Πρωτεΐνωμα: Διαφορά μεταξύ των αναθεωρήσεων
Περιεχόμενο που διαγράφηκε Περιεχόμενο που προστέθηκε
Χωρίς σύνοψη επεξεργασίας |
μ μικρά... |
||
| (19 ενδιάμεσες εκδόσεις από 3 χρήστες δεν εμφανίζονται) | |||
| Γραμμή 1: | Γραμμή 1: | ||
[[Αρχείο:GenomeTranscriptomeProteome_el.svg|μικρογραφία|Δομή πρωτεϊνώματος σε σχέση με το μεταγράφωμα και το γονιδίωμα.|εναλλ.=|350px]] |
|||
Με τον όρο '''πρωτεΐνωμα''' (εσφαλ. '''πρωτέωμα''' από το [[αγγλική γλώσσα|αγγλικό]] ''proteome'') ονομάζεται το [[σύνολο]] των [[Πρωτεΐνη|πρωτεϊνών]] σε έναν [[Οργανισμός (βιολογία)|ζωντανό οργανισμό]], έναν [[Ιστός (βιολογία)|ιστό]], ένα σύνολο [[κύτταρο|κυττάρων]] ή ακόμα και σε ένα μεμονωμένο κύτταρο<ref>{{Cite web|url=https://texnologia.net/moriakos-anichneftis-chartografei-ti-lanthasmeni-katastasi-sto-proteoma-se-zontana-kyttara/2020/01|title=Μοριακός ανιχνευτής χαρτογραφεί τη λανθασμένη κατάσταση στο Πρωτέωμα σε ζωντανά κύτταρα|last=Θεοδωρίδης|first=Στέλιος|ημερομηνία=2020-01-09|website=Texnologia.net Νέα, ενημέρωση & ειδήσεις στην τεχνολογία|language=el|accessdate=2020-01-14}}</ref> κάτω υπό ακριβείς συνθήκες και σε συγκεκριμένο χρόνο. |
|||
| ⚫ | <span data-segmentid="20" class="cx-segment">Στα [[βακτήριο|βακτηριακά]] κύτταρα, το πρωτεΐνωμα περιλαμβάνει περίπου 1.000 έως 10.000 διαφορετικούς τύπους πρωτεϊνικών μορίων, ανάλογα με το είδος. Στους [[άνθρωπος|ανθρώπους]] (βλ. «ανθρώπινο πρωτεΐνωμα») υπολογίζεται ότι εμπλέκονται μεταξύ 500.000 και 1.000.000 πρωτεϊνικά είδη.</span> |
||
[[Αρχείο:Proteom.png|μικρογραφία| proteome ]]{{Σε χρήση}} |
|||
Το σύνολο των [[Πρωτεΐνη|πρωτεϊνών]] σε έναν [[Οργανισμός (βιολογία)|ζωντανό οργανισμό]], έναν [[Ιστός (βιολογία)|ιστό]], ένα [[κύτταρο]] ή ένα σύνολο κυττάρων υπό ακριβείς συνθήκες και σε συγκεκριμένο χρόνο ονομάζεται '''πρωτέωμα''' (για παράδειγμα, ανθρώπινο πρωτέωμα). |
|||
| ⚫ | |||
== Μέγεθος και περιεχόμενο == |
== Μέγεθος και περιεχόμενο == |
||
Το |
Το πρωτεΐνωμα μπορεί να είναι μεγαλύτερο από το [[γονιδίωμα]], ειδικά σε [[ευκαρυωτικά κύτταρα]], καθώς περισσότερες από μία πρωτεΐνες μπορούν να παραχθούν από ένα [[γονίδιο]] (π.χ. το ανθρώπινο πρωτεΐνωμα αποτελείται από 92.179 πρωτεΐνες από τις οποίες 71.173 είναι παραλλαγές άλλων).<ref>{{cite journal|title=UniProt: a hub for protein information|journal=Nucleic Acids Research|issue=D1|doi=10.1093/nar/gku989|year=2014|volume=43|pages=D204–D212|issn=0305-1048|pmc=4384041|pmid=25348405}}</ref> Από την άλλη πλευρά, αρκετά γονίδια δεν [[μετάφραση (βιολογία)|μεταφράζονται]] στις πρωτεΐνες και πολλά γνωστά γονίδια κωδικοποιούν μόνο το [[RNA]] που είναι το τελικό λειτουργικό προϊόν. Επιπλέον, το πλήρες μέγεθος των πρωτεϊνωμάτων ποικίλει ανάλογα με το [[βασίλειο (βιολογία)|βασίλειο]] ζωής. Για παράδειγμα, οι [[Ευκαρυωτικά κύτταρα|ευκαρυώτες]], τα [[Βακτήριο|βακτηρίδια]], τα [[αρχαία]] και οι [[Ιός|ιοί]] έχουν κατά μέσο όρο 15.145, 3.200, 2.358 και 42 πρωτεΐνες αντίστοιχα κωδικοποιημένες στα γονιδιώματά τους.<ref>{{cite journal|title=Proteome-''pI'': proteome isoelectric point database|last1=Kozlowski|first1=LP|date=26 October 2016|journal=Nucleic Acids Research|issue=D1|doi=10.1093/nar/gkw978|volume=45|pages=D1112–D1116|pmc=5210655|pmid=27789699}}</ref> |
