Scribd Logo
Cargar

¡Te damos la bienvenida a Scribd!

  • 46 vistas

    P4 - Alineamientos Múltiples - Sánchez Zamorano Julio César

    Cargado por

    Julio César Sánchez Zamorano
    Este documento presenta los resultados de un alineamiento múltiple de secuencias de proteínas implicadas en la degradación de xilano. Se descargaron 5 secuencias proteicas de organismos diferentes del NCBI y se concatenaron en un archivo. Luego, se realizaron alineamientos múltiples utilizando los programas CLUSTAL Omega, MUSCLE en EMBOSS y MEGA, y se compararon los resultados.

    Copyright:

    © All Rights Reserved
    Descargue como PDF, TXT o lea en línea desde Scribd

    P4 - Alineamientos Múltiples - Sánchez Zamorano Julio César

    Cargado por

    Julio César Sánchez Zamorano
    46 vistas8 páginas
    Este documento presenta los resultados de un alineamiento múltiple de secuencias de proteínas implicadas en la degradación de xilano. Se descargaron 5 secuencias proteicas de organismos diferentes del NCBI y se concatenaron en un archivo. Luego, se realizaron alineamientos múltiples utilizando los programas CLUSTAL Omega, MUSCLE en EMBOSS y MEGA, y se compararon los resultados.

    Descripción original:

    Bioinformática. Alineamientos múltiples.

    Título original

    P4_Alineamientos múltiples_Sánchez Zamorano Julio César

    Derechos de autor

    © © All Rights Reserved

    Formatos disponibles

    PDF, TXT o lea en línea desde Scribd

    ¿Le pareció útil este documento?

    ¿Este contenido es inapropiado?

    Este documento presenta los resultados de un alineamiento múltiple de secuencias de proteínas implicadas en la degradación de xilano. Se descargaron 5 secuencias proteicas de organismos diferentes del NCBI y se concatenaron en un archivo. Luego, se realizaron alineamientos múltiples utilizando los programas CLUSTAL Omega, MUSCLE en EMBOSS y MEGA, y se compararon los resultados.

    Copyright:

    © All Rights Reserved
    Descargue como PDF, TXT o lea en línea desde Scribd
    Descargar como pdf o txt
    46 vistas8 páginas

    P4 - Alineamientos Múltiples - Sánchez Zamorano Julio César

    Cargado por

    Julio César Sánchez Zamorano
    Este documento presenta los resultados de un alineamiento múltiple de secuencias de proteínas implicadas en la degradación de xilano. Se descargaron 5 secuencias proteicas de organismos diferentes del NCBI y se concatenaron en un archivo. Luego, se realizaron alineamientos múltiples utilizando los programas CLUSTAL Omega, MUSCLE en EMBOSS y MEGA, y se compararon los resultados.

    Copyright:

    © All Rights Reserved
    Descargue como PDF, TXT o lea en línea desde Scribd
    Descargar como pdf o txt
    de 8

    INSTITUTO POLITÉCNICO NACIONAL

    ESCUELA NACIONAL DE CIENCIAS


    BIOLÓGICAS

    Ingeniería Bioquímica
    Laboratorio de Bioinformática

    Práctica 4:
    Alineamientos múltiples

    Grupo: 7IX1

    Profesora responsable: Violeta Larios Serrato

    Alumno:
    Sánchez Zamorano Julio César
    Sánchez Zamorano Julio César Informe de la práctica 4: Alineamientos múltiples 26/04/2023

    OBJETIVOS

    • Descargar secuencias para comparar mediante alineamientos múltiples


    • Conocer los distintos parámetros de MUSCLE, CLUSTAL y JALVIEW
    PROCEDIMIENTO Y RESULTADOS

    1. Datos de entrada
    1 Descargar del NCBI las secuencias FASTA de la tabla 1 y llenar la siguiente tabla y reportarla:
    Tabla 1. Datos de entrada
    Secuencia Organismo
    ACB38137.1 Trichoderma reesei
    ACS96449.1 Bispora sp. MEY-1
    ACY70400.1 Penicillium sp. CGMCC 1669
    Q4WG11.1 Aspergillus fumigatus Af293
    WP_011030540 Streptomyces
    XP_001388522.1 Aspergillus niger CBS 513.88

