AgroParisTech – UC modélisation moléculaire

Exemple d’utilisation du logiciel Autodock Vina

Luc Eveleigh – novembre 2019

Ce document présente l'utilisation du logiciel d'ancrage (ou docking) Autodock Vina, en s'appuyant sur l'exemple
d'une rétrotranscrpitase du virus HIV et de plusieurs de ses inhibiteurs qui sont utilisés dans le traitement du SIDA.
Matériel requis :
• le logiciel Autodock Vina http://vina.scripps.edu/download.html ;
• le fichier PDB de la structure 1VRT de la base données Protein Data Bank http://www.rcsb.org ;
• un logiciel d'édition de molécule : Marvin Beans est excellent choix ;
• le logiciel de visualisation VMD ;
• les convertisseurs de format Open Babel.
Une alternative peut être l’utilisation de la suite logicielle Autodock Tools.
Le fichier 1VRT contient à la fois la protéine et un des inhibiteurs ; un travail préparatoire est donc nécessaire
pour extraire la chaîne protéique seule. Les ligands (inhibiteurs) seront dessinés de novo à partir de leur formule.

Préparation de la chaine protéique : le récepteur

Il s'agit de ne garder que la chaîne A, la protéine comportant deux sous-unités A et B. Il faut aussi ôter l'eau qui
apparaît dans le fichier expérimental de cristallographie, ainsi que les ligands. Le résultat doit être un fichier .pdbqt
compatible avec les logiciels de docking (au moins Autodock Vina). Il doit comporter :
• les atomes d'hydrogène polaires, car ils sont impliqués dans les liaisons hydrogène : commande --addpolarh;
• les charges partielles sur les atomes pour simuler les interactions électrostatiques : automatique dans le cadre
de la conversion;
• un squelette rigide : dans les techniques simples, le récepteur n'est pas déformé par l'ancrage du ligand :
option -xr.
Il est conseillé de créer un répertoire de travail dédié au docking, du type N:\mm\docking.

• Télécharger la structure 1VRT à partir du site http://www.rcsb.org : chercher d'abord 1VRT,

puis télécharger le fichier 1VRT.pdb (sans option .gz) sur le répertoire N:\mm\docking;
• Lancer VMD et charger 1VRT.pdb
• Dans la fenêtre VMD main, cliquer à gauche sur la ligne de 1VRT.pdb, puis cliquer à droite et
choisir Save Coordinates...
• Sélectionner la partie à extraire en indiquant dans le champ Selected atoms :
protein and chain A et valider ;
• Dans la fenêtre Choose filename to save trajectory, proposer un nom, par exemple :
N:\mm\docking\chaineA.pdb
• Sortir de VMD ;
• Convertir la protéine en fichier de docking : dans une fenêtre de ligne de commande ouverte sur le
répertoire N:\mm\docking, invoquer openbabel :
obabel chaineA.pdb -O chaineA.pdbqt --addpolarh -xr

Remarque : cette opération illustre la puissance de VMD pour sélectionner des groupes d'atomes par Selected atoms.
Noter que le seul argument chain A n'aurait pas suffit, car le ligand lié à la chaîne A aurait aussi été sélectionné ainsi
que des molécules d'eau encore présentes lors de la détermination de la structure ; il est donc nécessaire de préciser
chain A and protein.

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Préparation du fichier du ligand
Il faut générer une structure complètement indépendante de celle contenue dans 1VRT.pdb et la convertir en
fichier de docking qui indique :
• les charges partielles et les hydrogènes polaires ;
• les liaisons 𝜎 libres de rotation.

• Dessiner, une à une et à l'aide de MarvinSketch, les molécules des inhibiteurs. On commencera par
NVP et on en choisir un autre :

N
N N N O
N N

HN N

O O

NPV U05

H
O N
N N

O HN
F Cl
N
F F N
O

NH2
Br

EFV ETR

• Pour chacun des inhibiteurs, générer les coordonnées 3D en calculant les conformères ;
• Sauvegarder le conformère le plus stable en fichier pdb : XXX.pdb dans le répertoire de travail sur
N:\mm\docking (XXX est choisi selon le ligand) ;
• Convertir le ligand en fichier de docking : dans une fenêtre de ligne de commande ouverte sur le
répertoire où se trouve le fichier, invoquer openbabel sans option -xr car le ligand est doit être
flexible :
obabel XXX.pdb -O XXX.pdbqt --addpolarh

