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En classifications biologiques, le domaine (néolatinisé en dominium) est le premier niveau de rang, au-dessus des règnes.

Historique

Le terme domaine a été introduit pour discuter de la classification du monde vivant selon un modèle divisant celui-ci en trois grands groupes supposés monophylétiques^[1]. Bien que pratique, le modèle à trois domaines est critiquable puisqu'au moins l'un d'entre eux n'est pas monophylétique. Par ailleurs, certains taxonomistes lui préfèrent, au nom de l'antériorité, le terme vieilli d'empire.

Le modèle à trois domaines

La classification de Carl Woese et al. (1977, 1990)^[2]^,^[3]^,^[4] distingue trois domaines présumés monophylétiques :

le domaine Bacteria (ou Eubacteria) ;
le domaine Archaea (ou Archaebacteria) ;
et le domaine Eukaryota (ou Eucarya).

Ces taxons, s'ils possèdent un héritage génétique commun (les gènes impliqués dans le métabolisme général des cellules eucaryotes sont d’origine bactérienne, tandis que ceux liés aux processus de réplication et de réparation de l'ADN ainsi que de la traduction génétique sont d'origine archéenne), comportent en effet des différences fondamentales dans leurs génomes ou leur morphologie^[5].

Les unicontes et bicontes sont des sous-domaines des Eucaryotes^[6].

Variantes

Critiques

Le modèle à trois domaines permet une vision synthétique dans une optique évolutionniste mais ne correspond pas exactement à la phylogénie du vivant.

Pour les systématiciens phylogénétiques, le modèle à trois domaines est mis en défaut s'il se confirme que les eucaryotes émergent parmi les archées d'Asgård^[13]. Les archées dans leur ensemble ne constituent donc pas le groupe frère des eucaryotes et les archées seuls (sans les eucaryotes) constituent un groupe paraphylétique, les Neomura selon Thomas Cavalier-Smith. Or, la classification phylogénétique ne reconnaît que des clades (monophylétiques)^[14]. La découverte des archées d'Asgård en 2015 renforce ainsi les études phylogénétiques suggérant qu'il y a seulement deux domaines, les bactéries et les archées qui forment les deux grandes lignées ancestrales indépendantes.

Pour les systématiciens évolutionnistes, la classification du monde vivant ne devrait pas se fonder uniquement sur des clades mais devrait incorporer le concept de grade évolutif^[15] (voir aussi empire et plan d'organisation). De ce point de vue, les archées, procaryotes, se distinguent nettement des eucaryotes, lesquels ont beaucoup évolué avec notamment l'acquisition d'un noyau et, par endosymbiose avec une α-protéobactérie, d'une mitochondrie.

Autres rangs taxonomiques

Les rangs taxonomiques^[a] utilisés en systématique linnéenne pour indiquer la hiérarchie entre les taxons nommés dans la classification du monde vivant sont les suivants (par ordre décroissant) :

Super-règne, Empire, Domaine (Superregnum, Imperium, Dominium)
Règne (Regnum)
Sous-règne (Subregnum)
Rameau (Ramus, « branch » en anglais)
Infra-règne (Infraregnum)
- Super-embranchement, Super-division (Superphylum, Superdivisio)
- Embranchement, Division (Phylum, Divisio)^[b]
- Sous-embranchement, Sous-division (Subphylum, Subdivisio)
- Infra-embranchement (Infraphylum)
- Micro-embranchement (Microphylum)
  - Super-classe (Superclassis)
  - Classe (Classis)
  - Sous-classe (Subclassis)
  - Infra-classe (Infraclassis)
    - Super-ordre (Superordo)
    - Ordre (Ordo)
    - Sous-ordre (Subordo)
    - Infra-ordre (Infraordo)
    - Micro-ordre (Microordo)
      - Super-famille (Superfamilia)
      - Famille (Familia)
      - Sous-famille (Subfamilia)
      - Tribu (Tribus)
      - Sous-tribu (Subtribus)
        Genre (Genus)
        
        Sous-genre (Subgenus)
        
        Section (Sectio)
        
        Sous-section (Subsectio)
        Espèce (Species)
        
        Sous-espèce (subspecies) – dernier rang zoologique officiel^[c]
        
        Variété (varietas) – race étant un rang zoologique informel^[c]
        
