Tutorial Autodock 4
Tutorial Autodock 4
Tutorial Autodock 4
Usando Autodock 4
Las estructuras se encuentran en la página de archivos del curso, dentro del directorio Guía
Docking 2.
Proteína: hsg1.pdb
Ligando:ind.pdb
1.- Leer la proteína y borrar aguas.
a. Abra el programa AutoDockTools, a continuación en la parte superior del Browser en
File----Read Molecule, seleccione hsg1.pdb.
b. Ahora vamos a seleccionar las aguas que rodean a la proteína, para posteriormente
borrarlas. Diríjase a:
Select------Select from string--------En Residue colocar HOH*----------Add (los O de las aguas se
colocaran en amarillo)---------Dismiss
Ahora procederemos a borrar las aguas seleccionadas.
Edit-----delete------delete selected atom-----continue.
Ahora agregaremos los hidrógenos a la proteína.
Edit----hydrogens-----add(tener marcados las casillas all hydrogens,noBondOrder, yes Renumber)--
---OK.
Ahora guardaremos el nuevo pdb de la macromolécula, sin las aguas.
File-------Save------Write PDB (elija sort nodes)---OK. Puede seleccionar el nombre hsg1-a.pdb
( puede ahora ocultar la proteína, deseleccionando la proteina en el menu visualización,
simplemente haciendo click en el circulo de la columna L)
Primero hay que traer la proteína en el formato necesario para correr autodock.
Ir a Grid-----Macromolecule------open o choose si es el caso (elija hsg1_rigid.pdbqt)--------ok