프로모터(유전자)

Promoter (genetics)
1: RNA 중합효소, 2: 억제제, 3: 프로모터, 4: 조작자, 5: 젖당, 6: lacZ, 7: lacY, 8: lacA.

Top: 유전자의 전사가 꺼집니다.억제제를 억제하는 유당이 없기 때문에 억제제는 작용기에 결합하고, 이것은 RNA 중합효소가 프로모터에 결합하는 것을 방해하고 mRNA가 락타아제 유전자를 코드하도록 합니다.

Bottom: 유전자가 켜져 있습니다.유당은 RNA 중합효소가 프로모터와 결합하고 락타아제를 합성하는 유전자를 발현하도록 하면서 억제제를 억제하고 있습니다.결국, 락타아제는 억제제에 결합할 것이 없어질 때까지 모든 락토스를 소화시킬 것입니다.그런 다음 억제기가 조작자와 결합하여 락타아제 생산을 중지합니다.

유전학에서 프로모터는 단백질이 결합하여 프로모터의 하류 DNA에서 단일 RNA 전사를 시작하는 DNA의 배열이다.RNA 전사체는 단백질(mRNA)을 부호화하거나 tRNA 또는 rRNA와 같은 그 자체 기능을 가질 수 있다. 프로모터는 DNA 상류의 유전자의 전사 시작 부위 근처에 위치한다(감지 가닥의 5' 영역 방향).촉진제는 약 100-1000개의 염기쌍이 될 수 있으며, 염기쌍의 순서는 유전자와 전사의 생성물, 사이트에 모집된 RNA 중합효소의 종류 또는 등급, 그리고 [1]유기체의 종류에 따라 크게 달라진다.

촉진제는 박테리아와 [2]진핵생물에서 유전자 발현을 조절한다.RNA 중합효소는 전사가 일어나려면 유전자 근처의 DNA에 부착해야 한다.프로모터 DNA 배열은 효소 결합 부위를 제공한다.-10 시퀀스는 TATAAT입니다. -35 시퀀스는 평균적으로 보존되지만 대부분의 프로모터에서는 보존되지 않습니다.

-10 및 -35 요소가 보존된 인공 프로모터는 더 느리게 전사합니다.모든 DNA는 "가까운 간격의 프로모터" 다이버전트, 탠덤 및 수렴 오리엔테이션이 가능합니다.촘촘히 떨어져 있는 두 명의 프로모터가 간섭할 가능성이 높습니다.조절 요소는 유전자 촉진제(증강제)의 전사 시작 부위에서 수 킬로베이스 떨어져 있을 수 있습니다.

진핵생물에서, 전사 복합체는 DNA를 구부릴 수 있고, 조절 배열이 전사 부위에서 멀리 위치할 수 있습니다.원위부 프로모터는 유전자의 상류에 있으며 더 약한 영향을 미치는 추가 조절 요소를 포함할 수 있습니다.전사 개시 부위 프로모터에 결합된 RNA 중합효소 II(RNAP II)는 mRNA 합성을 시작할 수 있다.

CpG 아일랜드, TATA 박스 및 TFIIB 인식 요소는 프로모터 DNA에서 찾을 수 있습니다.Weingarten-Gabbay 등은 이러한 요소들이 유전자 발현에 작은 영향을 미친다는 것을 발견했다.그림 1은 유전자의 프로모터 주위를 돌고 있는 인핸서를 보여준다.커넥터 단백질 이합체(예를 들어 CTCF 또는 YY1)는 한쪽 부재를 인핸서에 고정하고 다른 한쪽 부재를 프로모터에 고정함으로써 루프를 안정화한다.Gene Ontology 데이터베이스에서 쌍방향으로 쌍을 이룬 유전자의 47%는 기능 범주를 공유했다.

하이퍼메틸화는 두 유전자를 하향 조절하는 반면, 디메틸화는 상향 조절한다.연구에 따르면 코드화되지 않은 RNA는 mRNA 프로모터 영역에 연결되어 있다.아유전자 프로모터는 24~100 뉴클레오티드(괴사 황정맥 바이러스)이다.유전자 발현은 프로모터 결합에 따라 달라진다.원치 않는 유전자 변화는 세포의 암 위험을 증가시킬 수 있다.

MicroRNA 프로모터에는 CpG 섬이 포함되어 있는 경우가 많습니다.DNA 메틸화는 CpG 시토신 잔기의 5' 피리미딘 고리에서 5-메틸사이토신을 형성한다.일부 암 유전자는 돌연변이에 의해 침묵되지만 대부분은 DNA 메틸화에 의해 침묵된다.다른 사람들은 규제된 프로모터입니다.선택은 덜 에너지적인 전사 결합을 선호할 수 있습니다.

프로모터의 변화나 전사 인자는 몇 가지 질병을 일으킨다.프로모터를 설명하는 표준 시퀀스를 사용하면 오해가 발생할 수 있습니다.

개요

전사가 일어나려면 RNA 중합효소라고 알려진 RNA를 합성하는 효소가 유전자 근처의 DNA에 부착되어야 한다.프로모터는 RNA 중합효소 및 RNA 중합효소를 모집하는 전사인자라고 불리는 단백질에 대한 안전한 초기 결합 부위를 제공하는 반응 요소들과 같은 특정 DNA 서열을 포함합니다.이러한 전사 인자는 특정 촉진제에 부착하고 유전자 발현을 조절하는 해당 뉴클레오티드의 특정 활성제 또는 억제제 서열을 가지고 있습니다.

세균내
프로모터는 RNA 중합효소 및 관련 시그마 인자에 의해 인식되며, 이는 다시 종종 근처의 자체 DNA 결합 부위에 대한 활성제 단백질의 결합에 의해 프로모터 DNA로 전달됩니다.
진핵생물에서
이 과정은 더 복잡하며, RNA 중합효소 II가 프로모터에 결합하기 위해서는 적어도 7가지 다른 인자가 필요하다.

프로모터는 특정 유전자의 전사 수준을 지시하기 위해 다른 조절 영역(증강제, 소음기, 경계 요소/절연제)과 연계하여 작동할 수 있는 중요한 요소를 나타냅니다.프로모터는 세포 내에서의 풍부함 또는 조절단백질의 배합 변화에 따라 유도되며, 이를 통해 RNA [3][4]중합효소를 모집하는 전사인자를 활성화시킬 수 있다.

상대위치 식별

프로모터는 일반적으로 문제의 유전자에 바로 인접하기 때문에 프로모터 내의 위치는 특정 유전자에 대한 DNA 전사가 시작되는 전사 시작 부위에 대해 지정된다(즉, 업스트림 위치는 -1부터 카운트백되는 음수이며, 예를 들어 -100은 업스트림 100 염기쌍이다).