        Sous-variété (subvarietas) – sous-race étant un rang zoologique informel^[c]
        
        Forme (forma) dernier rang en mycologie – forme étant un rang zoologique informel
        
        Sous-forme (subforma)

Notes et références

Notes

↑ En gras les sept rangs principaux (RECOFGE, sigle mnémotechnique pour Règne/Embranchement/Classe/Ordre/Famille/Genre/Espèce), en maigre les rangs secondaires. En romain les noms vulgaires, en italique les noms scientifiques.
↑ Un embranchement en zoologie, ou division en botanique, est traditionnellement caractérisé par une description schématique appelée « plan d'organisation ».
↑ ^{a b et c} Les taxons aux rangs de race et de sous-race (animaux domestiques principalement) n'ont pas de nom scientifique. Ils ne sont pas régis par le Code international de nomenclature zoologique (CINZ).

Références

↑ (en) Carl R. Woese et George E. Fox, « Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: The primary kingdoms », Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 74, n^o 11,‎ 1^er novembre 1977, p. 5088–5090 (ISSN 0027-8424 et 1091-6490, PMID 270744, DOI 10.1073/pnas.74.11.5088, lire en ligne, consulté le 14 mai 2018)
↑ (en) C. R. Woese, W. E. Balch, L. J. Magrum, G. E. Fox and R. S. Wolfe, « An ancient divergence among the bacteria », dans Journal of Molecular Evolution, vol. 9, 1977, p. 305–311
↑ Carl R. Woese & George E. Fox, "Phylogenetic structure of the prokaryotic domain : The primary kingdoms", Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Vol.74, No.11, November 1, 1977, p. 5088-5090. DOI 10.1073/pnas.74.11.5088
↑ (en) Carl R. Woese, Otto Kandlert & Mark L. Wheelis, "Towards a natural system of organisms : Proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya", Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Vol.87, No.12, June 1, 1990, p. 4576-4579. DOI 10.1073/pnas.87.12.4576
↑ Frédéric Thomas, Thierry Lefevre, Michel Raymond, Biologie évolutive, De Boeck supérieur, 2016, p. 38.
↑ (en) Alexandra Stechmann et Thomas Cavalier-Smith, « The root of the eukaryote tree pinpointed », Current Biology, vol. 13, n^o 17,‎ 2 septembre 2003, R665-R666 (PMID 12956967, DOI 10.1016/S0960-9822(03)00602-X, lire en ligne)
↑ (en) E. Mayr, « Two empires or three? », Proc. Natl. Acad. Sci USA., vol. 95, n^o 17,‎ 1998, p. 9720–9723 (PMCID 33883, DOI 10.1073/pnas.95.17.9720, lire en ligne)
↑ (en) T. Cavalier-Smith, « Only six kingdoms of life », Proc. R. Soc. Lond. B, vol. 271,‎ 2004, p. 1251–62 (PMID 15306349, PMCID 1691724, DOI 10.1098/rspb.2004.2705, lire en ligne)
↑ Michael L. Cain, Hans Damman, Robert A. Lue & Carol Kaeseuk Yoon, Découvrir la biologie, De Boeck Supérieur, Bruxelles, 2006, p.26-27. (ISBN 2-8041-4627-8)
↑ Lansing M. Prescott, John P. Harley, Donald A. Klein, Joanne M. Willey, Linda M. Sherwood & Christopher J. Woolverton, Microbiologie, 3^e édition, De Boeck, Bruxelles, 2010, p.491-492. (ISBN 978-2-8041-6012-8)
↑ (en) Cecie Starr, Ralph Taggart, Christine Evers & Lisa Starr, Biology : The Unit and Diversity of Life, Fourteenth Edition, Cengage Learning, Boston, 2016, p.11. (ISBN 978-1-305-07395-1)
↑ (en) C. J. Cox, P. G. Foster, R. P. Hirt, S. R. Harris, T. M. Embley, « The archaebacterial origin of eukaryotes », Proc Natl Acad Sci USA, vol. 105, n^o 51,‎ 2008, p. 20356–61 (DOI 10.1073/pnas.0810647105).
↑ (en) Laura Eme, Anja Spang, Jonathan Lombard, Courtney W. Stairs et Thijs J. G. Ettema, « Archaea and the origin of eukaryotes », Nature Reviews Microbiology, vol. 15, n^o 12,‎ 10 novembre 2017, p. 711-723 (ISSN 1740-1534, DOI 10.1038/nrmicro.2017.133, lire en ligne).
↑ (en) Willi Hennig (trad. D. Dwight Davis et Rainer Zangerl), Phylogenetic Systematics, Urbana, Chicago, London, University of Illinois Press, 1966, 263 p. (lire en ligne)
↑ (en) Ernst Mayr et W. J. Bock, « Classifications and other ordering systems », Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research, vol. 40, n^o 4,‎ décembre 2002, p. 169–194 (ISSN 0947-5745 et 1439-0469, DOI 10.1046/j.1439-0469.2002.00211.x, lire en ligne, consulté le 14 mai 2018)

