Ugrás a tartalomhoz

CRuMs

A Wikipédiából, a szabad enciklopédiából
A lap korábbi változatát látod, amilyen Gg. Any (vitalap | szerkesztései) 2024. szeptember 20., 13:58-kor történt szerkesztése után volt. Ez a változat jelentősen eltérhet az aktuális változattól. (Kékítés)
A lap ellenőrzött változata (ellenőrizve: 2024. szeptember 20.) ezen a változaton alapul.
CRuMs
Rendszertani besorolás
Domén: Eukarióták (Eukaryota)
Csoport: Opimoda
Csoport: Podiata
Csoport: CRuMs
Brown et al. 2018
Szinonimák
  • Crumalia Zmitrovich et al. 2022
  • Varisulca Cavalier-Smith 2013 emend. Cavalier-Smith 2021[1]

A CRuMs, más néven Crumalia[2] protiszták feltételezett kládja, melyek neve a következő rendek nevéből származik:[3][4]

A Mantamonas monofiletikus.[9]

Leírás

A CRuMs az Amorphea (a gombákat, az állatokat, az Amoebozoa és Apusomonadida csoportokat is tartalmazó taxon) testvérkládja.[10][11] A rajta kívül az Ancyromonadida rendet is tartalmazó korábbi Varisulca taxon legtöbb tagját tartalmazza. Ez azonban újabb filogenetikai elemzések szerint nem rokona az előbbi háromnak, és mivel bazálisabb, a Varisulca parafiletikus, vagyis nem monofiletikus, így nem ajánlott taxon.[12] Ugyanez igaz az Apusozoából és a Varisulcából álló Sulcozoa csoportra, melyet az Amorphea és CRuMs csoportja, a Podiata váltott le. Az alábbi taxonómia a Biotechnológiai Információk Nemzeti Központjáénak (NCBI) felel meg, nem a Globális Biodiverzitás Információs Megállapodásénak (GBIF), ahol a Sulcozoa a teljes taxon.

A CRuMs viszonylag kevés ismert fajjal rendelkező, de feltehetően nagy[11] csoport, melynek filogenetikai helyzete fontos, mivel a nagy csoportokon kívül van, így külcsoport, a filogenetikai fák „gyökere”.[13]

A CRuMs minden tagja rendelkezik bizonyos sejtplaszticitással: egyesek állábakat alkotnak.[12]

A Glissandra is tagja, de ennek helyzete ismeretlen.[14]

Filogenetika

Opimoda
Derelle et al. 2015


Ancyromonadida Cavalier-Smith 1998 emend. Atkins 2000




Malawimonadea Cavalier-Smith 2003


Podiata
Amorphea Adl et al. 2012

Amoebozoa Lühe 1913 emend. Cavalier-Smith 1998


Obazoa Brown 2013


Apusomonadida Karpov et Mylnikov 1989



Opisthokonta Cavalier-Smith 1987 emend. Adl et al. 2005 (gombákkal és állatokkal együtt)




Breviatea Cavalier-Smith 2004




CRuMs Brown 2018[11]

Mantamonadida Cavalier-Smith 2004




Rigifilida Karpov et Mylnikov 1989



Diphylleida Cavalier-Smith 1993








Metamonada Cavalier-Smith 1987 emend. Cavalier-Smith 2003



Egy alternatív filogenetikai elemzés szerint az Ancyromonadida a Podiatában bazális helyzetű.

Genomika

2023-ban szekvenálták a Mantamonas sphyraenae Blaz et al. 2023 genomját közel kromoszómaszinten. Ez a CRuMs elsőként szekvenált genomja, mérete 25,06 (a kiegészítő egységekkel együtt 31,49) Mbp, 78 (199) folytonos egységből áll, GC-tartalma 59,19%. A megfelelő transzkriptom 20,52 Mbp hosszú, 9255 folytonos egységből áll, GC-tartalma 59,02%.[9]

Proteom

Ha a CRuMs és az Amorphea valóban egymás legközelebbi rokonai, közös ősük valószínűleg POP-ot használt mtDNS-e fenntartásához.[15] Az SR-B fehérjék ősi jellegét igazolja, hogy a Discoba, a Hemimastigophora s az Ancyromonadida mellett a CRuMs is rendelkezik ilyen velük.[16] A Holozoa egyes egysejtű ágaihoz hasonlóan Opa1-gyel, ezenkívül MidX/Mgm1 is megtalálható, így feltehetően a CRuMs és az Amorphea közös ősében jelen lehettek ezek, és egy vagy több tag elveszhetett a későbbi leszármazottakban.[17] A MidX gént az Opisthokontán belül csak egy galléros ostorosban találták meg.[17] Az Mgm1 Sheikh et al. 2023-as tanulmánya szerint erősen módosult MidX lehet, mert a Holomycota ősénél nem jelenhetett meg később – vagyis a MidX feltételezett elvesztése után kevéssel –, és a két fehérje közt közeli kapcsolat van.[17] Azonban a MidX nem rendelkezik a többi eukarióta DRP 1. zsanérjában megtalálható ősi jellegű kis α-hélixszel, vagyis a MidX Mgm1-gyé alakulásához ezen ősi állapotnak kell visszatérni, mely a fehérjék általános evolúciójához képest fordított irányú.[17]