Ancrage
Il ne reste qu’à procéder à l’encrage moléculaire. Pour ce faire, Autodock Vina parcoure l’espace de manière
pseudo-aléatoire. Chaque position du ligand dans le récepteur conduit à un complexe possible. Autodock Vina calcule
alors une approximation de l’enthalpie libre de formation de ce complexe grâce à une fonction de scoring. Le meilleur
score correspond à la réponse donnée par le logiciel.
L'espace balayé par Autodock Vina est limité à 27 000 × 10−30 m3 , ce qui ne couvre qu'une partie du récepteur
comme l'illustre la figure suivante sur un exemple de protéine :

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Pratiquement, il faut définir l’espace de recherche en précisant les coordonnées du centre et les dimensions d’un
pavé droit. Pour examiner un très grand volume, plusieurs recherches successives sont nécessaires. Les paramètres
de recherche peuvent être passés en ligne de commande, mais il est plus facile de les rassembler dans un fichier
texte. Pour faire rapide, les paramètres proposés dans ce TD permettent de balayer un volume assez limité. Chaque
étudiant va générer une série de cubes d’au plus 27 000 × 10−30 m3 numérotés 𝑖, 𝑖 variant de 0 à 𝑛. Les coordonnées et
les dimensions de ces cubes sont générés par VMD au sein du pavé qui contient la chaîne protéique.

• Charger dans VMD le fichier de protéines créé plus tôt, en choisissant bien le .pdb et non le
.pdbqt :
chaineA.pdb
• Ouvrir la fenêtre de commande de VMD : Extensions → Tk Console
• Charger la macro source vina_random_cubes.tcl ; ce script doit être dans le répertoire d'où a
été appelé VMD ;
• Appliquer la macro cubes ;
• 𝑛 fichiers de paramètres nommés parametres_1.txt ... parametres_n.txt sont alors créés
;

Il faut alors créer un fichier de commande pour lancer Vina avec chacun des fichiers de paramètres. Un tel fichier
comporte, sous Windows, une extension .BAT et est simplement écrit comme une suite de lignes de commande
passée depuis la fenêtre cmd

• Lancer le bloc-note de Windows ;

• Composer 𝑛 lignes de la forme suivante, où 𝑖 varie de 1 à 𝑛 :
vina --receptor chaineA.pdbqt --ligand XXX.pdbqt --config parametres_i
• Sauvegarder contenu du bloc-note dans le fichier XXX_n.BAT en tant que fichier de Type : Tous
les fichiers (*.*) dans le répertoire N:\mm\docking
• Lancer par une ligne de commande (toujours depuis le répertoire de travail) :
XXX_n

Bilan
On procède ensuite à un bilan pour savoir quelle est la meilleure zone de travail ; chacun relance ensuite Vina sur
cette zone. Ouvrir, en cliquant dessus, tous les fichiers resulats_i.txt et déterminer quelle opération d'ancrage
moléculaire a conduit à l'affinité la plus basse. Soit resulats_j.txt le fichier qui lui est associé. Il s'agit de

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confronter le résultat de l'ancrage avec la position réelle déterminée par diffraction aux rayons X. VMD est le meilleur
outil pour cette comparaison.

• Convertir les résultats en une série de molécules contenues dans un fichier qui supporte les
« multimolécules ». En ligne de commande :
obabel resultats_𝑗.pdbqt -O resultats_𝑗.mol2
• Lancer VMD et charger 1VRT.pdb
• Ouvrir le menu Graphic → Representations
• Représenter le ligand expérimental (celui contenu dans 1VRT)par la sélection : chain A and not
protein and not water
• Choisir aussi une représentation distinguable, par exemple :
Coloring method : ColorID 1
Drawing method : Licorice
• Ajouter la protéine : Create Rep avec une sélection : chain A and protein
• En retournant au menu principal de VMD, charger resultats_𝑗.mol2 ; lui choisir une représen-
tation licorice en gardant les couleurs par défaut ;
• Faire défiler les solutions avec le bouton sur la barre de la fenêtre principale de VMD :

La meilleure solution correspond à la première, numérotée 0 comme on peut le voir sur la figure
ci-dessus ; l'index de la barre de défilement est alors à gauche.
• Il est possible de générer une surface moléculaire autour de la protéine et d’examiner les résultats
avec l’aide des clipping planes.