30 R PolyExercices Regad Lelandais

30BIC141
– Outils en bioinformatique
Programmation avec R – Polycopié d’exercices

Leslie REGAD ; Gaëlle LELANDAIS
leslie.regad@univ-‐paris-‐diderot.fr ; gaelle.lelandais@univ-‐paris-‐diderot.fr
Ce polycopié rassemble différents exercices vous permettant d’apprendre à utiliser le

langage de programmation R. Ces exercices sont de difficultés variables. Il est important de
réaliser les exercices les plus simples avant de débuter les plus difficiles. Nous vous
conseillons également de lire attentivement le document « bonnes pratiques en R »
(disponible sur le plateforme Didel) afin d’écrire un code lisible et d’acquérir de bonnes
habitudes de programmation en R.
Remarque : N’hésitez pas à solliciter les enseignants présents dans la salle de cours (si vous
rencontrez des difficultés ou que vous souhaitez obtenir des conseils et ainsi découvrir des
« trucs et astuces »).
Séance 1 d’exercices
Objectifs : Sauvegarder un ensemble de commandes R dans un fichier texte, les exécuter

individuellement ou successivement dans une console R.
Exercice 1
En utilisant un éditeur de texte de votre choix (kate, gedit, etc.), créer un fichier nommé
« Commandes.R ». Dans ce fichier, vous écrirez ligne par ligne les commandes R
permettant de résoudre les exercices de ce polycopié.
Sauvegarder le fichier Commandes.R dans le répertoire de votre choix. Lancer une

console R à partir de ce même répertoire. Ecrire les commandes R permettant de
calculer les cosinus de 75, 25 et 90 ; imprimer la phrase suivante à l’écran « un bon
bioinformaticien ne peut pas travailler sans connaitre le langage R » et la mettre en
majuscules ; compter et afficher le nombre de caractères dans cette phrase.
Exécuter les commandes R de votre script ligne par ligne (copier/coller) et

successivement (automatiquement).
Version du 07/09/12 1

30BIC141 – Outils en bioinformatique
Commandes R : cos( ) ; print( ) ; toupper( ) ; nchar( ) ; etc.
Remarques : N’oubliez pas qu’il est nécessaire de commenter votre code soigneusement. Il
est possible « d’ignorer » certaines lignes en utilisant le symbole « # ». Sauvegarder votre
fichier Commandes.R régulièrement.
Exercice 2
Effectuer l’opération suivante : 4850 / 26. Afficher le résultat avec seulement 3

décimales. Comment est réalisé l’arrondi ? Trouver plusieurs fonctions R permettant de
réaliser une réduction de décimales.
Commandes R : round() ; help( ) ; etc.
Exercice 3
Dans R, la valeur de la variable du nombre π est pré calculée et nommée « pi ». Afficher
cette valeur à l’écran avec une précision de 3 puis de 5 décimales. Ajouter 12 à la
variable pi, puis affecter à cette même variable la valeur 9. Imprimer successivement les
nouvelles valeurs de pi à l’écran.
Remarque : Notez ici qu’une variable interne au logiciel R (ici pi) peut être modifiée. Il est
conseillé de ne pas utiliser les noms des variables internes de R dans un programme que
vous écrivez (ceci afin d’éviter des confusions). Les variables internes sont réinitialisées
après fermeture et réouverture de la session R.

Objectifs : Créer et manipuler les objets R (vecteurs, tableaux et listes).
Exercice 4
Créer le vecteur « vec1 » contenant la suite des entiers de 1 à 12. Ajouter à la fin de ce
vecteur les valeurs 16, 17, 18.
Commandes R : « : » ; c( ) ; etc.
Exercice 5
Créer le vecteur « vec2 » contenant les valeurs suivantes : 0, 0.5, 1.0, 1.5, 2.0, 2.5, 3.0, 3.5,
4.0, 4.5, 5.0. Réaliser cette action de différentes manières.
Remarque : Il est important de savoir créer un vecteur de plusieurs manières, afin

d’optimiser votre code et d’éviter d’écrire « à la main » un trop grand nombre de valeurs.
Commandes R : seq( ) ; etc.
Exercice 6
Créer le vecteur « vec3 » contenant tous les multiples de 2 compris entre 1 et 50.
Créer le vecteur « vec4 » contenant 3 fois chacun des 10 chiffres (soit 0, 0, 0 ; 1, 1, 1 ; 2, 2,
2 ; 3, 3, 3 ; etc.).
Créer le vecteur « vec5 » contenant une fois la lettre A, deux fois la lettre B, trois fois la
lettre C ... et 26 fois la lettre Z. Quelle est la longueur de cette suite ?
Commandes R : LETTERS ; length( ) ; etc.
Exercice 7
Créer le vecteur « vec6 » contenant les noms suivants : « individu1 », « individu2 », ... ,
« individu100 ».
Commandes R : paste( ) ; etc.