세포핵에서의 상대적인 위치

세포핵에서는 촉진제가 염색체 영역의 가장자리에 우선적으로 분포되어 있으며, [5]다른 염색체 상의 유전자의 공발현 가능성이 있다.게다가 인간에서 프로모터는 각 [5]염색체에 특정한 구조적 특징을 보인다.

요소들

세균

박테리아에서 프로모터는 약 10(Pribnow Box)의 2개의 짧은 배열 원소와 전사 시작 부위로부터 상류로 35개의 뉴클레오티드를 포함한다.

  • -10(-10 요소)의 시퀀스에는 컨센서스 시퀀스 TATAAT가 있다.
  • -35(-35 요소)의 시퀀스에는 컨센서스 시퀀스 TTGACA가 있습니다.
  • 위의 합의 시퀀스는 평균적으로 보존되지만 대부분의 프로모터에서는 온전하지 않습니다.평균적으로 각 컨센서스 시퀀스의 6개 염기쌍 중 3~4개만 특정 프로모터에서 발견된다.지금까지 -10과 -35 모두에서 완전한 컨센서스 시퀀스를 가진 자연 프로모터는 거의 확인되지 않았다. -10과 -35 요소를 완전히 보존한 인공 프로모터는 컨센서스와의 불일치가 몇 개 있는 프로모터보다 낮은 빈도로 전사하는 것으로 밝혀졌다.
  • -35와 -10 시퀀스 사이의 최적 간격은 17bp입니다.
  • 일부 프로모터는 하나 이상의 업스트림 프로모터 요소(UP 요소) 하위[6] 사이트(-42 영역에 집중된 경우 시퀀스 5'-AAAAARNR-3', -52 영역에 집중된 경우 컨센서스 시퀀스 5'-AWWWWTT-3', W = A 또는 T; R [7]= A 또는 N; any)를 포함한다.

상기 프로모터 배열은 시그마-70을 함유한 RNA 중합효소 홀로엔자임에만 인식된다.다른 시그마 인자를 포함하는 RNA 중합효소 홀로엔진은 서로 다른 코어 프로모터 서열을 인식한다. 

<--상류 --> 5'-XXXPPPPXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG

각 뉴클레오티드의 발생 확률

-10 시퀀스 T A T A T 77% 76% 60% 61% 56% 82%의 경우
-35 시퀀스 T T G A C A 69% 79% 61% 56% 54% 54%

양방향(원핵)

프로모터는 DNA에 매우 가까이 위치할 수 있습니다.그러한 "가까이 떨어져 있는 촉진제"는 인간에서 원핵 생물에 이르기까지 모든 생명체의 DNA에서 관찰되어 왔고 매우 [10]보존되어 있다.따라서 (현재 알려지지 않은) 이점이 있을 수 있습니다.이러한 프로모터 쌍은 분산, 탠덤 및 수렴 방향으로 배치될 수 있습니다.그들은 또한 전사 인자에 의해 조절될 수 있고 그들 사이의 뉴클레오티드 거리, 두 프로모터 강도 등 다양한 특징에서 다르다.간격이 긴 두 프로모터의 가장 중요한 측면은 서로 간섭할 가능성이 높다는 것입니다.여러 연구가 분석적 및 [11][12][13]확률적 모델을 모두 사용하여 이를 탐구했다.또한 합성 유전자의 유전자 발현을 측정하거나 쌍방향 [14]촉진제에 의해 제어되는 하나에서 몇 개의 유전자까지 측정했다는 연구도 있다.

탠덤 프로모터 간의 간섭 현상을 설명한다.BioRender.com에서 작성한 그림

최근 한 연구는 대장균의 [15]2인승 촉진제에 의해 조절되는 대부분의 유전자를 측정했다.이 연구에서는 두 가지 주요 형태의 간섭을 측정하여 모델링했습니다.하나는 RNAP가 하류 프로모터에 있을 때 업스트림 프로모터에서 늘어나는 RNAP의 이동을 차단하는 것입니다.다른 하나는 두 프로모터가 너무 가까워서 RNAP이 프로모터 중 하나에 앉으면 다른 모든 RNAP이 다른 프로모터에 도달하는 것을 차단하는 것입니다.이러한 현상은 RNAP가 전사 시작 부위를 포함하여 DNA에 결합할 때 여러 개의 뉴클레오티드를 차지하기 때문에 가능합니다.유사한 이벤트는 주최자가 서로 다른 형태와 수렴된 형태로 있을 때 발생합니다.발생할 수 있는 이벤트는 또한 이들 사이의 거리에 따라 달라집니다.

진핵생물

진핵생물 프로모터는 다양하고 특징짓기 어려울 수 있지만, 최근의 연구는 그들이 10개 이상의 [16]클래스로 나뉘어져 있다는 것을 보여준다.

진핵생물 촉진제 10개 클래스와 그들의 대표 DNA 패턴.대표적인 진핵생물 프로모터 클래스는 (A) AT-based 클래스, (B) CG-based 클래스, (C) ATCG-compact 클래스, (D) ATCG-balanced 클래스, (D) ATCG-middle 클래스, (E) ATCG-less 클래스, (F) ATCG-less 클래스, (G-less)이다.

유전자 프로모터는 전형적으로 유전자의 상류에 위치하고 있으며 전사 시작 부위(증강제)로부터 몇 킬로베이스 떨어진 곳에 조절 요소를 가질 수 있습니다.진핵생물에서, 전사 복합체는 DNA가 스스로 구부러지도록 할 수 있으며, 이것은 실제 전사 부위에서 멀리 떨어진 조절 배열의 배치를 가능하게 한다.진핵생물 RNA-폴리머라아제II 의존성 프로모터는 일반전사인자 TATA결합단백질(TBP)에 의해 인식되는 TATA박스(컨센서스 배열 TATAAA)와 일반전사인자 [17][18][19]TFIIB에 의해 인식되는 B인식요소(BRE)를 포함할 수 있다.TATA 요소 및 BRE는 일반적으로 문자 변환 시작 사이트(일반적으로 30~40개의 염기쌍 내) 근처에 있습니다.

진핵생물 프로모터 조절 배열은 전형적으로 전사 복합체의 형성에 관여하는 전사 인자라고 불리는 단백질과 결합합니다.예를 들어 E-box(시퀀스 CACGTG)는 기본 Helix-Loop-Helix(bHLH) 패밀리(예를 들어 BMAL1-Clock, cMyc)[20]로 전사 인자를 결합합니다.복수의 전사 인자의 타겟이 되는 프로모터 중에는, 과액티브 상태가 되어,[21] 전사 액티비티가 증가하는 경우가 있습니다.

