Ero sivun ”Kansainvälinen HapMap-projekti” versioiden välillä

Wikipediasta
Siirry navigaatioon Siirry hakuun
Selaa historiaa interaktiivisesti
[arvioimaton versio][arvioimaton versio]
Uudempi muutos →
Poistettu sisältö Lisätty sisältö
VisuaalinenWikiteksti
Ak: Uusi sivu: '''Kansainvälinen HapMap-projekti''' on ihmisen genomin kartoitusprojekti, joka aloitettiin kansainvälisen tutkijaryhmän yhteistyönä lokakuussa 2002. Valmiiksi projekti sa...
 
Rivi 16: Rivi 16:
=== Vaihe II ===
=== Vaihe II ===


Vaiheeseen II valittiin 4,7 miljoonaa SNP:a genotyypin määritykseen 6,9 miljoonasta vaihtoehdosta. 2,5 miljoonaa SNP:a hylättiin useista syistä, muun muassa SNP:t, joissa oli paljon toistoalueita. Genotyypin määritys suoritettiin käyttäen hyödyksi kustomoitua oligonukleotidijärjestelyä (high-density oligonucleotide array). Vaiheen I SNP:a määritettiin myös uudelleen vertailun vuoksi. Rekombinaationopeutta ja geenien ontologiaa analysoitiin Panther - tietokannan avulla. Ei-synonyymisia SNP:a tunnistettiin annotaatioiden kautta sekä [[valinta]]a tutkittiin long-range haplotyyppi (LRH) – testin avulla. <ref name="viite2">{{Lehtiviite | Tekijä = Frazer, K. A., Ballinger, D. G., Cox, D. R., Hinds, D. A., Stuve, L. L., Gibbs, R. A., Belmont, J. W., Boudreau, A., Hardenbol, P., Leal, S. M., Jamieson, R., & Stewart, J. | Otsikko = A second generation human haplotype map of over 3.1 million SNPs | Julkaisu = Nature | Ajankohta = 2007 | Vuosikerta = 449 | Numero = 7164 | Sivut = 851–861 |Doi = https://doi.org/10.1038/nature06258 | Kieli = {{en}} }}</ref>
Vaiheeseen II valittiin 4,7 miljoonaa SNP:a genotyypin määritykseen 6,9 miljoonasta vaihtoehdosta. 2,5 miljoonaa SNP:a hylättiin useista syistä, muun muassa SNP:t, joissa oli paljon toistoalueita. Genotyypin määritys suoritettiin käyttäen hyödyksi kustomoitua oligonukleotidijärjestelyä (high-density oligonucleotide array). Vaiheen I SNP:a määritettiin myös uudelleen vertailun vuoksi. Rekombinaationopeutta ja geenien ontologiaa analysoitiin Panther - tietokannan avulla. Ei-synonyymisia SNP:a tunnistettiin annotaatioiden kautta sekä [[luonnonvalinta|valinta]]a tutkittiin long-range haplotyyppi (LRH) – testin avulla. <ref name="viite2">{{Lehtiviite | Tekijä = Frazer, K. A., Ballinger, D. G., Cox, D. R., Hinds, D. A., Stuve, L. L., Gibbs, R. A., Belmont, J. W., Boudreau, A., Hardenbol, P., Leal, S. M., Jamieson, R., & Stewart, J. | Otsikko = A second generation human haplotype map of over 3.1 million SNPs | Julkaisu = Nature | Ajankohta = 2007 | Vuosikerta = 449 | Numero = 7164 | Sivut = 851–861 |Doi = https://doi.org/10.1038/nature06258 | Kieli = {{en}} }}</ref>


=== Vaihe III ===
=== Vaihe III ===

Versio 30. joulukuuta 2020 kello 02.30

Kansainvälinen HapMap-projekti on ihmisen genomin kartoitusprojekti, joka aloitettiin kansainvälisen tutkijaryhmän yhteistyönä lokakuussa 2002. Valmiiksi projekti saatiin vuonna 2009, jolloin sen viimeisen vaiheen tulokset valmistuivat. [1] HapMap -projektin tarkoituksena on ollut määrittää ihmisen haploryhmät sekä saattaa tämä informaatio ilmaiseksi kaikkien saataville. [2] Haploryhmällä tarkoitetaan yhden nukleotidin vaihteluita (SNP), jotka sijaitsevat kromosomissa lähekkäin ja periytyvät yhdessä. HapMap (”haplotype map”) on kartta, joka osoittaa, mitkä SNP:t periytyvät aina yhtenäisenä ryhmänä, toisiinsa kytkeytyneinä. Näin ollen yhden merkki-SNP:n avulla voidaan päätellä samalla kertaa myös useita muita genomisekvenssistä löytyviä alleeleja. HapMap -projekti perustettiin geneettisen tutkimuksen työkaluksi helpottamaan perinnöllisten sairauksien ymmärtämistä. Sen avulla tutkittavan geneettisen materiaalin määrä saatiin vähennettyä pienemmäksi kuin koskaan aikaisemmin. Tämä tekee tautimäärityksestä haploryhmän avulla nopeampaa, tehokkaampaa ja halvempaa. [3] Tautien määrityksen lisäksi HapMapista on hyötyä ennustettaessa ihmisten vastetta erilaisiin lääkkeisiin tai muihin ympäristötekijöihin, esim. toksiineihin. [1] HapMapia on käytetty hyödyksi myös tutkittaessa useita monimutkaisia sairauksia, kuten Alzheimerin tautia, diabetesta, niveltulehdusta, syöpää ja skitsofreniaa. [4]