||
Ο όρος «σκοτεινό πρωτεΐνωμα» που δημιουργήθηκε από τον Περντιγκάο και τους συνεργάτες του ορίζει περιοχές πρωτεϊνών που δεν έχουν ανιχνεύσιμη [[ομολογία (βιολογία)|ομολογία]] [[αλληλουχία αμινοξέων|αλληλουχίας]] με άλλες πρωτεΐνες γνωστής τρισδιάστατης δομής και συνεπώς δεν μπορούν να μοντελοποιηθούν με ομολογία. Για 546.000 πρωτεΐνες Σουίς-Προτ, το 44-54% του πρωτεϊνώματος σε ευκαρυωτικά κύτταρα και ιούς βρέθηκε να είναι «σκοτεινό», σε σύγκριση με μόλις ~ 14% στα αρχαία και τα βακτήρια.<ref>{{cite journal|url=http://www.pnas.org/content/112/52/15898.abstract.html|title=Unexpected features of the dark proteome|last1=Perdigão|first1=Nelson|journal=PNAS|issue=52|doi=10.1073/pnas.1508380112|year=2015|volume=112|pages=15898–15903|bibcode=2015PNAS..11215898P|pmc=4702990|pmid=26578815|display-authors=etal}}</ref> |
|||
== Δείτε επίσης == |
|||
*[[Γονιδίωμα]], σύνολο [[γονίδιο|γονιδίων]] και μη κωδικοποιητικού DNA |
|||
*[[Μεταγράφωμα]], σύνολο [[μετάγραφο|μεταγράφων]] (το μετάγραφο) |
|||
*[[Μεταβολίτωμα]], σύνολο [[μεταβολίτης|μεταβολιτών]] |
|||
*[[Πρωτεϊνωματική]] |
|||
The term “dark proteome" coined by Perdigão and colleagues, defines regions of proteins that have no detectable [[sequence homology]] to other proteins of known three-dimensional structure and therefore cannot be [[Homology modeling|modeled by homology]]. For 546,000 Swiss-Prot proteins, 44–54% of the proteome in [[Eukaryote|eukaryotes]] and viruses was found to be "dark", compared with only ∼14% in [[archaea]] and [[bacteria]].<ref>{{cite journal|url=http://www.pnas.org/content/112/52/15898.abstract.html|title=Unexpected features of the dark proteome|last1=Perdigão|first1=Nelson|journal=PNAS|issue=52|doi=10.1073/pnas.1508380112|year=2015|volume=112|pages=15898–15903|bibcode=2015PNAS..11215898P|pmc=4702990|pmid=26578815|display-authors=etal}}</ref> |
|||
== Παραπομπές == |
== Παραπομπές == |
||
<references /> |
|||
[[Κατηγορία:Βιολογία συστημάτων]] |
[[Κατηγορία:Βιολογία συστημάτων]] |
||
[[Κατηγορία:Βιοχημεία]] |
[[Κατηγορία:Βιοχημεία]] |
||
[[Κατηγορία:Pages with unreviewed translations]] |
|||
Τρέχουσα έκδοση από την 05:55, 20 Ιανουαρίου 2024
Με τον όρο πρωτεΐνωμα (εσφαλ. πρωτέωμα από το αγγλικό proteome) ονομάζεται το σύνολο των πρωτεϊνών σε έναν ζωντανό οργανισμό, έναν ιστό, ένα σύνολο κυττάρων ή ακόμα και σε ένα μεμονωμένο κύτταρο[1] κάτω υπό ακριβείς συνθήκες και σε συγκεκριμένο χρόνο.
