CINÉTICA ENZIMÁTICA

Las enzimas son catalizadores biológicos.

A pH, temperatura y presión de nuestros organismos, es imposible que las reacciones

biológicas se lleven a cabo, pero ocurren por la existencia de las enzimas, proteínas
especializadas para cumplir tal función: acelerar o ralentizar reacciones.

Los catalizadores no se consumen durante una reacción.

Una enzima es especifica de uno o de unos pocos sustratos.

Puede modificar la velocidad de una reacción química pero no su estado de equilibrio. Es decir,
no afecta su termodinámica, solo su cinética, haciendo que el equilibrio se consiga mas rápido.

Además de las enzimas que son proteínas, existen las ribozimas, que son cadenas de ARN con
efecto catalítico.

No modifican el sentido de un equilibrio químico.

Son altamente específicas, tanto con el sustrato con el que reaccionarán (pueden reconocer
entre un isómero D y L de la misma molécula) y con la acción a realizar (para cada reacción,
existe una enzima especifica de catálisis).

Clasificación de las enzimas:

Existe un sistema internacional para la nomenclatura y clasificación de las enzimas creado por
la Enzyme Commission (EC) de la IUBMB (International Union of Biochemistry and Molecular
Biology) que evita imprecisiones y ambigüedades. Según este sistema, las enzimas pueden
clasificarse en varios grupos según el tipo de reacciones que catalicen. Existen seas clases
principales, cada una con diferentes subclases.

Oxidorreductasas: catalizan reacciones de oxidación y reducción.

Transferasas: transfieren un grupo químico de una molécula a otra. Las quinasas transfieren un
grupo fosfato a otra molécula desde un nucleósido trifosfato.

Hidrolasas: son un tipo especial de transferasas que transfieren un grupo -OH desde el agua a
otro sustrato.

Liasas: catalizan la escisión reversible de enlaces carbono-carbono. Como consecuencia se

generan nuevos dobles enlaces o anillos. Otras forman y rompen enlaces C-N o liberan CO2
(descarboxilación). En el caso de formación de enlaces, no requieren energía de nucleósidos
trifosfato y se denominan sintasas.

Isomerasas: catalizan reacciones que suponen un movimiento de un grupo o doble enlace

dentro de la molécula. Si se cambia la posición de un grupo fosfato la enzima se llama mutasa.

Ligasas: catalizan la formación de enlaces carbono-carbono, pero, a diferencia de las liasas,

requieren energía que obtienen de la hidrolisis de ATP y se denominan sintetasas.

Su nombre suele obtenerse añadiendo el sufijo “asa” al nombre del sustrato o al tipo de
reacción que catalizan. Pero existe un nombre sistemático que indica mas detalles sobre la
reacción. Cada enzima se designa con las letras E.C, con un subíndice de cuatro números:

Algunas enzimas requieren de estructuras no proteicas para poder cumplir su función, y se

llaman:

 Cofactores: son cationes metálicos

 Coenzimas: son moléculas orgánicas, como algunas vitaminas.

En este tipo de enzimas que requieren un componente adicional, la porción proteica se

denomina apoenzima y la molécula completa holoenzima (la apoenzima mas un cofactor o
coenzima).

Numerosas enzimas utilizan

cationes metálicos como
cofactores:

Las coenzimas son necesarias para transportar de forma

transitoria grupos funcionales durante la reacción catalizada
por la enzima. Muchas son productos derivados de vitaminas
y su unión a la porción proteica puede ser covalente o no
covalente. Por ejemplo, la mayoría de las carboxilasas
(enzimas que catalizan la incorporación de CO2) requieren
biotina, que está unida por un enlace amida a un residuo de Lys de la enzima, mientras que la
tiamina pirofosfato (que procede de la vitamina o tiamina) se une por interacciones no
covalentes.

El NAD+ suele utilizarse como coenzima en las reacciones de oxidación de las rutas catabólicas,
mientras que el NADP+ participa en las reacciones anabólicas de reducción.