  • 핵심 프로모터 – 적절한 전사[17] 시작에 필요한 프로모터의 최소 부분
  • 근위 프로모터 – 1차 조절 요소를 포함하는 경향이 있는 유전자의 근위 시퀀스 업스트림
  • 원위촉진제 – 종종 근위촉진제보다 영향력이 약한 추가적인 조절요소를 포함할 수 있는 유전자의 원위순서 업스트림
    • 추가 상류(단, 영향력이 위치/방향에 의존하지 않는 강화제 또는 기타 규제 지역 제외)
    • 특정 전사인자 결합 사이트

포유류의 프로모터

포유류의 전사 조절.활성 증강제 조절 영역은 염색체 루프의 형성에 의해 표적 유전자의 프로모터 영역과 상호작용할 수 있다.이것은 유전자의 전사 시작 부위에서 프로모터에 결합된 RNA 중합효소 II(RNAP II)에 의한 메신저 RNA(mRNA) 합성을 시작할 수 있다.루프는 인핸서에 고정된 하나의 구조 단백질과 프로모터에 고정된 하나의 구조 단백질에 의해 안정화되며 이러한 단백질은 결합되어 이합체(빨간 지그재그)를 형성한다.특정 조절 전사 인자는 인핸서의 DNA 배열 모티브에 결합합니다.일반적인 전사 인자는 프로모터에 결합합니다.전사인자가 신호에 의해 활성화되면(여기서는 인산화인자의 작은 붉은 별에 의해 인산화로 표시됨), 인핸서는 활성화되고 이제 표적 프로모터를 활성화할 수 있다.활성 증강제는 결합된 RNAP II에 의해 반대 방향으로 DNA의 각 가닥에 전사됩니다.미디에이터(공활성제)(상호작용 구조에서 약 26개의 단백질로 이루어진 복합체)는 인핸서 DNA 결합 전사인자로부터의 조절신호를 프로모터에 전달한다.

포유동물에서 유전자의 상향조절된 발현은 유전자와 관련된 프로모터에 신호가 전달될 때 개시된다.프로모터 DNA 배열은 CpG 아일랜드(발기인의 약 70%에 존재), TATA 박스(발기인의 약 24%에 존재), 이니시에이터(Inr)(발기인의 약 49%에 존재), 상류 및 하류 TFIIB 인식 요소(BREU 및 BRED)(발기인의 약 22%에 존재), 하류 ERM과 같은 다양한 요소를 포함할 수 있다.ent (DPE)[23] (프로모션의 약 12%에게 존재)프로모터의 CpG 섬에서 여러 개의 메틸화 CpG 부위의 존재는 [24]유전자의 안정적인 침묵을 유발한다.그러나 와인가튼-가베이 [25]등의 실험에 따르면 다른 원소의 유무는 유전자 발현에 상대적으로 작은 영향을 미치는 것으로 나타났다.TATA 박스와 Inr의 두 시퀀스는 발현을 작지만 유의하게 증가시켰다(각각 45%, 28% 증가).BREu와 BREd 원소는 각각 35%, 20% 발현을 크게 감소시켰으며, DPE 원소는 발현에 [25]대한 검출 효과는 없었다.

유전자의 촉진제에서 떨어진 DNA 영역에 국소화된 시스 조절 모듈은 유전자 발현에 매우 큰 영향을 미칠 수 있으며, 이러한 시스 조절 [26]모듈로 인해 일부 유전자는 발현을 최대 100배까지 증가시킨다.이러한 시스 조절 모듈에는 인핸서, 소음기, 절연체 및 테더링 [27]요소가 포함됩니다.이러한 요소 집합 중 증강제 및 그와 관련된 전사 인자는 [28]유전자 발현 조절에 주도적인 역할을 한다.

증강제는 유전자 조절의 주요 요소인 게놈의 영역이다.인핸서는 세포에 특정한 유전자 발현 프로그램을 제어하는데, 대부분의 경우 그들의 [29]목표 유전자의 촉진자와 물리적으로 근접하기 위해 먼 거리를 순환합니다.뇌 피질 뉴런에 대한 연구에서 24,937개의 루프가 발견되어 [26]촉진제에게 증진제를 가져다 주었다.종종 목표 유전자와는 각각 수만 또는 수십만 개의 뉴클레오티드에 있는 여러 개의 증강제들은 그들의 표적 유전자 촉진제에 루프하고 공통 표적 [29]유전자의 발현을 조절하기 위해 서로 협력합니다.

이 섹션의 도식 그림은 표적 유전자의 프로모터와 물리적으로 근접하기 위해 루프 주변을 도는 인핸서를 보여준다.루프는 커넥터 단백질의 이합체(예: CTCF 또는 YY1)에 의해 안정화되며, 이합체의 한 부재는 인핸서의 결합 모티브에 고정되고 다른 부재는 프로모터의 결합 모티브에 고정됩니다([30]그림에서 빨간색 지그재그로 표시됨).몇 가지 세포기능특이전사인자(인간세포에는[31] 약 1,600개의 전사인자가 있다)는 일반적으로 인핸서의[32] 특정 모티브에 결합하고 이들 인핸서 결합전사인자의 소규모 조합은 DNA 루프를 통해 프로모터에 근접했을 때 표적유전자의 전사인 수준을 지배한다.중개자(공활성제)(통상 상호작용 구조에서 약 26개의 단백질로 이루어진 복합체)는 촉진제 DNA 결합 전사인자로부터의 조절신호를 [33]프로모터에 결합하는 RNA 중합효소 II(pol II) 효소에 직접 전달한다.

활성 상태일 때 RNA 중합효소가 두 가지 다른 방향으로 작용하여 [34]그림에서와 같이 두 개의 eRNA를 생성하면서 일반적으로 양쪽 DNA 가닥에서 전사된다.불활성전사인자는 불활성전사인자에 의해 결합되어 있어도 된다.전사 인자의 인산화는 그것을 활성화 시킬 수 있고, 그 활성화된 전사 인자는 그것이 결합되어 있는 인핸서를 활성화시킬 수 있다([35]그림에서 전사 인자의 인산화를 나타내는 작은 붉은 별 참조).활성증강제는 [36]프로모터를 활성화하여 표적 유전자에서 메신저 RNA의 전사를 시작하기 전에 RNA의 전사를 시작한다.

양방향(맘마리안)

쌍방향 촉진제는 쌍방향 유전자 [37]쌍에서 유전자의 5' 말단 사이의 짧은 유전자 간 영역(1kbp 미만)이다."쌍방향 유전자 쌍"은 5'[38] 끝부분이 서로 방향을 향하게 하여 서로 반대되는 가닥에 코드화된 두 개의 인접 유전자를 말합니다.두 유전자는 종종 기능적으로 관련이 있으며, 공유 프로모터 영역의 수정은 그들이 함께 조절되고, 따라서 함께 [39]발현될 수 있도록 한다.양방향 프로모터는 포유류 게놈의 [40]공통적인 특징이다.인간 유전자의 약 11%는 쌍방향으로 [37]짝을 이룬다.

