul = Unambiguous phosphosite localization using electron-transfer/higher-energy collision dissociation (EThcD) | periodikum = Journal of Proteome Research | rok vydání = 2013 | strany = 1520–1525 | doi = 10.1021/pr301130k | pmid = 23347405}}</ref>

==== Negativní disociace s přenosem elektronů ====
Fragmentace také může probíhat u deprotonovaných částic, kdy z&nbsp;nich elektrony přecházejí na kationtové reaktanty v&nbsp;procesu nazývaném negativní disociace s přenosem elektronů (NETD):<ref>{{Citace periodika | autor1 = J. J. Coon | autor2 = J. Shabanowitz | autor3 = D. F. Hunt | autor4 = J. E. Syka | titul = Electron transfer dissociation of peptide anions | periodikum = Journal of the American Society for Mass Spectrometry | rok vydání = 2005 | strany = 880–882 | doi = 10.1016/j.jasms.2005.01.015 | pmid = 15907703}}</ref>

:<math chem>[\ce M-n\ce H]^{n-} + \ce{A+ ->} \left[ [\ce M-n\ce H]^{(n+1)-} \right]^* + \ce{A -> fragments}</math>

Po této reakci u aniontu dojde ke vnitřnímu přesmyku a fragmentaci. NETD je iont/iontovou obdobou [[disociace odštěpením elektronů]] (EDD).

NETD je možné použít k&nbsp;fragmentaci peptidů podél hlavního řetězce na vazbách C<sub>α</sub>-C. Vzniklé fragmenty jsou obvykle typu a<sup>•</sup>- a x.

==== Disociace odštěpením elektronů ====
Disociace odštěpením elektronů (EDD) slouží k&nbsp;fragmentaci aniontů.<ref>{{Citace periodika | autor1 = B. A. Budnik | autor2 = K. F. Haselmann | autor3 = R. A. Zubarev | titul = Electron detachment dissociation of peptide di-anions: an electron–hole recombination phenomenon | periodikum = [[Chemical Physics Letters]] | rok vydání = 2001 | strany = 299–302 | doi = 10.1016/S0009-2614(01)00501-2 | bibcode = 2001CPL...342..299B}}</ref>

Jedná se o protipól disociace záchytem elektronů. Záporně nabité ionty se aktivují ozářením elektrony se středně vysokými kinetickými energiemi. Dojde tak k&nbsp;odštěpení elektronů z&nbsp;původní iontové molekuly a v&nbsp;důsledku rekombinace k&nbsp;disociaci.

==== Disociace přenosem náboje ====
Reakce kladně nabitých peptidů s&nbsp;kationtovými reaktanty,<ref>{{Citace periodika | autor1 = K. Chingin | autor2 = A. Makarov | autor3 = E. Denisov | autor4 = O. Rebrov | autor5 = R. A. Zubarev | titul = Charge transfer dissociation (CTD) mass spectrometry of peptide cations using kiloelectronvolt helium cations | periodikum = Analytical Chemistry | rok vydání = 2014 | strany = 372–379 | doi = 10.1021/ac403193k | pmid = 24236851}}</ref> známá jako disociace přenosem náboje (CTD),<ref>{{Citace periodika | autor1 = W. D. Hoffmann | autor2 = G. P. Jackson | titul = Fragmentation of positively-charged biological ions activated with a beam of high-energy cations | periodikum = Journal of the American Society for Mass Spectrometry | rok vydání = 2014 | strany = 1939–1943 | doi = 10.1007/s13361-014-0989-6 | pmid = 25231159 | bibcode = 2014JASMS..25.1939H}}</ref> byla uznána za alternativní metodu vysokoenergetické fragmentace peptidových iontů s&nbsp;nízkými náboji (+1 nebo +2). Navržený mechanismus CTD s&nbsp;využitím heliových kationtů jako reaktantů vypadá takto:

:<math chem>\ce{{[{M}+H]^1+} + He+ ->} \left[ \ce{[{M}+H]^2+} \right]^* + \ce{He^0 -> fragments}</math>

Bylo zjištěno, že CTD vyvolává C<sub>α</sub>-C štěpení vazeb na hlavních řetězcích peptidů a vznikají při něm ionty druhu a<sup>•</sup>- a x.

=== Fotodisociace ===
Energii potřebnou k&nbsp;fragmentaci může dodat [[foton]], jehož absorpcí dojde k&nbsp;[[fotodisociace|fotodisociaci]] iontu podle následujícího schématu:

:<chem>{AB+} + \mathit{h\nu} -> {A} + B+</chem>

kde <math>h\nu</math> je foton absorbovaný iontem. Lze použít ultrafialové lasery, které však způsobují nadměrnou fragmentaci.<ref>{{Citace monografie | autor1 = J. W. Morgan | autor2 = J. M. Hettick | autor3 = D. H. Russell | titul = Peptide sequencing by MALDI 193-nm photodissociation TOF MS | url = https://archive.org/details/biologicalmasssp0402unse | rok vydání = 2005 | kapitola = Peptide Sequencing by MALDI 193‐nm Photodissociation TOF MS | strany = [https://archive.org/details/biologicalmasssp0402unse/page/186 186]–209 | isbn = 9780121828073 | doi = 10.1016/S0076-6879(05)02006-9 | pmid = 16401510}}</ref>

