Microbiology With Diseases by Taxonomy 5th Edition Bauman Solutions Manual 1
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CHAPTER
Microbial Metabolism
5
Chapter Outline
Basic Chemical Reactions Underlying Metabolism (pp. 123–130)
Catabolism and Anabolism
Oxidation and Reduction Reactions
ATP Production and Energy Storage
The Roles of Enzymes in Metabolism
30
Chapter 5 Microbial Metabolism 31
Chapter Summary
Basic Chemical Reactions Underlying Metabolism (pp. 123–130)
Enzyme Activity
Activation energy is the amount of energy required to initiate a chemical reaction. Activation
energy may be supplied by heat, but high temperatures are not compatible with life; therefore,
enzymes are required to lower the activation energy needed. Substrates fit onto the specifically
shaped active sites of enzymes. The complementary shapes of active sites of enzymes and their
substrates determine enzyme-substrate specificity. The active site may change shape after
substrate binding, described by the induced-fit model. In catabolism, an enzyme binds to a
substrate, forming an enzyme-substrate complex, the bonds within the substrate are broken, the
enzyme separates from the two new products, and the enzyme is released to act again.
Temperature and pH can influence the rate of reactions.
Enzymes may be denatured by physical and chemical factors such as temperature and pH,
which change their shape and thus their ability to bond. The change may be reversible or
permanent.
Chapter 5 Microbial Metabolism 33
The rate of enzymatic activity is also affected by the concentrations of substrate and
enzyme. Enzyme activity proceeds at a rate proportional to the concentration of substrate
molecules until all the active sites on the enzymes are filled to saturation.
Enzyme activity can be influenced in multiple ways. In allosteric activation, the binding of a
cofactor to an allosteric site can cause the enzyme to be activated. Enzyme activity may be
blocked by competitive inhibitors, which bind to and block but do not denature active sites.
Noncompetitive inhibitors attach to an allosteric site on an enzyme, distorting the active site
and halting enzymatic activity.
Feedback inhibition (negative feedback or end-product inhibition) occurs when the final
product of a series of reactions is an allosteric inhibitor of some previous step in the series.
Thus, accumulation of the end-product “feeds back” a stop signal to the process.
Glycolysis
Glycolysis (the Embden-Meyerhof pathway) involves the splitting of a glucose molecule in a
series of 10 steps that ultimately results in the splitting of glucose into two molecules of pyruvic
acid, and a net gain of two ATP and two NADH molecules. The 10 steps of glycolysis can be
divided into three stages: energy-investment (steps 1, 2, and 3), lysis (steps 4 and 5), and
energy-conserving (steps 6–10). ATP is produced by substrate-level phosphorylation. (Some
organisms use the alternative Entner-Doudoroff pathway.)
◆ Video Tutor: Glycolysis
Cellular Respiration
◆ Interactive Microbiology: Aerobic Respiration in Prokaryotes
Cellular respiration is a three-stage metabolic process that involves oxidation of substrate
molecules and production of ATP. The stages of respiration are synthesis of acetyl-CoA, the
Krebs cycle, and electron transport.
Synthesis of Acetyl-CoA
The production of acetyl-coenzyme A (acetyl-CoA) begins with decarboxylation (removal of
carbon as CO2) of pyruvic acid. Acetyl-CoA is formed when the two remaining carbons from
pyruvic acid join coenzyme A in a high energy bond. Two molecules of acetyl-CoA, two
molecules of CO2, and two molecules of NADH are produced.
Acetyl-CoA enters the Krebs cycle, a series of eight enzymatic steps that transfers energy and
electrons from acetyl-CoA to coenzymes NAD+ and FAD. For every two molecules of acetyl-
CoA that enter the Krebs cycle, two molecules of ATP, six molecules of NADH, and two
molecules of FADH2 are formed. The Krebs cycle is also known as the tricarboxylic acid (TCA)
cycle and the citric acid cycle. Six types of enzyme reactions take place in the Krebs cycle:
anabolic, isomerization, redox, decarboxylation, substrate-level phosphorylation, and hydration.
Electron Transport
The electron transport chain is the stage in which the most energy is produced. It is a series of
redox reactions that passes electrons from one membrane-bound carrier to another and then to a
final electron acceptor. Most organisms get electrons from organic molecules but lithotrophs
use inorganic electron donors. The energy from these electrons is used to pump protons (H+)
across the membrane. The proton gradient produced results in the synthesis ATP by a process
called chemiosmosis.