Exercice 8
Créer la matrice identité « matIdentite » de dimension 10 lignes x 10 colonnes (chiffre 1

sur la diagonale et chiffre 0 ailleurs).
Créer une matrice « matAleatoire » contenant des valeurs tirées aléatoirement de

dimension 10 lignes x 10 colonnes, dont les éléments suivent une loi normale de
moyenne 0 et de variance 5.
Commandes R : matrix( ) ; rnorm() ; etc.
Remarque : Certaines fonctions seront détaillées ultérieurement dans le cours. Consulter

l’aide de R pour les utiliser.
Exercice 9
Afficher la date du jour. Sauvegarder le résultat dans une variable « dateJour ». Créer les
variables « m1 » et « m2 » telles que m1 = 3 et m2 = « promotions assistent au cours de
R du ».
Combiner les variables dateJour, m1 et m2 afin d’afficher à l’écran la phrase suivante « 3
promotions assistent au cours de R qui a lieu le Thu sep 04 2012 ».
Commandes R : date( ) ; diag( ) ; etc.
Exercice 10
Créer le vecteur d’entiers « vecX » avec les valeurs 1 à 20. Calculer le carré des 5
premiers éléments de vecX. Calculer la somme de vecX.
Créer le vecteur "sinusX" qui contient les valeurs de sinus du vecteur "vecX". Créer le
vecteur « xNeg » des indices des valeurs négatives de sinusX. Donner le nombre de
valeurs négatives et remplacer ces valeurs par 0. Créer les vecteurs « xEven » avec les
éléments d’indice pair de sinusX et « xOdd » les éléments de sinusX d’indices impairs.
Combiner les vecteurs xOdd et xEven en une unique matrice « matCombine » à deux
colonnes.
Commandes R : sum( ) ; which( ) ; cbind( ) ; etc.

Exercice 11
Importer dans votre session R le jeu de données « precip ». Ce jeu de données est pré-‐
enregistré dans le logiciel R et regroupe des données de précipitations dans différentes
villes américaines.
Donner la liste des villes pour lesquelles des mesures sont disponibles, combien y en a-‐t-‐
il ? Quel est le niveau de précipitation des villes suivantes : Philadelphia, Columbia,
Baltimore, Sacramento ?
Commandes R : data( ) ; names( ) ; etc.
Exercice 12
Créer deux vecteurs aléatoires nommés « x1 » et « x2 », contenant chacun 100 valeurs
aléatoires compatibles 1) avec une distribution de loi normale centrée réduite et 2) avec
une distribution de loi uniforme définie sur l’intervalle [0 ; 10].
Créer une matrice « m1 » qui contient les 10 premières valeurs de x1 (colonne 1 de m1)
et les 10 dernières valeurs de x2 (colonne 2 de m1).
Créer une matrice « m2 » qui contient les 16ème, 51ème, 79ème, 31ème et 27ème valeurs de
x1 (colonne 1 de m2) et les 30ème, 70ème, 12ème, 49ème et 45ème de x2 (colonne 2 de m2).
Concaténer à la suite les matrices m1 et m2 en une matrice m12. Quelles sont les
dimensions (nombre de lignes et de colonnes) de m12 ?
Commandes R : runif( ) ; rbind( ) ; dim( ) ; etc.

