נולד באיזמיר לאברהם שלמה, ושם ישב כל חייו. נודע כדרשן. בדרשותיו הטיף לסגפנות ולהתרחקות מתענוגות העולם הזה.
עם היותו בעצמו עשיר, הטיף לעשירים לפזר את כספם לצדקה, וראה בעוני ובאי השוויון החברתי בעיה דתית מוסרית, הצריכה לבוא לידי תיקון על ידי הקהילה. את עשירי הקהילה ראה כ"אפוטרופוסים" המופקדים על הכספים של העניים. הוא עצמו שימש כאפוטרופוס לעניים, והיה מחלק להם מהכספים שהיה מקבץ מהעשירים[1]. בדרשותיו הפליג בתיאורי השכר והעונש של העולם הבא מזה, והגיהנום מזה.
רבי אליהו חיבר עשרות ספרים, בעיקר ספרי מוסר, מדרש ופרשנות על ספרי התנ"ך.
שבט מוסר - ספרו המוכר ביותר. יצא לאור לראשונה בקושטאה'תע"ב, ומאז בעשרות מהדורות. תורגם ליידיש, לאדינו וערבית יהודית. עיבוד מקוצר לעברית עכשווית של חלקים מהספר יצא על ידי יורם טהרלב בשם "וטהר לבנו".
מדרש תלפיות - בו נאספו מדרשים ואגדות מהתלמודים, מהזוהר ועוד. הספר עוסק גם בזיהוי אבני החושן, ובשאר אבנים טובות וסגולתם.
ילקוט האתמרי - ספר מדרשים, ספר זה העניק לו את הכינוי "רבי אליהו האתמרי".
שער הספר "שבט מוסר" בתרגום ללאדינו, ח"א, איזמיר תר"ך (1860).ולא עוד אלא - באור לכל המקומות שבהם נאמר ולא עוד אלא בתלמוד ובספרות המדרש.
מעיל צדקה
עיני העדה - פירוש על המסורה בתנ"ך
מגלה צפונות
אגדת אליהו - שני חלקים על אגדות התלמוד הירושלמי
תהילות ה' - על תהלים
אליהו זוטא - על מסכת אבות
מנחת אליהו - דרושים
סמוכים לעד - על התורה
מדרש אליהו - דרושים על מעלת פטירת הצדיקים
חוט של חסד - ביאורים וחידושים על חמישה חומשי תורה
ספר ברכת כהן - על ענייני ברכת כהנים
ידו בכל - ביאורים וחידושים על חמישה חומשי תורה, נדפס באיזמיר, שנת תרכ"ז.
רבי אליהו הכהן האיתמרי, באתר ויקיטקסט
אליהו בן אברהם שלמה (1659?-1729), הכהן, דף שער בספרייה הלאומית