Gene Ontology 데이터베이스에서 쌍방향으로 쌍을 이룬 유전자는 47%의 시간 [41]동안 그들의 파트너와 적어도 하나의 데이터베이스 할당 기능 범주를 공유했다.마이크로어레이 분석에서는 무작위 유전자나 인접한 단방향 [37]유전자보다 높은 수준으로 쌍방향으로 짝을 이룬 유전자가 공발현되는 것으로 나타났다.공발현이 반드시 공조절을 나타내는 것은 아니지만, 쌍방향 프로모터 영역의 메틸화는 두 유전자를 하향 조절하고, 탈메틸화는 두 [42]유전자를 상향 조절하는 것으로 나타났다.그러나 여기에는 예외가 있다.경우에 따라서는(약 11%), 쌍방향 쌍의 1개의 유전자만 [37]발현된다.이 경우 프로모터는 비발현 유전자의 억제에 관여한다.이러한 메커니즘은 동일한 중합효소 또는 염색질 수정에 대한 경쟁일 수 있습니다.발산 전사는 하나의 유전자의 전사를 상향 조절하기 위해 뉴클레오솜을 이동시키거나, 하나의 [43]유전자의 전사를 하향 조절하기 위해 결합된 전사인자를 제거할 수 있다.

일부 기능성 유전자는 다른 유전자보다 쌍방향으로 짝지어질 가능성이 높다.DNA 수복에 관여하는 유전자는 단방향 촉진제보다 양방향 촉진제에 의해 조절될 가능성이 5배 더 높다.샤페론 단백질은 3배, 미토콘드리아 유전자는 2배 이상 가능성이 높다.많은 기본적인 하우스키핑과 세포대사 유전자는 쌍방향 [37]프로모터에 의해 조절된다.쌍방향으로 짝을 이룬 DNA 복구 유전자의 과잉 표현은 이러한 촉진을 암과 연관시킨다.인간의 체세포 종양유전자의 45퍼센트는 쌍방향 촉진제에 의해 조절되는 것으로 보이는데, 이는 암을 유발하지 않는 유전자보다 훨씬 더 많다.유전자쌍 WNT9A/CD558500, CTDSPL/BC040563, KCNK15/BF195580 사이의 프로모터의 과메틸화는 [42]종양과 관련되어 있다.

TATA 박스의 부족, CpG 섬의 풍부, 그리고 한쪽은 지배적인 Cs와 A, 다른 한쪽은 Gs와 Ts의 중간점 주변의 대칭을 포함한 특정 시퀀스 특성이 양방향 프로모터에서 관찰되었다.CGCG 요소라고도 불리는 TCTCGCGA의 컨센서스 시퀀스를 모티브로 한 것이 최근 폴을 움직이는 것으로 나타났다.CpG [44]아일랜드에서의 II 구동 양방향 문자 변환.CCAAT 박스는 TATA 박스가 없는 프로모터에 많이 있기 때문에 일반적입니다.또한 모티브 NRF-1, GABPA, YY1, ACTAInTCCC는 단방향 프로모터보다 훨씬 높은 비율로 양방향 프로모터에서 나타난다.쌍방향 프로모터에 TATA 박스가 없는 것은 TATA 박스가 프로모터의 방향성을 결정하는 역할을 하고 있음을 시사하지만, 쌍방향 프로모터의 반례는 TATA 박스를 보유하고 있으며 TATA 박스가 없는 단방향 프로모터는 TATA 박스가 유일한 [45]요인이 될 수 없음을 나타냅니다.

"양방향 프로모터"라는 용어는 특히 mRNA 암호화 유전자의 프로모터 영역을 가리키지만, 루시페라아제 분석은 인간 유전자의 절반 이상이 강한 방향 편향을 가지고 있지 않다는 것을 보여주었다.연구에 따르면 비코딩 RNA는 mRNA 인코딩 유전자의 프로모터 영역과 자주 연관되어 있다.RNA 중합효소 II의 모집과 개시는 보통 쌍방향으로 시작되지만, 발산 전사는 신장 후기의 체크 포인트에서 멈춘다.이 조절의 배후에 있는 가능한 메커니즘은 프로모터 영역의 배열, 염색질 변형 및 [43]DNA의 공간적 배향이다.

서브게놈

서브게놈 프로모터는 특정 이종 유전자에 대한 바이러스에 첨가되는 프로모터이며, 그 유전자에 대해서만 mRNA를 형성한다.많은 양의 감각 RNA 바이러스는 이러한 바이러스에 의해 사용되는 일반적인 감염 기술 중 하나로 이러한 하위 유전자 mRNA를 생성하고 일반적으로 후기 바이러스 유전자를 전사합니다.하위 유전체 프로모터는 24 뉴클레오티드(신드비스 바이러스)에서 100 뉴클레오티드(비트 괴사 황정맥 바이러스)까지 다양하며 대개 전사 [46]시작의 상류에서 발견된다.

검출

게놈 배열에서 프로모터의 검출을 용이하게 하기 위해 다양한 알고리즘이 개발되었으며 프로모터 예측은 많은 유전자 예측 방법의 공통 요소이다.프로모터 영역은 -35 및 -10 컨센서스 시퀀스 앞에 있습니다.프로모터 영역이 컨센서스 배열에 가까울수록 그 유전자의 전사가 더 자주 일어날 것이다.컨센서스 시퀀스의 경우처럼 프로모터 영역에 대해 정해진 패턴이 없습니다.

진화적 변화

호모 사피엔스, 드로소필라 멜라노가스터, 오리자 사티바, 아라비도시스 탈리아나의 프로모터 분포 사이의 중첩.빨간색 영역은 보존된 프로모터 [47]시퀀스를 나타냅니다.

많은 계통에서 비교적 안정적인 유전자 수로 나타나듯이 프로모터 배열의 변화는 진화에서 매우 중요하다.예를 들어, 대부분의 척추동물들은 단백질 코드 유전자와 거의 같은 수 (약 20,000개)를 가지고 있는데, 그것들은 종종 순서대로 보존이 잘 되어 있기 때문에, 많은 진화적 변화는 유전자 [5][16]발현에서의 변화로부터 와야 한다.

발기인의 신출내기

대부분의 프로모터 요소의 짧은 시퀀스를 고려할 때 프로모터는 랜덤 시퀀스에서 빠르게 발전할 수 있습니다.예를 들어 대장균의 경우 돌연변이가 1개뿐인 야생형 락 프로모터에 필적하는 발현 수준을 랜덤 시퀀스의 60%까지 진화할 수 있으며,[48] 랜덤 시퀀스의 10%까지 진화가 없어도 활성 프로모터 역할을 할 수 있다.