Voir aussi

Bibliographie

Classification phylogénétique du vivant / Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader, Paris, Belin, 2001. - (ISBN 2-7011-2137-X).

Articles connexes

[16] En gras les sept rangs principaux (RECOFGE, sigle mnémotechnique pour Règne/Embranchement/Classe/Ordre/Famille/Genre/Espèce), en maigre les rangs secondaires. En romain les noms vulgaires, en italique les noms scientifiques.

[17] Un embranchement en zoologie, ou division en botanique, est traditionnellement caractérisé par une description schématique appelée « plan d'organisation ».

[troisappels-18] {a b et c} Les taxons aux rangs de race et de sous-race (animaux domestiques principalement) n'ont pas de nom scientifique. Ils ne sont pas régis par le Code international de nomenclature zoologique (CINZ).

[1] (en) Carl R. Woese et George E. Fox, « Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: The primary kingdoms », Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 74, n^o 11,‎ 1^er novembre 1977, p. 5088–5090 (ISSN 0027-8424 et 1091-6490, PMID 270744, DOI 10.1073/pnas.74.11.5088, lire en ligne, consulté le 14 mai 2018)

[2] (en) C. R. Woese, W. E. Balch, L. J. Magrum, G. E. Fox and R. S. Wolfe, « An ancient divergence among the bacteria », dans Journal of Molecular Evolution, vol. 9, 1977, p. 305–311

[3] Carl R. Woese & George E. Fox, "Phylogenetic structure of the prokaryotic domain : The primary kingdoms", Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Vol.74, No.11, November 1, 1977, p. 5088-5090. DOI 10.1073/pnas.74.11.5088

[4] (en) Carl R. Woese, Otto Kandlert & Mark L. Wheelis, "Towards a natural system of organisms : Proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya", Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Vol.87, No.12, June 1, 1990, p. 4576-4579. DOI 10.1073/pnas.87.12.4576

[5] Frédéric Thomas, Thierry Lefevre, Michel Raymond, Biologie évolutive, De Boeck supérieur, 2016, p. 38.

[ASCS2003-6] (en) Alexandra Stechmann et Thomas Cavalier-Smith, « The root of the eukaryote tree pinpointed », Current Biology, vol. 13, n^o 17,‎ 2 septembre 2003, R665-R666 (PMID 12956967, DOI 10.1016/S0960-9822(03)00602-X, lire en ligne)

[Mayr1998-7] (en) E. Mayr, « Two empires or three? », Proc. Natl. Acad. Sci USA., vol. 95, n^o 17,‎ 1998, p. 9720–9723 (PMCID 33883, DOI 10.1073/pnas.95.17.9720, lire en ligne)

[CavalierSmith2004-8] (en) T. Cavalier-Smith, « Only six kingdoms of life », Proc. R. Soc. Lond. B, vol. 271,‎ 2004, p. 1251–62 (PMID 15306349, PMCID 1691724, DOI 10.1098/rspb.2004.2705, lire en ligne)

[9] Michael L. Cain, Hans Damman, Robert A. Lue & Carol Kaeseuk Yoon, Découvrir la biologie, De Boeck Supérieur, Bruxelles, 2006, p.26-27. (ISBN 2-8041-4627-8)

[10] Lansing M. Prescott, John P. Harley, Donald A. Klein, Joanne M. Willey, Linda M. Sherwood & Christopher J. Woolverton, Microbiologie, 3^e édition, De Boeck, Bruxelles, 2010, p.491-492. (ISBN 978-2-8041-6012-8)

[11] (en) Cecie Starr, Ralph Taggart, Christine Evers & Lisa Starr, Biology : The Unit and Diversity of Life, Fourteenth Edition, Cengage Learning, Boston, 2016, p.11. (ISBN 978-1-305-07395-1)

[12] (en) C. J. Cox, P. G. Foster, R. P. Hirt, S. R. Harris, T. M. Embley, « The archaebacterial origin of eukaryotes », Proc Natl Acad Sci USA, vol. 105, n^o 51,‎ 2008, p. 20356–61 (DOI 10.1073/pnas.0810647105).

