Equipo—

Angel Antonio Campa Armenta 203863

Jorge Andres Carrillo Estrada 203899
Francisco Martin Carrillo Tolano 219829
Asignación—
Investigación Marcadores Genéticos
Fecha—
27/11/23
Materia—
Mejoramiento Genético
M y J 4:00-6:00 pm
Profesor—
KATHYA MICHELLE QUIÑONEZ CHAIREZ
¿Qué es un marcador molecular?
Los marcadores moleculares son secuencias identificables de ADN que se
encuentra en determinados lugares del genoma y que están relacionados con la
herencia de una característica o de un gen vinculado a esta. Estos tienen herencia
mendeliana y no son afectados por el ambiente. Son observables sin importar el
estado de desarrollo del ser vivo ya que la información genética está presente en
todas las células.
Tipos de marcadores moleculares
Los marcadores moleculares se clasifican en Co-dominantes, que se refieren a los
que se pueden identificar en todos los alelos presentes en un locus en particular; y
Dominantes, también conocidos como multilocus, los cuales generan datos de
múltiples loci, que revelan solo un alelo dominante por lo que su capacidad de
identificación se limita a un alelo para cada locus
Co-dominantes
Un marcador molecular co-dominante se refiere a un tipo específico de marcador
genético en el cual ambos alelos de un gen se expresan de manera clara y sin
dominancia aparente. En otras palabras, en un locus co-dominante, ambas
variantes alélicas son visibles en el fenotipo o en los resultados de la prueba. Por lo
general, los marcadores co-dominantes se utilizan en genética para estudiar la
variabilidad genética en poblaciones y para analizar la herencia de alelos
específicos. En contraste con los marcadores dominantes, donde solo se expresa
un alelo en el fenotipo si está presente, los marcadores co-dominantes muestran
ambas variantes alélicas de manera clara.
Polimorfismo de Longitud de Fragmentos de Restricción: Abreviado “RFLP”,
determinan la variación de la secuencia de ADN con el uso de enzimas de
restricción, las cuales pueden identificar cualquier mutación y obtener fragmentos
de ADN de diferente tamaño.
Polimorfismo de un solo nucleótido: Abreviado “SNP”, es una variación de secuencia
que ocurre como resultado de la substitución de un solo nucleótido (A, T, C o G) en
un sitio específico en el ADN. Estos polimorfismos son importantes en genética y
biología molecular, y se utilizan en estudios genómicos, asociación genética, y para
entender la variabilidad genética en poblaciones.
Microsatélites: Son secuencias cortas que consisten de dos a tres nucleótidos
repetidos, su análisis se basa en el uso de la técnica de PCR para identificar
polimorfismos y en el número de repeticiones de un alelo en un locus. Estas
repeticiones pueden variar en longitud debido a la expansión o contracción de las
repeticiones durante la replicación del ADN.
Dominantes

Un marcador molecular dominante es un tipo de marcador genético en el cual solo

se expresa un alelo en el fenotipo, incluso si el individuo es heterocigoto para ese
locus. En otras palabras, el alelo dominante "oculta" la expresión del alelo recesivo
en el fenotipo. Dicho de otra manera, en un marcador molecular dominante la
presencia de al menos un alelo dominante es suficiente para manifestar el fenotipo
asociado, independientemente de la presencia del alelo recesivo.

