Scribd Logo
Cargar

¡Te damos la bienvenida a Scribd!

  • 213 vistas

    Modelo de Sustitucion Nucleotidica

    Cargado por

    Adriana Herrera Vivas
    El documento discute los modelos de evolución molecular y cómo seleccionar el modelo apropiado. Explica que el modelo de Jukes-Cantor asume que todos los cambios son igualmente probables pero es poco realista, mientras que el modelo de Kimura de dos parámetros distingue entre transiciones y transversiones, lo que es más preciso. Finalmente, recomienda el uso del modelo de Kimura de dos parámetros ya que distingue entre dos tipos diferentes de cambios moleculares.

    Copyright:

    © All Rights Reserved
    Descargue como DOCX, PDF, TXT o lea en línea desde Scribd

    Modelo de Sustitucion Nucleotidica

    Cargado por

    Adriana Herrera Vivas
    213 vistas2 páginas
    El documento discute los modelos de evolución molecular y cómo seleccionar el modelo apropiado. Explica que el modelo de Jukes-Cantor asume que todos los cambios son igualmente probables pero es poco realista, mientras que el modelo de Kimura de dos parámetros distingue entre transiciones y transversiones, lo que es más preciso. Finalmente, recomienda el uso del modelo de Kimura de dos parámetros ya que distingue entre dos tipos diferentes de cambios moleculares.

    Descripción original:

    Sustitución nucleotídica, informe de biologia molecular

    Derechos de autor

    © © All Rights Reserved

    Formatos disponibles

    DOCX, PDF, TXT o lea en línea desde Scribd

    ¿Le pareció útil este documento?

    ¿Este contenido es inapropiado?

    El documento discute los modelos de evolución molecular y cómo seleccionar el modelo apropiado. Explica que el modelo de Jukes-Cantor asume que todos los cambios son igualmente probables pero es poco realista, mientras que el modelo de Kimura de dos parámetros distingue entre transiciones y transversiones, lo que es más preciso. Finalmente, recomienda el uso del modelo de Kimura de dos parámetros ya que distingue entre dos tipos diferentes de cambios moleculares.

    Copyright:

    © All Rights Reserved
    Descargue como DOCX, PDF, TXT o lea en línea desde Scribd
    Descargar como docx, pdf o txt
    213 vistas2 páginas

    Modelo de Sustitucion Nucleotidica

    Cargado por

    Adriana Herrera Vivas
    El documento discute los modelos de evolución molecular y cómo seleccionar el modelo apropiado. Explica que el modelo de Jukes-Cantor asume que todos los cambios son igualmente probables pero es poco realista, mientras que el modelo de Kimura de dos parámetros distingue entre transiciones y transversiones, lo que es más preciso. Finalmente, recomienda el uso del modelo de Kimura de dos parámetros ya que distingue entre dos tipos diferentes de cambios moleculares.

    Copyright:

    © All Rights Reserved
    Descargue como DOCX, PDF, TXT o lea en línea desde Scribd
    Descargar como docx, pdf o txt
    de 2

    La selección adecuada del modelo a emplear es de gran importancia.

    Un modelo muy
    complejo será muy difícil de calcular y acarreará una mayor cantidad de error, pero un modelo
    muy simplista no será capaz de inferir algo significativo sobre el proceso que modela.

    En el caso de considerar que todos los cambios son igualmente probables, el tipo de modelo
    que estaríamos empleando es el Jukes Cantor, en dónde un solo parámetro representa a todos
    los tipos de cambios. Este modelo es muy sencillo y relativamente fácil de aplicar, pero resulta
    poco informativo y poco realista. Por otro lado, si consideramos factible el suponer que las
    transiciones tiene una frecuencia diferente a las transversiones podemos asignar un parámetro
    diferente para cada tipo de cambio, cabe mencionar que al hacer esto no implica que un tipo
    de cambio sea más frecuente que el otro, simplemente permitimos que la frecuencia asuman
    un valor diferente y dejamos que sean los propios datos en el alineamiento los que indiquen la
    preponderancia de cada tipo de cambio.

    En el modelo Kimura, los cambios de dos parámetros de los modelos (A <-> G y C <-> T
    cambian) se mueven de manera diferente que transversiones (A <-> T, A <-> C, G <-> C y G <->
    T) porque se observa que las transiciones ocurren con mucha más frecuencia que las
    transversiones. Los modelos también intentan corregir varios golpes por sitio, de modo que a
    medida que las secuencias se saturan más con mutaciones, hay una mayor probabilidad de
    que una distancia observada sea menor que la distancia verdadera entre las dos secuencias. La
    distancia de Kimura entre las secuencias es, por tanto, proporcional al % de identidad.

    En ese caso el modelo resultante será el Kimura 2 parameter, empleando dos parámetros para
    representar los dos diferentes tipos de cambios.

    Una de las pruebas más comúnmente utilizadas de la fiabilidad de un árbol inferido es la


    prueba de Felsenstein (1985) bootstrap, que se evalúa utilizando la técnica de re-muestreo
    bootstrap de Efron (1982). Si hay m secuencias, cada una con n nucleótidos (o codones o
    aminoácidos), un árbol filogenético puede ser reconstruido usando algún método de
    construcción de árboles. De cada secuencia, se seleccionan aleatoriamente n nucleótidos con
    reemplazos, dando lugar a m filas de n columnas cada una. Estos constituyen ahora un nuevo
    conjunto de secuencias. Un árbol se reconstruye con estas nuevas secuencias utilizando el
    mismo método de construcción de árboles que antes. A continuación la topologíade este árbol
    se compara con el del árbol original. Cada rama interior del árbol original que es diferente del
    árbol bootstrap, la secuencia en la que se divide, recibe una puntuación de 0; a todas las
    demás ramas interiores se les da el valor 1. Este procedimiento de re-muestreo de los sitios y
    la posterior reconstrucción del árbol se repite varios cientos de veces y se anota el porcentaje
    de veces que cada rama interior se da un valor de 1. Esto se conoce como el valor de arranque.
    Como regla general, si el valor de arranque para una rama interior dada es 95% o superior,
    entonces la topología en esa rama se considera "correcta".

    También podría gustarte