[Eme-13] (en) Laura Eme, Anja Spang, Jonathan Lombard, Courtney W. Stairs et Thijs J. G. Ettema, « Archaea and the origin of eukaryotes », Nature Reviews Microbiology, vol. 15, n^o 12,‎ 10 novembre 2017, p. 711-723 (ISSN 1740-1534, DOI 10.1038/nrmicro.2017.133, lire en ligne).

[14] (en) Willi Hennig (trad. D. Dwight Davis et Rainer Zangerl), Phylogenetic Systematics, Urbana, Chicago, London, University of Illinois Press, 1966, 263 p. (lire en ligne)

[15] (en) Ernst Mayr et W. J. Bock, « Classifications and other ordering systems », Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research, vol. 40, n^o 4,‎ décembre 2002, p. 169–194 (ISSN 0947-5745 et 1439-0469, DOI 10.1046/j.1439-0469.2002.00211.x, lire en ligne, consulté le 14 mai 2018)

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 {{Voir homonymes|Domaine}}
-En [[biologie]], le '''domaine''' ([[latin contemporain|néolatinisé]] en ''dominium'') est dans certaines classifications biologiques le premier niveau de rang au-dessus des [[règne (biologie)|règnes]]. Il est parfois considéré comme un synonyme du terme plus traditionnel d''''[[Empire (biologie)|empire]]''', toutefois ces notions ne se recouvrent pas totalement.
+En [[Classification scientifique des espèces|classifications]] [[Biologie|biologiques]], le '''domaine''' ([[latin contemporain|néolatinisé]] en ''dominium'') est le premier niveau de rang, au-dessus des [[règne (biologie)|règnes]].
 == Historique ==
-Le terme ''domaine'' a été introduit pour discuter de la classification du [[monde vivant]] selon un modèle divisant celui-ci en trois grands groupes [[holophylétique]]s. Bien qu'étant de fait synonymes, l'emploi des termes ''domaine'' ou ''empire'' n'est pas tout à fait neutre. Le mot ''domaine'' est généralement rejeté par les taxonomistes qui contestent le modèle à trois domaines de Woese. Ce terme est également parfois rejeté par des taxonomistes qui acceptent ce système, simplement au nom de l'antériorité du terme ''empire''.
+Le terme '''domaine''' a été introduit pour discuter de la classification du [[monde vivant]] selon un modèle divisant celui-ci en trois grands groupes supposés [[Monophylie|monophylétiques]]<ref>{{Article|langue=en|prénom1=Carl R.|nom1=Woese|prénom2=George E.|nom2=Fox|titre=Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: The primary kingdoms|périodique=Proceedings of the National Academy of Sciences|volume=74|numéro=11|date=1977-11-01|issn=0027-8424|issn2=1091-6490|pmid=270744|doi=10.1073/pnas.74.11.5088|lire en ligne=http://www.pnas.org/content/74/11/5088|consulté le=2018-05-14|pages=5088–5090}}</ref>. Bien que pratique, le modèle à trois domaines est critiquable puisqu'au moins l'un d'entre eux n'est pas monophylétique. Par ailleurs, certains taxonomistes lui préfèrent, au nom de l'antériorité, le terme vieilli d'[[Empire (biologie)|empire]].
 == Le modèle à trois domaines ==
+[[Fichier:PhylogeneticTree horizontal transfers svg.svg|vignette|Une illustration plus réaliste des liens entre les 3 domaines avec les [[Transfert horizontal de gènes|transferts horizontaux de gènes]], les [[Théorie endosymbiotique|endosymbioses]] et l'embranchement des [[Eukaryota]] chez des [[Archaea]] [[paraphylétique]]s.]]