RAPD(ADN Polimórfico Amplificado al Azar): Es una técnica molecular utilizada

para generar marcadores genéticos que pueden ser útiles en estudios de
variabilidad genética y taxonomía, es un método de genotipificación individual de
múltiples loci.
ALFP(Polimorfismo de Longitud de Fragmentos):Es la amplificación de ADN
fragmentado con enzimas específicas y con primers diseñados para identificar sitios
específicos de restricción, sirven para el estudio de la variabilidad genética en
poblaciones o identificar polimorfismos en la secuencia de ADN.
Los primeros marcadores desarrollados a finales de los 70 se basaron en la
identificación de proteínas e isoenzimas por electroforesis en geles de almidón o
poliacrilamida. Con ellos se abrió el conocimiento de la estructura y heterogeneidad
genética entre diferentes especies, variedades, y poblaciones de distinto origen
geográfico. Pero esta técnica tenía una limitación muy importante: no era capaz de
detectar suficiente polimorfismo entre variedades o especies próximas debido a que
las proteínas son el resultado de la expresión génica, que puede ser distinta de unos
tejidos a otros, de una etapa de desarrollo a otra, de un medio ambiente a otro, y de
una época del año a otra. Los avances de la tecnología del DNA recombinante han
permitido el desarrollo de los marcadores moleculares basados en el DNA,
consiguiendo estabilidad en la identificación de especies y variedades.
El número de técnicas descritas es cada vez más numeroso, por lo que vamos a
reunirlas en 3 categorías: RFLP, MAAP y STS. Pero antes conviene saber lo que
es una PCR (reacción en cadena de la polimerasa), descrita en 1988. La PCR es
una de las técnicas esenciales para la preparación de huellas dactilares, si bien no
vale para elaborar marcadores por sí sola. La reacción básica de la PCR comienza
con la desnaturalización del DNA molde para separar las cadenas, continúa con el
alineamiento de un par de oligonucleótidos con su DNA molde, y termina con la
polimerización para sintetizar un nuevo DNA entre los dos oligonucleótidos. De aquí
se vuelve a la desnaturalización para comenzar un nuevo ciclo. Hoy en día todo el
proceso está completamente automatizado en un aparato llamado termociclador, y
existe una batería de enzimas y condiciones que permiten polimerizar hasta 35 kpb
sin errores, aunque las condiciones normales amplifican sin problemas fragmentos
de 3 a 6 kpb de longitud.
RFLP (Polimorfismo en el tamaño de los fragmentos de restricción):Se basa en la
detección de fragmentos de DNA de distinto peso molecular (por digestión con la
misma enzima de restricción) en diferentes organismos. Los fragmentos más fáciles
de analizar son los pequeños derivados de la digestión del genoma de las
mitocondrias o los cloroplastos, puesto que delecciones, sustituciones o mutaciones
pueden alterar significativamente el patrón de bandas identificable por electroforesis
en geles de agarosa, donde migran de acuerdo con su peso molecular. En cambio,
para moléculas de DNA de mayor tamaño, como el DNA cromosómico, el patrón de
bandas es tan complejo que es necesario utilizar sondas específicas para visualizar
sólo ciertos fragmentos mediante la técnica de Southern Blot. Las sondas de DNA
para esta técnica suelen corresponder a genes previamente conocidos, aunque a
veces se usan DNA preparados a partir de amplificaciones inespecíficas. Aunque la
RFLP evalúa sólo un tipo de polimorfismo en cada ensayo, el resultado es muy
preciso. Los primeros mapas genómicos basados en la distribución física de los
genes en vez de la frecuencia de entrecruzamiento se hicieron utilizando esta
técnica. Cuando se emplea la PCR en lugar de sondas radiactivas para visualizar
los polimorfismos, se le denomina PCR-RFLP
MAAP (Múltiples perfiles arbitrarios de amplificación)
Término genérico acuñado en 1994 con el que se designan las técnicas que
emplean oligonucleótidos arbitrarios para generar huellas dactilares complejas.
Entre estas técnicas caben destacar:
RAPD (DNA polimórfico amplificado al azar):Es una de las técnicas más versátiles.
Se usa una colección de decanucleótidos para amplificar por PCR áreas específicas
distribuidas al azar por el genoma. Su pequeñez y la baja temperatura de
alineamiento (36°C) aseguran que se unen a infinidad de secuencias en el genoma
para conseguir amplificar muchos fragmentos de DNA. Estos fragmentos se pueden
separar en geles de agarosa para obtener perfiles electroforéticos que variarán
según el polimorfismo de los distintos individuos o grupos de individuos, y
proporcionarán una huella dactilar característica. Es muy cómoda, rápida, requiere
poco DNA que además no necesita estar muy puro, no presupone conocimientos
previos sobre la secuencia, y se pueden distinguir rápida y simultáneamente
muchos organismos. Sus inconvenientes son que los fragmentos amplificados no
suelen corresponder a DNA ligado a algún carácter, sino redundante, y que no da
información sobre el número de copias que el DNA genómico contiene de la
secuencia amplificada. Esta tecnología ha sido utilizada para la catalogación de