A CRuMs Mgm1-e a humán OPA1-hez hasonlít, ez konvergens evolúció eredménye lehet.[17]

Horizontális géntranszfer

Dcd2-homológok találhatók egyes tagjaiban. A CRuMs és a vörösmoszatok Dcd2-szekvenciái az Amoebozoából származnak, ami eukarióták közt az Amoebozoából történő horizontális géntranszferre utalhat.[18] A CRuMs egyetlen Dcd1-gyel és Dcd2-vel rendelkező tagja a Diphylleia rotans lehet.[18]

Transz-splicing

A Diphylleia rotans volt a Chloroplastidán kívüli első élőlény, ahol II. csoportbeli intronok mediálta transz-splicingot észleltek, többek közt a 2 részre osztott cox2, nad3 és a 4 részre osztott cox1 génben.[19]

Jegyzetek

  1. ↑ Cavalier-Smith T (2021. december 23.). „Ciliary transition zone evolution and the root of the eukaryote tree: implications for opisthokont origin and classification of kingdoms Protozoa, Plantae, and Fungi”. Protoplasma 259 (3), 487–593. o. DOI:10.1007/s00709-021-01665-7. PMID 34940909. PMC 9010356. 
  2. ↑ Zmitrovich, Ivan V. (2022). „Nomenclature and rank correlation of higher taxa of eukaryotes”. Folia Cryptogamica Petropolitana, Kiadó: INFRA-M, Moscow. 
  3. ↑ Cite web-hiba: a title paramétert mindenképpen meg kell adni!. NCBI, részletek: CRuMs Brown et al., 2018 (clade); graphisch: CRuMs, Lifemap NCBI Version.
  4. ↑ CRuMs. OneZoom
  5. ↑ Sen Zhao, Fabien Burki, Jon Bråte, Patrick J. Keeling, Dag Klaveness, Kamran Shalchian-Tabrizi (2012. január 6.). „Collodictyon—An Ancient Lineage in the Tree of Eukaryotes”. Molecular Biology and Evolution 29 (6), 1557–1568. o. DOI:10.1093/molbev/mss001. 
  6. ↑ Diphylleida. GBIF és Collodictyonidae
  7. ↑ Rigifilida. GBIF
  8. ↑ Mantamonadida. GBIF
  9. ↑ a b Blaz J, Galindo LJ, Heiss AA, Kaur H, Torruella G, Yang A, Alexa Thompson L, Filbert A, Warring S, Narechania A, Shiratori T, Ishida KI, Dacks JB, López-García P, Moreira D, Kim E, Eme L (2023. szeptember 9.). „One high quality genome and two transcriptome datasets for new species of Mantamonas, a deep-branching eukaryote clade”. Sci Data 10 (1), 603. o. DOI:10.1038/s41597-023-02488-2. PMID 37689692. PMC 10492846. 
  10. ↑ Lax, Gordon (2018. november 14.). „Hemimastigophora is a novel supra-kingdom-level lineage of eukaryotes” (angol nyelven). Nature 564 (7736), 410–414. o. DOI:10.1038/s41586-018-0708-8. ISSN 0028-0836. PMID 30429611. 
  11. ↑ a b c Brown, Matthew W. (2018. január 19.). „Phylogenomics Places Orphan Protistan Lineages in a Novel Eukaryotic Super-Group” (angol nyelven). Genome Biology and Evolution 10 (2), 427–433. o. DOI:10.1093/gbe/evy014. ISSN 1759-6653. PMID 29360967. PMC 5793813. 
  12. ↑ a b Sina M. Adl, David Bass, Christopher E. Lane, Julius Lukeš, Conrad L. Schoch, Alexey Smirnov, Sabine Agatha, Cedric Berney, Matthew W. Brown, Fabien Burki, Paco Cárdenas, Ivan Čepička, Lyudmila Chistyakova, Javier del Campo, Micah Dunthorn, Bente Edvardsen, Yana Eglit, Laure Guillou, Vladimír Hampl, Aaron A. Heiss, Mona Hoppenrath, Timothy Y. James, Anna Karnkowska, Sergey Karpov, Eunsoo Kim, Martin Kolisko, Alexander Kudryavtsev, Daniel J. G. Lahr, Enrique Lara, Line Le Gall, Denis H. Lynn, David G. Mann, Ramon Massana, Edward A. D. Mitchell, Christine Morrow, Jong Soo Park, Jan W. Pawlowski, Martha J. Powell, Daniel J. Richter, Sonja Rueckert, Lora Shadwick, Satoshi Shimano, Frederick W. Spiegel, Guifré Torruella, Noha Youssef, Vasily Zlatogursky, Qianqian Zhang (2018. szeptember 26.). „Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes”. Journal of Eukaryotic Microbiology 66 (1), 4–119. o. DOI:10.1111/jeu.12691. PMID 30257078. PMC 6492006. (Hozzáférés: 2024. június 9.) 
