FACULTE DE MEDECINE DE SFAX

LES BACTERIES RESPONSABLES

DE DIARRHEES

Pr. Basma MNIF CHAABENE

Cours de
Bactériologie Systéma4que
2020/2021
 Diarrhée aiguë aqueuse et profuse, sans
fièvre, accompagnée de vomissements
chez un homme de retour d’un voyage en
Afrique :

Quelle est la première étiologie à évoquer ?

Expliquer son urgence diagnostique

 Diarrhée bactérienne : Physiopathologie

Mécanisme toxinique : Mécanisme entéro-invasif :

Ex : V. cholarae, S. aureus, ETEC Ex : Shigella, EIEC, Salmonella…

GR PNN

Diarrhée Diarrhée glairo-

aqueuse sanglante

Sans fièvre Avec fièvre

 Diarrhée infectieuse
Mécanismes, tableaux cliniques et principaux agents infectieux responsables des diarrhées
Mécanisme Sécrétoire (toxinique) Invasif

Toxine à sécrétion active d’eau et Invasion et destruction des Invasion du tissu lymphoïde sous
d’électrolyte par l’épithélium cellules épithéliales avec muqueux sans destruction des
réaction inflammatoire locale cellules épithéliales et réaction
inflammatoire dans la sous muq
principaux - Virus (noro-, rota-, adénovirus) Bactéries entéro-pathogènes Bactéries entéro-pathogènes
agents épidémies en collectivité responsables de diarrhées en lien responsables de diarrhées en lien ou
infectieux fièvre modérée ou absente ou non avec un voyage, et de non avec un voyage, et de TIAC :
évolution brève, bégnine, sauf NRS, TIAC :
sujet âgé, ID -  Campylobacter
- Shigella
- Staphylococcus aureus, Bacillus - Salmonella (non Typhi càd
cereus, C. perfringens - E. coli entéro-invasive mineures)
TIAC - Yersinia
- E. coli entéro-hémorragique - E. coli entéro-pathogène
- E. coli entéro-toxinogène (ECET)
TIAC et diarrhées du voyageur Protozoaires -  Clostridium difficile (Diarrhée
Amibiase colique post-antibiotique)
- Vibrio Cholerare Entemoeba histolytica
diarrhées du voyageur, épidémie

Principaux Syndrome Syndrome dysentérique Syndrome gastro- entéritique
éléments du cholériforme
tableau Fièvre (sauf amibiase) Diarrhée aspécifique et
clinique Diarrhée liquidienne sans fièvre Douleurs abdominales et selles vomissements, souvent fébrile
glairo-sanglantes
Risque déshydratation Sepsis, occlusion, colectasie Sepsis et bactériémies notamment
évolutif chez l’ID
potentiel
 Diarrhée infectieuse
Mécanismes, tableaux cliniques et principaux agents infectieux responsables des diarrhées
Mécanisme Sécrétoire (toxinique) Invasif

Toxine à sécrétion active d’eau et Invasion et destruction des Invasion du tissu lymphoïde sous
d’électrolyte par l’épithélium cellules épithéliales avec muqueux sans destruction des
réaction inflammatoire locale cellules épithéliales et réaction
inflammatoire dans la sous muq
principaux - Virus (noro-, rota-, adénovirus) Bactéries entéro-pathogènes Bactéries entéro-pathogènes
agents épidémies en collectivité responsables de diarrhées en lien responsables de diarrhées en lien ou
infectieux fièvre modérée ou absente ou non avec un voyage, et de non avec un voyage, et de TIAC :
évolution brève, bégnine, sauf NRS, TIAC :
sujet âgé, ID - Campylobacter
- Shigella
- Staphylococcus aureus, Bacillus - Salmonella (non Typhi càd
cereus, C. perfringens - E. coli entéro-invasive mineures)
TIAC
- E. coli entéro-hémorragique - Yersinia
- E. coli entéro-toxinogène (ECET) - E. coli entéro-pathogène
TIAC et diarrhées du voyageur Protozoaires
Amibiase colique - Clostridium difficile (Diarrhée
- Vibrio Cholerare Entemoeba histolytica post-antibiotique)
diarrhées du voyageur, épidémie