Electron transport chains are in the cytoplasmic membrane of prokaryotes and the inner
membrane of mitochondria in eukaryotes. The four categories of carrier molecules in the
electron transport system are flavoproteins, ubiquinones, metal-containing proteins, and
cytochromes.
Aerobes use oxygen atoms as final electron acceptors in the electron transport chain in a
process known as aerobic respiration, whereas anaerobes use other inorganic molecules such
as sulfate, nitrate, and carbonate as final electron acceptors in anaerobic respiration.
◆ Video Tutor: Electron Transport
Chemiosmosis
Chemiosmosis is a mechanism in which the flow of ions down an electrochemical gradient
across a membrane is used to synthesize ATP. For example, energy released during the redox
reactions of electron transport is used to pump protons across a membrane, creating a proton
gradient.
A proton gradient is an electrochemical gradient of protons that has potential energy known
as a proton motive force. When protons flow down their electrochemical gradient through
protein channels called ATP synthases (ATPases), ATP is synthesized. ATPases synthesize
ATP in both oxidative phosphorylation and photophosphorylation.
About 34 ATP molecules are synthesized per pair of electrons traveling down an electron
transport chain. Thus, there is a theoretical net yield of 38 ATP molecules from the aerobic
respiration of one molecule of glucose via glycolysis (4 molecules of ATP produced minus 2
molecules of ATP used), the Krebs cycle (2 molecules of ATP produced), and the electron
transport chain (34 molecules of ATP produced).
Fermentation
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je ne me trompe pas ! Bientôt le soleil va se coucher, et toi aussi tu
t’éteindras avec le soleil. » Alors Basile : « Et que diras-tu si je ne meurs
pas aujourd’hui ? » Et Joseph : « Seigneur, c’est impossible ! » Et Basile :
« Mais si cependant, je survis jusqu’à la sixième heure de demain, que
feras-tu ? » Et Joseph : « Si tu survis jusqu’à cette heure-là, je consens
moi-même à mourir ! » Et Basile : « Consens seulement à mourir au
péché, pour vivre dans le Christ ! » Et Joseph : « Seigneur, je comprends
ce que tu veux dire : et si tu survis jusqu’à la sixième heure de demain, je
ferai ce que tu m’engages à faire ! » Alors saint Basile, qui, suivant la
nature, devait mourir en ce jour, obtint de Dieu que la mort l’épargnât
jusqu’au lendemain. Et Joseph, voyant qu’il ne mourait pas, en fut
émerveillé, et crut au Christ. Sur quoi Basile, trouvant dans son âme la
force de vaincre la faiblesse de son corps, se leva de son lit, entra dans
l’église, et baptisa Joseph de sa propre main ; puis il revint s’étendre sur
son lit, et aussitôt rendit doucement son âme à Dieu. Ce grand saint
florissait vers l’an du Seigneur 370.
LXXXII
SAINTS VIT ET MODESTE, MARTYRS
(15 juin)
Cyr était fils de Julite, noble dame d’Icone, qui, pour échapper à la
persécution, s’était réfugiée à Tarse, en Cilicie, avec son enfant alors âgé
de trois ans. Julite fut amenée devant le préfet Alexandre : et ses deux
servantes, la voyant prise, s’enfuirent aussitôt, de telle sorte qu’elle eut à
porter dans ses bras le petit Cyr, encore emmaillotté dans ses langes. Or
le préfet, voyant que Julite refusait de sacrifier aux idoles, lui ôta son
enfant des bras, et la fit battre de lanières plombées. Et l’enfant, assistant
au supplice de sa mère, se mit à pleurer et à pousser des cris. En vain le
préfet, le tenant sur ses genoux, essayait de le séduire par des baisers et
des caresses : le petit repoussait avec horreur ces caresses du bourreau de
sa mère, et lui lacérait le visage de ses ongles, et répétait, de sa voix
d’enfant : « Moi aussi, je suis chrétien ! » Enfin il mordit le préfet à
l’épaule : sur quoi Alexandre, furieux, le précipita du haut de son
tribunal, de telle sorte que son petit cerveau se répandit sur les marches.
Et Julite, tout heureuse, rendait grâce à Dieu de ce que son fils la
devançât au royaume céleste. Elle-même fut, ensuite, écorchée vive,
plongée dans de la poix bouillante, et enfin décapitée.
