Το πρωτάθλημα της Ε.Π.Σ. Πειραιώς περιόδου 1964-65 διοργανώθηκε σε τρεις κατηγορίες. Στην δεύτερη και την τρίτη κατηγορίες υπήρχαν προκριματική και τελική φάσεις. Η τέταρτη κατηγορία καταργήθηκε. Τον τίτλο της Α΄ κατηγορίας κατέκτησε ο Αίας Σαλαμίνας, ο οποίος έτσι επέστρεψε άμεσα στη Β΄ Εθνική κατηγορία. Ακόμη, ο δευτεραθλητής Πειραϊκός Νέου Φαλήρου κέρδισε την προαγωγή του στη νεοσύστατη Γ΄ Εθνική κατηγορία της επόμενης χρονιάς.
Διεξήχθη και εφηβικό πρωτάθλημα των συλλόγων Α΄ κατηγορίας σε ένα γύρο (10 αγώνες). Πρωταθλήτρια αναδείχθηκε η ΑΕ Μοσχάτου. Η σειρά κατάταξης των 4 πρώτων ήταν:
Από τους δύο ομίλους στην τελική φάση πέρασαν: Άσπρα Χώματα, ΑΟ Παλαιάς Κοκκινιάς, Ερμής και Πανασπροπυργιακός. Τα Άσπρα Χώματα τερμάτισαν στην πρώτη θέση και απέκτησαν το δικαίωμα να διαβαθμιστούν με τους ουραγούς της Α΄ κατηγορίας "Νέους Ευγενίας", από τους οποίους ηττήθηκαν. Ωστόσο το αποτέλεσμα της διαβάθμισης ακυρώθηκε, λόγω αναδιάρθρωσης, με συνέπεια και οι δυο ομάδες να συμμετάσχουν στην Α΄ ΕΠΣΠ της επόμενης περιόδου.
1Αγώνας κατάταξης: Προφήτης Ηλίας - Περαμαϊκός: επικράτησε ο Πρ. Ηλίας και παρέμεινε στην κατηγορία. 2Διαβάθμιση: Προφήτης Ηλίας - Ορφεύς: επικράτησε ο Ορφέας και ανέβηκε κατηγορία. Τελικά, δεν υποβιβάστηκε ούτε ο Περαμαϊκός, λόγω αύξησης των ομάδων της Β΄.
Από τους τρεις ομίλους στην τελική φάση μετείχαν έξι ομάδες. Την πρώτη θέση κέρδισε ο Ορφέας, ο οποίος κέρδισε την άνοδο έπειτα από αγώνες διαβάθμισης με τον ουραγό της Β΄ ΕΠΣΠ.