    2. Describa la función biológica para esta familia de proteínas


    La función de estas proteínas es la de cumplir la función de enzimas implicadas en la degradación del xilano que
    forma parte de estructuras como lo es la pared celular, hidrolizando enlaces entre moléculas de xilosa.
    3. Describa una aplicación industrial de esta familia de proteínas
    Tienen un gran interés en la perspectiva biotecnológica ya que su empleo sirve en la industria papelera, textil,
    en la producción de detergentes y en la mejora de la fermentación de cerveza. Su uso principal es la industria
    alimentaria para la bioconversión de materiales celulósicos en alimentos para aves con mejores tasas de
    digestión.
    4. Concatene todas las secuencias fastas con los siguientes comandos mediante la terminal, puede apoyarse
    con el comando cd, para cambiar al directorio de trabajo
    Window copy *fasta xylanases.fasta
    Mac cat *fasta > xylanases.fasta
    Sánchez Zamorano Julio César Informe de la práctica 4: Alineamientos múltiples 26/04/2023

    2. Alineamiento multiple con CLUSTAL Omega de EMBOSS


    5. Utilice Launch de Clustal Omega de EMBOSS, https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa
    6. Cargue o seleccione al archivo concatenado, explore los parámetros disponibles
    7. Alinee con los valore estándar
    8. Reporte los formatos clustalW, Pearson/Fasta, MSF (indique que significan las iniciales), nexux y stockholm

    • Formato: clustalW
    • Formato: Pearson/Fasta

    • Formato: MSF
    • Formato: nexus
    Sánchez Zamorano Julio César Informe de la práctica 4: Alineamientos múltiples 26/04/2023

    • Formato: stockholm

    9. ¿Qué formato le permitió hacer una comparación más clara de la similitud o identidad de las secuencias? y
    ¿Por qué?
    El formato MSF, está mejor ordenado y contiene las posiciones numéricas de los aminoácidos para una mejor
    comparación, además de que el alineamiento es más fácil de comprender a la vista

    3. Alineamiento multiple con MUSCLE de EMBOSS


    10. Utilice Launch de MUSCLE de EMBOSS, https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa
    11. Cargue o selecione al archivo concatenado, explore los parámetros dsponibles
    12. Alinee con los valore estándar
    13. Reporte el formato ClustalW
    Sánchez Zamorano Julio César Informe de la práctica 4: Alineamientos múltiples 26/04/2023

    14. ¿Qué formatos de salida tiene disponibles y diferentes a Clustal?

    15. ¿Observa alguna diferencia en los resultados con respecto a Clustal Omega?. Utilice el formato clustal W
    para responder.

    • Alineamiento con CLUSTAL Omega


    • Alineamiento con MUSCLE

    La diferencia que se observa es el orden en que se alinean las secuencias.

    4. MUSCLE en MEGA
    16. Edite manualmente xylanases.fasta, retitando las secuencias que observe con mayor divergencia y
    renombrelo como xylanases_v2.fasta
    Sánchez Zamorano Julio César Informe de la práctica 4: Alineamientos múltiples 26/04/2023

    • Sin editar

    • Editado

    17. Con el menu File y la opción Open A File/Session, seleccione el archivo editado.
    Sánchez Zamorano Julio César Informe de la práctica 4: Alineamientos múltiples 26/04/2023

    PREGUNTAS EXTRA
    1. ¿Qué parámetros o aspectos deben considerarse para elegir un software para alinear?

    • Que sea fácil de usar e intuitiva.


    • Tecnología innovadora.
    • Longitud de las secuencias.
    • Si es un alineamiento simple o múltiple.
    • Si se alinean secuencias de nucleótidos o aminoácidos
    2. ¿Qué diferencias hay entre los fundamentos o algoritmos de MUSCLE y CLUSTAL omega?
    Muscle

    • Secuencias cortas o medias


    • es progresivo
    • Tiende a generar más errores por ser del tipo iterativo
    • Sencillo de interpretar
    • Formatos diferentes
    • Especialmente buena con proteínas. Apto para alineaciones medias.
    Sánchez Zamorano Julio César Informe de la práctica 4: Alineamientos múltiples 26/04/2023

    Clustal omega

    • Te permite hacer varias actividades


    • Formatos diferentes
    • utiliza árboles guía sembrados y técnicas de perfil-perfil HMM para generar alineaciones. Apto para
    alineaciones medianas-grandes.
    Referencias.
    Información recuperada el 26 de abril de 2023 de:

    • Datos de entrada https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011030540.


    1/
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/ACB38137.1/
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/XP_001388522.1
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/ACS96449.1/ /
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/ACY70400.1/
    • Preguntas extra:
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/Q4WG11/
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC53851
    72/

    También podría gustarte