+La classification de [[Carl Woese]] {{et al.}} (1977, 1990)<ref>{{en}} C. R. Woese, W. E. Balch, L. J. Magrum, G. E. Fox and R. S. Wolfe, « An ancient divergence among the bacteria », dans Journal of Molecular Evolution, vol. 9, 1977, p. 305–311</ref>{{,}}<ref>[[Carl Woese|Carl R. Woese]] & [[George E. Fox]], "Phylogenetic structure of the prokaryotic domain : The primary kingdoms", ''[[Proc. Natl. Acad. Sci. USA]]'', Vol.74, No.11, November 1, 1977, {{p.}}5088-5090. {{doi|10.1073/pnas.74.11.5088}}</ref>{{,}}<ref>{{en}} [[Carl Woese|Carl R. Woese]], Otto Kandlert & Mark L. Wheelis, "Towards a natural system of organisms : Proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya", ''[[Proceedings of the National Academy of Sciences|Proc. Natl. Acad. Sci. USA]]'', Vol.87, No.12, June 1, 1990, {{p.|4576-4579}}. {{doi|10.1073/pnas.87.12.4576}}</ref> distingue trois domaines présumés [[Monophylie|monophylétiques]]  :
+# le domaine [[Bacteria]] (ou [[Eubacteria]]) ;
+# le domaine [[Archaea]] (ou [[Archaebacteria]]) ;
+# et le domaine [[Eukaryota]] (ou [[Eucarya]]).
+Ces [[taxon]]s, s'ils possèdent un héritage génétique commun (les gènes impliqués dans le [[métabolisme]] général des cellules eucaryotes sont d’origine bactérienne, tandis que ceux liés aux processus de [[Réplication de l'ADN|réplication]] et de [[réparation de l'ADN]] ainsi que de la [[traduction génétique]] sont d'origine archéenne), comportent en effet des différences fondamentales dans leurs génomes ou leur morphologie<ref>{{ouvrage|auteur=[[Frédéric Thomas, Thierry Lefevre, Michel Raymond]]|titre=Biologie évolutive|éditeur=De Boeck supérieur|date=2016|passage=38}}.</ref>.
-[[Fichier:Phylogenetics-french.jpg|500px|right|thumb|[[Arbre phylogénétique]] universel montrant les trois domaines selon [[Guillaume Lecointre]] & [[Hervé Le Guyader]] (2006) et d'après Purificación López-Garcıá & David Moreira (2008)<ref>{{en}} Purificación López-Garcıá & David Moreira, "Tracking microbial biodiversity through molecular and genomic ecology", ''Research in Microbiology'', Vol.159, No.1, January-February 2008, p.67–73. {{doi|10.1016/j.resmic.2007.11.019}}</ref>.]]
-La classification de [[Carl Woese]] {{et al.}} (1977, 1990)<ref>{{en}} C. R. Woese, W. E. Balch, L. J. Magrum, G. E. Fox and R. S. Wolfe, « An ancient divergence among the bacteria », dans Journal of Molecular Evolution, vol. 9, 1977, p. 305–311</ref>{{,}}<ref>[[Carl Woese|Carl R. Woese]] & [[George E. Fox]], "Phylogenetic structure of the prokaryotic domain : The primary kingdoms", ''[[Proc. Natl. Acad. Sci. USA]]'', Vol.74, No.11, November 1, 1977, {{p.}}5088-5090. {{doi|10.1073/pnas.74.11.5088}}</ref>{{,}}<ref>{{en}} [[Carl Woese|Carl R. Woese]], Otto Kandlert & Mark L. Wheelis, "Towards a natural system of organisms : Proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya", ''[[Proceedings of the National Academy of Sciences|Proc. Natl. Acad. Sci. USA]]'', Vol.87, No.12, June 1, 1990, {{p.|4576-4579}}. {{doi|10.1073/pnas.87.12.4576}}</ref> distingue trois domaines supposés [[holophylétique]]s :
-# le domaine [[Eubacteria]] ou [[Bacteria]]
-# le domaine [[Archaebacteria]] ou [[Archaea]]
-# et le domaine [[Eukaryota]] ou [[Eucarya]]
-Ces [[taxon]]s reflètent des différences [[classification phylogénétique|évolutives fondamentales]] du [[génome]] des organismes vivants.
