Στο Πανελλήνιο πρωτάθλημα 1953–54 υπήρξε μία σημαντική καινοτομία, καθώς στην τελική του φάση μετείχαν σε ενιαίο όμιλο για πρώτη φορά ομάδες και από την ελληνική περιφέρεια παρακάμπτοντας το τρίπτυχο Αθήνα - Πειραιάς - Θεσσαλονίκη. Η δυνατότητα να διεκδικήσει τον τίτλο του πρωταθλητή κάποια επαρχιακή ομάδα, δόθηκε για πρώτη φορά την περίοδο 1938-39, όπου όμως το πρωτάθλημα είχε διεξαχθεί σε δύο ομίλους.
Το πρωτάθλημα κατέκτησε ο Ολυμπιακός για 5η φορά αήττητος και για 10η φορά στην ιστορία του γενικά,[1] ενώ οι 6 ομάδες που μετείχαν στην τελική φάση του πρωταθλήματος προέκυψαν ως εξής:
Πρωτάθλημα ΕΠΣ Αθήνας: Οι 2 πρώτες ομάδες της κατάταξης
Περιφερειακό πρωτάθλημα: Οι 2 νικήτριες (Νοτίου και Βορείου ομίλου)
Οι αγώνες της προκριματικής φάσης διεξήχθησαν από τις 10 Οκτωβρίου1953 μέχρι τις 31 Μαρτίου1954, ενώ της τελικής φάσης από τις 4 Απριλίου μέχρι τις 21 Ιουλίου1954. Το σύστημα βαθμολογίας ήταν: Νίκη: 3 βαθμοί - Ισοπαλία: 2 βαθμοί - Ήττα: 1 βαθμός