Objectifs : Manipuler les boucles et réaliser des tests.
Exercice 13
Créer une boucle qui affiche l'indice « i » de l’itération en cours (10 itérations). Calculer
la somme cumulée « sumCumul » des indices.
Commandes R : for( ) ; etc.
Exercice 14
Créer une matrice « matAlea » de dimension 10 lignes x 10 colonnes contenant des

valeurs choisies aléatoirement.
La somme de toutes les valeurs de la matrice est-‐elle supérieure à 15 ? Si oui, afficher le

message « la somme est supérieure à 15 » sinon, afficher « la somme n’est pas
supérieure à 15 ».
Commandes R : if( ) ; else( ) ; etc.
Exercice 15
Créer le vecteur « vecPasMultiples » contenant tous les nombres de 1 à 100 qui ne sont
pas des multiples de 5.
Commandes R : « %% » ; etc.
Exercice 16
Créer une matrice « A » de dimension 10 lignes x 10 colonnes telle que : A[i, i] = 2 ; A[i,
i+1] = -‐1 ; A[i+1, i] = 1 ; le reste des valeurs = 0.
Commandes R : etc.
Exercice 17
Créer un vecteur « vecAlea » de 100 valeurs tirées aléatoirement selon une loi normale
de moyenne 4 et d’écart type 5.

Donner les indices des valeurs supérieures à 3, puis récupérer ces valeurs dans le
vecteur « vecSup3 ». Tester si la somme « valSomme » de ces valeurs est supérieure à 40,
30 et 20. Afficher un message adéquat.
Commandes R : else if( ) ; etc.
Exercice 18
Créer une matrice « matrice » contenant des valeurs tirées aléatoirement de dimension
10 lignes x 10 colonnes et dont les éléments de la colonne j suivent une loi normale de
moyenne nulle et de variance j2 (faire une boucle). Afficher nombre d’éléments positifs
et négatifs de la matrice. Remplacer les nombre négatifs par 0.
Afficher les « marges » de matrice (sommes des valeurs en lignes et en colonnes).
Commandes R : apply( ) ; etc.
Exercice 19
Importer dans votre session R les données nommées « WorldPhones » (pré-‐existantes

dans R). Afficher le contenu de la variable WorldPhones, quel est sont type ?
Calculer le nombre total de numéros de téléphone attribués : 1) au cours des différentes
années (vecteur « nbrTelAn »); 2) pour chaque continent (vecteur « nbrTelCont »).
Quelle est le continent qui a le plus / moins de numéros attribués ? Dans combien de
continents y a-‐t-‐il plus de : 20 000 numéros de téléphone attribués ? 50 000 numéros de
téléphone attribués ? 200 000 numéros de téléphone attribués ?
Commandes R : data.class( ) ; etc.
Exercice 20
Simuler 100 lancers d’une pièce de monnaie (résultats possibles « pile »/ « face »). Pour
cela, réaliser un tirage (avec remise) dans un ensemble de deux valeurs possibles
(« pile » et « face »).

Réaliser la même simulation que précédemment, mais en biaisant la pièce de monnaie
(la probabilité d’obtenir « pile » doit seulement être de 0,3). Sauver le résultat dans un
vecteur nommé « vecSampleBiais ».
Ecrire une commande R qui permet de dénombrer la proportion de « pile » obtenue aux
questions précédentes. Ces valeurs sont-‐elles cohérentes avec les proportions
théoriques souhaitées ?
Commandes R : sample( ) ; etc.
Exercice 21
On suppose que la taille et le poids des individus en France se distribuent selon des lois
normales de paramètres suivants : 1) la taille des femmes est en moyenne de 165 cm
avec un écart-‐type de 6 cm, 2) la taille des hommes est en moyenne de 175 cm avec un
écart-‐type de 7 cm, 3) le poids des femmes est en moyenne de 60 kg avec un écart-‐type
de 2 kg, 4) le poids des hommes est en moyenne de 75 kg avec un écart-‐type de 4 kg.
Créer les vecteurs « tailleF », « tailleH », « poidsF », « poidsH » contenant la taille et le
poids de n = 257 femmes et m = 312 hommes tirés aléatoirement selon les lois ci-‐dessus
(on supposera que poids et taille sont deux variables indépendantes, ce qui est bien
entendu faux !). Ne garder que la partie entière des valeurs.
Créer un tableau « combineData » à n + m lignes et 3 colonnes telles que : la première
colonne contienne la variable taille, la deuxième colonne contienne la variable poids, la
troisième colonne soit un facteur indiquant le sexe de l'individu. Nommer les colonnes
de ce tableau de manière adéquate.
A partir du tableau combineData, déterminer la plus petite taille chez les femmes et la
plus petite taille chez les hommes. Réaliser la même chose pour le poids.
Y a-‐t-‐il des individus de plus de 1,70 m et de moins de 75 kilos ? Si oui, combien ?

Combien sont des femmes, combien sont des hommes ?
Commandes R : « & » ; data.frame() ; etc.