바인딩

참고 항목: 프로모터 활동

전사의 시작은 여러 메커니즘을 포함하는 다단계 순차 과정으로, 프로모터 위치, RNA 중합효소의 초기 가역 결합, RNA 중합효소의 구조 변화, DNA의 구조 변화, 기능성 RNA 중합효소 추진체 복합체에 대한 뉴클레오시드 삼인산(NTP) 결합 및 비생산물ive 및 RNA [49]합성의 생산적 개시.

프로모터 결합 과정은 유전자 발현 과정을 이해하는 데 매우 중요하다.

위치

RNA 중합효소 홀로엔자임은 DNA의 비특이적 부위에 높은 친화력을 보이지만, 이러한 특성은 프로모터 위치 [50]과정을 명확히 할 수 없다.프로모터 위치의 이러한 과정은 DNA에 대한 홀로엔자임의 구조와 DNA [51]복합체에 대한 시그마 4에 기인한다.

기능 이상과 관련된 질병

대부분의 질병은 원인이 이질적이며, 이는 하나의 "질환"이 종종 분자 수준에서 많은 다른 질병이라는 것을 의미하지만 증상이 나타나고 치료에 대한 반응은 같을 수 있다.다른 분자 기원의 질병이 치료에 어떻게 반응하는지는 약리유전체학 분야에서 부분적으로 다루어진다.

여기에는 병리학적 염색체 전이를 통한 키메라 유전자 생성으로 인한 비정상적인 전사 조절을 수반하는 많은 종류의 암이 열거되어 있지 않다.중요한 것은 프로모터 결합 단백질의 수 또는 구조에 대한 개입이 표적 [52]유전자와 요소를 공유하는 무관한 유전자의 발현에 영향을 주지 않고 질병을 치료하는 하나의 열쇠라는 것이다.변화가 바람직하지 않은 일부 유전자는 세포가 암이 [53]될 가능성에 영향을 미칠 수 있다.

프로모터의 CpG 아일랜드

주요 기사: 암의 전사 조절

사람의 경우 유전자의 전사 시작 부위 근처에 위치한 프로모터의 약 70%가 CpG [54][55]섬을 포함하고 있다.CpG 섬은 일반적으로 200~2000개의 염기쌍이며, C:G 염기쌍 함량이 50% 이상이며, 시토신 뉴클레오티드에 이어 구아닌 뉴클레오티드가 이어지는 DNA 영역을 가지고 있으며, 이는 5' → 3' 방향을 따라 염기서열의 선형에서 자주 발생한다.

원위촉진제는 DNA수복유전자 ERCC1의 프로모터와 같은 CpG섬을 포함하는 프로모터가 ERCC1 [56]유전자의 코드영역 상류에 약 5,400개의 뉴클레오티드가 있는 경우도 많다.또한 CpG 아일랜드는 마이크로RNA와 같은 기능성 비코딩 RNA의 촉진제에서 자주 발생한다.

CpG섬의 안정적 사일런트 유전자 메틸화

인간에서 DNA 메틸화는 CpG 부위 내 시토신 잔기의 피리미딘 고리의 5' 위치에서 일어나 5-메틸사이토신을 형성한다.프로모터의 CpG 섬에서 여러 개의 메틸화 CpG 부위의 존재는 [24]유전자의 안정적인 침묵을 유발한다.유전자의 침묵은 다른 메커니즘에 의해 개시될 수 있지만,[24] 이는 종종 유전자의 안정적인 침묵을 유발하기 위해 프로모터 CpG 섬의 CpG 부위의 메틸화에 뒤따른다.

암의 CpG 과/하이포메틸화 촉진제

일반적으로 암이 진행되는 동안 수백 개의 유전자가 침묵하거나 활성화된다.암에서 일부 유전자의 침묵은 돌연변이에 의해 발생하지만, 발암성 유전자 침묵의 많은 부분은 변경된 DNA 메틸화의 결과이다(암에서 DNA 메틸화 참조).암에서 침묵을 유발하는 DNA 메틸화는 일반적으로 단백질 코드화 유전자의 촉진제에 존재하는 CpG 섬의 여러 CpG 부위에서 발생한다.

마이크로 RNA의 변화된 발현 또한 암으로 진행 중인 많은 유전자를 침묵시키거나 활성화시킨다(암에서 마이크로RNA 참조).마이크로RNA 발현변화는 마이크로RNA의 전사를 제어하는 촉진제에서 CpG섬의 CpG 부위의 하이퍼/하이포메틸화를 통해 일어난다.

촉진제에서 CpG 섬의 메틸화를 통한 DNA 수복 유전자의 침묵은 암 발생 과정에서 특히 중요한 것으로 보인다(암에서 DNA 수복 유전자의 메틸화 참조).

표준 시퀀스 및 와일드타입

프로모터를 지칭하는 표준 시퀀스 용어의 사용은 종종 문제가 있으며 프로모터 시퀀스에 대한 오해를 초래할 수 있습니다.규범은 어떤 의미에서는 완벽함을 의미합니다.

전사인자 결합 부위의 경우 특정 세포 조건에서 단백질을 가장 강하게 결합하는 단일 배열이 있을 수 있다.이것은 표준이라고 할 수 있습니다.

그러나, 자연 선택은 전사 출력을 조절하는 방법으로서 덜 에너지적인 결합을 선호할 수 있습니다.이 경우 집단에서 가장 일반적인 시퀀스를 와일드 타입 시퀀스라고 부릅니다.현재 상황에서 가장 유리한 배열은 아닐 수도 있습니다.

최근의 증거는 또한 몇몇 유전자(조종 유전자 c-myc를 포함)가 잠재적 조절 신호로서 G-quadruplex 모티브를 가지고 있다는 것을 나타낸다.

변형과 관련된 질병

많은 유전 질환의 몇몇 사례들은 촉진제나 전사 인자의 변화와 관련이 있다.

예를 들어 다음과 같습니다.

구성 및 규정 준수 여부

어떤 프로모터는 세포 내의 모든 환경에서 활동하기 때문에 구성적이라고 불리는 반면, 다른 프로모터는 세포 내에서 특정한 자극에 반응하여 활동하게 된다.