==== Vícefotonová infračervená disociace ====
Fotony [[infračervené záření|infračerveného záření]] při absorbování v&nbsp;dostatečném množství zahřívají ionty a způsobují jejich disociaci. Tento proces se nazývá [[vícefotonová infračervená disociace]] (IRMPD) a obvykle se provádí pomocí [[CO2 laser|CO<sub>2</sub> laseru]] a hmotnostního spektrometru s&nbsp;iontovou pastí, například [[cyklotronová rezonance iontů s Fourierovou transformací|FTMS]].<ref>{{Citace periodika | autor1 = D. P. Little | autor2 = J. P. Speir | autor3 = M. W. Senko | autor4 = P. B. O'Connor | autor5 = F. W. McLafferty | titul = Infrared multiphoton dissociation of large multiply charged ions for biomolecule sequencing | periodikum = Analytical Chemistry | rok vydání = 1994 | strany = 2809–2815 | doi = 10.1021/ac00090a004 | pmid = 7526742}}</ref>

==== Disociace infračerveným zářením černého tělesa ====
[[Záření černého tělesa]] lze využít k&nbsp;fotodisociaci v&nbsp;metodě nazývané disociace infračerveným zářením černého tělesa.<ref name=pmid16525512>{{Citace periodika | autor1 = P. D. Schnier | autor2 = W. D. Price | autor3 = R. A. Jockusch | autor4 = E. R. Williams | titul = Blackbody infrared radiative dissociation of bradykinin and its analogues: energetics, dynamics, and evidence for salt-bridge structures in the gas phase | periodikum = [[Journal of the American Chemical Society]] | rok vydání = 1996 | strany = 7178–4189 | doi = 10.1021/ja9609157 | pmid = 16525512}}</ref>

Při této metodě se vakuová komora hmotnostního spektrometru zahřívá a vyzařuje tak infračervené záření. Toto záření vyvolává vibrace iontů, které nakonec vedou k&nbsp;zániku vazeb a tvorbě fragmentů.<ref name="pmid16525512"/><ref>{{Citace periodika | autor = R. C. Dunbar | titul = BIRD (blackbody infrared radiative dissociation): evolution, principles, and applications | periodikum = Mass Spectrometry Reviews | rok vydání = 2004 | strany = 127–158 | doi = 10.1002/mas.10074 | pmid = 2004MSRv...23..127D}}</ref>

Tento postup se podobá vícefotonové infračervené disociaci, při které se ovšem infračervené záření získává jiným způsobem.<ref name=pmid15481084/> Obvykle se používá společně s&nbsp;cyklotronovou rezonancí iontů s&nbsp;[[Fourierova transformace|Fourierovou transformací]].

=== Povrchem indukovaná disociace ===
Při povrchem indukované disociaci (SID) je fragmentace způsobována srážkami iontů s&nbsp;povrchem ve vysokém vakuu.<ref>{{Citace periodika | autor1 = Verena Grill | autor2 = Jianwei Shen | autor3 = Chris Evans | autor4 = R. Graham Cooks | titul = Collisions of ions with surfaces at chemically relevant energies: Instrumentation and phenomena | periodikum = Review of Scientific Instruments | rok vydání = 2001 | strany = 3149 | doi = 10.1063/1.1382641 | bibcode = 2001RScI...72.3149G}}</ref><ref>{{Citace periodika | autor = M. Mabud | titul = Surface-induced dissociation of molecular ions | periodikum = International Journal of Mass Spectrometry and Ion Processes | rok vydání = 1985 | strany = 285–294 | doi = 10.1016/0168-1176(85)83024-X | bibcode = 1985IJMSI..67..285M}}</ref>

SID lze použít k&nbsp;fragmentaci mnoha různých iontů. Původně se tato metoda běžně používala pouze u iontů s&nbsp;nízkými molekulovými hmotnostmi a s&nbsp;jednotkovými náboji, protože metody ionizace a hmotnostní analýzy ještě nebyly dostatečně vyvinuté ke zkoumání iontů s&nbsp;vysokým m/z. Postupně se však začaly používat jednovrstvé povrchy SAM tvořené CF<sub>3</sub>(CF<sub>2</sub>)<sub>10</sub>CH<sub>2</sub>CH<sub>2</sub>S na vrstvě zlata. SAM jsou pro tento účel vhodné, protože mají vysoké efektivní hmotnosti při srážkách s&nbsp;ionty a navíc jsou tvořeny nereaktivními fluorouhlovodíkovými řetězci, které výrazně snižují energie dopadajících iontů. Fluorouhlovodíky taktéž omezují přenos elektronů z&nbsp;povrchu kovu na ionty.<ref name=Surface-Induced-Dissociation:AnEﬀ>{{Citace periodika | autor1 = Alyssa Stiving | autor2 = Zachary VanAernum | autor3 = Florian Busch | autor4 = Sophie Harvey | autor5 = Samantha Sarni | autor6 = Vicki Wysocki | titul = Surface-Induced Dissociation: An Eﬀective Method for Characterization of Protein Quaternary Structure | periodikum = Analytical Chemistry | datum vydání = 2018-11-09 | strany = 190–191 | doi = 10.1021/acs.analchem.8b05071 | pmid = 30412666}}</ref>

