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*Art der vorrangig verdauten Nukleinsäureart: RNA ([[Ribonuklease|Ribonukleasen]]), DNA ([[Desoxyribonuklease|Desoxyribonukleasen]]), RNA und DNA (keine spezielle Bezeichnung).
*Art der Sekundärstruktur des Substrates: Einzelstränge, Doppelstränge, Einzelstränge und Doppelstränge.
*Art des Verdaus: Abbau vom Ende her ([[Exonuklease|Exonukleasen]]), interner SchittSchnitt ([[Endonuklease|Endonukleasen]]), externer Abbau und interne Schnitte.
*Angriffsort im Zucker-Phosphat-Gerüst: zwischen Phosphat und 5'-Ort der (Desoxy-)Ribose, zwischen Phosphat und 3'-Ort der (Desoxy-)Ribose.
*Rolle einer bestimmten Basenfolge: sequenzspezifisch, sequenzunspezifisch.
*Herkunft: natürlich vorkommende Nukleasen, rekombinante Nukleasen (gentechnisch hergestellt).
 
Zumeist werden Nukleasen nach ihrer Herkunft benannt. Dazu werden die natürlich vorkommenden Nukleasen häufig nach der Art des Organismus aus dem sie stammen benannt und in der Reihenfolge ihrer Isolation und Charakterisierung nummeriert. So ist ''Eco''RI die ''I.'' Restriktionsendonuklease aus dem Bakterienstamm "''Escherichia coli'' R".
 
==Beispiele==