frutos, selección de variedades, y diferenciación de líneas clónales. También se está
utilizando para el análisis de las variedades de apio, uva, limón y olivo.
AP-PCR (PCR con oligonucleótidos arbitrarios):La idea es similar a la de la RAPD,
desarrollándose a la vez que ésta, aunque se cambia el diseño de los
oligonucleótidos y el tipo de PCR. Los oligonucleótidos han de ser largos (no menos
de 20 nt), y la PCR consta dos de ciclos de baja astringencia (poco específicos) que
permite la polimerización de una batería de fragmentos característicos de cada
variedad. Esta fase va seguida de ciclos de alta astringencia para amplificar
(visualizar) específicamente las bandas anteriores. Los fragmentos amplificados se
pueden migrar en un gel de agarosa para observar las grandes diferencias entre
especies, o bien se puede marcar radiactivamente y migrar en gel de poliacrilamida
para obtener resultados mucho más finos y precisos. Existe una variación
denominada DAF (Huellas dactilares por amplificación de DNA) que utiliza
oligonucleótidos de 5 a 15 bases, pero las huellas proporcionadas suelen ser muy
complejas y difíciles de interpretar.
AFLP (Polimorfismo de la longitud de los fragmentos amplificados): Combina el uso
de enzimas de restricción y oligonucleótidos para PCR, de manera que se obtienen
marcadores moleculares muy específicos sin necesidad de conocer la secuencia
con anterioridad. El DNA se corta con dos enzimas de restricción, una de corte muy
frecuente, y otra de corte poco frecuente. A los fragmentos se les ligan
oligonucleótidos de extremos compatibles con las enzimas usadas. Y se amplifica
por PCR. Jugando con la complementariedad del oligonucleótido con el sitio de
restricción se puede disminuir o aumentar el número de bandas amplificadas. Una
ventaja especial de esta técnica es que es capaz de generar muchos marcadores
moleculares en una sola reacción. Por eso el resultado debe resolverse en un gel
de poliacrilamida de alta resolución, puesto que no se resolverían en agarosa. Esta
técnica ya se ha usado con éxito en patatas y cebada.
STS (Sitios etiquetados por la secuencia) o SSLP (Polimorfismo de longitud en las
secuencias discretas): Aprovecha las secuencias conocidas, únicas dentro del
genoma, para amplificarlas por PCR. El polimorfismo se suele encontrar fácilmente
cuando lo que se amplifican son intrones en lugar de exones. La ventaja principal
es la velocidad con la que se pueden realizar los análisis una vez que las parejas
de oligonucleótidos se han establecido claramente. Por tanto se combinan la rapidez
de la RAPD con la especificidad de la RFLP. Por la manera en que se determinan
los oligonucleótidos y por la forma de analizar los polimorfismos, esta técnica ha
derivado en otras que enumeramos a continuación:
SSR (Repetición de secuencias discretas):En los genomas existe un DNA ubicuo y
abundante denominado "microsatélite" que consiste en mono-, di-, tri- y
tetranucleótidos repetidos en tándem. Este DNA, que es muy polimórfico, se ha
utilizado como marcador molecular cuando la secuencia del motivo repetido se
clona y secuencia para usarla en el análisis de poblaciones. De esta manera se han
estudiado con éxito numerosos árboles, aunque en algunos se ha visto que los
microsatélites son menos variables de lo que se esperaba. Otras siglas para
designar esta técnica son ISSR, IMA, ISA, IRA, y RAMP.
EST (Sitios etiquetados por la expresión): Su particularidad proviene del hecho que
los oligonucleótidos se han deducido a partir de cDNA (ADN complementario)
parcial o completamente secuenciado. Curiosamente el polimorfismo sólo se
observa claramente cuando los fragmentos amplificados se cortan con enzimas de
restricción, lo que hace que el método sea realmente costoso en tiempo y dinero.
SCAR (Regiones amplificadas caracterizadas y secuenciadas):Esta técnica
aprovecha que las RAPD proporcionan principalmente fragmentos de DNA
altamente repetido. Estos fragmentos de RAPD se clonan y secuencian para
elaborar oligonucleótidos específicos. Aunque permite el desarrollo rápido de
marcadores moleculares, el grado de polimorfismo obtenido es bastante bajo.
D/TGGE (Geles de electroforesis en gradiente desnaturalizante/térmico): Analiza el
polimorfismo a través de la estabilidad, a distintas condiciones Desnaturalizantes o
Temperaturas, del DNA amplificado. Su principal problema reside en las dificultades
técnicas para mantener estables las condiciones experimentales.
SSCP (Polimorfismo de conformaciones monocatenarias): Esta técnica se basa en
el análisis del polimorfismo a través de las diferencias conformacionales de
fragmentos de DNA monocatenario. Las distintas conformaciones son detectables
como un cambio de movilidad en geles de poliacrilamida no desnaturalizante. Es
especialmente útil cuando las reacciones de PCR producen bandas de DNA de gran
tamaño (en general superior a 15 kpb) o bien bandas de tamaño muy próximo.
Puede llegar a distinguir cambios de pocos nucleótidos en una secuencia de más
de 1 kpb. Se está utilizando para caracterizar árboles de interés forestal.