Možností SID vytvářet stabilní subkomplexy, které poskytují využitelné informace o struktuře, nelze dosáhnout žádnou jinou známou technikou. Díky tomu, že jsou tyto komplexy stabilní a zachovávají rozdělení náboje na fragmentu, tak lze získat jedinečná spektra s&nbsp;komplexy majícími užší rozdělení m/z. Produkty této metody a jejich energie odpovídají vždy síle a topologii komplexu. Jedinečné vzory disociace umožňují zjistit kvaternární struktury. Symetrické rozdělení náboje a disociace jsou typické pro SID a mají za následek spektra odlišná od ostatních disociačních jednotek.<ref name=Surface-Induced-Dissociation:AnEﬀ/>

SID lze využít i ve i[[hmotnostní spektrometrie iontové pohyblivosti|hmotnostní spektrometrii iontové pohyblivosti]] (IM-MS). Objevuje se zde trojice metod, pro určení topologie, propojení podjednotek, a rozvinování struktury. Analýza rozvinování struktury je nejčastějším způsobem využití SID. U hmotnostní spektrometrie iontové pohyblivosti (IM-MS) SID slouží k&nbsp;disociaci zdrojů aktivovaných prekurzorů tří různých typů proteinových komplexů: C-reaktivního proteinu (CRP), transthyretinu (TTR) and konkanavalinu&nbsp;A (Con A). Při analýze míry rozvinování SID zobrazuje strukturu prekurzorových iontů před srážkou s&nbsp;povrchem. IM-MS využívá SID jako způsob potvrzení struktury každé podjednotky.<ref>{{Citace periodika | autor1 = Royston S. Quintyn | autor2 = Mowei Zhou | autor3 = Jing Yan | autor4 = Vicki H. Wysocki | titul = Surface-Induced Dissociation Mass Spectra as a Tool for Distinguishing Different Structural Forms of Gas-Phase Multimeric Protein Complexes | periodikum = Analytical Chemistry | datum vydání = 2015-12-01 | strany = 11 879 – 11 886 | issn = 0003-2700 | doi = 10.1021/acs.analchem.5b03441 | pmid = 26499904}}</ref>

Cyklotronovou rezonancí s&nbsp;Fourierovou transformací (FTICR) je možné získat velmi vysoké rozlišení a vysokou hmotnostní přesnost. Díky těmto vlastnostem jsou FTICR hmotnostní spektrometry užitečné v&nbsp;mnoha oblastech, jako jsou některé disociační experimenty,<ref>{{Citace periodika | autor1 = Julia Laskin | autor2 = Jean H. Futrell | titul = Activation of large lons in FT-ICR mass spectrometry | periodikum = Mass Spectrometry Reviews | rok vydání = 2005 | strany = 135–167 | url = https://zenodo.org/record/1229281 | issn = 0277-7037 | doi = 10.1002/mas.20012 | pmid = 15389858 | bibcode = 2005MSRv...24..135L}}</ref> jako jsou srážkami indukovaná disociace (CID) a disociace přenosem elektronů (ETD).<ref>{{Citace periodika | autoři = Desmond A. Kaplan, Ralf Hartmer, J. Paul Speir, Carsten Stoermer, Dmitry Gumerov, Michael L. Easterling, Andreas Brekenfeld, Taeman Kim, Frank Laukien, Melvin A. Park | titul = Electron transfer dissociation in the hexapole collision cell of a hybrid quadrupole-hexapole Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometer | periodikum = Rapid Communications in Mass Spectrometry | rok vydání = 2008 | strany = 271–278 | issn = 0951-4198 | doi = 10.1002/rcm.3356 | pmid = 18181247 | bibcode = 2008RCMS...22..271KL}}</ref> FTICR s&nbsp;povrchem indukovanou disociací byl využit při výzkumu fragmentace peptidů, konkrétně šlo o energetiku a kinetiku fragmentace v&nbsp;plynné fázi uvnitř ICR přístroje.<ref>{{Citace periodika | autor = Julia Laskin | titul = Surface-Induced Dissociation: A Unique Tool for Studying Energetics and Kinetics of the Gas-Phase Fragmentation of Large Ions | periodikum = European Journal of Mass Spectrometry | rok vydání = 2015 | strany = 377–389 | issn = 1469-0667 | doi = 10.1255/ejms.1358 | pmid = 26307719}}</ref>

Díky tomuto experimentu byla lépe prozkoumaná fragmentace protonovaných peptidů, peptidových iontů s&nbsp;lichým počtem elektronů, nekovalentních ligand-peptidových komplexů a ligandovaných shluků kovů.