Nicht immer steht direkt ein Molekülbaukasten griffbereit, der es ermöglicht, ein Molekül kurzerhand aus allen Winkeln zu betrachten. Außerdem können Moleküle aus zig Atomen bestehen, sodass es deutlich einfacher ist, sie am Computer zu visualisieren. An dieser Stelle ersetzt der Moleküleditor Avogadro 2 den Baukasten und erstellt anhand von SMILES- Strings komplexe Verbindungen. Um die Software richtig zu nutzen, sollten Sie einerseits Experimentierfreude mitbringen und andererseits einschlägige Literatur wie das E-Book„Learning Avogadro: The Molecular Editor“ zu Hilfe nehmen.
Hinter Avogadro 2 verbirgt sich ein plattformübergreifendes C++-Programm, das sich als Linux-Variante bereits in den Repositories der gängigen Distributionen findet. Unter Ubuntu richten Sie das Programm beispielsweise mit dem Befehl aus Listing 1 ein. Alternativ gibt es auch ein entsprechendes Appimage .
Moleküle zeichnen
Unter Avogadro 2 empfiehlt es sich, Moleküle anhand von SMILES- oder InChI- Strings zu erzeugen. Solche Repräsentationen chemischer Strukturen als Zeichenketten finden Sie auf diversen Webseiten, etwa PubChem Unter | geben Sie die gültigen String-Repräsentationen der Moleküle ein unddas Molekül bauen.