Cependant une autre légende raconte que l’enfant, au moment de son
martyre, n’était pas encore en âge de parler, mais que l’Esprit-Saint avait
parlé par sa bouche quand il avait dit au préfet : « Je suis chrétien. » Le
préfet lui avait alors demandé qui l’avait instruit ; et l’enfant avait
répondu : « Je m’étonne de ta sottise, et de ce que, voyant mon âge, tu
me demandes qui m’a instruit de la science divine ! » Et, pendant son
martyre il aurait continué à répéter : « Je suis chrétien ! » et, chaque fois,
ce cri lui aurait rendu de nouvelles forces.
Le préfet, pour les empêcher d’être ensevelis par les chrétiens, fit
découper les membres de l’enfant et ceux de la mère, et ordonna qu’ils
fussent dispersés au vent. Mais un ange rassembla les membres épars,
que les chrétiens ensevelirent nuitamment. Et lorsque, sous le règne de
Constantin le Grand, la paix fut enfin restituée à l’Eglise, une vieille
servante, qui avait assisté à l’ensevelissement, révéla le lieu où se
trouvaient les deux corps : et ceux-ci, depuis, sont pour toute la ville un
objet de grande de dévotion. Le martyre de la mère et de l’enfant eut lieu
vers l’an 230, sous le règne de l’empereur Alexandre.
LXXXIV
SAINTE MARINE, VIERGE
(18 juin)
Marine était fille unique. Son père, devenu veuf, entra dans un
monastère ; et, ayant fait prendre à sa fille un costume masculin, il
demanda à l’abbé et aux autres moines de recevoir dans le monastère son
unique fils : ce qui lui fut accordé, de telle sorte que la jeune fille fut
reçue parmi les moines, et porta le nom de frère Marin. Elle vivait très
pieusement, et dans une obéissance parfaite. Quand elle eut vingt-sept
ans, son père, sentant la mort approcher, l’appela à son chevet et lui dit
de ne jamais révéler à personne qu’elle était une femme.
Or la jeune fille allait souvent aux champs avec la charrue et les
bœufs, ou bien était chargée de rapporter du bois au monastère ; et
souvent elle recevait l’hospitalité dans la maison d’un homme dont la
fille, séduite par un soldat, était devenue grosse. Cette fille, interrogée,
s’avisa d’affirmer qu’elle avait été violée par le frère Marin. Et celui-ci,
interrogé à son tour, se reconnut coupable : en conséquence de quoi il fut
aussitôt chassé du monastère. Pendant trois ans, il se tint devant la porte
du monastère, ne se nourrissant que de miettes de pain. Quand l’enfant
dont on le croyait père fut sevré, on le remit à l’abbé, qui le remit au
frère Marin ; et pendant deux ans encore celui-ci en prit soin, supportant
tout avec une extrême patience, sans cesser de rendre grâces à Dieu.
Enfin les frères, touchés de son humilité et de sa patience, le reprirent
au monastère, où ils lui confièrent des besognes trop viles pour eux ; et
lui, il acceptait tout gaîment, et faisait tout patiemment et pieusement.
Après une longue vie de bonnes œuvres, il rendit son âme au Seigneur.
Et pendant que ses frères lavaient son corps, qu’ils s’apprêtaient à
ensevelir misérablement, comme le corps d’un grand pécheur, ils
s’aperçurent que le frère Marin était une femme. Etonnés et effrayés, ils
confessèrent avoir été durs et cruels envers la servante de Dieu ; et tous,
se jetant à genoux, devant son cadavre, implorèrent le pardon de leur
conduite. Son corps fut enseveli avec honneur dans la chapelle du
monastère. Et quant à la fille qui l’avait accusée, elle fut possédée du
démon, et avoua son crime ; mais, conduite au tombeau de la vierge, elle
fut aussitôt guérie. A ce tombeau, aujourd’hui encore, le peuple vient de
toutes parts ; et de nombreux miracles s’y accomplissent tous les jours.
LXXXV
SAINTS GERVAIS ET PROTAIS, MARTYRS
(19 juin)
Or, dans le même temps, vint à Milan le comte Astase, qui partait en
guerre contre les Marcomans ; et les païens accoururent à lui, lui
déclarant que leurs dieux se refusaient à les protéger aussi longtemps que
Gervais et Protais n’auraient pas été immolés. Les deux chrétiens furent
donc sommés de sacrifier aux idoles. Et comme Gervais disait que toutes
les idoles étaient sourdes et muettes, et que seul son Dieu pouvait donner
la victoire, Astase, furieux, le fit frapper à mort de lanières plombées.