 Les [[Unikonta|uniconte]]s et [[Bikonta|biconte]]s sont des [[Sous-domaine (biologie)|sous-domaines]] des Eucaryotes<ref name="ASCS2003">{{Article |lang=en |nom1 = Stechmann |prénom1 = Alexandra |nom2= Cavalier-Smith |prénom2= Thomas |lien auteur2 = Thomas Cavalier-Smith |titre = The root of the eukaryote tree pinpointed |url=http://pdn.sciencedirect.com/science?_ob=MiamiImageURL&_cid=272099&_user=10&_pii=S096098220300602X&_check=y&_origin=article&_zone=toolbar&_coverDate=02-Sep-2003&view=c&originContentFamily=serial&wchp=dGLzVlS-zSkzS&md5=40032f68e88a0a8ab49a0c18d991f0dd&pid=1-s2.0-S096098220300602X-main.pdf |journal = Current Biology |lien périodique= Current Biology |volume = 13 |numéro = 17 |pages = R665-R666 |jour= 2 |mois= septembre |année = 2003 |doi = 10.1016/S0960-9822(03)00602-X |pmid = 12956967 |pmcid = }}</ref>.
-== Variantes ==
+=== Variantes ===
 {{article connexe|Empire (biologie){{!}}Empire|Règne (biologie){{!}}Règne}}
 D'autres modèles ont été proposés, parmi lesquels :
-* modèle à deux domaines (ou empires) : [[Prokaryota|Procaryotes]] (ou [[Monera|Monères]]) et [[Eukaryota|Eucaryotes]]<ref name="Mayr1998">{{Article |lang=en|nom = Mayr |prénom = E. |lien auteur= Ernst Mayr |titre = Two empires or three? |url=http://www.pnas.org/content/95/17/9720.full |journal = Proc. Natl. Acad. Sci USA. |lien périodique = Proceedings of the National Academy of Sciences |volume = 95 |numéro = 17 |pages = 9720–9723 |année = 1998 |doi = 10.1073/pnas.95.17.9720 |pmid = |pmcid=33883}}</ref>{{,}}<ref name="CavalierSmith2004">{{Article |lang=en|nom=Cavalier-Smith |prénom=T. |lien auteur=Thomas Cavalier-Smith |année=2004 |titre=Only six kingdoms of life |journal=Proc. R. Soc. Lond. B |lien périodique = Proceedings of the Royal Society |volume=271 |pages=1251–62 |url=http://www.cladocera.de/protozoa/cavalier-smith_2004_prs.pdf |doi=10.1098/rspb.2004.2705 |pmid=15306349 |pmcid=1691724}}</ref>.
+* modèle à deux empires : [[Prokaryota|Procaryotes]] (ou [[Monera|Monères]]) et [[Eukaryota|Eucaryotes]]<ref name="Mayr1998">{{Article |lang=en|nom = Mayr |prénom = E. |lien auteur= Ernst Mayr |titre = Two empires or three? |url=http://www.pnas.org/content/95/17/9720.full |journal = Proc. Natl. Acad. Sci USA. |lien périodique = Proceedings of the National Academy of Sciences |volume = 95 |numéro = 17 |pages = 9720–9723 |année = 1998 |doi = 10.1073/pnas.95.17.9720 |pmid = |pmcid=33883}}</ref>{{,}}<ref name="CavalierSmith2004">{{Article |lang=en|nom=Cavalier-Smith |prénom=T. |lien auteur=Thomas Cavalier-Smith |année=2004 |titre=Only six kingdoms of life |journal=Proc. R. Soc. Lond. B |lien périodique = Proceedings of the Royal Society |volume=271 |pages=1251–62 |url=http://www.cladocera.de/protozoa/cavalier-smith_2004_prs.pdf |doi=10.1098/rspb.2004.2705 |pmid=15306349 |pmcid=1691724}}</ref>.
-* modèle à six règnes : [[Archaebacteria]] ou [[Archaea]], [[Eubacteria]] ou [[Bacteria]],  [[Protista]], [[Fungi]], [[Animal]]ia et [[Plantae]]<ref>Michael L. Cain, Hans Damman, Robert A. Lue, Carol Kaeseuk Yoon, ''Découvrir la biologie'', [[De Boeck]] Supérieur, Bruxelles, 2006, p.26-27. ISBN 2-8041-4627-8</ref>{{,}}<ref>Lansing M. Prescott, John P. Harley, Donald A. Klein, Joanne M. Willey, Linda M. Sherwood & Christopher J. Woolverton, ''Microbiologie'', {{3e}} édition, [[De Boeck]], Bruxelles, 2010, p.491-492. ISBN 978-2-8041-6012-8</ref>.