Mecanismo de acción de las enzimas:

Las enzimas (E) llevan a cabo la función de acelerar las reacciones biológicas actuando sobre
sustratos (S) específicos que se van a transformar en el producto (P) de la reacción (E+S ->
E+P). Esto se da gracias a que poseen una estructura tridimensional característica, el centro
activo, con un entorno químico adecuado que permite la interacción entre la enzima y el
sustrato formando un complejo binario denominado complejo enzima-sustrato (ES) mediante
interacciones débiles (puentes de H, electrostáticas, hidrófobas, etc.). En el sitio activo hay
aminoácidos estructurales, de fijación y catalíticos.

La reacción enzimática general de transformación de un sustrato especifico en un producto se

puede representar con la siguiente ecuación:
Una vez que el sustrato adecuado interacciona con el centro activo se van a producir
modificaciones que lo convierten en un estado de transición que se transformará en el
producto final de la reacción. Este estado de transición, muy inestable, resulta estabilizado por
los residuos del centro activo con lo que se consigue acelerar la reacción. Dentro del centro
activo hay ciertos aminoácidos que intervienen en la unión del sustrato a la enzima y se
denominan residuos de unión, mientras que los que participan de forma activa en la
transformación química del sustrato se conocen como residuos catalíticos.

El estado de transición se encuentra en un nivel energético superior al estado del que parte, el
sustrato o estado basal. Esto implica que, aunque la reacción sea espontanea, se tiene que
superar esta barrera energética que se conoce como energía de activación. La catálisis
enzimática se consigue rebajando esta barrera mediante la ventaja energética que supone la
creación del complejo enzima-sustrato.

Las enzimas aceleran las reacciones químicas creando vías alternativas de menor energía de
activación y lo hacen fundamentalmente por dos
mecanismos:

 La formación de enlaces covalentes o la

transferencia de grupos funcionales.
 La creación de interacciones no covalentes
entre la enzima y el sustrato que van
acompañadas de una liberación de energía
libre, llamada energía de unión o fijación, que
rebaja la energía de activación.

Ambas situaciones se dan gracias a formación del

complejo binario enzima-sustrato que, además, confiere a las enzimas una gran especificidad.
Para entender cómo se realizan las interacciones en el complejo ES, se postularon modelos:

 Modelo “llave y cerradura” propuesto por Fischer: Las enzimas se consideraban

estructuras rígidas complementarias a sus sustratos. Explica la especificidad entre
enzima y sustrato, pero no permite explicar como se produce la reacción de una forma
eficiente, ya que la formación del complejo ES es tan estable que cualquier
transformación posterior haría que se perdieran interacciones dando lugar a una
situación menos estable que el complejo ES y, por tanto, no tendría lugar la formación
del producto.
 Modelo del estado de transición propuesto por Pauling: Plantea que, si el sitio activo
es complementario al estado de transición, en una primera etapa se puede crear un
complejo ES en el que se establecen unas interacciones débiles y luego pasar a un
estado más estable de interacción entre la enzima y el estado transición en la que se
ganan interacciones. La transformación del estado de estado de transición en el
producto hace que la enzima pierda su afinidad por esta nueva molécula, que es
liberada del centro activo.
 Modelo de “encaje inducido” propuesto por Koshland: propone que la interacción
entre enzima y sustrato hace que la proteína sufra un cambio de conformación que
permite la formación de interacciones adicionales entre la enzima y el estado de
transición. Una porción polar del sustrato interacciona con una porción polar del
centro activo y una región apolar interacciona con residuos apolares.
Factores que afectan la actividad enzimática:

 Concentración de la enzima: al aislar y purificar una enzima, su actividad enzimática y

actividad especifica cambian.
 Temperatura: el aumento de la temperatura conduce a un aumento en la velocidad de
la reacción, que tiene un limite cuando se sobrepasa la temperatura de
desnaturalización de la enzima. A bajas temperaturas ocurren muy lento o se
suspenden.
 pH: las variaciones en el nivel de acidez del medio pueden afectar a la forma en que se
presenten los aminoácidos, sobre todo los del sitio A, modificando el efecto catalítico
de la enzima. Cada enzima tiene su pH óptimo (tripsina en intestino: cerca a 8; pepsina
en estomago: entre 1-2).
 Cofactor: la presencia o ausencia de un cofactor alterará la velocidad con que dicha
enzima trabaje.
 Inhibidores: son capaces de bloquear la acción enzimática. Existen tres tipos:
inhibidores competitivos, no competitivos y acompetitivos.
 Pesticidas: ciertos pesticidas son tóxicos para los insectos porque inhiben
irreversiblemente ciertas enzimas claves en el sistema nervioso (malatión).
 Antibióticos y antivirales: inhiben la actividad de alguna enzima de vital importancia
para virus o bacterias. Por ejemplo, penicilina o aciclovir.

Factores que contribuyen a la disminución de la energía de activación son:

 La formación del complejo ES mantiene al sustrato en la orientación correcta y facilita

las interacciones entre los grupos funcionales que van a reaccionar.
  Mediante el secuestro del sustrato en el centro activo se elimina la barrera energética
impuesta por las interacciones de las moléculas de agua con el propio sustrato, y el
incremento de interacciones no covalentes entre enzima y sustrato acelera la reacción.
 Las interacciones débiles creadas entre la enzima y el estado de transición compensan
situaciones termodinámicas inestables, como la posible aparición de cargas debidas a
redistribuciones electrónicas durante el proceso de transformación de sustrato a
producto.

Los mecanismos por lo que la enzima consigue rebajar la energía de activación mediante la
unión con ciertos residuos se clasifican en cuatro grupos:

 Catálisis acido-base general: una forma de estabilizar las cargas que aparecen en un
estado de transición es la transferencia de protones desde o hacia el sustrato.
Participan las cadenas laterales de los aa que pueden aceptar o donar protones. Se da
en muchas proteasas en las que este papel lo desempeña el grupo imidazol de la His.
 Catálisis covalente: se crea un enlace covalente transitorio entre la enzima y el
sustrato, que produce catálisis siempre que esa nueva vía para alcanzar el producto
final tenga menor energía de activación que la que se desarrolla en ausencia del
catalizador.
 Catálisis por iones metálicos: pueden actuar de diversas formas en la reacción
catalizada:
o Orientando el sustrato de la forma adecuada para que reaccione
o Estabilizando cargas en un estado de transición inestable
o Facilitando reacciones de oxidorreducción gracias al paso reversible de su
estado de oxidación
o Cambiando la polaridad de ciertos enlaces para hacerlos mas susceptibles a
ciertos reactivos

Estudiar la velocidad de las reacciones catalizadas por enzimas aporta información sobre
aspectos como la afinidad de la enzima por el sustrato o la eficiencia con la que se transforma
ese sustrato en el producto de la reacción. Se mezcla una concentración concreta de sustrato
con una concentración conocida de enzima y se mide la desaparición de sustrato o la aparición
de producto a lo largo del tiempo, obteniendo la curva de progreso:

En la primera etapa la reacción sigue una cinética de primer orden hasta que la desaparición
de sustrato es suficientemente elevada para que esta relación deje de ser lineal. Por esto las
medidas de velocidad se miden en la primera etapa lineal, se denominan velocidades iniciales
(V0) y se determinan como la pendiente de la curva de progreso al principio de la reacción. La
velocidad a cualquier tiempo se representa como V1.
La velocidad inicial depende de la concentración inicial de sustrato, por lo que es especifica
para cada reacción. La curva de progreso también cambia:

La cinética de Michaelis-Menten describe la velocidad de reacción de muchas reacciones

enzimáticas. Este modelo solo es válido cuando la concentración del sustrato es mayor que la
concentración de la enzima, y para condiciones de estado estacionario, es decir, cuando la
concentración del complejo ES es constante (orden cero).

