Nella stagione 2005-2006 la Pro Patria affidata a Giancesare Discepoli resta a lungo nelle zone paludose della classifica, a metà percorso è ancora quart'ultima con 19 punti. Il risveglio giunge a primavera, soprattutto grazie alle vittorie (4-3) contro il Genoa ottenuta allo Speroni, e la successiva a Monza (0-1), il colpo d'ala ed il bottino di sei punti, fanno risalire la Pro Patria in classifica, motivandola a centrare nuovamente l'obiettivo di mantenere la categoria. Migliori realizzatori bustocchi di questa stagione sono Gianluca Temelin con 15 reti, e Fabio Artico autore di 8 reti.
Anche per questa stagione c'è una prestigiosa partecipazione della Pro Patria alla Coppa Italia maggiore, dove però non riesce ad evitare l'eliminazione diretta contro l'Albinoleffe. Nella Coppa Italia di Serie C i tigrotti partono dai sedicesimi, ed arrivano fino alle semifinali.
Lo sponsor tecnico per la stagione 2005-2006 è Lotto; sulla maglia, per il quarto anno, vi è come sponsor "Ge.S.A." (Gestione Servizi Aziendali).
La prima maglia resta la classica biancoblu, con dei leggeri profili rossi, e il dorso completamente blu; la seconda maglia è a scacchi rossoblu.
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