Στα βακτηριακά κύτταρα, το πρωτεΐνωμα περιλαμβάνει περίπου 1.000 έως 10.000 διαφορετικούς τύπους πρωτεϊνικών μορίων, ανάλογα με το είδος. Στους ανθρώπους (βλ. «ανθρώπινο πρωτεΐνωμα») υπολογίζεται ότι εμπλέκονται μεταξύ 500.000 και 1.000.000 πρωτεϊνικά είδη.
Μέγεθος και περιεχόμενο
[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]Το πρωτεΐνωμα μπορεί να είναι μεγαλύτερο από το γονιδίωμα, ειδικά σε ευκαρυωτικά κύτταρα, καθώς περισσότερες από μία πρωτεΐνες μπορούν να παραχθούν από ένα γονίδιο (π.χ. το ανθρώπινο πρωτεΐνωμα αποτελείται από 92.179 πρωτεΐνες από τις οποίες 71.173 είναι παραλλαγές άλλων).[2] Από την άλλη πλευρά, αρκετά γονίδια δεν μεταφράζονται στις πρωτεΐνες και πολλά γνωστά γονίδια κωδικοποιούν μόνο το RNA που είναι το τελικό λειτουργικό προϊόν. Επιπλέον, το πλήρες μέγεθος των πρωτεϊνωμάτων ποικίλει ανάλογα με το βασίλειο ζωής. Για παράδειγμα, οι ευκαρυώτες, τα βακτηρίδια, τα αρχαία και οι ιοί έχουν κατά μέσο όρο 15.145, 3.200, 2.358 και 42 πρωτεΐνες αντίστοιχα κωδικοποιημένες στα γονιδιώματά τους.[3]
Ο όρος «σκοτεινό πρωτεΐνωμα» που δημιουργήθηκε από τον Περντιγκάο και τους συνεργάτες του ορίζει περιοχές πρωτεϊνών που δεν έχουν ανιχνεύσιμη ομολογία αλληλουχίας με άλλες πρωτεΐνες γνωστής τρισδιάστατης δομής και συνεπώς δεν μπορούν να μοντελοποιηθούν με ομολογία. Για 546.000 πρωτεΐνες Σουίς-Προτ, το 44-54% του πρωτεϊνώματος σε ευκαρυωτικά κύτταρα και ιούς βρέθηκε να είναι «σκοτεινό», σε σύγκριση με μόλις ~ 14% στα αρχαία και τα βακτήρια.[4]
Δείτε επίσης
[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]- Γονιδίωμα, σύνολο γονιδίων και μη κωδικοποιητικού DNA
- Μεταγράφωμα, σύνολο μεταγράφων (το μετάγραφο)
- Μεταβολίτωμα, σύνολο μεταβολιτών
- Πρωτεϊνωματική
Παραπομπές
[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]- ↑ Θεοδωρίδης, Στέλιος (9 Ιανουαρίου 2020). «Μοριακός ανιχνευτής χαρτογραφεί τη λανθασμένη κατάσταση στο Πρωτέωμα σε ζωντανά κύτταρα». Texnologia.net Νέα, ενημέρωση & ειδήσεις στην τεχνολογία. Ανακτήθηκε στις 14 Ιανουαρίου 2020.
- ↑ «UniProt: a hub for protein information». Nucleic Acids Research 43 (D1): D204–D212. 2014. doi:. ISSN 0305-1048. PMID 25348405.
- ↑ Kozlowski, LP (26 October 2016). «Proteome-pI: proteome isoelectric point database». Nucleic Acids Research 45 (D1): D1112–D1116. doi:. PMID 27789699.
- ↑ Perdigão, Nelson (2015). «Unexpected features of the dark proteome». PNAS 112 (52): 15898–15903. doi:. PMID 26578815. PMC 4702990. Bibcode: 2015PNAS..11215898P. http://www.pnas.org/content/112/52/15898.abstract.html.