Jacob Nicolaj Wilse var en dansk-norsk prest og topografisk forfatter. Fra 1768 var han sogneprest i Spydeberg, fra 1785 i Eidsberg. I 1784 ble han titulær professor.
Wilse var danskfødt, men ble ivrig norsk patriot og arbeidet energisk for et norsk universitet. Han forberedte også opprettelsen av Selskabet for Norges Vel. I 1779 kom hans store Physisk, oeconomisk og statistisk Beskrivelse over Spydeberg med Norsk Ordbok som tillegg, mens hans beskrivelse over Eidsberg ble trykt i Topographisk Journal. Wilses Reise-Iagttagelser (1790–1807) er også verdifulle.