Հովհաննես Խալփախչյանը ծնվել է Նոր Նախիջևանում (այժմ՝ Դոնի Ռոստով)։ 1917-1920 թվականներին սովորել է տեղի արական գիմնազիայում, 1920-1923 թվականներին՝ Վրուբելի անվան գեղարվեստի դպրոցում, 1923-1925 թվականներին՝ գեղարվեստաարդյունաբերական դպրոցի գիշերային դասընթացներում։ 1925 թվականին տեղափոխվել է Երևան։ Ավարտել է Երևանի պետական համալսարանի տեխնիկական ֆակուլտետի ճարտարապետական բաժինը (1930)։ 1927 - 1938 թվականներին աշխատել է Երևանի նախագծային կազմակերպություններում, մինչև 1936 թվականը՝ Ալեքսանդր Թամանյանի արվեստանոցում։ 1933-1937 թվականներին դասավանդել է Երևանի պոլիտեխնիկական ինստիտուտում։
Խալփախչյանի նախագծերով Հայաստանում կառուցվել են բնակելի և հասարակական շենքեր (Երևանում բժշկական ինստիտուտի մասնաշենքերից մեկը, Վանաձորում երաժշտական տասնամյա դպրոցի շենքը և այլն)։ Խալփախչյանը գլխավորել է ճարտարապետության տեսության և պատմության կենտրոնական գիտահետազոտական ինստիտուտի (Մոսկվա) ճարտարապետական պատմության սեկտորը։ 1939 թվականին մասնակցել է Սամարղանդի ճարտարապետական կոթողների վերականգնման աշխատանքներին։ 1940 թվականին ներգրավվել է Սանահինի վանքի վերականգնման աշխատանքներին։ 1941-1945 թվականներին մասնակցել է Երկրորդ համաշխարհային պատերազմին և արժանացել պարգևների։ 1946 թվականից դասավանդել է Մոսկվայի ճարտարապետական ինստիտուտում, եղել է ճարտարապետության պատմության ամբիոնի վարիչը։ Հետագայում հրավիրվել է ԽՍՀՄ ճարտարապետության ակադեմիայի (Մոսկվա) ճարտարապետության պատմության և տեսության ինստիտուտ՝ որպես ավագ գիտաշխատող, որտեղ աշխատել է մինչև կյանքի վերջ։
Խալփախչյանի հիմնական գիտական աշխատությունները նվիրված են հայ ճարտարապետության պատմությանը։ Չափագրել է շուրջ 120 հուշարձան, հրապարակել 350 գիտական հետազոտություն։ «Ճարտարապետության համընդհանուր պատմություն» բազմահատորյակում (1971) գրել է «Հայաստանի ճարտարապետություն» բաժինը։
Այս հոդվածի կամ նրա բաժնի որոշակի հատվածի սկզբնական կամ ներկայիս տարբերակը վերցված է Քրիեյթիվ Քոմմոնս Նշում–Համանման տարածում 3.0 (Creative Commons BY-SA 3.0) ազատ թույլատրագրով թողարկված Հայկական սովետական հանրագիտարանից (հ․ 4, էջ 707)։