용어의 사용

촉진제를 언급할 때 일부 저자는 실제로 촉진제 + 연산자를 의미한다. 즉, rac 촉진제는 IPTG 유도성이며, rac 촉진제 외에 ac 연산자도 존재함을 의미한다.lac 연산자가 존재하지 않는 경우 IPTG는 유도할 [61]수 없는 영향을 미칠 것이다.다른 예로는 Tac-Promoter 시스템(Ptac)이 있습니다.tac은 tac 프로모터로 표기되어 있지만 실제로는 프로모터이자 오퍼레이터입니다.[62]

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ Sharan, Roded (4 January 2007). "Analysis of Biological Networks: Transcriptional Networks – Promoter Sequence Analysis" (PDF). Tel Aviv University. Retrieved 30 December 2012.
  2. ^ Vaishnav ED, de Boer CG, Molinet J, Yassour M, Fan L, Adiconis X, Thompson DA, Levine JZ, Cubillos FA, Regev A (March 2022). "The evolution, evolvability and engineering of gene regulatory DNA". Nature. 603 (7901): 455–463. doi:10.1038/s41586-022-04506-6. PMC 8934302. PMID 35264797.
  3. ^ 염색질 리모델링: 전사에서 암으로.암 유전자. 2014년 9월;207년:352-7.
  4. ^ 간섭자 A유전자의 프로모터 구성은 TBK1 및 IKKepsilon에 대한 바이러스 유발 발현 및 응답성에 차등적으로 영향을 준다.J Biol Chem. 2006년 2월 24일;281(8):4856-66.
  5. ^ a b c Gagniuc P, Ionescu-Tirgoviste C (April 2013). "Gene promoters show chromosome-specificity and reveal chromosome territories in humans". BMC Genomics. 14 (278): 278. doi:10.1186/1471-2164-14-278. PMC 3668249. PMID 23617842.
  6. ^ Ross W, Gosink KK, Salomon J, Igarashi K, Zou C, Ishihama A, Severinov K, Gourse RL (November 1993). "A third recognition element in bacterial promoters: DNA binding by the alpha subunit of RNA polymerase". Science. 262 (5138): 1407–13. Bibcode:1993Sci...262.1407R. doi:10.1126/science.8248780. PMID 8248780.
  7. ^ Estrem ST, Ross W, Gaal T, Chen ZW, Niu W, Ebright RH, Gourse RL (August 1999). "Bacterial promoter architecture: subsite structure of UP elements and interactions with the carboxy-terminal domain of the RNA polymerase alpha subunit". Genes & Development. 13 (16): 2134–47. doi:10.1101/gad.13.16.2134. PMC 316962. PMID 10465790.
  8. ^ Adachi N, Lieber MR (2002). "Bidirectional gene organization: a common architectural feature of the human genome". Cell. 109 (7): 807–809. doi:10.1016/S0092-8674(02)00758-4. PMID 12110178.{{cite journal}}: CS1 maint: 작성자 파라미터 사용(링크)
  9. ^ Adachi N, Lieber MR (1986). "Overlapping promoters and their control in Escherichia coli: the gal case". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 83 (9): 2807–2811. Bibcode:1986PNAS...83.2807H. doi:10.1073/pnas.83.9.2807. PMC 323395. PMID 3010319.{{cite journal}}: CS1 maint: 작성자 파라미터 사용(링크)
  10. ^ Korbel JO, Jensen LJ, von Mering C, Bork P (2004). "Analysis of genomic context: prediction of functional associations from conserved bidirectionally transcribed gene pairs". Nat. Biotechnol. 22 (7): 911–917. doi:10.1038/nbt988. PMID 15229555.{{cite journal}}: CS1 maint: 작성자 파라미터 사용(링크)
  11. ^ Sneppen K, Dodd IB, Shearwin KE, Palmer AC, Schubert RA, Callen BP (2016). "A mathematical model for transcriptional interference by RNA polymerase traffic in Escherichia coli". J Mol Biol. 346 (2): 399–409. doi:10.1016/j.jmb.2004.11.075. PMID 15670592.{{cite journal}}: CS1 maint: 작성자 파라미터 사용(링크)
  12. ^ Martins L, Mäkelä J, Häkkinen A (2012). "Dynamics of transcription of closely spaced promoters in Escherichia coli, one event at a time". J Theor Biol. 301: 83–94. Bibcode:2012JThBi.301...83M. doi:10.1016/j.jtbi.2012.02.015. PMID 22370562.{{cite journal}}: CS1 maint: 작성자 파라미터 사용(링크)
  13. ^ Häkkinen A, Oliveira SMD, Neeli-Venkata R, Ribeiro AS (2019). "Transcription closed and open complex formation coordinate expression of genes with a shared promoter region". J R Soc Interface. 16 (161): 20190507. doi:10.1098/rsif.2019.0507. PMC 6936044. PMID 31822223.{{cite journal}}: CS1 maint: 작성자 파라미터 사용(링크)
  14. ^ Bordoy AE, Varanasi US, Courtney CM, Chatterjee A (2016). "Transcriptional Interference in Convergent Promoters as a Means for Tunable Gene Expression". ACS Synth Biol. 5 (12): 1331–1341. doi:10.1021/acssynbio.5b00223. PMID 27346626.{{cite journal}}: CS1 maint: 작성자 파라미터 사용(링크)
  15. ^ Chauhan V, Bahrudeen MNM, Palma CSD, Baptista ISC, Almeida BLB, Dash S, Kandavalli V, Ribeiro AS (2022). "Analytical kinetic model of native tandem promoters in E. coli". PLOS Comput Biol. 18 (1): e1009824. doi:10.1371/journal.pcbi.1009824. PMC 8830795. PMID 35100257.{{cite journal}}: CS1 maint: 작성자 파라미터 사용(링크)
  16. ^ a b c Gagniuc P, Ionescu-Tirgoviste C (September 2012). "Eukaryotic genomes may exhibit up to 10 generic classes of gene promoters". BMC Genomics. 13 (1): 512. doi:10.1186/1471-2164-13-512. PMC 3549790. PMID 23020586.
  17. ^ a b Smale ST, Kadonaga JT (2003). "The RNA polymerase II core promoter". Annual Review of Biochemistry. 72: 449–79. doi:10.1146/annurev.biochem.72.121801.161520. PMID 12651739.
  18. ^ Gershenzon NI, Ioshikhes IP (April 2005). "Synergy of human Pol II core promoter elements revealed by statistical sequence analysis". Bioinformatics. 21 (8): 1295–300. doi:10.1093/bioinformatics/bti172. PMID 15572469.
  19. ^ Lagrange T, Kapanidis AN, Tang H, Reinberg D, Ebright RH (January 1998). "New core promoter element in RNA polymerase II-dependent transcription: sequence-specific DNA binding by transcription factor IIB". Genes & Development. 12 (1): 34–44. doi:10.1101/gad.12.1.34. PMC 316406. PMID 9420329.
  20. ^ Levine M, Tjian R (July 2003). "Transcription regulation and animal diversity". Nature. 424 (6945): 147–51. Bibcode:2003Natur.424..147L. doi:10.1038/nature01763. PMID 12853946. S2CID 4373712.
