CIPA
CIPA
CIPA
Congenital insensitivity to pain with anhidrosis (CIPA) disebut juga kelainan hereditary sensory
dan neuropati otonom tipe IV, merupakan kelainan bawaan sistem saraf yang langka, mencegah
sensasi rasa sakit, panas, dingin, atau sensasi yang berhubungan dengan saraf (termasuk merasakan
kebutuhan untuk buang air kecil); Namun, penderita masih bisa merasakan tekanan. CIPA adalah
jenis keempat dari herediter sensorik dan otonom neuropati (HSAN), yang dikenal sebagai HSAN
IV. (Ini juga disebut sebagai HSAN Tipe IV). Seseorang dengan CIPA tidak dapat merasakan sakit
atau bahkan membedakan suhu yang ekstrem. Ini adalah sifat resesif autosom dengan beberapa
cacat gen NTRK1 yang mengkode neurotropik tirosin kinase - reseptor faktor pertumbuhan saraf
pada kromosom 1q21-q22. Neuropati perifer herediter telah diklasifikasikan berdasarkan
karakteristik klinis, cara pewarisan, gambaran elektrofisiologis, defek metabolisme, dan penanda
genetik spesifik. Fitur yang paling konsisten dan khas dari HSAN adalah hilangnya rasa sakit dan
persepsi. Berikut langka-langkah mendapatkan informasi mengenai gen yang mengkode, lokasi
kromosom, serta beberapa homolog nukleotidanya.
1. Data base NCBI dibuka dengan menulis https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ pada kolom alamat
website,
2. Dipilih OMIM pada option database,
3. Ditulis Congenital Insensitivity to Pain with Anhidrosis (CIPA) pada kolom pencarian.
4. Kemudian klik search,
5. Akan menuju halaman hasil pencarian seperti di bawah ini, kemudian dipilih salah satu dan
di klik,
6. Akan menuju halaman informasi gen/locus, lokasi kromosm, fenotip yang dimunculkan, dan
inheritance.
7. Kemudian copy nama gene/ locus nya, buka jendela baru, buka database NCBI,
8. Dipilih nucleotide pada kolom option, paste nama gene tadi, kemudian search
9. Dipilih salah satu hasil pencarian
10. Selanjutnya akan muncul beberapa informasi mengenai basa nitrogen penyusun gene NTRK1
11. Selanjutnya untuk melakukan blast, dipilih option Fasta pada bagian paling atas. Lebih
jelasnya pada gambar di bawah
12. Kemudian copy seluruh basa nitrogen, klik run blast, dan paste pada kolom Enter Query
Sequence, kemudian klik BLAST tunggu hingga proses blast selesai
13. Didapatkan hasil blast berupa homolog nucleotide NTRK1. Persentase kemiripan gen
tersebut.
Pembahasan
Congenital insensitivity to pain with anhidrosis (CIPA) merupakan gangguan resesif
autosom yang terkait dengan beberapa cacat gen NTRK1 yang mengkode untuk neurotrophic
tyrosine kinase. Dilakukan simulasi untuk mengetahui lebih jelas gen yang CIPA dan memahami
proses ekspresi gen. Prinsip kerja dari simulasi ini ialah dengan mencari langsung database sekuen
nukleotida pada situs bioinformatika NCBI untuk didapatkan identitas dari nukleotida tersebut
baik nama gen, lokasi kromosom dan spesies penghasil dari sekuen lengkapnya.
Pada simulasi ini didapatkan gen Homo sapiens neurotrophic receptor tyrosine kinase 1
(NTRK1), transcript variant 2, mRNA. Gen ini terpetakan berada pada lokasi kromosom 1q23.1,
artinya berada pada kromosom nomor 1 lengan q 23.1. Dari hasil input data sekuen dan
perbandingannya dengan database dimana nilai query nya sebesar 100%. Nilai query coverage
menunjukkan presentasi dari panjang nukleotida yang selaras dengan database yang terdapat pada
BLAST.
Informasi summary, menjelaskan secara singkat dimana gen ini merupakan gen yang
mengkode anggota family neurotrophic tyrosine kinase receptor (NTKR). Kinase ini adalah
sebuah reseptor yang disebut membrane-bound receptor, dimana setelah pengikatan neurotropin,
memfosforilasi dirinya sendiri dan anggota jalur MAPK. Kehadiran kinase ini menyebabkan
diferensiasi sel dan dapat memainkan peran dalam menentukan subtipe neuron sensorik. Mutasi
pada gen ini telah dikaitkan dengan ketidakpekaan bawaan terhadap rasa sakit, anhidrosis, perilaku
yang merusak diri sendiri, kecacatan kognitif dan kanker.