Tema 2.

Moléculas biológicas que pueden

actuar como ligandos.

Proteínas y sus constituyentes

a-aminoácidos Péptidos Proteínas

 Peptido: hasta 50 aminoácidos

 Oligopéptido: péptido pequeño< 20 aminoácidos

 Polipéptido: péptido entre 20-50 aminoácidos

 Proteína: péptido > 50 aminoácidos

T2-Dra. Caubet 1
 Aminoácido: unidad básica de la proteína

A pH fisiológico(pH ~ 7) R
a
NH3+ C COO-
Grupo amino Grupo
Forma Zwiteriónica carboxílico
H
H H

C C Las propiedades de
NH2 CO2H los 20 aminoácidos
R R
CO2H NH2 viene determinadas
por las diferentes
L D cadenas laterales, R.

S R
T2-Dra. Caubet 2
 Los aminoácidos tienen dos (o más) valores de pKa.

Segundo pKa 9-10.8 Primer pKa 1.7-2.6

A bajos pHs, la forma zwitterion puede protonarse para dar un ión con
una carga neta positiva. A pHs elevados, se puede formar un anión
carboxilato, con una carga neta negativa.
T2-Dra. Caubet 3
 Aminoácidos

Química Bioinorgánica, J.S. Casas, V. Moreno, A,

Sánchez, J.L. Sánchez, J. Sordo. Ed. Síntesis, Madrid,
2002. T2-Dra. Caubet 4
 Aminoácidos

Química Bioinorgánica, J.S. Casas, V. Moreno, A, Sánchez, T2-Dra. Caubet 5

J.L. Sánchez, J. Sordo. Ed. Síntesis, Madrid, 2002.
Las proteínas son polímeros lineales de aminoácidos:
estructura primaria

R1 R2
NH3+ C COO- ＋ NH3+ C COO- ＋
H H El ácido carboxílico
H 2O H2O
condensa con un
grupo amino
R1 R2 R3 eliminándose una
NH3＋ C CO NH C CO NH C CO molécula de agua.
H Enlace H Enlace H
peptídico peptídico
La secuencia de
F T D
aminoácidos se llama
A G N S K A
G S Estructura Primaria
T2-Dra. Caubet 6
 Características del enlace Peptídico
Carácter parcial de doble enlace:

 Puede considerarse un híbrido de resonancia.

 No se puede girar alrededor del enlace -C-N-.

T2-Dra. Caubet 7
 Estructura del péptido

N-terminal C-terminal

T2-Dra. Caubet 8
Factores que afectan la distribución espacial de
una proteína

1. Partes apolares o hidrófobas

2. Enlaces de hidrógeno entre grupos carbonilo y N-H
3. Interacciones electrostáticas con iones
4. Enlaces covalentes entre dos cisteínas

SH S
+ 2H+ + 2e-
SH S

forma reducida forma oxidada

T2-Dra. Caubet 9
 Estructura secundaria

Enlace de hidrógeno

C=O- +
H-N

La estructura secundaria de una proteína adopta una

de estas tres formas:
 Hélice-a
 Lámina-b
 Espiral o enrollada, bucle o lazo
T2-Dra. Caubet 10
 Estructura secundaria
N O C O C O C O C NH O C
N N H N H N H NH O C N H Química Bioinorgánica, J.S. Casas, V. Moreno, A,
H
N H Sánchez, J.L. Sánchez, J. Sordo. Ed. Síntesis, Madrid,
O C O C O C O C O H N C O 2002.
H
C O H N H N H N H N C O H N
C
O
O C O C O C O C N H O C
C
N H N H N H NH O C NH

(a) (b) (c)

(d) (e)
Ejemplos de estructura secundaria:
(a) Hélice a; (b) Lámina b paralela;
(c) Lámina b antiparalela. Regiones
de estructura irregular: (d)
Enrollamiento al azar; (e) Lazo en
horquilla.
T2-Dra. Caubet 11
 Estructura terciaria

Estructura básica de las proteínas

Un esqueleto carbonado con cadenas/grupos laterales
Grupos polares hidrofílicos
Grupos apolares hidrofóbico

La estructura terciaria de péptidos y proteínas está

conformada por
• Enlaces de hidrógeno
• Fuerzas de Van de Waals e interacciones electrostáticas
T2-Dra. Caubet 12
Estructura terciaria

En una proteína
globular, las cadenas
laterales no polares se
colocan hacia dentro y
las polares hacia fuera,
hacia el medio externo
polar.

