Attualmente, l'unica discendenza patrilineare, cioè, di filiazione riferendosi esclusivamente al padre e che conserva il cognome paterno o agnatica, che cade direttamente da maschio a linea maschile e che mantiene anche il cognome paterno, la famiglia Borja o Borgia, in linea diretta da [[Giovanni Borgia (Duca di Gandia)|Giovanni Borgia]], II [[Duca di Gandia]] e [[Maria Enriquez de Luna]], che ha continuato Lucas Vicente Joaquin Borja e Lasteros figlio di Francisco José de Borja e Pace Duca di Estrada, è in Ecuador e Cile. Uno dei suoi discendenti è descritto [[Rodrigo Borja Cevallos]], [[Capi di Stato dell'Ecuador|Capo di Stato dell'Ecuador]].<ref name="Salazar Acha 16">{{Cita|Salazar Acha (2010)|p. 16|Salazar Acha, 2010}}.</ref>
A [[Perugia]] prosperò il ramo collaterale Borgia-Sulpizi, proprietari di un grande [[Castello Borgia (Trasimeno)|castello]] presso il [[lago Trasimeno]].<br />