Los marcadores moleculares desempeñan un papel importante en la producción de

carne al proporcionar información genética valiosa que puede ser utilizada para
mejorar diversas características en el ganado. Aquí hay algunas formas en las que
los marcadores moleculares pueden contribuir a la producción de carne:
Selección de características deseables: Los marcadores moleculares pueden
identificar variantes genéticas asociadas con características deseables en la
producción de carne, como la calidad de la carne, la velocidad de crecimiento, la
eficiencia alimentaria y la resistencia a enfermedades. Esto permite a los criadores
seleccionar animales con genotipos favorables para estas características y mejorar
la calidad y la eficiencia de la producción.
Mejora de la calidad de la carne: Al identificar marcadores moleculares asociados
con la calidad de la carne, como la terneza, el marmoleo y la textura, los criadores
pueden seleccionar animales con genotipos que promueven una carne más sabrosa
y de mayor calidad.
Resistencia a enfermedades: Los marcadores moleculares también se pueden
utilizar para identificar genes asociados con la resistencia a enfermedades
específicas en el ganado. La selección de animales con genotipos resistentes puede
ayudar a mejorar la salud del ganado y reducir la necesidad de tratamientos
médicos.
Mejora de la eficiencia reproductiva: Los marcadores moleculares pueden ser
útiles para identificar genes relacionados con la eficiencia reproductiva en el
ganado. La selección de animales con genotipos que favorecen una reproducción
más eficiente puede aumentar la productividad de la ganadería.
Conservación de recursos: Al seleccionar animales con genotipos asociados con
una mayor eficiencia alimentaria, los productores pueden reducir la cantidad de
recursos necesarios para la producción de carne, como alimentos y agua, lo que
contribuye a una producción más sostenible.
Selección asistida por marcadores (MAS): La tecnología de selección asistida
por marcadores implica el uso de información genética para la toma de decisiones
en la selección de animales para la reproducción. Esto permite una mejora más
rápida y precisa de las características deseadas en comparación con la selección
basada únicamente en fenotipos observados.
En resumen, los marcadores moleculares son herramientas valiosas en la
ganadería para optimizar la selección de animales, mejorar la calidad de la carne y
aumentar la eficiencia de la producción, lo que contribuye a una industria más
sostenible y competitiva.

CONCLUSION
La caracterización molecular puede desempeñar un papel en dilucidar la historia, y
estimar la diversidad, caracteres distintivos y estructura poblacional de los recursos
zoogenéticos. Puede también servir de ayuda en el manejo genético de pequeñas
poblaciones, para evitar una endogamia excesiva.
REFERENCIAS
● Claros, M. (SF). Marcadores moleculares: Qué son, cómo se obtienen y para
qué valen. Dpto. de Biología Molecular y Bioquímica, Universidad de Málaga.
● Fuentealba, V. (2016). Los marcadores moleculares. Chilebio.cl
● Reyes, M. (2008). marcadores moleculares en el manejo y conservación de
fauna silvestre..Universidad Autonoma de Zacatecas.
● Dekkers,J.(2004). "Commercial application of marker- and gene-assisted
selection in livestock: Strategies and lessons." Journal of Animal Science