Manual de prácticas básicas para el estudio de la Microbiología ambiental de agua y suelo

I. Introducción y Objetivos

La microbiología ambiental es el estudio de los microorganismos que existen en ambientes naturales o artificiales y como ciencia biológica básica suministra herramientas para determinar la naturaleza de los procesos característicos de la vida. Se ocupa de muchos problemas prácticos importantes en medicina, agricultura e industria. Además de enfermedades importantes en el ser humano, plantas y animales que son causadas por microorganismos.

De este modo, la microbiología ambiental se refiere a los procesos microbianos que ocurren en el medio ambiente y sus posibles aplicaciones como descontaminantes, así como para la restauración del equilibrio ecológico en sistemas alterados. En este sentido es conveniente resaltar que para llegar a la aplicación, es fundamental, entender los mecanismos enzimáticos de supervivencia o adaptación de los microorganismos en condiciones extremas, que les permite adoptar estrategias para modificar su metabolismo y regular su tasa de crecimiento.

La microbiología ambiental es una ciencia multidisciplinaría que no puede ser estudiada de forma aislada, debido a que la importancia de los microorganismos dentro de esta ciencia, lleva a que se le de un enfoque más amplio en cuanto a su uso y participación en los procesos de biodegradación y eliminación de los contaminantes presentes en el ambiente, los cuales son consecuencia directa de las diferentes actividades antropogénicas.

Los microorganismos juegan un papel esencial en la naturaleza, ya que sin ellos la gran mayoría de los procesos biogeoquímicos no se llevarían a cabo, de ahí la importancia de su conocimiento, mismo que contribuye a desarrollar nuevos procesos o a mejorar los existentes en la naturaleza, con lo cual se ayuda a la eliminación de los contaminantes.

Dada la importancia de la microbiología ambiental en la formación de diferentes profesionistas, este manual se elaboró con los siguientes objetivos.

Objetivos

Mostrar la importancia de los microorganismos como indicadores de ambientes sanos.

Orientar al estudiante para que identifique a los principales microorganismos que se pueden encontrar en los sistemas de depuración de aguas residuales.

Resaltar la importancia del conocimiento de los diferentes grupos microbianos que se encuentran en la naturaleza y que pueden ser aprovechados para la depuración de diferentes tipos de contaminantes.

Presentar las principales técnicas de microbiología ambiental para el análisis de aguas y suelos contaminados.

Introducir al estudiante al empleo de los parámetros fisicoquímicos tanto del agua como de suelos sanos y contaminados para que comprenda su importancia en la biorremediación.

II. MICROBIOLOGÍA DEL AGUA EN UN AMBIENTE SANO

Por Dr. Víctor Manuel Luna Pabello

M en C Luciano Hernández Gómez

Introducción

El agua es un componente natural que ha estado presente en la Tierra desde hace más de 3000 millones de años, ocupando tres cuartas partes de la superficie del planeta. Su molécula se compone de tres átomos, dos de hidrógeno y una de oxígeno que unidos entre sí forman una molécula de agua (Figura 1), que es la unidad mínima. La forma en que estas moléculas se unen entre sí determinará la manera en que se encuentre la molécula de agua en el entorno; ya sea en estado líquido, en lluvias, ríos, océanos; sólida en témpanos y nieves, o bien, como vapor en las nubes.

Figura 1. Imagen de una molécula de agua (Tomado de http://es.wikipedia.org/wiki/Agua)

Los mares y océanos contienen gran parte del agua del planeta que constituye el 98% del agua salada, el porcentaje restante de la hidrosfera corresponde a agua dulce, de la cual el 69% de ésta se encuentra atrapada en glaciares y nieves, el 30% está constituido por aguas subterráneas y una cantidad no superior al 0,7% se encuentra en forma de ríos y lagos.

Todas las formas de vida conocidas dependen del agua, debido a que ésta es parte vital de muchos procesos metabólicos en los seres vivos. Cantidades significantes de agua son usadas durante la digestión de los alimentos. Por ejemplo, algunas bacterias y semillas de plantas pueden entrar en un estado criptobiótico por periodos de tiempo indefinido cuando se deshidratan y vuelven a la vida cuando se encuentran en un ambiente húmedo.

