ISOLASI DNA SEDERHANA PADA BUAH DAN SAYUR

Zatri Rahayu
1605115209
Pendidikan Biologi
Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan

A. Pendahuluan

Indonesia dikenal dengan Negara yang memiliki beragam spesies

tumbuhan yang mampu tumbuh dengan subur dan baik di berbagai wilayah,
terdapat berbagai jenis tumbuhan buah dan sayur yang dimanfaatkan manusia
untuk keperluan sehari-hari, bahkan kini buah dan sayuran tidak dapat lepas dari
kehidupan orang-orang Indonesia, karena buah dan sayuran sudah menjadi
komoditas utama dalam industri pangan yang memiliki berbagai khasiat dan
manfaat bagi kehidupan manusia sehingga perlu di lestarikan dan dikembangkan
agar menjadi lebih berkualitas dan unggul. Untuk mengembangkannya
diperlukan suatu teknik tertentu agar diketahui DNA dari jenis buah dan sayur
yang ingin dilakukan rekayasa genetika.
Mengutip dari Wikipedia (2019) Biomolekuler merupakan suatu cabang
ilmu biologi yang merujuk pada pengkajian mengenai kehidupan pada skala
molekul, termasuk didalamnya penyelidikan tentang interaksi molekul dalam
benda hidup, terutama tentang interaksi berbagai sistem dalam sel, termasuk
interaksi DNA, RNA dan sintesis protein. Menurut Ferniah dan Pujiyanto (2013)
Isolasi DNA merupakan langkah awal dan sangat menentukan dalam studi
genetika dan molekuler suatu spesies. Proses tersebut membutuhkan preparasi
sampel untuk mendapatkan DNA dengan kualitas yang baik karena akan
digunakan untuk berbagai analisis molekuler maupun manipulasi genetik.
Buah dan sayuran memiliki gen yang disusun oleh suatu substansi yang
disebut dengan deoxyribonucleic acid atau disingkat DNA. DNA merupakan
material genetik yang diturunkan dari generasi ke generasi berikutnya. Setiap
penelitian manipulasi gen memerlukan sumber asam nukleat, dalam bentuk DNA
atau RNA. Pengisolasian komponen tersebut dari sel penting dilakukan dengan
menggunakan metode yang tersedia. Ekstraksi DNA merupakan suatu langkah
awal pengisolasian molekul DNA. Molekul DNA ini harus diekstraksi dari
tempat asalnya, dan pada seluruh jaringan dan cairan tubuh makhluk hidup
terdapat DNA (Siswanto et al, 2016).
DNA bisa mengalami denaturasi dan renaturasi. Denaturasi adalah
pemecahan struktur normal protein atau asam nukleat yang diakibatkan oleh
perubahan suhu, pH atau konsentrasi ion dalam larutan dimana protein terjadi

1
 (Giasson et al. 2016), renaturasi adalah proses pembentukan DNA beruntai
ganda dari DNA beruntai tunggal yang dipengaruhi oleh proses pendinginan
(Wang, Xiaofang. 2014). Banyak hal yang mempengaruhi proses denarutasi dan
renaturasi tersebut, antara lain suhu yang tinggi, pH ekstrim, Kandungan
elektrolit Na+ atau K+ dan komposisi basa C-G (Hays. 2005).
Untuk memperoleh DNA murni dari suatu sel dapat dilakukan suatu teknik
isolasi DNA. Menurut Fatchiyah dalam Zulfarina et al (2018) untuk memperoleh
isolate DNA dari sampel pemecahan dinding sel atau jaringan yang DNA-nya
akan di isolasi sering dilakukan dengan menggunakan bahan kimia. Sel dirusak
dengan buffer lysis yang dapat merusak interitas barrier sel. Menurut Zubaidah
(2004) isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada
setiap jenis maupun bagian tanaman dapat menimbulkan masalah yang berbeda,
antara lain dapat menghambat pemurnian DNA dan mempengaruhi enzim-enzim
seperti polymerase, ligase, endonuclease restriksi atau enzim untuk kegiatan
molekuler lain yang dapat menyebabkan DNA tidak dapat digunakan untuk
apliaksi penelitian.
Praktikum ini bertujuan untuk mengetahui prosedur sederhana dalam
melakukan isolasi DNA pada buah dan sayur dan untuk mengetahui faktor-
faktor apa saja yang mempengaruhi keberhasilan isolasi DNA.
B. Alat, Bahan dan Metode

Praktikum ini dilakukan di laboraorium PMIPA FKIP UNRI pada tanggal

08 Maret 2019. Adapun untuk alat yang digunakan pada praktikum kali ini yaitu
baskom, gelas beker, sendok teh, sendok makan,pipet tetes, tabung reaksi, mortal
dan pastle, water bath serta pipet kaca. Dan bahan yang digunakan meliputi air,
garam dapur, sabun cuci piring, sabun fixal, sayuran dan buah (sawi, selada,
kangkung, pepaya, melon, semangka), es batu, kertas saring, alkohol dan tusuk
gigi.
Prosedur kerja pada praktikum kali ini yaitu dengan menyiapkan larutan
ekstraksi dengan memasukkan 100 ml air ke dalam gelas, ditambahkan satu
sendok garam dapur, satu sendok sabun cuci piring dan 10 tetes sabun fixal,
kemudian memasukkan 20 ml larutan ekstraksi ke dalam tabung reaksi, lalu
menghaluskan bahan-bSahan sayuran dan buah untuk diambil sebanyak 3 sendok
teh dan dimasukkan ke dalam larutan ekstraksi, larutan kemudian dipanaskan
dalam air dengan suhu 60 derajat celcius selama 15 menit agar membrane sel
hancur dan DNA lepas dari inti sel, kemudian larutan tersebut didinginkan dalam
es selama 10 menit, setelah didinginkan larutan disaring dengan menggunakan
kertas saring, setelah didapat hasil penyaringan dimasukkan alkohol, DNA akan
muncul ke permukaan berwarna keputihan dan bisa diambil dengan tusuk gigi
secara berhati-hati.