Exercice 22
Créer une séquence d’ADN aléatoire « S » de 1000 nucléotides. Combien de fois est
présent chaque nucléotide?
Créer le vecteur indicateur « SA » tel que SA[i] = 1 si S[i] = « A » et 0 sinon. Réaliser la
même opération pour les autres nucléotides.
Commandes R : etc.
Exercice 23
Ecrire une suite de commandes R comparant les mots « parisien» et « aspirine» en tant
qu’anagrammes.
Commandes R : unlist( ) ; strsplit( ) ; is.element() ou setequal() ; etc.

Objectifs : Créer et utiliser ses propres fonctions R.
Exercice 24
Créer une fonction nommée « somme » qui calcule la somme de deux variables « x » et
« y » passées en arguments.
Commandes R : function( ) ; return( ) ; etc.
Exercice 25
Ecrire une fonction « calculTarif » qui prend pour argument une valeur d’âge et qui
affiche : « demi-‐tarif » si l’âge est inférieur à 12 ans, « tarif sénior » si l’âge est supérieur
à 60 ans et « plein tarif » sinon.
Tester votre fonction pour des personnes de 5, 65, 85, 41, 23, 47 ans.
Commandes R : etc.
Exercice 26
Ecrire une fonction « resMention » qui prend pour argument une note (de 0 à 20) et qui
affiche la mention correspondante. Faite en sorte que votre fonction affiche un message
d’erreur approprié si la note n’est pas correcte (par exemple une valeur négative ou
supérieure à 20).
Commandes R : « || » ; etc.
Exercice 27
4 X 3 8.34 X
La relation qui relie la variable Y à la variable X est la suivante : Y = +
18 5
Créer une fonction « formule » qui prend en argument une valeur de X et qui donne en
sortie la valeur de Y associée. €
Calculer le vecteur « vecY » des valeurs de Y associées aux valeurs de X = 15, 89, 56, 78,
152, 66, 48, 77, 2, 96.


Commandes R : « NULL » ; etc.
Exercice 28
Ecrire une fonction qui prend en entrée un entier N positif et qui retourne VRAI si ce
nombre est premier, FAUX sinon.
Trouver tous les nombres premiers compris entre 1 et 100. Les conserver dans le
vecteur « vecNbrPrem »
Commandes R : etc.
Exercice 29
Créer une fonction qui identifie les mots ou phrases palindromiques (mots ou phrases
qui se lisent dans les deux sens, par exemple RADAR). Cette fonction prendra comme
argument le mot « mot » et retournera les phrases : « mot est un palindrome » si le mot =
palindrome et « mot n’est pas un palindrome », sinon.
Appliquer votre fonction sur les mots « radar », « hannah », « sept », « kayak », « la
mariée ira mal », « capitaine », « engage le jeu que je le gagne ».
Commandes R : etc.
Exercice 30
Générer aléatoirement 3 séquences d’ARN de 50, 60 et 79 nucléotides. Créer une

fonction « compteNucleo( ) » qui permet de déterminer le nombre de fois où chaque
nucléotides est présent dans la séquence et qui retourne celui qui est le plus fréquent
ainsi que le nombre d’occurrences de ce nucléotide dans la séquence.
Utiliser cette fonction pour déterminer le nucléotide le plus fréquent pour chacune de
vos trois séquences.
Commandes R : list( ) ; etc.
Exercice 31
Pour estimer le poids moléculaire ( PM ) d’une protéine à partir de son nombre de

résidus ( t ) la formule suivante est utilisée : PM = (128 × t) − [(t −1) × 18] .
€
€ €
Créer une fonction qui prend en entrée le nombre de résidus de la protéine et qui
renvoie la valeur estimée de son poids moléculaire.
Estimer le poids moléculaire d’une protéine contenant 25, 50, 178, 89, 345, 879 résidus.
Commandes R : etc.
Exercice 32
La formule du calcul de l’ICM (Indice de Masse Corporelle) est la suivante :

poids(kg)
ICM = L’IMC est un moyen d’évaluer les risques liés à un surpoids chez
taille(m) 2 .
l’adulte (voir tableau ci-‐dessous).

