METABOLISMO MICROBICO

Parecchi aspetti del metabolismo microbico sono comuni a quelli degli organismi superiori: ad
esempio il trasporto di elettroni associato alle reazioni di ossido-riduzione, o l’uso della molecola di
ATP (adenosina trifosfato) come principale fonte di energia chimica e forma di utilizzazione
dell’energia.
Le varie analogie sono alla base della teoria dell’unitarietà biochimica tra gli esseri viventi (Kluiver,
1925) e i batteri sono stati spesso usati come modello sperimentale per studi di reazioni
biochimiche, essendo essenzialmente identiche, dal punto di vista molecolare, con quelle degli altri
organismi.
Tuttavia nei microrganismi, e nei procarioti in particolare, sono presenti parecchi tipi di processi (ad
esempio, per generare energia) che sono sconosciuti negli organismi superiori.
I microrganismi sono caratterizzati da una grande versatilità metabolica, sia tra le varie specie sia
all’interno della stessa specie o ceppo. Ad esempio, E. coli può produrre energia per respirazione o
fermentazione, può utilizzare l’O2 come accettore finale di elettroni (respirazione aerobia) o al
contrario respirare in condizioni anaerobiche utilizzando un diverso accettore terminale di elettroni,
inoltre può utilizzare il glucosio e il lattosio come fonte di carbonio ottenendo tutte le biomolecole
necessarie (aminoacidi ecc.).

Da un punto di vista nutrizionale e metabolico esistono, per semplificare, tre principali gruppi di
microrganismi:
1. Gli eterotrofi chemiorganotrofi
2. I chemioautotrofi o chemiolitotrofi
3. I fotosintetici

1.Gli eterotrofi chemiorganotrofi

In questo caso l’energia si ottiene per ossidazione dei composti organici. I carboidrati (il glucosio in
particolare) sono i più comuni composti organici utilizzati sia come fonte di energia sia come fonte
di carbonio. L’ossidazione di questi composti ha come risultato la sintesi di ATP come fonte di
energia chimica utilizzabile per tutti i processi vitali. L’ATP può essere generato con un processo di
fosforilazione a livello di substrato, o con un processo di fosforilazione ossidativa. Il primo caso
è tipico della fermentazione: in tale processo si ha un’ossidazione non completa della molecola

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organica e l’accettore finale di elettroni è un’altra molecola organica interna allo stesso processo.
Quando l’ossidazione della molecola organica è completa e l’accettore finale di elettroni è l’O2 si
parla di respirazione (aerobia in questo caso).
L’ossidazione completa del glucosio coinvolge tre vie biochimiche: a) la glicolisi (via di Embden
Meyerhof Parnas) b) il ciclo degli acidi tricarbossilici (ciclo di Krebs) c) la fosforilazione
ossidativa. La glicolisi è una delle possibili vie, nei procarioti, di utilizzazione del glucosio ed è un
processo comune anche al metabolismo anaerobico e fermentativo.

Glicolisi

Figura 1. La via Embden Meyerhof. Tale via è comune anche al metabolismo anaerobico e fermentativo

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Ritornando alla fermentazione, è bene fissare alcuni concetti che riguardano questo processo. Si
tratta di un’ossidazione parziale di una molecola organica; il NAD+ (nicotinammide adenina
dinucleotide) è sempre ridotto a NADH che funge da trasportatore di elettroni; l’eccesso di NADH
è un fattore limitante del processo fermentativo e il pool di NAD+ è rigenerato con la riduzione di
un composto organico interno al processo; l’acido piruvico è un intermedio fondamentale nel
processo fermentativo; l’energia (ATP) è prodotta con reazioni di fosforilazione a livello di
substrato; le rese energetiche sono basse e vanno da un minimo di 1 ATP a un massimo di 4 ATP.
A partire dall’acido piruvico è possibile ottenere vari prodotti finali che distinguono le varie
fermentazioni batteriche.