  21. ^ Liefke R, Windhof-Jaidhauser IM, Gaedcke J, Salinas-Riester G, Wu F, Ghadimi M, Dango S (June 2015). "The oxidative demethylase ALKBH3 marks hyperactive gene promoters in human cancer cells". Genome Medicine. 7 (1): 66. doi:10.1186/s13073-015-0180-0. PMC 4517488. PMID 26221185.
  22. ^ Juven-Gershon T, Kadonaga JT (March 2010). "Regulation of gene expression via the core promoter and the basal transcriptional machinery". Developmental Biology. 339 (2): 225–9. doi:10.1016/j.ydbio.2009.08.009. PMC 2830304. PMID 19682982.
  23. ^ Yang C, Bolotin E, Jiang T, Sladek FM, Martinez E (March 2007). "Prevalence of the initiator over the TATA box in human and yeast genes and identification of DNA motifs enriched in human TATA-less core promoters". Gene. 389 (1): 52–65. doi:10.1016/j.gene.2006.09.029. PMC 1955227. PMID 17123746.
  24. ^ a b c Bird A (2002). "DNA methylation patterns and epigenetic memory". Genes Dev. 16 (1): 6–21. doi:10.1101/gad.947102. PMID 11782440.
  25. ^ a b Weingarten-Gabbay S, Nir R, Lubliner S, Sharon E, Kalma Y, Weinberger A, Segal E (February 2019). "Systematic interrogation of human promoters". Genome Res. 29 (2): 171–183. doi:10.1101/gr.236075.118. PMC 6360817. PMID 30622120.
  26. ^ a b Beagan JA, Pastuzyn ED, Fernandez LR, Guo MH, Feng K, Titus KR, Chandrashekar H, Shepherd JD, Phillips-Cremins JE (June 2020). "Three-dimensional genome restructuring across timescales of activity-induced neuronal gene expression". Nat Neurosci. 23 (6): 707–717. doi:10.1038/s41593-020-0634-6. PMC 7558717. PMID 32451484.
  27. ^ Verheul TC, van Hijfte L, Perenthaler E, Barakat TS (2020). "The Why of YY1: Mechanisms of Transcriptional Regulation by Yin Yang 1". Front Cell Dev Biol. 8: 592164. doi:10.3389/fcell.2020.592164. PMC 7554316. PMID 33102493.
  28. ^ Spitz F, Furlong EE (September 2012). "Transcription factors: from enhancer binding to developmental control". Nat Rev Genet. 13 (9): 613–26. doi:10.1038/nrg3207. PMID 22868264. S2CID 205485256.
  29. ^ a b Schoenfelder S, Fraser P (August 2019). "Long-range enhancer-promoter contacts in gene expression control". Nat Rev Genet. 20 (8): 437–455. doi:10.1038/s41576-019-0128-0. PMID 31086298. S2CID 152283312.
  30. ^ Weintraub AS, Li CH, Zamudio AV, Sigova AA, Hannett NM, Day DS, Abraham BJ, Cohen MA, Nabet B, Buckley DL, Guo YE, Hnisz D, Jaenisch R, Bradner JE, Gray NS, Young RA (December 2017). "YY1 Is a Structural Regulator of Enhancer-Promoter Loops". Cell. 171 (7): 1573–1588.e28. doi:10.1016/j.cell.2017.11.008. PMC 5785279. PMID 29224777.
  31. ^ Lambert SA, Jolma A, Campitelli LF, Das PK, Yin Y, Albu M, Chen X, Taipale J, Hughes TR, Weirauch MT (February 2018). "The Human Transcription Factors". Cell. 172 (4): 650–665. doi:10.1016/j.cell.2018.01.029. PMID 29425488.
  32. ^ Grossman SR, Engreitz J, Ray JP, Nguyen TH, Hacohen N, Lander ES (July 2018). "Positional specificity of different transcription factor classes within enhancers". Proc Natl Acad Sci U S A. 115 (30): E7222–E7230. doi:10.1073/pnas.1804663115. PMC 6065035. PMID 29987030.
  33. ^ Allen BL, Taatjes DJ (March 2015). "The Mediator complex: a central integrator of transcription". Nat Rev Mol Cell Biol. 16 (3): 155–66. doi:10.1038/nrm3951. PMC 4963239. PMID 25693131.
  34. ^ Mikhaylichenko O, Bondarenko V, Harnett D, Schor IE, Males M, Viales RR, Furlong EE (January 2018). "The degree of enhancer or promoter activity is reflected by the levels and directionality of eRNA transcription". Genes Dev. 32 (1): 42–57. doi:10.1101/gad.308619.117. PMC 5828394. PMID 29378788.
  35. ^ Li QJ, Yang SH, Maeda Y, Sladek FM, Sharrocks AD, Martins-Green M (January 2003). "MAP kinase phosphorylation-dependent activation of Elk-1 leads to activation of the co-activator p300". EMBO J. 22 (2): 281–91. doi:10.1093/emboj/cdg028. PMC 140103. PMID 12514134.
  36. ^ Carullo NV, Phillips RA 3rd, Simon RC, Soto SA, Hinds JE, Salisbury AJ, Revanna JS, Bunner KD, Ianov L, Sultan FA, Savell KE, Gersbach CA, Day JJ (September 2020). "Enhancer RNAs predict enhancer-gene regulatory links and are critical for enhancer function in neuronal systems". Nucleic Acids Res. 48 (17): 9550–9570. doi:10.1093/nar/gkaa671. PMC 7515708. PMID 32810208.
  37. ^ a b c d e Trinklein ND, Aldred SF, Hartman SJ, Schroeder DI, Otillar RP, Myers RM (January 2004). "An abundance of bidirectional promoters in the human genome". Genome Research. 14 (1): 62–6. doi:10.1101/gr.1982804. PMC 314279. PMID 14707170.
  38. ^ Yang MQ, Koehly LM, Elnitski LL (April 2007). "Comprehensive annotation of bidirectional promoters identifies co-regulation among breast and ovarian cancer genes". PLOS Computational Biology. 3 (4): e72. Bibcode:2007PLSCB...3...72Y. doi:10.1371/journal.pcbi.0030072. PMC 1853124. PMID 17447839.
  39. ^ Adachi N, Lieber MR (June 2002). "Bidirectional gene organization: a common architectural feature of the human genome". Cell. 109 (7): 807–9. doi:10.1016/S0092-8674(02)00758-4. PMID 12110178. S2CID 8556921.
  40. ^ Koyanagi KO, Hagiwara M, Itoh T, Gojobori T, Imanishi T (July 2005). "Comparative genomics of bidirectional gene pairs and its implications for the evolution of a transcriptional regulation system". Gene. 353 (2): 169–76. doi:10.1016/j.gene.2005.04.027. PMID 15944140.