Puis il fit venir Protais et lui dit : « Malheureux, évite de périr
misérablement comme ton frère ! » Et Protais : « Qui de nous deux est
malheureux, moi, qui ne le crains pas, ou toi qui me crains ? » Et Astase :
« Eh ! misérable, comment peux-tu dire que je te craigne ? » Et Protais :
« Tu crains que je ne te nuise, si je refuse de sacrifier à tes dieux : car si
tu ne craignais pas cela, tu n’essaierais pas à me contraindre à ce
sacrifice ! » Alors Astase le fit étendre sur un chevalet. Et Protais : « Je
n’ai point de colère contre toi, comte, car je sais que les yeux de ton
cœur sont aveugles ; mais plutôt j’ai pitié de toi, parce que tu ignores ce
que tu fais. Continue donc à me supplicier, afin que je puisse partager
avec mon frère la faveur de notre Maître ! » Astase lui fit trancher la tête.
Et Philippe, serviteur du Christ, vint avec son fils, la nuit, prendre les
corps des deux martyrs, qu’il ensevelit secrètement chez lui dans un
sarcophage de pierre, déposant sous leurs têtes un écrit qui indiquait leur
origine, leur vie, et les circonstances de leur mort. Et leur martyre eut
lieu sous l’empereur Néron.
II. Les corps des deux saints restèrent longtemps cachés : ils furent
découverts au temps de saint Ambroise, et de la façon que nous allons
rapporter. Donc Ambroise se trouvait, une nuit, dans l’église des saints
Nabor et Félix ; et comme, après avoir longtemps prié, il était tombé
dans un état intermédiaire entre la veille et le sommeil, deux beaux
jeunes gens vêtus de blanc lui apparurent, priant avec lui, les bras
étendus. Alors Ambroise demanda que, si c’était là une illusion, elle
s’évanouît, et que, si c’était une réalité, elle se révélât de nouveau à lui.
Et les deux jeunes gens lui apparurent de nouveau au chant du coq ; et, la
nuit suivante, ils lui apparurent une troisième fois, mais cette fois en
compagnie d’une autre personne, en qui il reconnut l’apôtre saint Paul.
Et saint Paul lui dit : « Tu vois là deux jeunes gens qui, dédaignant tous
les biens de la terre, ont fidèlement suivi mes leçons. Leurs corps
habitent le lieu où tu te trouves. A douze pieds sous terre tu trouveras un
coffre de pierre contenant leurs restes, ainsi qu’un écrit où tu apprendras
leurs noms et l’histoire de leur fin. » Aussitôt saint Ambroise convoqua
les évêques voisins : puis, creusant la terre, il entra le premier dans la
fosse, et y trouva tout ce que lui avait dit saint Paul. Et bien que trois
siècles et plus se fussent écoulés depuis la mort des deux saints, leurs
corps étaient aussi intacts que s’ils n’étaient là que depuis la veille. Et
une odeur délicieuse s’en exhalait. Et un aveugle, ayant touché le
cercueil, recouvra la vue, et bien d’autres malades furent guéris par
l’intercession des deux saints.
C’est le jour anniversaire de leur fête que fut rétablie la paix entre les
Lombards et l’Empire romain. En souvenir de quoi le pape Grégoire
ordonna que, dans l’introït de la messe et dans les autres offices, le jour
de leur fête, fussent introduites des allusions à cette heureuse paix.
III. Au vingtième livre de sa Cité de Dieu, saint Augustin raconte
que, en sa présence et en celle de l’empereur, un aveugle recouvra la vue,
à Milan, devant le tombeau des, saints Gervais et Protais. Mais si cet
aveugle était ou non celui dont nous avons parlé plus haut, c’est ce que
nous ne saurions dire. Nous lisons dans le même livre qu’un jeune
homme qui baignait son cheval dans un fleuve, près d’Hippone, fut
attaqué par un démon et jeté à l’eau, à demi mort. Mais comme, le soir,
on chantait dans l’église des saints Gervais et Protais, non loin de là, le
jeune homme entra dans l’église et se cramponna à l’autel, d’où personne
ne pouvait l’arracher. En vain le démon l’adjurait de s’éloigner de
l’autel : il menaçait de se couper les membres, si on le faisait sortir. Et
lorsque enfin il sortit, ses yeux jaillirent de l’orbite, et ne restèrent plus
attachés que par une veine : mais, peu de jours après, par les mérites des
saints Gervais et Protais, le jeune homme recouvra la santé ; et ses yeux,
qu’on avait rentrés tant bien que mal dans les orbites, se rouvrirent à la
lumière.
LXXXVI
LA NATIVITÉ DE SAINT JEAN-BAPTISTE
(24 juin)