€ Créer une fonction qui prend en entrée le poids et la taille d’une personne et qui donne
en sortie l’ICM de la personne.
Calculer l’ICM pour une personne : mesurant 164 cm et pesant 64 kg, mesurant 161 cm
et pesant 56 kg, mesurant 1,72 m et pesant 102 kg, mesurant 1,65 m et pesant 51 kg.
Créer une seconde fonction qui prend en arguments le poids et la taille d’une personne
et qui donne en sortie sa classification sur son poids. Quelle est la classification des
quatre personnes citées précédemment ?
ICM (kg/m2) Classification Risque

<18.5 Poids insuffisant Accru
18.5 à 24.9 Poids normal Moindre
25 à 29.9 Surpoids ou pré- Accru
obésité
> 30 Obésité Accru voir très élevé
Commandes R : etc.
Exercice 33
Créer une fonction qui prend argument d’entrée une séquence d’ARNm et qui renvoie en
sortie la séquence primaire de la protéine correspondante (voir code génétique tableau
ci-‐dessous). Traduire les séquences d’ARNm suivantes :
ARNm = AUGUCUAGGCUGCACUCAGUUAGUAGGUAG

ARNm = AUGCUUACUAACAGGGGUGACUAUCCCUAAAGUGGC
Commandes R : substring() ; etc.
Exercice 34
Créer une fonction qui permet de convertir les séquences protéiques (code 3 lettres) en
séquences protéiques (code 1 lettre). Le tableau ci-‐dessous donne les correspondances
entre le code 1 et 3 lettres (fichier de données « ConversionCode_1_3.dat »).
Convertir les séquences protéiques suivantes : SER-‐CYS-‐THR-‐ARG-‐SER-‐ILE-‐PRO-‐PRO-‐

GLN-‐CYS ; ILE-‐VAL-‐VAL-‐SER-‐SER-‐ALA-‐SER ; SER-‐SER-‐ASN-‐ASP-‐ASN-‐ILE-‐GLU-‐LEU-‐VAL-‐
PHE-‐MET-‐ILE
Acides aminés Code 3 Code 1 Acides aminés Code 3 Code 1

lettres lettre lettres lettre
Alanine Ala A Leucine Leu L
Arginine Arg R Lysine Lys K
Acide Aspartique Asp D Méthionine Met M
Asparagine Asn N Phénylalanine Phe F
Cystéine Cys C Proline Pro P
Glutamine Gln Q Sérine Ser S
Acide Glutamique Glu E Thréonine Thr T
Glycine Gly G Tryptophane Trp W

Histidine His H Tyrosine Tyr Y

Isoleucine Ile I Valine Val V
Commandes R : etc.
Exercice 35
Créer une fonction « compSeq » qui prend en entrée deux séquences protéiques et qui
retourne un vecteur des positions mutées. Comparer les séquences suivantes :
SER-‐CYS-‐THR-‐ARG-‐SER-‐ILE-‐PRO-‐PRO-‐GLN-‐CYS et SER-‐CYS-‐THR-‐THR-‐SER-‐ILE-‐PRO-‐
PRO-‐GLN-‐MET
SER-‐SER-‐ASN-‐ASP-‐ASN-‐LEU-‐GLU-‐ALA-‐VAL-‐PHE-‐MET-‐ILE et SER-‐SER-‐ASN-‐ASP-‐ASN-‐
ILE-‐GLU-‐LEU-‐VAL-‐PHE-‐MET
Commandes R : etc.

Séance d’exercices 5
Objectifs : Comprendre et utiliser les fonctions statistiques de R.
Exercice 36
Charger le jeu de données « airquality ». Quelle est la classe de l’objet R obtenu ? Quelles
informations composent cet objet ?
Donner le nombre de valeurs manquantes (indiquées « NA ») pour la concentration

d’ozone. Calculer la concentration d’ozone moyenne et sa variance pour les mois de mai,
juillet et septembre.
Commandes R : « $ » ; is.na( ) etc.
Exercice 37
Tracer la fonction sinus entre –π et +π. Exporter le graphique au graphique pdf.
Remarque : N’oubliez pas que tout graphique comporte un titre et des axes nommés.
Commandes R : pdf( ) ; dev.off( ) ; etc.
Exercice 38
Superposer sur le même graphique les fonctions sin(x) et cos(x) pour x défini sur [-‐π, π].
Commandes R : par(new = T) ; lines().
Exercice 39
Créer un vecteur N dont les 1000 éléments suivent une loi normale centrée réduite.
Calculer la moyenne et la variance. Représenter l’histogramme des éléments de ce
vecteur et superposer sur ce graphique la fonction de densité de la loi normale centrée
réduite.
Commandes R : par( ) ; etc.