Principaux Syndrome Syndrome dysentérique Syndrome gastro- entéritique
éléments du cholériforme
tableau Fièvre (sauf amibiase) Diarrhée aspécifique et
clinique Diarrhée liquidienne sans fièvre Douleurs abdominales et selles vomissements, souvent fébrile
glairo-sanglantes
Risque déshydratation Sepsis, occlusion, colectasie Sepsis et bactériémies notamment
évolutif chez l’ID
potentiel
 LES BACTERIES
RESPONSABLES
DE DIARRHES

LES VIBRIO
 LES VIBRIO
Famille : Vibrionaceae
Genre
Vibrio ++ Aeromonas Plesiomonas

Vibrio cholerae Autres espèces de Vibrio

= Vibrion cholérique
Halophiles
Halotolérantes
> 155 sérogroupes O
- Vibrio cholerae O1
Choléra
- Vibrio cholerae O139
- Autres sérogroupes
⇒ Syndrome cholériforme infection gastro-intestinale
VIBRIO CHOLERAE
O1/O139
Le choléra
LES VIBRIO
VIBRIO CHOLERAE O1/O139

Agents du choléra

Habitat :
Ø tube digestif de :

* malades
* porteurs sains

Ø Environnement : essentiellement eaux salées

⇒ fruits de mer
Le vibrion cholérique peut infecter :
A.  L’homme
B.  Le plancton
C.  Les mammifères aquatiques
D.  Les fruits de mer
E.  Toutes les réponses sont justes
Le vibrion cholérique peut vivre chez :
A.  L’homme
B.  Le plancton
C.  L’eau des piscines
D.  Les fruits de mer
E.  L’eau de mer
Le vibrion cholérique peut survivre :
A.  à pH acide
B.  dans les eaux saumâtres
C.  en milieu sec
D.  en milieu hyersalé
E.  en milieu chloré
F.  dans les frigo
G.  en absence d’oxygène
LES VIBRIO
VIBRIO CHOLERAE O1/O139

I- CARACTERES BACTERIOLOGIQUES

1) Morphologie

BGN en virgule

très mobile
LES VIBRIO
VIBRIO CHOLERAE O1/O139
I- CARACTERES BACTERIOLOGIQUES
2) Caractères culturaux
* pousse sur milieux ordinaires
* très sensible à l’acidité
⇓
pH neutre ou alcalin
⇒  Milieux sélectifs
* Halotolérante . EPA
. GNA
. TCBS
 Ce que le Vibrio tolère

•  Les températures : optimum 37°C, mais capacité

de croissance entre 10 et 43°C ;
•  pH optimum = 7,6 ; mais aime les milieux plutôt
alcalins (pH=9) ;
•  pousse avec ou sans oxygène ;
•  les eaux saumâtres (estuaires, lacs salés) ;
•  survit à la réfrigération (jusqu’à -5°C)

octobre 20, 2020 16

 Ce que le Vibrio ne supporte pas

•  Le sec. Vibrio ne vit que quelques heures sur les

surfaces inertes ;
•  Le chaud T>70°C ;
•  L’acidité pH < 4,5 : pH estomac, jus de citron
(jaune) ;
•  Le chlore.

octobre 20, 2020 17

 Ses capacités de survie

•  A la surface du sol: plusieurs heures

•  Sur un sol très humide: + de 10 jours
•  Sur de la nourriture: + de 5 jours
•  Sur des excrétas: max. 5 jours
•  Dans la sueur humaine: 7 semaines à 28°
•  Dans de l’eau de mer: + de 2 mois
•  Dans des eaux profondes,
algues, huîtres etc. ++ années

octobre 20, 2020 18

LES VIBRIO
VIBRIO CHOLERAE O1/O139
I- CARACTERES BACTERIOLOGIQUES

3) Caractères biochimiques
Oxydase (+)

* Espèce

* Biotype : Vibrio cholerae (classique )

O1
Vibrio El Tor
LES VIBRIO
VIBRIO CHOLERAE O1/O139
I- CARACTERES BACTERIOLOGIQUES

4) Structure antigénique

ü Ag flagellaire H

ü Ag somatique O : LPS : Endotoxine

> 155 sérogroupes O :