Nella fermentazione omolattica l’unico prodotto finale è l’acido lattico che si ottiene per riduzione
diretta dell’acido piruvico e quindi rigenerazione di NAD+. Questa fermentazione è tipica di
Lactobacillus sp ed è usata per ottenere vari prodotti alimentari (yogurth ecc.).
La fermentazione acido-mista è tipica degli Enterobatteri. I prodotti finali sono un miscuglio di
acidi organici (acido lattico, acetato, acido propionico ecc.), alcool (l’etanolo si ottiene per
decarbossilazione dell’acido piruvico e riduzione dell’acetaldeide ad opera del NADH) e gas (CO2,
H2 ). Nella fermentazione butanediolica, oltre al miscuglio di acidi, alcool e gas, prima descritta, si
forma il butanediolo per condensazione di due molecole di acido piruvico. L’uso di questa via
causa il decremento della formazione di acidi (il butanediolo è neutro) e la formazione di un
particolare intermedio, l’acetoino. Coloro che si occupano di analisi microbiologica dell’acqua
possono distinguere i coliformi fecali (fermentazione acido mista) dai coliformi non fecali
(formazione di butanediolo tipica di generi come Klebsiella) andando a svelare la presenza di
acetoino e un pH più alto.

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Figura 2. Fermentazioni batteriche

In base alla presenza di un unico prodotto finale di fermentazione o di più prodotti, possiamo
distinguere i microrganismi rispettivamente in omofermentanti o eterofermentanti.
Gli eterofermentanti non usano in genere la glicolisi, ma utilizzano delle vie alternative di
catabolizzazione del glucosio, come lo shunt degli esoso-monofosfati (o via dei pentoso-fosfati).
In tale via si ha l’ossidazione diretta del glucosio-6 fosfato a acido 6-fosfogluconico e per
decarbossilazione e ulteriore ossidazione si ha la sintesi del pentosofosfato. Il pentosofosfato, ad
opera dell’enzima chiave fosfochetolasi, è scisso in 3-fosfogliceraldeide e acetilfosfato.
A partire dalla 3-fosfogliceraldeide si ha la stessa sequenza di reazioni della glicolisi e quindi la
formazione di acido piruvico che viene ridotto ad acido lattico. L’acetilfosfato per riduzione dà
origine all’acetaldeide che verrà ridotta ad etanolo. Questa via metabolica è impiegata da alcune
specie appartenenti al genere Leuconostoc e da alcune specie di Lactobacillus eterofermentanti.

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 Shunt degli esoso-monofosfati (via dei pentoso-fosfati)

Figure 3. Tale via è utilizzata nella fermentazione eterolattica

Un’altra via metabolica tipica dei batteri e alternativa alla glicolisi è la via denominata Entner-
Doudoroff. Questa via è tipica dei batteri aerobi-obbligati (ad esempio alcune specie appartenenti al
genere Pseudomonas) che sono privi di un enzima fondamentale nel processo glicolitico, la
fosfofruttochinasi (formazione del fruttosio 1-6 difosfato). Il glucosio viene ossidato a
chetodeossifosfogluconato, a sua volta questa molecola viene scissa dall’enzima chiave
chetodeossifosfogluconato-aldolasi, in due molecole più piccole: l’acido piruvico e la 3P-
gliceraldeide. A partire dalla 3P-gliceraldeide, con le stesse modalità della glicolisi, si arriva alla
formazione di acido piruvico.
La via Entner-Doudoroff può essere usata come via fermentativa da batteri come lo Zymomonas sp
(yeast like bacterium) che produce etanolo a partire dall’intermedio acido piruvico con le reazioni
già descritte (decarbossilazione con formazione dell’acetaldeide e successiva riduzione).

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 Figura 4. La via di fermentazione Entner-Doudoroff

Tabella 1. Prodotti finali di alcune fermentazioni microbiche

Via metabolica Enzima -chiave Etanolo Lattato CO2 ATP

Embden-Meyerhof
fructose1,6 diP aldolase 2 0 2 2
Saccharomyces
Embden-Meyerhof
fructose1,6 diP aldolase 0 2 0 2
Lactobacillus
Eterolattici
phosphoketolase 1 1 1 1
Streptococcus
Entner-Doudoroff
KDPG aldolase 2 0 2 1
Zymomonas