T2-Dra. Caubet 13
 Naturaleza jerárquica de la estructura de las
proteínas
(a) ... Gly - Ala - Cys - Tyr - His - Phe - Cys ... (a) Estructura Primaria
(secuencia de aminoácidos)
(b) ↓
(c)
(b) Estructura Secundaria
（hélice-α, láminas-β）
↓
(c) Estructura Terciaria
(estructura tridimensional
(d) formada por la unión de las
estructuras secundarias）
↓
(d) Estructura Cuaternaria
（estructura formada por más
Química Bioinorgánica, J.S. Casas, V. Moreno, A, Sánchez, T2-Dra. Caubet de una cadena de 14
J.L. Sánchez, J. Sordo. Ed. Síntesis, Madrid, 2002.
Estructura tridimensional de las proteínas

Estructura
terciaria
Estructura Cuaternaria
T2-Dra. Caubet 15
 Relación intima entre la estructura de la
proteína y su función
• La actividad biológica de las proteínas viene
determinada por su estructura terciaria.
• Las bolsas (“pockets”) (sitios activos) permiten el
transporte y la reacción de moléculas seleccionadas.

Una posición de enlace en una proteína captura (enlaza) una molécula pequeña
para su transporte o reacción con un reactivo apropiado localizado en aquella
posición. T2-Dra. Caubet 16
 Relación intima entre la estructura de la
proteína y su función

•La desnaturalización (rotura irreversible de la estructura

terciaria) lleva a la pérdida de la actividad biológica.
•Calentando (hirviendo un huevo)
•Cambio de pH (cuajado de la leche)

•La desnaturalización puede también ser reversible.

•Tratamiento con tioles

Un método de desnaturalizar
proteínas, destruyendo la estructura
secundaria y terciaria, es romper los
enlaces disulfuro. Si la oxidación por
aire los regenera, las estructuras de
alto orden son regeneradas y la
actividad biológica regenerada. T2-Dra. Caubet 17
 Resumen

• Las proteínas juegan un papel clave en los sistemas

vivos.
• Las proteínas son polímeros formados por 20 tipos de
aminoácidos.
• Cada proteína presenta una estructura tridimensional
única definida por su secuencia de aminoácidos.
• La estructura de las proteínas tiene una naturaleza
jerárquica.
• La estructura de las proteínas está muy relacionada con
la función que desarrollan.
• La predicción de la estructura de la proteína supone un
gran reto para la biología computacional.
T2-Dra. Caubet 18
 Coordinación de iones metálicos a péptidos y
proteínas
Potenciales posiciones de coordinación:
• a-amino terminal, carboxilato terminal

• carboxamidas de enlace peptídico La posición de

coordinación dependerá del
-C(=O)-NH- carácter ácido/base
duro/blando
• R = otros grupos funcionales
Met -CH2CH2SCH3 Cys -CH2SH
Tyr -CH2--OH Asp -CH2COOH
Glu -CH2CH2COOH

Generalmente son ligandos polidentados

T2-Dra. Caubet 19
 Interacciones con metales

Blandos

Cys-M Cys-M2 Met-M

Intermedios

His(Ne2)-M His(N1)-M His-M2

Glu, Asp

Ser, thr Asn, Gln Duros

Tyr

Biological Inorganic chemistry. Structure and Reactivity. I. Bertini, H. B. T2-Dra. Caubet 20