O1 et O139 agents du choléra

Communautés antigéniques entre O1 et d’autres bactéries

LES VIBRIO
VIBRIO CHOLERAE O1/O139
I- CARACTERES BACTERIOLOGIQUES

4) Structure antigénique

Sérogroupe O1 → 3 sérotypes :
* Ogawa
* Inaba
* Hikojima
LES VIBRIO
VIBRIO CHOLERAE O1/O139
I- CARACTERES BACTERIOLOGIQUES

5) Substances élaborées

è  Enzymes extracellulaires : è Exotoxine protéique =

- lécithinase Entérotoxine ++
- mucinase Facteur essentiel de la
- protéase virulence

⇓
Destruction de la couche de
mucus
protégeant les entérocytes
LES VIBRIO
VIBRIO CHOLERAE O1/O139

Effets de la toxine cholérique

Protéine thermolabile
1 sous unité A1
1 sous unité A2
5 sous unités B
sous unités B fixation de la toxine à son récepteur : ganglioside GM1

sous unité A2 : franchissement de membrane

sous unité A1 : fonction toxique : Active l’adénylcyclase

↓
ATP → AMP cyclique ⇒ AMPc ↑↑
⇒ ↓ absorption de Na+ (villosité) DIARRHEE
↑↑ fuite Cl-, bicarbonate et eau (cryptes )
 II- Cholera : physiopathologie
1
> 108 Vibrions
O1; O139 mucinase 4

5 Fixation aux entérocytes

production TC 6
2
Acidité
gastrique

3 7

Multiplication intense IG

Diarrhée liquidienne
abondante
 L’action de la toxine cholérique sur la paroi intestinale :
la toxine induit une diarrhée aqueuse et une perte d'ions.
Quel(s) est (sont) le(s) signe(s) clinique(s)
d’un syndrome cholériforme ?
A.  Fièvre
B.  Ténèsmes
C.  diarrhées aqueuses
D.  Déshydratation
E.  vomissements
Quel(s) est (sont) le(s) signe(s) clinique(s)
d’un syndrome dysentérique ?
A.  Fièvre
B.  Vomissements
C.  douleurs abdominales
D.  selles glaireuses
E.  Épreintes
LES VIBRIO
VIBRIO CHOLERAE O1/O139

III- POUVOIR PATHOGENE

Choléra = Toxi- infection intestinale strictement humaine
Incubation : quelques heures → 5 jours

Forme typique

Diarrhée profuse (selles eau de riz)

Vomissements
⇒ Pertes liquidiennes +++
Pas de fièvre ⇓
Syndrome de déshydratation
aiguë ⇒ Mort
LES VIBRIO
VIBRIO CHOLERAE O1/O139
II- POUVOIR PATHOGENE

Formes cliniques

Forme hypertoxique

Forme fruste

Forme asymptomatique ++ : pays endémiques

 « une diarrhée sévère suivie de
vomissements qui tue les adultes en
quelques heures est presque toujours
un choléra! »
Cholera in Bangladesh
1970
LES VIBRIO
VIBRIO CHOLERAE O1/O139
II- POUVOIR PATHOGENE

Centre typique d'urgence pour une

épidémie de choléra
Le choléra
A.  est favorisé par l’hyper acidité gastrique
B.  peut donner des diarrhées profuses
C.  peut entrainer le décès en moins de 24
heures
D.  donne une fièvre à 40 °C
E.  est une maladie strictement humaine
LES VIBRIO
VIBRIO CHOLERAE O1/O139

IV- IMMUNITE
2 types d’anticorps protecteurs :
* anti-paroi : inhibition de l’adhésion à la muqueuse

* anti-toxine : inhibition de fixation membranaire de la toxine

Au niveau du sang : IgG

Au niveau de l’intestin : IgA

Mais immunité acquise de courte durée

(réinfections fréquentes en zones d’endémie)

LES VIBRIO
VIBRIO CHOLERAE O1/O139

V- EPIDEMIOLOGIE
1) Modes de transmission
Aliments ou eau contaminés par les fèces
de malades ou porteurs
Voie orale
Mains souillées par excréta pathologiques
(selles, vomissements)
Rôles des formes frustes ou inapparentes ++