  13. ↑ John P. Huelsenbeck, Jonathan P. Bollback, Amy M. Levine (2002. január 1.). „Inferring the Root of a Phylogenetic Tree”. Systematic Biology 51 (1), 32–43. o. DOI:10.1080/106351502753475862. 
  14. ↑ Adl, Sina M. (2018. szeptember 26.). „Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes” (angol nyelven). Journal of Eukaryotic Microbiology 66 (1), 4–119. o. DOI:10.1111/jeu.12691. ISSN 1066-5234. PMID 30257078. PMC 6492006. 
  15. ↑ Harada R, Hirakawa Y, Yabuki A, Kim E, Yazaki E, Kamikawa R, Nakano K, Eliáš M, Inagaki Y (2024. február 1.). „Encyclopedia of Family A DNA Polymerases Localized in Organelles: Evolutionary Contribution of Bacteria Including the Proto-Mitochondrion”. Mol Biol Evol 41 (2), msae014. o. DOI:10.1093/molbev/msae014. PMID 38271287. PMC 10877234. 
  16. ↑ Boohar RT, Vandepas LE, Traylor-Knowles N, Browne WE (2023. december 1.). „Phylogenetic and Protein Structure Analyses Provide Insight into the Evolution and Diversification of the CD36 Domain "Apex" among Scavenger Receptor Class B Proteins across Eukarya”. Genome Biol Evol 15 (12), evad218. o. DOI:10.1093/gbe/evad218. PMID 38035778. PMC 10715195. 
  17. ↑ a b c d e Sheikh S, Pánek T, Gahura O, Týč J, Záhonová K, Lukeš J, Eliáš M, Hashimi H (2023. június 1.). „A Novel Group of Dynamin-Related Proteins Shared by Eukaryotes and Giant Viruses Is Able to Remodel Mitochondria From Within the Matrix”. Mol Biol Evol 40 (6), msad134. o. DOI:10.1093/molbev/msad134. PMID 37279941. PMC 10280142. 
  18. ↑ a b Liang H, Mower JP, Chia CP (2023. december 1.). „Functional Prokaryotic-Like Deoxycytidine Triphosphate Deaminases and Thymidylate Synthase in Eukaryotic Social Amoebae: Vertical, Endosymbiotic, or Horizontal Gene Transfer?”. Mol Biol Evol 40 (12), msad268. o. DOI:10.1093/molbev/msad268. PMID 38064674. PMC 10733785. 
  19. ↑ Kamikawa R, Shiratori T, Ishida K, Miyashita H, Roger AJ (2016. február 1.). „Group II Intron-Mediated Trans-Splicing in the Gene-Rich Mitochondrial Genome of an Enigmatic Eukaryote, Diphylleia rotans”. Genome Biol Evol 8 (2), 458–466. o. DOI:10.1093/gbe/evw011. PMID 26833505. PMC 4779616. 

Fordítás

  • Ez a szócikk részben vagy egészben a CRuMs című német Wikipédia-szócikk ezen változatának fordításán alapul. Az eredeti cikk szerkesztőit annak laptörténete sorolja fel. Ez a jelzés csupán a megfogalmazás eredetét és a szerzői jogokat jelzi, nem szolgál a cikkben szereplő információk forrásmegjelöléseként.
  • Ez a szócikk részben vagy egészben a CRuMs című angol Wikipédia-szócikk ezen változatának fordításán alapul. Az eredeti cikk szerkesztőit annak laptörténete sorolja fel. Ez a jelzés csupán a megfogalmazás eredetét és a szerzői jogokat jelzi, nem szolgál a cikkben szereplő információk forrásmegjelöléseként.
A lap eredeti címe: „https://hu.wikipedia.org/w/index.php?title=CRuMs&oldid=27459906”