Exercice 40
Générer aléatoirement une séquence de 100 nucléotides. Sauvegarder cette séquence

dans un fichier « test.out ».
Créer une matrice de 5 lignes et 5 colonnes. Sauvegarder cette matrice dans un fichier
texte « test2.out ». Ajouter des arguments à la commande précédente pour retirer les
noms des lignes et des colonnes, ainsi que les guillemets.
Commandes R : write.table( ) ; etc.
Exercice 41
A l’aide du logiciel Excel (ou de sont équivalent OpenOffice), créer un tableau de 5

colonnes et 6 lignes. Donner des noms aux colonnes (ex : « colonne 1 », « colonne 2 », …,
« colonne 5 ») et aux lignes (ex : « ligne 1 », « ligne 2 », …, « ligne 6 »). Remplir les cases
du tableau comme vous le souhaitez.
Sauvegarder ce tableau sous la forme d’un fichier texte (ou fichier CSV), en utilisant des
tabulations comme caractères de séparation. Importer le fichier texte obtenu sous R.
Afficher le vecteur des noms de lignes. Sauvegarder ce vecteur dans un fichier texte.
Enfin, ouvrir ce dernier fichier texte avec Excel.
Commandes R : etc.
Exercice 42
A partir des données WorldPhones (exercice 19), partitionner votre feuille graphique en
2 et représenter : (à gauche) le nombre total de numéros de téléphone attribués au
cours des différentes années ; (à droite) le nombre moyen de numéros de téléphone
attribués au cours des différentes années.
Représenter pour chaque année le nombre total de numéros attribués pour les
différentes villes.
Commandes R : barplot( ) ; etc.

Exercice 43
Tirer aléatoirement un ensemble de 100 nombres compatibles avec une distribution

normale de moyenne 10 et de variance 25. Tracer la représentation histogramme des
valeurs obtenues. Changer les nombre de « barres » de l’histogramme : 5, 50 et 100.
Commandes R : etc.
Exercice 44
Représenter trois points en positions (1, 2), (2, 1) et (3,2). En utilisant l’argument
« cex », augmenter la taille des points. En utilisant l’argument « pch », changer la forme
des points. En utilisant les arguments « xlim » et « ylim », fixer les échelles des axes. En
utilisant l’argument « col », changer la couleur des points. En utilisant l’argument
« main », donner un titre au graphique. En utilisant les arguments « xlab » et « ylab »,
donner des noms aux axes. Sauvegarder le résultat sous la forme d’un document PDF et
d’une image JPEG.
Commandes R : jpeg( ) ; dev.off( ) ; etc.

Séance 6 d’exercices : Pour aller plus loin...
Remarque : Ces exercices sont d’un niveau avancé. Ils sont facultatifs. Il est préférable de
terminer l’ensemble des exercices précédents avant de travailler à la résolution des
exercices de cette section.
Exercice 45
Un sondage est réalisé auprès de 100 individus pour savoir où va leur préférence parmi
un panel représentatifs de marques de bière. Les résultats obtenus se trouvent dans le
fichier « bieres.csv » (disponible sur Didel).
Lire le fichier de données sous forme de « data.frame ». Combien de marques sont
considérées ? Quelles sont-‐elles ?
Compter les occurrences de chacune des marques de bières. Les représenter sous la
forme de graphe en barres. Représenter cette distribution sous forme de camembert en
choisissant les couleurs vous même. Utiliser une seule fenêtre graphique pour les deux
figures.
Commandes R : table( ) ; barplot( ) ; pie( ) ; par( ) etc.
Exercice 46
Ouvrir le fichier « note2010.csv » (disponible sur Didel) qui contient des notes
d'étudiants obtenues au cours de l'année 2010. Quel est le type des variables des
colonnes 2 et 4 ?
Sélectionner uniquement les noms des étudiants (colonne 2) et les notes des exercices
(colonnes 4-‐9). Sauvegarder la data.frame obtenue dans le fichier « notes_ex_2010.dat »
(disponible dur Didel).
Représenter l'histogramme des notes. Calculer la moyenne, la médiane et l'écart type

des notes. Combien d'étudiants ont une note en dessous de la moyenne ?
En utilisant la fonction que vous avez écrite précédemment, déterminer la mention de

chaque étudiant à ce module.