+* modèle à six règnes : [[Archaebacteria]] ou [[Archaea]], [[Eubacteria]] ou [[Bacteria]],  [[Protista]], [[Fungi]], [[Animal]]ia et [[Plantae]]<ref>Michael L. Cain, Hans Damman, Robert A. Lue & Carol Kaeseuk Yoon, ''Découvrir la biologie'', [[De Boeck]] Supérieur, Bruxelles, 2006, p.26-27. {{ISBN|2-8041-4627-8}}</ref>{{,}}<ref>Lansing M. Prescott, John P. Harley, Donald A. Klein, Joanne M. Willey, Linda M. Sherwood & Christopher J. Woolverton, ''Microbiologie'', {{3e|édition}}, [[De Boeck]], Bruxelles, 2010, p.491-492. {{ISBN|978-2-8041-6012-8}}</ref>{{,}}<ref>{{en}} Cecie Starr, Ralph Taggart, Christine Evers & Lisa Starr, ''Biology : The Unit and Diversity of Life'', Fourteenth Edition, Cengage Learning, [[Boston]], 2016, p.11. {{ISBN|978-1-305-07395-1}}</ref>.
-== Critiques ==
+=== Critiques ===
+[[Fichier:Two domain tree.png|vignette|Modèle des trois domaines et {{lien|trad=Eocyte hypothesis|fr=Hypothèse éocyte|texte=hypothèse éocyte}} (modèle des deux domaines)<ref>{{Article|langue=en|auteur=C. J. Cox, P. G. Foster, R. P. Hirt, S. R. Harris, T. M. Embley|titre=The archaebacterial origin of eukaryotes|périodique=Proc Natl Acad Sci USA |date=2008|volume=105|numéro=51|pages=20356–61|doi=10.1073/pnas.0810647105}}.</ref>.]]
+Le modèle à trois domaines permet une vision synthétique dans une optique [[Systématique évolutionniste|évolutionniste]] mais ne correspond pas exactement à la [[phylogénie]] du vivant.
+Pour les [[Classification phylogénétique|systématiciens phylogénétiques]], le modèle à trois domaines est mis en défaut s'il se confirme que les [[eucaryote]]s émergent parmi les [[archées d'Asgård]]<ref name="Eme">{{article| nom=Eme| prénom=Laura| nom2=Spang| prénom2=Anja| nom3=Lombard| prénom3=Jonathan| nom4=Stairs| prénom4=Courtney W.| nom5=Ettema| prénom5=Thijs J. G.| date=10 novembre 2017| titre=Archaea and the origin of eukaryotes| url=http://www.nature.com/doifinder/10.1038/nrmicro.2017.133| journal=Nature Reviews Microbiology| langue=en| volume=15| numéro=12| pages=711-723| doi=10.1038/nrmicro.2017.133|issn=1740-1534}}.</ref>. Les archées dans leur ensemble ne constituent donc pas le [[groupe frère]] des eucaryotes et les archées seuls (sans les eucaryotes) constituent un groupe [[paraphylétique]], les ''[[Neomura]]'' selon [[Thomas Cavalier-Smith]]. Or, la [[classification phylogénétique]] ne reconnaît que des [[clade]]s ([[monophylétique]]s)<ref>{{Ouvrage |langue=en |auteur1=Willi Hennig |traducteur=D. Dwight Davis et Rainer Zangerl |titre=Phylogenetic Systematics |éditeur=University of Illinois Press |lieu=Urbana, Chicago, London |année=1966 |pages totales=263 |lire en ligne=https://books.google.fr/books?id=xsi6QcQPJGkC&pg=PA1&q=hennig+1966+phylogenetic+systematics&dq=hennig+1966+phylogenetic+systematics}}</ref>. La découverte des archées d'Asgård en 2015 renforce ainsi les études phylogénétiques suggérant qu'il y a seulement deux domaines, les bactéries et les archées qui forment les deux grandes lignées ancestrales indépendantes.
-Pour les [[systématique évolutionniste|évolutionniste]]s la classification du monde vivant ne devrait pas se fonder uniquement sur des [[clade]]s. Pour eux l'unité de base d'une classification véritablement phylogénétique est le [[taxon]] (voir '''[[empire (biologie)|empire]]''' et [[plan d'organisation]]).
