Domaine (biologie)
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En biologie, le domaine (néolatinisé en dominium) est dans certaines classifications biologiques le premier niveau de rang au-dessus des règnes. Il est parfois considéré comme un synonyme du terme plus traditionnel d'empire, toutefois ces notions ne se recouvrent pas totalement.
Historique
Le terme domaine a été introduit pour discuter de la classification du monde vivant selon un modèle divisant celui-ci en trois grands groupes holophylétiques. Bien qu'étant de fait synonymes, l'emploi des termes domaine ou empire n'est pas tout à fait neutre. Le mot domaine est généralement rejeté par les taxonomistes qui contestent le modèle à trois domaines de Woese. Ce terme est également parfois rejeté par des taxonomistes qui acceptent ce système, simplement au nom de l'antériorité du terme empire.
Le modèle à trois domaines
La classification de Carl Woese[2] distingue trois domaines supposés holophylétiques :
- le domaine Eubacteria ou Bacteria
- le domaine Archaebacteria ou Archaea
- et le domaine Eukaryota ou Eucarya
Ces taxons reflètent des différences évolutives fondamentales du génome des organismes vivants.
Les unicontes et bicontes sont des sous-domaines des Eucaryotes[3].
D'autres modèles ont été proposés, parmi lesquels :
- modèle à deux domaines (ou empires) : Procaryotes (ou Monères) et Eucaryotes[4],[5].
- modèle à six règnes : Archaebacteria, Eubacteria, Protista, Fungi, Animalia et Plantae[6].
Critiques
Pour les évolutionnistes la classification du monde vivant ne devrait pas se fonder uniquement sur des clades. Pour eux l'unité de base d'une classification véritablement phylogénétique est le taxon (voir empire et plan d'organisation).
Pour certains cladistes le modèle à trois domaines est obsolète pour la simple raison que les avancées en matière de phylogénétique semblent montrer que le domaine Eubacteria est en fait paraphylétique.
Notes et références
- (en) Purificación López-Garcıá & David Moreira, "Tracking microbial biodiversity through molecular and genomic ecology", Research in Microbiology, Vol.159, No.1, January-February 2008, p.67–73. DOI 10.1016/j.resmic.2007.11.019
- (en) C. R. Woese, W. E. Balch, L. J. Magrum, G. E. Fox and R. S. Wolfe, « An ancient divergence among the bacteria », dans Journal of Molecular Evolution, vol. 9, 1977, p. 305–311
- (en) Alexandra Stechmann et Thomas Cavalier-Smith, « The root of the eukaryote tree pinpointed », Current Biology, vol. 13, no 17, , R665-R666 (PMID 12956967, DOI 10.1016/S0960-9822(03)00602-X, lire en ligne)
- (en) E. Mayr, « Two empires or three? », Proc. Natl. Acad. Sci USA., vol. 95, no 17, , p. 9720–9723 (PMCID 33883, DOI 10.1073/pnas.95.17.9720, lire en ligne)
- (en) T. Cavalier-Smith, « Only six kingdoms of life », Proc. R. Soc. Lond. B, vol. 271, , p. 1251–62 (PMID 15306349, PMCID 1691724, DOI 10.1098/rspb.2004.2705, lire en ligne)
- Michael L. Cain, Hans Damman, Robert A. Lue, Carol Kaeseuk Yoon, Découvrir la biologie, De Boeck Supérieur, Bruxelles, 2006, p.26-27. ISBN 2-8041-4627-8
À lire
- Classification phylogénétique du vivant / Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader, Paris, Belin, 2001. - ISBN 2-7011-2137-X.