Maladie du péril fécal ↔ * défaut d’hygiène

* insuffisance de l’assainissement
↔ bas niveau socio-économique
Maladie à déclaration obligatoire
LES VIBRIO
VIBRIO CHOLERAE O1/O139
V- EPIDEMIOLOGIE
2) Types épidémiologiques
Propagation de la maladie selon 2 modes :
ð Mode épidémique
Population indemne
Cas importés (rassemblements humains)
Contamination massive
Taux de mortalité élevé
ð Mode endémique
Forte densité de population
Allure traînante : Nombre de cas faible
Tous les jours ou les semaines
faible morbidité
LES VIBRIO VIBRIO CHOLERAE O1/O139
V- EPIDEMIOLOGIE

3) Répartition géographique

* Avant 1817 : Endémoépidémie en Asie (Inde)

* 1817 : 1ère pandémie
O1 classique
* 5 autres pandémies
* 1961 : 7ème pandémie → Aujourd’hui
↓
Vibrio cholerae O1 biotype El Tor
* 1992 : épidémie à nouveau sérotype O139 à Bengladesh
→ grande partie d’Asie → 8ème pandémie??
(pas de protection croisée induite par V cholerae O1)
LES VIBRIO
VIBRIO CHOLERAE O1/O139
V- EPIDEMIOLOGIE

Pandémie Dates Régions touchées

Première 1817-1824 Asie, Afrique, Europe
Deuxième 1829-1837 Asie, Afrique, Europe, Amérique
Troisième 1840-1860 Asie, Afrique, Europe, Amérique
Quatrième 1863-1875 Asie, Afrique, Europe, Amérique
Cinquième 1881-1896 Asie, Afrique, Europe, Amérique
Sixième 1899-1923 Asie, Afrique, Europe
Septième 1961-1992 Asie, Afrique, Europe, Amérique

Les grandes pandémies de Choléra

LES VIBRIO
VIBRIO CHOLERAE O1/O139
V- EPIDEMIOLOGIE
Première pandémie
LES VIBRIO
VIBRIO CHOLERAE O1/O139
V- EPIDEMIOLOGIE

Septième pandémie
 4 millions de cas / an

Tunisie :
pas de cas depuis 1980
140 000 décès
 Source de Sidi El Kebir de Hamr El Ain
(photo IPA)
Oued Beni-Azza traversant la
commune de Khazrouna (Photo
IPA)
LES VIBRIO
VIBRIO CHOLERAE O1/O139

VI- DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE

Diagnostic direct
Diagnostic d’ URGENCE (risque épidémie)
RIGOUREUX
DEMANDE SPECIFIQUE

Prélèvements Coproculture
Vomissements
Aliments

Ensemencement rapide
Milieu de transport : papier buvard ou filtre
Prélèvement d’une selle cholérique : Milieu de transport, disque de papier
LES VIBRIO
VIBRIO CHOLERAE O1/O139
VI- DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE

Examen direct Résultat présomptif

Culture Milieu d’enrichissement : EPA
Milieu sélectif : TCBS

Identification Espèce
sérogroupe
biotype
sérotype

Antibiogramme Nécessaire (Résistances acquises)

LES VIBRIO
VIBRIO CHOLERAE O1/O139

VII- TRAITEMENT
Réhydratation +++
Orale ou IV

Antibiotiques : cyclines ou sulfamides

à défaut érythromycine
300 mg de Doxycycline en dose unique
DSH graves, l’importance de la diarrhée
l’excrétion du vibrion cholérique
Problèmes d’apparition de résistance
LES VIBRIO
VIBRIO CHOLERAE O1/O139

VII- TRAITEMENT
Evolution
Sans traitement : mortalité 25 à 50%
Avec traitement : guérison sans séquelles (mortalité 1%)
LES VIBRIO
VIBRIO CHOLERAE O1/O139