Commandes R : etc.
Exercice 47
Proposez une procédure permettant d'illustrer le théorème central limite (toute somme
de n variables aléatoires indépendantes et identiquement distribuées tend vers une
certaine variable aléatoire dont la loi converge vers la loi normale quand n croit
indéfiniment).
Commandes R : etc.
Exercice 48
Les données « old faithful geyser » ont été collectées dans le cadre d’une étude du temps
d’attente entre deux éruptions et la durée des éruptions au sein du parc National de
Yellowstone (USA). Ce jeu de données est disponible sous R et est nommé « faithful »
(package datasets). Le seuil critique d’attente au delà duquel la probabilité que la
prochaine éruption soit longue et forte est fixé à 63.
Télécharger et visualiser le jeu de données (fonction « plot( ) »). Construire un

histogramme de la durée d’éruption. Représenter l’histogramme en terme de fréquence
plutôt qu’en termes d’effectifs (axe Y). Ajouter un titre, nommer les axes et colorer les
barres de l’histogramme en vert et les traits de l’histogramme en rouge. Augmenter la
taille du pas de l’histogramme à 20 et ajuster une loi normale sur cet histogramme. Que
remarquez-‐vous ?
Partitionner votre graphique en deux dans le sens horizontal. Dans le premier cadre de
la partition, tracer les boîtes à moustache (boxplot) associées aux durées de l’éruption
conditionnellement aux temps d’attente entre deux éruptions. Dans le second cadre de
la partition, utiliser le seuil défini précédemment pour construire deux boîtes à
moustache associées aux durées d’éruption conditionnellement aux temps d’attente
entre 2 éruptions. L’une codant les éruptions courtes et l’autre les éruptions longues.
Commandes R : etc.

Exercice 49
Deux fragments protéiques de même séquence en acides aminés peuvent avoir des
géométries différentes. A partir d'une banque de structures protéiques, 36 motifs de 7
acides aminés ont été extraits. Ces motifs sont nommés par des mots de 4 lettres. Un
motif correspond à un ensemble de fragments de 7 acides aminés présentant des
séquences en acides aminés identiques. Le but de ce travail est d’identifier les motifs les
plus similaires en termes de géométrie. Pour cela, le fichier « distance_fragments.dat »
(disponible sur Didel) qui contient les distances géométriques 2 à 2 entre les différents
motifs. Plus la distance géométrique entre deux motifs est petite, plus ces deux motifs
ont une géométrie similaire. Cette distance est aussi calculée entre les fragments d’un
même motif, nommée distance intra, permettant ainsi de quantifier la variabilité
structurale d’un motif donné.
Importer le fichier distance_fragments .dat ». Formater les données de ce fichier en une
matrice 36 x 36 avec les distances géométriques entre 2 fragments. Les noms de lignes
et de colonnes correspondent aux noms des fragments.
BBQK BBQP BCDS …
BBQK 0.53 0.84 3.27
BBQP 0.84 0.64 2 .98
BCDS 3.27 2.98 0.41
Rechercher les motifs qui sont peu variables en termes de géométrie, c’est-‐à-‐dire qu’il
présente une distance intra < 0.5A et ceux qui sont fortement variables en termes de
géométrie (distance intra >= 0.5A). Pour chaque motif calculer la distance moyenne
entre motifs et sa variance. Combien de fragments ont au moins une distance inter
inférieure à leur distance intra ? Représenter sur le même graphique la distance intra et
distance moyenne de chaque fragment. Représenter l'image de la matrice de distance.
Extraire pour chaque motif, le motif avec la géométrie la plus similaire (distance la plus
petite). Exporter cet objet dans un fichier nommé « Res.out ».
On voudrait savoir si certains motifs peuvent être regroupés en termes de structures.

Pour cela, réaliser une classification hiérarchique des 36 motifs à l’aide de la matrice de

distance : Remplacer la distance intra par 0. Transformer cette nouvelle matrice en objet
de type « dist » et réaliser une classification hiérarchique. Combien de groupe faut-‐il
faire ?
Commandes R : etc.
Exercice 50
Un ami vous propose le jeu suivant. On lance un dé. Si le résultat est 5 ou 6, on gagne 3 €,
si le résultat est 4 on gagne 1 € et si c'est 3 ou moins on perd 2.5€. Avant d'accepter la
partie, vous essayez de simuler ce jeu, pour voir si vous avez des chances de vous
enrichir. Conclusion ?
Commandes R : etc.