2
C. Hasil dan Pembahasan

Setelah dilakukan praktikum isolasi DNA sederhana diperoleh hasil sebagai

berikut:

Tabel 1. Hasil pengamatan isolasi DNA sederhana sayur dan buah

Jenis Buah dan Hasil Pengamatan
No Perlakuan
Sayur Warna Bentuk Jumlah
1 cm Gumpalan +++
1 Pepaya Bening
2 cm Gumpalan
1 cm Agak
2 Melon Kabut ++
2 cm bening
1 cm
3 Semangka Bening Benang ++
2 cm
1 cm +++
4 Selada Bening Kabut
2 cm
1 cm +++
5 Kangkung Bening Benang
2 cm
1 cm Kabut +++
6 Sawi Bening
2 cm Benang +++++
Keterangan:
+++++ : Sangat Banyak
++++ : Banyak
+++ : Sedang
++ : Sedikit
+ : Tidak Ada

Berdasarkan data pada tabel 1 diatas, bahwa pada sayuran didapatkan DNA
yang lebih banyak dari pada jenis buah-buahan, DNA yang jumlahnya paling
banyak yaitu pada sawi sedangkan DNA yang didapatkan paling sedikit yaitu
semangka dan melon. Hal ini dapat terjadi karena kandungan air didalam buah
relatif lebih besar dari pada air yang terkandung didalam sayuran, semakin
tingginya kadar air maka sel yang terlarut didalam ekstrak akan semakin sedikit
sehingga DNA yang didapatkan sedikit.
Selain faktor jenis sampel dan kadar air dalam sampel tersebut,
keberhasilan isolasi DNA juga ditentukan oleh ketelitian praktikan dalam
membuat larutan ekstraksi, larutan ekstraksi harus diaduk dengan berhati-hati
agar tidak menimbulkan buih agar didapatkan larutan yang tepat yang dapat
melisis sel secara fisik hingga didapatkan DNA yang diinginkan.
Larutan ekstraksi yang komposisinya terdiri dari garam dapur, sabun cuci
piring, dan sabun fixal berfungsi sebagai biokatalisator atau pengganti enzim
untuk menghancurkan protein dan memperbesar pergerakan partikel sel sehingga
merusak membrane sel agar DNA dapat keluar. hal ini didukung oleh kajian dari
borges et al, (2012) yang menyatakan bahwa sabun dapat menyebabkan

3
 kerusakan membrane sel dengan mengemulsi lipid dan protein sel serta menyela
interaksi polar yang menyatukan membrane sel, pengadukan harus dilakukan
dengan hati-hati agar tidak menimbulkan buih, karena buih dapat menghambat
proses pada isolasi DNA.

D. Kesimpulan

Isolasi DNA pada buah dan sayur menghasilkan bentuk DNA seperti benang
yang bergumpal yang muncul diatas permukaan larutan pada tabung reaksi.
Keberhasilan isolasi tergantung dari beberapa faktor seperti kadar air sampel,
bahan yang digunakan, suhu alkohol dan ketelitian praktikum .
E. DAFTAR PUSTAKA

Borges, D.B. et al 2012. Optimization of DNA extraction from fresh leaf tissues
of Melanoxylon brauna (Fabaceae). J Genetics and Moleclar Research.
Vol. 11 (2): 1586-1591

Ferniah, R.S., dan Pujiyanto, Sri. 2013. Optimasi Isolasi DNA Cabai (Capsicum
Annum L) Berdasarkan Perbedaan Kualitas dan Kuantitas Daun Serta
Teknik Penggerusan. Jurnal BIOMA. Vol. 15 (1): 14-19

Giasson et al. 2016. Amplified Chromatographic Signal and UV-Absorbance

Spectroscopy to Evaluate Lysozyme after Thermal Denaturation and in
Contact Lens Extracts. J Clin Exp Ophthalmol. Vol 7 (5): 1-9
Hays, Lana. 2005. Introduction to DNA Extraction. Diakses tanggal 14 Maret
2019. Dari (http://www.tsl.orst.edu.tgerc/dnaext.html)
Siswanto, J. E. et al. 2016. Isolasi DNA Pada Sampel Darah Tepi dan Swab
Buccal Pada Bayi Penderita ROP. Jurnal Sari Pediatri.Vol 18 (4): 270-
277.
Wang, Xiaofang., Lim, Hyun Jeong., Son, Ahjeong. 2014. Characterization of
Denaturation and Renaturation of DNA for DNA Hybridization. J
Environmental Health and Toxicology. Vol 29: 1-8
Zubaidah, Siti. 2004. Identifikasi, Variasi Genetik, Distribusi dan Upaya
Eliminasi Bakteri Penyebab CVPD (Citrus Vein Phloem Degeneration).
Desertasi. Malang: Program Pasca Sarjana Universitas Brawijaya.
Zulfarina., Imam Mahadi., Darmawati. 2018. Penuntun Praktikum Bioteknologi.
Program Studi Pendidikan Biologi Universitas Riau. Pekanbaru.