+Pour les [[Systématique évolutionniste|systématiciens évolutionnistes]], la classification du monde vivant ne devrait pas se fonder uniquement sur des [[Clade|clades]] mais devrait incorporer le concept de [[grade évolutif]]<ref>{{Article|langue=en|prénom1=Ernst|nom1=Mayr|prénom2=W. J.|nom2=Bock|titre=Classifications and other ordering systems|périodique=Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research|volume=40|numéro=4|date=2002-12|issn=0947-5745|issn2=1439-0469|doi=10.1046/j.1439-0469.2002.00211.x|lire en ligne=https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1046/j.1439-0469.2002.00211.x|consulté le=2018-05-14|pages=169–194}}</ref> (voir aussi [[empire (biologie)|empire]] et [[plan d'organisation]]). De ce point de vue, les archées, [[procaryote]]s, se distinguent nettement des [[Eukaryota|eucaryotes]], lesquels ont beaucoup évolué avec notamment l'acquisition d'un [[Noyau (biologie)|noyau]] et, par [[endosymbiose]] avec une [[Alphaproteobacteria|α-protéobactérie]], d'une [[mitochondrie]].
-Pour certains [[cladisme|cladistes]] le modèle à trois domaines est obsolète pour la simple raison que les avancées en matière de phylogénétique semblent montrer que le domaine [[Eubacteria]] est en fait [[paraphylétique]].
 == Autres rangs taxonomiques ==
-{{Rangs en systématique}}
+{{Rangs en systématique|groupe=alpha}}
 == Notes et références ==
+=== Notes ===
+{{Références|groupe=alpha}}
+=== Références ===
 <references />
-=== À lire ===
+== Voir aussi ==
+=== Bibliographie ===
-* ''[[Classification phylogénétique de Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader|Classification phylogénétique du vivant]]'' / [[Guillaume Lecointre]] et [[Hervé Le Guyader]], Paris, [[Éditions Belin|Belin]], 2001. - ISBN 2-7011-2137-X.
+* ''[[Classification phylogénétique de Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader|Classification phylogénétique du vivant]]'' / [[Guillaume Lecointre]] et [[Hervé Le Guyader]], Paris, [[Éditions Belin|Belin]], 2001. - {{ISBN|2-7011-2137-X}}.
-== Voir aussi ==
+=== Articles connexes ===
 * [[Classification phylogénétique]]
 * [[Arbre phylogénétique]]
 * [[Phylogénie]]
 * [[Cladisme]]
+* [[Empire (biologie)|Empire]]
 * [[Règne (biologie)|Règne]]
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 {{Portail|Origine et évolution du vivant|biologie}}
-[[Catégorie:Taxinomie]]
+[[Catégorie:Rang taxinomique]]

v · m Taxonomie
Notions générales	Taxon Nom scientifique Rang taxonomique Nomenclature Systématique Classification scientifique des espèces Classification classique Classification phylogénétique Clade Cladistique Systématique évolutionniste Type Ootaxonomie
Nomenclature	Nom binominal ou trinominal Nom valide, correct ou illégitime Taxon obsolète Synonyme, chrésonyme et homonyme Basionyme et protonyme Protologue (publication originale) Nomenclature botanique, zoologique et bactérienne Citation d'auteurs en botanique, en zoologie et en bactériologie
Rang taxonomique	Realm (en virologie) Subrealm (en virologie) Empire / Domaine / Super-règne Règne Sous-règne Rameau Infra-règne Super-embranchement Embranchement / Division / Phylum Sous-embranchement Infra-embranchement Super-classe Classe Sous-classe Infra-classe Cohorte Super-ordre Ordre Sous-ordre Infra-ordre Super-famille Famille Sous-famille Tribu Sous-tribu Genre Sous-genre Section Sous-section Série Espèce Sous-espèce Variété ou Race Forme