Menetelmät

Projekti jakautui kolmeen vaiheeseen, joista kahdessa ensimmäisessä näytteet olivat samat (ja nämä vaiheet täydentävät toisiaan). Kolmannessa vaiheessa näytteitä analysoitiin myös uusista populaatioista. [5]

Vaihe I

DNA-näytteet valittiin jo tunnettujen erilaisten populaatioiden alleelimallien ja historiallisen diversiteetin perusteella [1]. Projektiin kerättiin 270 DNA-näytettä, joista 90 näytettä on Utahista (US, Pohjois- ja Länsi-Eurooppalaista syntyperää olevaa väestöä), 90 näytettä jorubalaisista (Ibadan, Nigeria), 45 näytettä japanilaisista (Tokio, Japani) sekä 45 näytettä Han-kiinalaisista (Peking, Kiina). [2]

Projekti vaati hyvin tiiviin SNP-kartan. Projektin alussa kandidaatti-SNP:a oli 2,6 miljoonaa, mutta lopulta projektin ansiosta tietokantaan lisättiin jopa 6 miljoonaa SNP:a. Saadakseen paljon SNP:a, projektissa hyödynnettiin ”haulikko-sekvensointia” genomikirjastoista. Geneettistä variaatiota tutkittiin hyödyntäen ENCODE-projektin DNA-alueita. Tutkimuksen avulla arvioitiin mm. G – ja C – emäksien määriä genomissa sekä rekombinaation nopeutta. Genotyypin määritys vaiheessa I suunniteltiin SNP-tietokannan avulla. Analyyseissa priorisoitiin SNP:t, jotka olivat jo vahvistettu tai ne olivat esiintyneet useammin kuin kerran sekä ei-synonyymiset SNP:t. [6]

Vaihe II

Vaiheeseen II valittiin 4,7 miljoonaa SNP:a genotyypin määritykseen 6,9 miljoonasta vaihtoehdosta. 2,5 miljoonaa SNP:a hylättiin useista syistä, muun muassa SNP:t, joissa oli paljon toistoalueita. Genotyypin määritys suoritettiin käyttäen hyödyksi kustomoitua oligonukleotidijärjestelyä (high-density oligonucleotide array). Vaiheen I SNP:a määritettiin myös uudelleen vertailun vuoksi. Rekombinaationopeutta ja geenien ontologiaa analysoitiin Panther - tietokannan avulla. Ei-synonyymisia SNP:a tunnistettiin annotaatioiden kautta sekä valintaa tutkittiin long-range haplotyyppi (LRH) – testin avulla. [7]

Vaihe III

Vaiheessa III projektia vielä jatkettiin, ja seitsemältä uudelta populaatiolta kerättiin näytteet: maasait Kinyawasta (Kenia), luhyat Webuyesta (Kenia), kiinalaiset Denveristä (CO, USA), gujarati-intialaiset Houstonista (TX, USA), toscanalaiset (Italia), afrikkalaista syntyperää oleva väestö (Lounais-USA) ja meksikolaista syntyperää oleva väestö Los Angelesissa (CA, USA). Näytteiden genotyypit määrättiin vasten 1,6 miljoonaa SNP:tä sekä pieni osa vasten ENCODE:n vaihe II:sta. [5]

Lähteet

  1. ↑ a b What is the International HapMap Project? MedlinePlus. 21.9.2020. Viitattu 29.11.2020. (englanniksi)
  2. ↑ a b Belmont, J. W., Hardenbol, P., Willis, T. D., Yu, F., Yang, H., Ch’Ang, L.-Y., Huang, W., Liu, B., Shen, Y., Tam, P. K.-H., Stein, L. D., & Tanaka, T.: The international HapMap project. Nature, 2003, 426. vsk, nro 6968, s. 789–796. doi:https://doi.org/10.1038/nature02168. (englanniksi)
  3. ↑ International HapMap Project National Human Genome Research Institute. 1.5.2012. Viitattu 29.11.2020. (englanniksi)
  4. ↑ Benjamin Yang: HapMap is to benefit genetic research on complex diseases Discovery Medicine. 17.5.2009. Viitattu 29.11.2020. (englanniksi)
  5. ↑ a b HapMap Project Coriell Institute for Medical Research. Viitattu 9.11.2020. (englanniksi)
  6. ↑ Belmont, J. W., Boudreau, A., Leal, S. M., Hardenbol, P., Pasternak, S., Wheeler, D. A., Willis, T. D., Yu, F., Yang, H., Gao, Y., Jamieson, R., & Stewart, J.: A haplotype map of the human genome. Nature, 2005, 437. vsk, nro 7063, s. 1299–1320. doi:https://doi.org/10.1038/nature04226. (englanniksi)
  7. ↑ Frazer, K. A., Ballinger, D. G., Cox, D. R., Hinds, D. A., Stuve, L. L., Gibbs, R. A., Belmont, J. W., Boudreau, A., Hardenbol, P., Leal, S. M., Jamieson, R., & Stewart, J.: A second generation human haplotype map of over 3.1 million SNPs. Nature, 2007, 449. vsk, nro 7164, s. 851–861. doi:https://doi.org/10.1038/nature06258. (englanniksi)

Aiheesta muualla

  • [ ]

[[Luokka:]] [[Luokka:]]

Noudettu kohteesta ”https://fi.wikipedia.org/w/index.php?title=Kansainvälinen_HapMap-projekti&oldid=19452752”