PHYLOGENY AND THE TREE OF LIFE 

LECTURE 1: DISSECTING PHYLOGENETIC TRESS AND BASICS OF PHYLOGENY 
Three Domains of Life (based on genetic data) 

 Archaea and Bacteria – Prokaryotes 
 Eukarya – Eukaryotes 
 
 

 
 
 
Tree of Life 

 All life is interconnected by descent  
 Key Evidence 
 Cells look alike – consistent morphology  
 Cells function the same 
 DNA has the same dictionary for all living things 
 The TOL is a phylogeny that depicts the true evolutionary relationships among all living organisms 
‐ Is there more that 1 possibility for the TOL? 
No. There is only one true common ancestor for all life forms. 
‐ Have we determined the absolutely correct TOL? 
No. There is a lot of data that is missing 
 Phylogeny is a hypothesis about the evolutionary relationships between organisms ‐  a hypothesis well 
supported by the data 
 May be more that 1 proposed phylogeny 
 May change as more data become available 
 
SYSTEMATICS 

 Field of biology dealing with diversity and evolutionary history of life 
 Includes taxonomy: DINC 
 Description 
 Identification 
 Nomenclature 
 Classification 
 Goal: determine TOL – evolutionary history (phylogeny) of life 
1. Description  
 Assign features 
 Character: a feature  
 Character states: two or more forms of a character  
2. Identification  
 Taxonomic Key: dichotomous key 
 Cladistics: phylogenetic analysis or a combo of both  
3. Nomenclature 
 Hierarchical Classification: broad to narrow 
 Binomial Nomenclature: Genus + species identifier 
4. Classification  
 Placing objects 
 Taxon: a taxonomic group 
 
Phylogenetic Trees 

Same number of taxa (3) 

Same number of nodes (2) 

  Same number of sister taxa (1) 
  
 
 
 
 
Rooted and Unrooted Trees 

 
 
How do we root a tree? 
Ingroup: group studied 
Outgroup: group not part of ingroup, used to root tree  

LECTURE 2: UNDERSTANDING RELATIONSHIPS THROUGH PHYLOGENY 
Dissect/Describe the Phylogeny 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1. How many nodes? 
Five nodes 
 
2. How many terminal taxa? What are they? 
Six terminal taxa (other even toed ungulates, hippopotamuses, cetaceans, seals, bears and other 
carnivores) 
 
3. Describe 1 specific relationship highlighted by the tree 
Cetaceans and Seals: convergent evolutions (Analogous)  
Hippo and Cetaceans/ Seals and Bears: sister taxa 
Other even toed ungulates and hippo: paraphyletic group 
Cetaceans and Seals: polyphyletic group 
 
4. Circle the most common recent common ancestor of cetaceans and seals. Why would the ancestor not 
be a part of a cetacean – seal group defined by body forms? 
Cetaceans and seals converged to adapt to marine environment 
But the ancestor was a terrestrial organism 
 
CHARACTERS 
 
1. Apomorphies 
 Taxa are group by apomorphies 
 Derived Characters (traits): are the results of evolutions (characters not found in common 
ancestor) 
adaptive features  
 Taxa sharing apomorphies underwent same evolutionary history should be grouped together 
 Scales (ancestral feature) ‐> feathers (derived feature) 
 

  
 
 2. Synapomorphies  
 Shared derived characters (for groups/ sister taxa) 
 E.G. Koala and Dingo  
 Anal and urogenital openings separate  Synapomorphies (indicate that koala and dingo 
 Mammary glands with teats  are more closely related to each other than 
 Egg shell absent   either is to platypus 

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
3. Autapomorphy 
 Each branch of a cladogram is supported by one or more synapomorphies (for individuals) 
 Each taxon has one or more unique characters that distinguish it from other terminal taxa 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 4. Sympleiomorphies 
 Ancestral character  
 Plesiomorphic character or plesiomorphy  
 Shared plesiomorphies (shared ancestral traits) 
 Sympleiomorphies 
 E.g. platypus, koala and dingo – hair, internal fertilization and suckle the young 
 They are shared among all the members so do not show the pattern of relationship among the 
taxa 
 
 
 
 
 
 

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1. What is the context (reason) of the researchers investigation? 
Wanna know how much meat is legal 
 
2. What data was udes to create the phylogeny depicted? 
MtDNA sequences 
 
3. What conclusions can you make? 
Not all meat came from legal sources 
 
4. Did they use all of their own sequence data? 
Collected and sequenced their meat and then they used the known sequences that were published 
 
Homologous and Analogous Characters 
 Homologous: same structure, different functions ‐> divergent evolution 
 Analogous (Homoplasy): different structures, same function ‐> convergent evolution 
 

 
 
 
LECTURE 3: PRACTICE AND APPLICATIONS OF PHYLOGENY 
Impact of Horizontal Gene Transfer on Interpretation of Phylogeny 

 Vertical Gene Transfer ‐> Parent to offspring 
 Horizontal Gene Transfer ‐> organism 1 to organism 2  
Other considerations for interpreting Phylogeny 

 Oscillating selection: Traits can evolve in one direction, then back the other way 
 Evolutionary reversal: process in which a species re – evolves the characteristics of an ancestral 
species 
Molecular Clocks and Measuring Evolutionary Times 

 DNA as a ‘timer’ – as every mutation (insertions, deletions, substitutions) represents a certain amount 
of time 
 Adverse Mutations: adversely affect the function of a critical gene are eliminated by natural selections 
 If neutral changes accumulate at a near constant rate, they can be used to measure evolutionary time 
– act as a molecular clock. 
Estimating Time: Rates of Change in Genetic Code 

 No single molecular clock: different segments accumulate mutations at different rates 
‐ Allows investigations of different evolutionary timeframes 
 High rates of mutations: DNA where base substitutions accumulate rapidly – mitochondrial DNA 
(mtDNA) and chloroplast DNA (cpDNA) – useful for phylogeny of closely related organsims 
 Slow rates of mutation: highly conserved regions (ribosomal RNA (rRNA) genes) ‐ useful to study back 
the origin of life, 4 billion yrs ago 
Molecular Clocks 

 The molecular hypothesis states: Among closely related species, a given gene usually evolves at 
reasonably constant rate 
 These mutations events can be used to predict times of evolutionary divergence. 
 Therefore, the protein encoded by the gene accumulates amino acid replacements at a relatively 
constant rate. 
Competing Phylogenies: How to Decide Between Competing Hypotheses? 

 Principle of Parsimony (Occam’s Razor) – simplest explanation  
 The simplest explanation accounting for the observations is the preferred explanation. 
 Select the phylogeny that requires the fewest evolutionary changes 
 Maximum Likelihood – most likely sequence of events 
 Mathematical modeling describes rates of DNA change over time 
 Represent most likely sequence of events 
 Incorporates more info about evolutionary change than do parsimony methods 
 