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La respirazione è invece un processo in cui si ha una completa ossidazione del substrato organico.
Il ciclo di Krebs è richiesto proprio per tale processo: infatti, l’acido piruvico, dopo la conversione
in Acetil CoA, imbocca la via degli acidi tricarbossilici, ciò conduce a una completa ossidazione
del glucosio a CO2 e alla formazione di intermedi che verranno utilizzati per la biosintesi di
molecole come gli aminoacidi (aspetto anabolico del ciclo di Krebs). L’accettore finale di elettroni
(nella respirazione aerobica) è l’O2 che non riceve subito gli elettroni da parte del NADH, ma dopo
una sequenza di passaggi in cui sono coinvolti sistemi di trasporto con un potenziale di ossido-
riduzione via via sempre più positivo, fino ad arrivare alla coppia con potenziale redox più alto
(O2/H2O).
Tale sistema di trasporto degli elettroni (catena respiratoria) è associato alla membrana
citoplasmatica (nei procarioti) e la sua costituzione varia parecchio tra una specie batterica e l’altra,
oltre che tra procarioti e eucarioti.
Alcuni trasportatori sono comuni, oltre al NADH reduttasi e alla Flavoproteina, il coenzima Q
(unico trasportatore non proteico) e i citocromi. Nei batteri sono presenti citocromo-ossidasi
multiple, mentre nei mitocondri è presente un solo tipo di citocromo-ossidasi. Tuttavia, a parte le
differenze di organizzazione della catena respiratoria, la funzione è comune: al sistema di trasporto
degli elettroni, attraverso trasportatori a diverso potenziale redox, è associata la formazione di un
gradiente di protoni H+ tra la membrana e lo spazio periplasmatico (nei batteri), questo stato ad alta
energia è denominato forza protono-motrice.
L’enzima trans-membranario, ATP-asi, utilizza questo stato ad alta energia per la sintesi di ATP.
Il processo di respirazione aerobica può essere schematizzato in questo modo:

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 Respirazione aerobica
PMF: forza protono-motrice

Tratto da.: The Diversity of Metabolism in Procaryotes, Department of Bacteriology University Wisconsin, USA

La reazione generale del processo respiratorio che interessa il glucosio è:

Glucosio + 6 O2 ----------> 6 CO2 + 6 H2O + energia (ATP)

A tale reazione esoergonica corrispondono circa 700.000 calorie per molecola di glucosio; la
produzione massima di energia utilizzabile è di 38 ATP (pari a circa 380.000 calorie), la resa
energetica si avvicina quindi al 50% (il resto dell’energia viene dissipato come calore).

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Figura 5. Ciclo degli acidi tricarbossilici (TCA) o ciclo di Krebs

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Figura 6. Aspetti anabolici del ciclo degli acidi tricarbossilici

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In alcune specie batteriche la completa ossidazione del substrato organico avviene utilizzando
accettori finali di elettroni diversi dall’O2 . Questo tipo di respirazione in assenza di ossigeno è
tipica degli anaerobi facoltativi (come Escherichia coli), di batteri del suolo (batteri
denitrificanti) e degli archea. Nel caso di E.coli l’accettore finale di elettroni può essere il nitrato o
un composto organico come il fumarato che viene ridotto a succinato (da notare che a differenza del
processo fermentativo, la molecola organica che funge da accettori di elettroni è esterna alla via
metabolica). I batteri denitrificanti appartenenti al genere Bacillus o Pseudomonas, presentano
come accettare alternativo di elettroni il nitrato (NO3-), gli enzimi implicati in tale processo sono
delle reduttasi: a secondo del numero di elettroni accettati si possono formare NO2-, NH3 o N2 come
prodotti finali.
I metanobatteri (archea) utilizzano la CO2 come accettore finale di elettroni: questo processo è la
fonte principale di produzione di CH4 (metano) del pianeta. In questo caso però si tratta di un
processo di produzione di energia particolare-la metanogenesi- piuttosto che di respirazione vera e
propria.
Altri microrganismi ( Desulfovibrio) utilizzano composti ossidati, ad esempio i solfati (SO4--), come
accettori finali di elettroni, dando origine a H2S e ad altri composti ridotti dello zolfo: sia la
metanogenesi, sia la riduzione dei solfati sono tipici di microrganismi che vivono in ambienti
fortemente anaerobici come i sedimenti del fondo di laghi ecc.
Tabella 2. Accettori di elettroni nella respirazione e metanogenesi nei procarioti

Elettroni accettori Prodotto ridotto finale Tipo di processo Microrganismo

O2 H2O respirazione aerobica Escherichia, Streptomyces
NO3 NO2, NH3 or N2 denitrificazione Bacillus, Pseudomonas
SO4 S or H2S riduzione solfati Desulfovibrio
respirazione anaerobica
fumarato succinato Escherichia

CO2 CH4 metanogenesi Methanococcus

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 2. I chemioautotrofi o chemiolitotrofi