 Una primera etapa lineal, a bajas concentraciones de sustrato,

en la que la reacción se comporta como si fuera de primer
orden, en donde la velocidad va a depender de la concentración
de sustrato.
 Una segunda etapa curvilínea, a concentraciones de sustrato
intermedias, en la que hay un descenso de la velocidad. La
enzima se va uniendo al sustrato.
 Una ultima etapa, a elevadas concentraciones de sustrato en la
que la velocidad no varia al aumentar la concentración de
sustrato. La reacción sigue una cinética de orden cero.

En el estado estacionario, la concentración del complejo ES depende la

velocidad de formación del complejo ES (controlada por k1) y de la
velocidad de separación del complejo ES, que puede producirse por dos situaciones:

 Por la disociación del complejo ES para dar E libre y sustrato, controlada por k-1.
 Por la formación de producto y liberación de E libre controlada por k2.

Se llega a la ecuación de Michaelis-Menten: que dice que la velocidad inicial de una reacción es
igual a la velocidad máxima por la concentración de sustrato, sobre Km + la concentración de
S.

Significado de Vmax: Es la tasa máxima teórica que se obtiene en unas condiciones

determinadas. Se obtiene un valor aproximado cuando la velocidad comienza a ser
independiente de la concentración de sustrato. Para alcanzar la Vmax seria necesario que
todas las moléculas de enzima estuvieran unidas con el sustrato.

Significado de Km: Equivale a la concentración de sustrato que se requiere para alcanzar la

mitad de la velocidad máxima. Representa la concentración de sustrato a la cual la mitad de los
centros activos de las moléculas de enzima del ensayo están ocupados por moléculas de
sustrato (en el estado estacionario). El valor de Km
puede considerarse como una medida de la
afinidad de la enzima por el sustrato, que será
inversamente proporcional a su afinidad. Un valor
bajo de Km se puede relacionar con una gran
estabilidad del complejo ES que indica una
elevada afinidad de la enzima por el sustrato y,
también, que necesita menos sustrato para unirse
al 50% de la enzima. Surge de la relación entre las
constantes de velocidad de las reacciones
involucradas en el proceso de catálisis.

Significado de Kcat: Es la constante de velocidad de la etapa limitante de la transformación del

sustrato en producto y liberación de enzima libre y producto. Este valor se conoce como el
numero de recambio y representa el número de moléculas de sustrato que son transformadas
en producto en unidad de tiempo en una sola molécula de enzima cuando la concentración de
sustrato es elevada. Define la Vmax a la que una reacción enzimática puede sucedes, a una
concentración de enzima determinada y a una concentración de sustrato muy elevada.

UI (Unidad de enzima): Es la cantidad de enzima necesaria para transformar un µmol de

sustrato en producto, en un minuto (en condiciones definidas de pH, a 25°C, etc.)

Katal: Es una unidad poco utilizada, que indica la cantidad de enzima necesaria para catalizar
un mol de sustrato por segundo. 1Katal = 6.10 elevado a la potencia de 7 UI.

La ecuación de Michaelis-Menten explica el comportamiento que se obtiene a partir de los

datos experimentales de laboratorio y que refleja la gráfica:
En la grafica que representa le ecuación de MM la Vo tiende a la Vmax de modo asintótico, por
lo que de esta grafica no podemos obtener un valor preciso para Vmax y por lo tanto tampoco
para Km. Para obtener datos cinéticos precisos, en algunas ocasiones resulta útil transformar
la ecuación de MM, y la ecuación de Lineweaver-Burk cumple con el objetivo. Esta se obtiene
a través de la reciproca de la ecuación de MM, es decir, se da vuelta la ecuación y hay un
reordenamiento de termino hasta llegar a la ecuación mencionada y se representa mediante
una recta de pendiente Km/Vmax. El punto de corte de esta recta con el eje x se corresponde
con el valor -1/Km y el punto de corte con el eje y con el valor de 1/Vmax.