VIII- PROPHYLAXIE

Hygiène individuelle et collective ++

Vaccination
→ 2 vaccins oraux anti O1 préqualifiés par l’OMS
Dukoral / Shanchol

→  Etudes en cours pour O139

→ Indication : * voyage en zone d’endémie

* populations à haut risque
LES VIBRIO
VIBRIO CHOLERAE O1/O139
à retenir
Ø  Vibrio cholerae O1 ; O139 : 2 sérogroupes du choléra

Ø  V. cholerae O1; O139 : BPS, strictement humain

Ø  Habitat : tube digestif homme, eaux salées

Ø  Transmission : oro-fécale

Ø  BGN halotolérant, sensible acidité

Ø  Physiopathologie : production TC : entérotoxine

Ø  Diarrhée liquidienne profuse sans fièvre à mortelle par DSH

Ø  Diagnostic : urgence (épidémie) ; demande spécifique

direct à V cholerae ET sérogroupes O1, O139

Ø  Tunisie pas de choléra ; importation?!!!

Ø  Prévention : hygiène +++ / vaccination en cas d’épidémie
 Diarrhée bactérienne : Physiopathologie
Mécanisme toxinique : Mécanisme entéro-invasif :
Ex : V. cholarae, S. aureus, ETEC Ex : Shigella, EIEC, Salmonella…

GR PNN

Diarrhée Diarrhée glairo-

aqueuse sanglante

Sans fièvre Avec fièvre

 Diarrhée infectieuse
Mécanismes, tableaux cliniques et principaux agents infectieux responsables des diarrhées
Mécanisme Sécrétoire (toxinique) Invasif

Toxine à sécrétion active d’eau et Invasion et destruction des Invasion du tissu lymphoïde sous
d’électrolyte par l’épithélium cellules épithéliales avec muqueux sans destruction des
réaction inflammatoire locale cellules épithéliales et réaction
inflammatoire dans la sous muq
principaux - Virus (noro-, rota-, adénovirus) Bactéries entéro-pathogènes Bactéries entéro-pathogènes
agents épidémies en collectivité responsables de diarrhées en lien responsables de diarrhées en lien ou
infectieux fièvre modérée ou absente ou non avec un voyage, et de non avec un voyage, et de TIAC :
évolution brève, bégnine, sauf NRS, TIAC :
sujet âgé, ID -  Campylobacter
- Shigella
- Staphylococcus aureus, Bacillus - Salmonella (non Typhi càd
cereus, C. perfringens - E. coli entéro-invasive mineures)
TIAC - Yersinia
- E. coli entéro-hémorragique - E. coli entéro-pathogène
- E. coli entéro-toxinogène (ECET)
TIAC et diarrhées du voyageur Protozoaires -  Clostridium difficile (Diarrhée
Amibiase colique post-antibiotique)
- Vibrio Cholerare Entemoeba histolytica
diarrhées du voyageur, épidémie

Principaux Syndrome Syndrome dysentérique Syndrome gastro- entéritique
éléments du cholériforme
tableau Fièvre (sauf amibiase) Diarrhée aspécifique et
clinique Diarrhée liquidienne sans fièvre Douleurs abdominales et selles vomissements, souvent fébrile
glairo-sanglantes
Risque déshydratation Sepsis, occlusion, colectasie Sepsis et bactériémies notamment
évolutif chez l’ID
potentiel
 Diarrhée Bactérienne : stratégie
diagnostique
Objectif difficile : isoler un nombre limité d’espèces bactériennes
réputées pathogènes (> 10) au sein d’une flore complexe.

Coproculture standard Coproculture orientée

Contextes épidémio-cliniques :
Salmonella, V. Cholerae
Shigella, C. difficile, K. oxytoca
Campylobacter, E. coli entéropathogènes
Yersinia enterocolitica (E.coli O157 H7 si SHU……)
(<20 ans) S. aureus
….
…
..
.
LES BACTERIES
RESPONSABLES
DE DIARRHES

CAMPYLOBACTER
 Camplylobacter

BGN mobiles, incurvés ou spiralés, microaérophiles

Campylobacter jejuni, Campylobacter coli +++

Habitat : tube digestif animal (volailles +++, ovins , porcs)

Pouvoir pathogène:
" Diarrhée fébrile à Dg direct
" Cpc : syndrome de Guillain Barré, Arthrite réactionnelleà Dg indirect