Ai microrganismi chemioautotrofi o chemiolitotrofi appartengono batteri che utilizzano

l’ossidazione di composti inorganici come fonte di energia e la CO2 come fonte di carbonio.
L’energia necessaria alla riduzione della CO2 in glucosio (reazione endoergonica) non deriva dalla
energia radiante (come vedremo nella fotosintesi), ma dall’ossidazione di piccoli composti
inorganici. A questo gruppo di microrganismi appartengono i batteri nitrificanti che sono i
principali protagonisti del ciclo dell’azoto nella biosfera. Le forme ridotte dell’azoto, NH3 o NO2,
vengono convertite in una forma ossidata come NO2- o NO3- rispettivamente da batteri come
Nitrosomonas o Nitrobacter .
Thiobacillus denitrificans (tipico di fumarole e sorgenti calde vulcaniche) è in grado di ossidare i
composti ridotti dello zolfo (H2S) e di utilizzare come accettore finale di elettroni NO 3- che viene
convertito in N2: in questo caso assistiamo a un processo di denitrificazione associato
all’ossidazione di un composto inorganico.
Alcune specie appartenenti al genere Pseudomonas potrebbero essere classificate come
“chemioautotrofe facoltative”. Infatti di solito queste specie sono chemiorganotrofe e quindi
eterotrofe, ma la presenza di enzimi particolari li rende capaci di utilizzare composti inorganici
come fonte di energia. Queste specie possono utilizzare H2 (idrogeno) come fonte di energia
ossidandolo ad acqua: tale processo avviene grazie ad una idrogenasi che trasferisce gli elettroni al
NAD+ che a sua volta li immette nel sistema di trasporto degli elettroni. Anche il Metanobacterium
(Archea) può utilizzare l’idrogeno come fonte di energia e ossidarlo ad H2O.

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Tabella 3. Vari gruppi fisiologici di chemioautotrofi o chemiolitotrofi

physiological group energy source oxidized end product organism

hydrogen bacteria H2 H2O Alcaligenes, Pseudomonas
methanogens H2 H2O Methanobacterium
carboxydobacteria CO CO2 Rhodospirillum, Azotobacter
nitrifying bacteria* NH3 NO2 Nitrosomonas
nitrifying bacteria* NO2 NO3 Nitrobacter
sulfur oxidizers H2S or S SO4 Thiobacillus, Sulfolobus
iron bacteria Fe ++ Fe+++ Gallionella, Thiobacillus

Figura 6. Processi ossidativi nei chemioautotrofi

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 3. I fotosintetici

In realtà anche in questo gruppo sono presenti vari modelli metabolici: fotosintetici autotrofi
ossigenici; fotosintetici autotrofi non ossigenici; fotosintetici eterotrofi o fototrofi facoltativi.
Ai fotosintetici autotrofi ossigenici (o fotoautotrofi) appartengono i cianobatteri che hanno
molti aspetti in comune, per quanto riguarda il processo fotosintetico, con le alghe e le piante.
Questi microrganismi utilizzano l’energia radiante come fonte di energia e la CO2 come fonte di
carbonio.
L’energia luminosa viene catturata da pigmenti speciali (la clorofilla a e b, nelle piante e alghe, la
clorofilla a nei cianobatteri) localizzati nella membrana interna dei cloroplasti (piante e alghe) o
nella faccia interna di un sistema di membrane organizzato, nei cianobatteri.
Accanto alla clorofilla che assorbe nello spettro 650-750 nm, sono tipici dei cianobatteri pigmenti
accessori come i carotenoidi o le ficobiliproteine. I pigmenti sono organizzati in forma di
aggregati in due fotosistemi (altro aspetto in comune tra cianobatteri, alghe e piante);
l’assorbimento di un quanto di luce (fotone) passa da pigmento a pigmento fino ad arrivare al
centro di reazione del fotosistema. L’assorbimento del fotone da parte del centro di reazione del
fotosistema determina un salto di un elettrone a un livello energetico superiore: questo stato
intermedio ad alta energia deve essere convertito in un forma utilizzabile per la cellula (energia
chimica, ovvero ATP). Vediamo in che modo: l’elettrone ad alta energia viene trasportato
attraverso un sistema di trasporto di membrana costituito da ferro-sulfo proteina (P430),
ferrodoxine, chinone e citocromi. I due fotosistemi lavorano in modo coordinato: il fotosistema
I assorbe fotoni di lunghezza d’onda superiore a 700nm, l’elettrone che viene liberato dal suo
centro di reazione passa attraverso la catena dei trasportatori e raggiunge il NADP che viene
ridotto a NADPH. Il buco elettronico che si determina nel fotosistema I viene colmato da un
elettrone che si genera nel fotosistema II e che giunge al fotosistema I grazie al sistema dei
trasportatori. L’energia che viene rilasciata durante il trasferimento dell’elettrone da un citocromo
all’altro è accoppiata alla fosforilazione di ADP con sintesi di ATP (fotofosforilazione). Il buco
elettronico del fotosistema II viene colmato dalla fotolisi dell’acqua, con un processo ancora poco
chiaro.