II.1 Práctica 1

Determinación de la diversidad microbiana en ambientes acuáticos

Por Dr. Víctor Manuel Luna Pabello

M en C Luciano Hernández Gómez

Introducción

La hidrosfera es el hábitat más común para el desarrollo de los microorganismos, ya que por definición la hidrosfera presenta el agua necesaria para el metabolismo microbiano, ésta, contiene microorganismos autóctonos que van a estar limitados a las características del hábitat donde se encuentren. En general la mayor parte de los microorganismos se encuentra en la capa superior de los cuerpos de agua donde viven en contacto con la película superficial, misma que se caracteriza por tener una alta tensión superficial y una interfase donde existe un intercambio de gases entre el agua y la atmósfera, por lo cual este ambiente se hace más apto para el desarrollo de estas formas de vida. La microbiota que se encuentra en este hábitat incluye algas, bacterias, hongos y protozoarios.

Objetivos

Determinar la diversidad de microorganismos procariontes en ambientes acuáticos sanos.

Reconocer la diversidad de protozoarios en ambientes acuáticos sanos.

Reconocer la diversidad de hongos filamentosos y levaduriformes en ambientes acuáticos sanos.

Generalidades

Todas las formas de vida conocidas dependen del agua para la realización de sus funciones metabólicas básicas. Algunos organismos se agrupan en comunidades que viven en ecosistemas acuáticos y para su sobrevivencia dependen de cada uno de ellos dentro de la cadena alimenticia. La vida en el agua empieza con la fijación de carbono atmosférico por parte del fitoplancton con lo que se origina materia orgánica. Las algas microscópicas, junto con bacterias, virus y protozoos forman lo que se llama red trófica microbiana. La materia orgánica producida es degradada por las bacterias, que son a su vez alimento de los protozoos. Así, la captación de energía por el fitoplancton es el proceso equivalente al que hacen las plantas terrestres al captar energía solar gracias a los pigmentos que estos organismos tienen; cuando hay suficientes nutrientes inorgánicos el fitoplancton crece y sirve de alimento a protozoos (ciliados y flagelados), zooplancton, cuyos componentes principales son los copépodos que a su vez son parte esencial de la alimentación de otros invertebrados carnívoros y peces.

Los hábitats acuáticos se clasifican de acuerdo a sus propiedades físicas y químicas dominantes, mismas que influyen en el establecimiento del tipo de organismos que viven en ese medio. Los estudios hechos sobre los ecosistemas de organismos acuáticos han arrojado varias clasificaciones, de estas la más aceptada es la siguiente:

Plancton

Pertenecen al plancton los organismos que flotan o viven suspendidos a merced de los movimientos de las aguas, sin locomoción propia suficientemente fuerte para dirigir sus movimientos. El plancton compuesto por vegetales recibe el nombre de fitoplancton y el que está formado por animales se denomina zooplancton. El fitoplancton representa el primer eslabón de la cadena alimenticia; junto con las plantas superiores que habitan las aguas dulces constituyen los organismos productores. Entre los grupos más importantes pertenecientes al fitoplancton se citan las diatomeas, los dinoflagelados, las clorofíceas, las cianofíceas y las euglenofíceas. Muchas de las especies pertenecientes a las cianofíceas y clorofíceas son filamentosas y en ciertas épocas del año proliferan de tal manera en las lagunas que la superficie adquiere una coloración verdosa, que es conocida como espuma verde. Desde el punto de vista de producción y debido a que se distribuyen por toda la capa fótica, las diatomeas y dinoflagelados son los productores más importantes ya que generan la mayor cantidad de materia orgánica y son realmente los pilares fundamentales del ecosistema. El zooplancton está representado por especies de varios phila: protozoarios, celenterados, rotíferos, briozoarios y, sobre todo, por algunos grupos de crustáceos como los cladóceros, los copépodos y los ostracodos. Cabe citar también las larvas de muchos insectos y los huevos y larvas de peces. La mayoría de los organismos que pertenecen al zooplancton se alimentan de otros animales más pequeños. El zooplancton está compuesto, desde el punto de vista trófico, por consumidores primarios o herbívoros y consumidores secundarios.

Necton

Pertenecen al necton todos los organismos que nadan libremente en el agua por poseer un sistema de locomoción eficiente, que les permite trasladarse de un punto a otro. Pueden recorrer largas distancias y, en algunos casos, en contra de los movimientos del agua o de las corrientes. La zona litoral es rica en especies nectónicas; frecuentemente esta diversidad de especies va acompañada de gran abundancia de individuos. Los peces abundan en esta zona aunque se trasladan también por la zona limnética y la profunda si las condiciones de vida son favorables. Entre los vertebrados que frecuentan o habitan el litoral encontramos las ranas, salamandras, tortugas y serpientes de agua. Entre los invertebrados que forman el necton tenemos los insectos (larvas y adultos) y crustáceos.