Epidémiologie:
2ème cause de diarrhée
Transmission : digestive : carcasses des volailles
L’emballage des aliments à micro-aérophilie
 Camplylobacter

Caractères bactériologiques
BGN mobiles, incurvés ou spiralés,
microaérophiles

Culture : milieu sélectif Skirrow, milieu Campylo

Caractères biochimiques : oxydase (+), catalase (+), Nitrate réductase (+), ne

fermentent et n'acidifient aucun sucre

Sensibilité aux antibiotiques: Macrolides, cyclines et Fluoroquinolones

Parmi les propositions suivantes à propos de
Campylobacter jejuni, laquelle est exacte ?
A.  C’est un bacille Gram positif
B.  Cette bactérie est résistante aux macrolides
C.  C. jejuni peut provoquer des diarrhées
fébriles
D.  La transmission se fait principalement par
voie hématogène
E.  C’est le principal germe responsable des
colites pseudo-membraneuses
Quelles sont les bactéries qui peuvent être
transmises à l’homme par la volaille

A. Brucella
B. Camplylobacter
C. Salmenella Typhi
D. Salmonella Typhimirium
E. Escherichia Entérohémorrhagique
LES BACTERIES
RESPONSABLES
DE DIARRHES

CLOSTRIDIUM
DIFFICILE
 Clostridium difficile

•  Habitat :
- Intestin de l’homme et des animaux
- Très répandu dans l’environnement
→ spores résistantes aux désinfectants
→ présent dans l’environnement hospitalier des malades
 Clostridium difficile

•  Pouvoir pathogène
Ø  Portage asymptomatique :
~ 3% adulte
jusqu’à 15- 25% après traitement antibiotique

Ø  Diarrhée post antibiothérapie : 25%

1 semaine après l’antibiothérapie

les signes cliniques régressent dans 25% des cas après arrêt de
l’antibiotique responsable
 Clostridium difficile

•  Pouvoir pathogène
Ø  Colites pseudomembraneuses : 95%
Signes cliniques :
diarrhée, fièvre
distension et douleur abdominale
pseudomembranes sur la paroi colique
complications sont graves/ mégacolon toxique, perforation, péritonite
rechutes : 20%
la quasi totalité des antibiotiques ont été incriminés essentiellement les
lincosamides, aminopénicillines et les céphalosporines
 Clostridium difficile
Colites pseudomembraneuses
 Clostridium difficile

•  Épidémiologie
ü  Nosocomiales > 70% des cas : svt épidémiques
ü  Portage asymptomatique : 15 à 25% des sujets sous ATB
ü  Incidence X 10 aux USA, Europe, Canada : épidémie C. difficile O27
ü  Transmission : orofécale
Mains du personnel, Environnement +++
FF : diarrhée, résistance des spores, pression ATB, promiscuité patients
 Clostridium difficile

•  Physiopathologie
Contamination Déséquilibre de la flore
exogène intestinale/antibiothérapie

Multiplication C. difficile

Production des 2 toxines

Les 2 principaux facteurs de virulence sont :

TcdA : toxine A= entérotoxine
TcdB : toxine B= cytotoxique
 Diarrhée à C. difficile
ICD =
•  Physiopathologie Diarrhée + Fièvre + Hyperleucocytose

Toxine A : Toxine B :
entérotoxine cytotoxine
 Clostridium difficile
•  Diagnostic :
- aspects cliniques
- recto-sigmoidoscopie : visualisation de membranes très spécifiques
- diagnostic bactériologique :
mise en évidence des toxines de C. difficile dans les selles :
Ø  Méthode immuno-enzymatique : rapide
Ø  Biologie moléculaire : PCR
Ø  Culture : isolement de C. difficile et mee de son
pouvoir toxinogène
•  Traitement
- arrêt de l’antibiotique
- métronidazole ou vancomycine per os
Quelles bactéries doit-on rechercher en premier
lieu devant une =
Diarrhée liquidienne après retour d’un voyage
en Afrique:………………………………………
Diarrhée nosocomiale :…………………………
Diarrhée compliquée d’un SHU :……….…….…
Diarrhée compliquée d’un syndrome de Guillain
barré:………………………………………….