  41. ^ Liu B, Chen J, Shen B (May 2011). "Genome-wide analysis of the transcription factor binding preference of human bi-directional promoters and functional annotation of related gene pairs". BMC Systems Biology. 5 Suppl 1: S2. doi:10.1186/1752-0509-5-S1-S2. PMC 3121118. PMID 21689477.
  42. ^ a b Shu J, Jelinek J, Chang H, Shen L, Qin T, Chung W, Oki Y, Issa JP (May 2006). "Silencing of bidirectional promoters by DNA methylation in tumorigenesis". Cancer Research. 66 (10): 5077–84. doi:10.1158/0008-5472.CAN-05-2629. PMID 16707430.
  43. ^ a b Wei W, Pelechano V, Järvelin AI, Steinmetz LM (July 2011). "Functional consequences of bidirectional promoters". Trends in Genetics. 27 (7): 267–76. doi:10.1016/j.tig.2011.04.002. PMC 3123404. PMID 21601935.
  44. ^ Mahpour A, Scruggs BS, Smiraglia D, Ouchi T, Gelman IH (2018-10-17). "A methyl-sensitive element induces bidirectional transcription in TATA-less CpG island-associated promoters". PLOS ONE. 13 (10): e0205608. Bibcode:2018PLoSO..1305608M. doi:10.1371/journal.pone.0205608. PMC 6192621. PMID 30332484.
  45. ^ Lin JM, Collins PJ, Trinklein ND, Fu Y, Xi H, Myers RM, Weng Z (June 2007). "Transcription factor binding and modified histones in human bidirectional promoters". Genome Research. 17 (6): 818–27. doi:10.1101/gr.5623407. PMC 1891341. PMID 17568000.
  46. ^ Koev G, Miller WA (July 2000). "A positive-strand RNA virus with three very different subgenomic RNA promoters". Journal of Virology. 74 (13): 5988–96. doi:10.1128/jvi.74.13.5988-5996.2000. PMC 112095. PMID 10846080.
  47. ^ Gagniuc P, Ionescu-Tirgoviste C (September 2012). "Eukaryotic genomes may exhibit up to 10 generic classes of gene promoters". BMC Genomics. 13 (1): 512. doi:10.1186/1471-2164-13-512. PMC 3549790. PMID 23020586.
  48. ^ Yona AH, Alm EJ, Gore J (April 2018). "Random sequences rapidly evolve into de novo promoters". Nature Communications. 9 (1): 1530. Bibcode:2018NatCo...9.1530Y. doi:10.1038/s41467-018-04026-w. PMC 5906472. PMID 29670097.
  49. ^ deHaseth PL, Zupancic ML, Record MT (June 1998). "RNA polymerase-promoter interactions: the comings and goings of RNA polymerase". Journal of Bacteriology. 180 (12): 3019–25. doi:10.1128/jb.180.12.3019-3025.1998. PMC 107799. PMID 9620948.
  50. ^ Singer P, Wu CW (October 1987). "Promoter search by Escherichia coli RNA polymerase on a circular DNA template". The Journal of Biological Chemistry. 262 (29): 14178–89. doi:10.1016/S0021-9258(18)47921-5. PMID 3308887.
  51. ^ Borukhov S, Nudler E (April 2003). "RNA polymerase holoenzyme: structure, function and biological implications". Current Opinion in Microbiology. 6 (2): 93–100. doi:10.1016/s1369-5274(03)00036-5. PMID 12732296.
  52. ^ Copland JA, Sheffield-Moore M, Koldzic-Zivanovic N, Gentry S, Lamprou G, Tzortzatou-Stathopoulou F, Zoumpourlis V, Urban RJ, Vlahopoulos SA (June 2009). "Sex steroid receptors in skeletal differentiation and epithelial neoplasia: is tissue-specific intervention possible?". BioEssays. 31 (6): 629–41. doi:10.1002/bies.200800138. PMID 19382224. S2CID 205469320.
  53. ^ Vlahopoulos SA, Logotheti S, Mikas D, Giarika A, Gorgoulis V, Zoumpourlis V (April 2008). "The role of ATF-2 in oncogenesis". BioEssays. 30 (4): 314–27. doi:10.1002/bies.20734. PMID 18348191. S2CID 678541.
  54. ^ Saxonov S, Berg P, Brutlag DL (January 2006). "A genome-wide analysis of CpG dinucleotides in the human genome distinguishes two distinct classes of promoters". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 103 (5): 1412–7. Bibcode:2006PNAS..103.1412S. doi:10.1073/pnas.0510310103. PMC 1345710. PMID 16432200.
  55. ^ Deaton AM, Bird A (May 2011). "CpG islands and the regulation of transcription". Genes & Development. 25 (10): 1010–22. doi:10.1101/gad.2037511. PMC 3093116. PMID 21576262.
  56. ^ Chen HY, Shao CJ, Chen FR, Kwan AL, Chen ZP (April 2010). "Role of ERCC1 promoter hypermethylation in drug resistance to cisplatin in human gliomas". International Journal of Cancer. 126 (8): 1944–1954. doi:10.1002/ijc.24772. PMID 19626585.
  57. ^ Hobbs K, Negri J, Klinnert M, Rosenwasser LJ, Borish L (December 1998). "Interleukin-10 and transforming growth factor-beta promoter polymorphisms in allergies and asthma". American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine. 158 (6): 1958–62. doi:10.1164/ajrccm.158.6.9804011. PMID 9847292.
  58. ^ Burchard EG, Silverman EK, Rosenwasser LJ, Borish L, Yandava C, Pillari A, Weiss ST, Hasday J, Lilly CM, Ford JG, Drazen JM (September 1999). "Association between a sequence variant in the IL-4 gene promoter and FEV(1) in asthma". American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine. 160 (3): 919–22. doi:10.1164/ajrccm.160.3.9812024. PMID 10471619.
  59. ^ Kulozik AE, Bellan-Koch A, Bail S, Kohne E, Kleihauer E (May 1991). "Thalassemia intermedia: moderate reduction of beta globin gene transcriptional activity by a novel mutation of the proximal CACCC promoter element". Blood. 77 (9): 2054–8. doi:10.1182/blood.V77.9.2054.2054. PMID 2018842.
  60. ^ Petrij F, Giles RH, Dauwerse HG, Saris JJ, Hennekam RC, Masuno M, Tommerup N, van Ommen GJ, Goodman RH, Peters DJ (July 1995). "Rubinstein-Taybi syndrome caused by mutations in the transcriptional co-activator CBP". Nature. 376 (6538): 348–51. Bibcode:1995Natur.376..348P. doi:10.1038/376348a0. PMID 7630403. S2CID 4254507.
  61. ^ 락오페론
  62. ^ "Expression vectors". sci.sdsu.edu.

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