Bentos

Los organismos que se encuentran en el bentos viven sobre el fondo de los lagos y ríos. Las comunidades del bentos se caracterizan por ser muy ricas en especies y formas; prácticamente están representados casi todos los Phyla.

Neuston

Esta integrado por organismos que viven en la superficie de las aguas dulces, principalmente en aguas estancadas, estos se trasladan por la película superficial entre los grupos más abundantes se encuentran los escarabajos (Coleópteros), arácnidos y algunos hemípteros de las familias Gerridae, Veliidae y Hebridae. Entre los insectos de la familia Gerridae, se tiene el patinador de agua del género Gerris. Existen otros organismos que flotan contra la cara interna de la película superficial, constituyendo el infraneuston. A éste pertenecen la Hydra común, las planarias, larvas de insectos, algunos moluscos acuáticos, ostracodos y cladóceros.

Seston

Es un término adoptado recientemente y se aplica a la mezcla heterogénea de organismos vivientes y no vivientes que flotan sobre las aguas.

Perifiton

Organismos vegetales y animales que se adhieren a los tallos y hojas de plantas con raíces fijas en los fondos.

Figura II.1.1 Clasificación de los habitats acuáticos y división de cada zona.

Material

Equipo

Reactivos y medios de cultivo

Nota: La preparación de cada reactivo y/o medio de cultvio se debe realizar de acuerdo a lo descrito en el ANEXO I.

Procedimiento

1. Toma de Muestra

Las muestras se obtienen de la superficie, parte media y fondo del lago, laguna o remanso de río, cada una en un frasco ámbar de 250 mL estéril.

El frasco se debe sumergir en el agua boca abajo a una profundidad de 30 cm o hasta cubrirlo completamente, este se voltea lentamente para que entre el agua sin burbujear hasta llenar completamente. Etiquetar el frasco.

2. Procesamiento de la muestra

Para bacterias, hongos y levaduras: El frasco se agita suavemente para homogeneizar la muestra, con una pipeta serológica de 10 mL tomar 3 mL de agua, en tres cajas de Petri colocar 1 mL de agua en cada una; a dos de las cajas agregar 25 mL de medio TSA recientemente preparado, una se incuba en condiciones de aerobiosis a 35° C durante 24 a 48 horas, la segunda se coloca en una jarra de anaerobiosis y antes de cerrar se coloca un sobre de GASPACK y se cierra herméticamente para crear condiciones anaerobias. Incubar a 35°C durante 48 horas. En caso de desarrollo en cualquiera de las placas, realizar tinciones de Gram a cada una de las diferentes colonias y observar al microscopio óptico de campo claro.

A la tercera caja se le agregan 25 mL de agar Sabouraud, se incuba en condiciones aerobias a 28°C durante 7 días.

Revisar cada 24 horas. En caso de desarrollo realizar una tinción simple, emplear azul de metileno para levaduras y azul de lactofenol para hongos filamentosos y observar al microscopio óptico de campo claro.

Algas y Protozoarios: Agitar suavemente el frasco para homogeneizar la muestra, con una pipeta Pasteur depositar una gota de agua en un portaobjetos, colocar cuidadosamente un cubreobjetos sobre la muestra y observar en microscopio óptico de campo claro.

Resultados

Registrar los resultados en el siguiente cuadro

Cuadro II.1.1 Cuadro de resultados comparativos de acuerdo a la zona de obtención de la muestra

Cuestionario

¿Cuántos tipos microbianos observó al microscopio de campo claro?

¿De las muestras obtenidas y procesadas en cuál de ellas hubo mayor desarrollo bacteriano?

¿De las muestras obtenidas y procesadas en cuál de ellas hubo mayor desarrollo de hongos filamentosos o levaduriformes?

¿De las muestras obtenidas y observadas al microscopio en cuál de ellas se observó mayor cantidad de protozoarios?

¿Cuántos tipos bacterianos obtuvo de cada una de las muestras analizadas?

¿Cuántos tipos de hongos filamentosos y levaduriformes obtuvo de cada una de las muestras analizadas?

¿Cuántos tipos de Algas y Protozoarios observó en cada una de las muestras analizadas?

¿En qué muestra de agua se observó la mayor cantidad de microorganismos?

Amplíe su respuesta justificando una posible razón para que