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 Il processo fotosintetico può essere schematizzato in questo modo:

Fase luminosa e fase oscura della fotosintesi

pmf: forza protono-motrice

Tratto da: The Diversity of Metabolism in Procaryotes, Department of Bacteriology University Wisconsin, USA

Per concludere, i cianobatteri utilizzano l’H2O come donatore di elettroni (in realtà la molecola
riducente è il NADPH) e l’ATP generato nel processo di fotofosforilazione come fonte di energia
per sintetizzare a partire dalla CO2 il glucosio (fase oscura della fotosintesi o ciclo di Calvin).
La reazione generale del processo fotosintetico è:

6 CO2 + 6 H2O + energia (ATP) ----------> Glucosio + 6 O2

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Ai fotoautotrofi non ossigenici appartengono i batteri sulfurei verdi e i batteri sulfurei
purpurei. Questi microrganismi utilizzano l’energia luminosa come fonte di energia e la CO2 come
fonte di carbonio, ma utilizzano composti ridotti dello zolfo come donatori di idrogeno, anziché
acqua e quindi il processo si svolge senza produzione di O2. Questi batteri presentano un solo
fotosistema e hanno un pigmento particolare chiamato batterioclorofilla che assorbe nel range 800-
1100nm.
I batteri verdi e i batteri purpurei non sulfurei sono dei fototrofi facoltativi, infatti possono
anche utilizzare composti organici come fonte di energia ed effettuano un’efficiente respirazione in
presenza di O2. Le specie più studiate appartenenti al genere Rhodospirillum e Rhodobacter
utilizzano la luce come fonte di energia, ma utilizzano acidi organici come fonte di carbonio. Il
processo fotosintetico è anossigenico, infatti questi batteri usano una grande quantità di composti
donatori di elettroni ( ad eccezione dell’acqua e dei composti ridotti dello zolfo). Il tipico habitat di
queste specie è caratterizzato da grande irradiazione solare, bassa tensione di O2 ed alta
concentrazione salina (si tratta di batteri alofili).
Alcune specie come Halobacterium halobium, appartenenti agli Archea, presentano un particolare
pigmento proteico, chiamato batteriorodopsina, coniugato ad un retinoide che cattura la luce
dando origine direttamente a un gradiente di protoni H+ attraverso la membrana, flusso che si
associa alla sintesi di ATP. Questo è l’unico esempio in natura di fotofosforilazione non
fotosintetica. Questi microrganismi sono normalmente eterotrofi, vivono in ambienti estremamente
iperosmotici e l’alta concentrazione salina limita la disponibilità di O2 per la respirazione, così
hanno sviluppato un meccanismo di produzione alternativo di ATP utilizzando la batteriorodopsina
che modifica la propria conformazione, per favorire il flusso di protoni H+ espulsi in seguito alla
fotoattivazione. La forza protono motrice generata dalla batteriorodopsina fotoattivata viene
utilizzata anche per effettuare scambi ionici tra sodio e potassio, ciò permette la sopravvivenza di
questi microrganismi in ambienti dove le concentrazioni saline sono molto alte.

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Tabella 4. Differenze nel processo fotosintetico tra cianobatteri e batteri fotoautotrofi non
ossigenici

cyanobacteria photosynthesis bacterial photosynthesis

organisms Cyanobacteria, plants, algae purple and green bacteria
chlorophyll a bacteriochlorophyll
type of chlorophyll
absorbs 650-750nm absorbs 800-1000nm
Photosystem I
present present
(cyclic photophosphorylation)
Photosystem I
present absent
(noncyclic photophosphorylation)
Produces O2 yes no
H2S, other sulfur compounds or
Photosynthetic electron donor H2O
certain organic compounds

Fase oscura della fotosintesi (Ciclo di Calvin)

Figura 8. Il ciclo di Calvin e le relazioni con la sintesi di biomolecole e materiale cellulare

La riduzione di CO2 a glucosio richiede 18 ATP e 12 NADPH2

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 Bibliografia

1) The Diversity of Metabolism in Procaryotes: http://www.bact.wisc.edu/Bact303/bact303metabolism

2) Bacterial Metabolism: http://gsbs.utmb.edu/microbook/ch004.htm

3) Metabolism Introduction

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