30 R PolyExercices Regad Lelandais

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30BIC141

– Outils en bioinformatique

Programmation avec R – Polycopié d’exercices

Ce polycopié rassemble différents exercices vous permettant d’apprendre à utiliser le

Objectifs : Sauvegarder un ensemble de commandes R dans un fichier texte, les exécuter

Sauvegarder le fichier Commandes.R dans le répertoire de votre choix. Lancer une

Exécuter les commandes R de votre script ligne par ligne (copier/coller) et

Version du 07/09/12 1

Commandes R : cos( ) ; print( ) ; toupper( ) ; nchar( ) ; etc.

Effectuer l’opération suivante : 4850 / 26. Afficher le résultat avec seulement 3

Commandes R : round() ; help( ) ; etc.

Version du 07/09/12 2

Commandes R : « : » ; c( ) ; etc.

Remarque : Il est important de savoir créer un vecteur de plusieurs manières, afin

Commandes R : seq( ) ; etc.

Commandes R : LETTERS ; length( ) ; etc.

Commandes R : paste( ) ; etc.

Version du 07/09/12 3

Créer la matrice identité « matIdentite » de dimension 10 lignes x 10 colonnes (chiffre 1

Créer une matrice « matAleatoire » contenant des valeurs tirées aléatoirement de

Commandes R : matrix( ) ; rnorm() ; etc.

Remarque : Certaines fonctions seront détaillées ultérieurement dans le cours. Consulter

Commandes R : date( ) ; diag( ) ; etc.

Commandes R : sum( ) ; which( ) ; cbind( ) ; etc.

Version du 07/09/12 4

Commandes R : data( ) ; names( ) ; etc.

Commandes R : runif( ) ; rbind( ) ; dim( ) ; etc.

Version du 07/09/12 5

Objectifs : Manipuler les boucles et réaliser des tests.

Commandes R : for( ) ; etc.

Créer une matrice « matAlea » de dimension 10 lignes x 10 colonnes contenant des

La somme de toutes les valeurs de la matrice est-­‐elle supérieure à 15 ? Si oui, afficher le

Commandes R : if( ) ; else( ) ; etc.

Commandes R : « %% » ; etc.

Version du 07/09/12 6

Commandes R : else if( ) ; etc.

Commandes R : apply( ) ; etc.

Importer dans votre session R les données nommées « WorldPhones » (pré-­‐existantes

Commandes R : data.class( ) ; etc.

Version du 07/09/12 7

Commandes R : sample( ) ; etc.

Y a-­‐t-­‐il des individus de plus de 1,70 m et de moins de 75 kilos ? Si oui, combien ?

Commandes R : « & » ; data.frame() ; etc.

Version du 07/09/12 8

Commandes R : unlist( ) ; strsplit( ) ; is.element() ou setequal() ; etc.

Version du 07/09/12 9

Objectifs : Créer et utiliser ses propres fonctions R.

Commandes R : function( ) ; return( ) ; etc.

Commandes R : « || » ; etc.

Version du 07/09/12 10

Commandes R : « NULL » ; etc.

Générer aléatoirement 3 séquences d’ARN de 50, 60 et 79 nucléotides. Créer une

Commandes R : list( ) ; etc.

Pour estimer le poids moléculaire ( PM ) d’une protéine à partir de son nombre de

La formule du calcul de l’ICM (Indice de Masse Corporelle) est la suivante :

l’adulte (voir tableau ci-­‐dessous).

ICM (kg/m2) Classification Risque

Version du 07/09/12 12

Commandes R : substring() ; etc.

Convertir les séquences protéiques suivantes : SER-­‐CYS-­‐THR-­‐ARG-­‐SER-­‐ILE-­‐PRO-­‐PRO-­‐

La somme de toutes les valeurs de la matrice est-‐elle supérieure à 15 ? Si oui, afficher le

Importer dans votre session R les données nommées « WorldPhones » (pré-‐existantes

Y a-‐t-‐il des individus de plus de 1,70 m et de moins de 75 kilos ? Si oui, combien ?

l’adulte (voir tableau ci-‐dessous).

Convertir les séquences protéiques suivantes : SER-‐CYS-‐THR-‐ARG-‐SER-‐ILE-‐PRO-‐PRO-‐