Gray, E. I. Stiefel, J. S. Valentine. University science books, 2007.
Dependencia del plegamiento de las metaloproteínas
con los iones metálicos

a) Estructura de la proteína independiente del ión metálico:

plastocianina
b) Estructura dependiente del ión metálico: “Zinc fingers”

c) Casos intermedios: hemoglobina

a) b) c)

T2-Dra. Caubet 21
 Resumen
Las propiedades (tales como los potenciales redox) son
moduladas por las proteínas

 La modulación “grande” se produce por los iones metálicos

 La carga impuesta por el ligando puede favorecer un

particular estado de oxidación

 La geometría impuesta por la proteína puede favorecer un

particular estado de oxidación y también aumentar la
velocidad de reacción

 La modulación “fina” viene dada por la hidrofobicidad,

enlaces de hidrógeno, cargas en el entorno, etc 22
T2-Dra. Caubet
 Ligandos porfirina

Porfina Metaloporfirina

Características de las porfirinas

 Anillo plano estable
 Desprotonado es apto para complejar
metales, aún los relativamente lábiles
 Hueco selectivo (ri=0,60-0,70Å)
 Uniones p conjugadas esenciales para la
reactividad
 Provocan configuraciones de bajo espín
Fe-protoporfirina IX
T2-Dra. Caubet  Fe y no otro metal: causas cinéticas
(hemo) 23
 Otros ligandos similares a la porfirina

Porfina (Fe) H3C Corrina (Co)

CH3

R1 O
N HN
COCH3
Clorina (Mg) NH N
R2 R3

CH3 CH3
T2-Dra. Caubet 24
 Ácidos nucleicos y sus constituyentes
 El DNA y el RNA son polímeros de unidades monómeras
llamadas nucleótidos
 Un nucleótido a su vez está formado por:
- una base heterocíclica nitrogenada
- un anillo de azúcar: ribosa o desoxirribosa
- y ácido fosfórico
enlace b-N-
glicosídico

OH ribosa
H desoxiribosa

Nucleósido

T2-Dra. Caubet 25
Nucleótido
 Componentes del DNA

• Las nucleobases son:

NH2 O NH2 O

N N
N HN N NH

N N
N H H2N N H N O N O
H H

Adenina Guanina Citosina Timina

• Los nucleósidos se forman por la unión del azúcar

desoxiribosa y la A o la G (a través del N9) o la C o T
(a través del N1).
T2-Dra. Caubet 26
 Estabilidad de la doble hélice de DNA
 La forma de doble hélice del DNA se forma por
uniones fosfodiester entre el 5’ -OH de una ribosa y
la 3’-OH de la siguiente.

La cadena tiene la dirección (5'3')

La doble hélice se estabiliza por enlaces de

hidrógeno entre pares de bases y por interacciones
de “stacking” o apilamiento entre las bases.

NH2

O N

HO

O
H H

H H
OH H
T2-Dra. Caubet 27
 Diferencias estructurales entre DNA y RNA
DNA RNA

O O

H3C
NH NH

N O N O
H H
Thymine (T) Uracil (U)

O: pdGpdTpdC
O: pd(GTC)

Las abreviaciones del RNA se escriben sin d (por desoxi) 28

T2-Dra. Caubet
 Diferentes enlaces e interacciones

• Covalente:
enlaces fosfodiester en el esqueleto

• Hidrógeno:
entre bases complementarias
Primarias o Naturales (Watson-Crick)
Secundarias o apareamiento Hoogsteen
(non-Watson-Crick)

• Hidrofóbicas (van der Waals)

entre pares de bases apiladas y adyacentes

T2-Dra. Caubet 29
Estructura secundaria

Puede ser lineal o circular

T2-Dra. Caubet 30
 Conformaciones del DNA

Forma A Forma B Forma Z

T2-Dra. Caubet 31
 Interacción de los iones metálicos con ácidos nucleicos

(a)
O
M
O N
NH
O P
M O N NH2
O N
O

O O
M

(b) (c)

L
M
L

:
(a) Interacciones con los átomos dadores de la base,
el azúcar y el fosfato; b) Interacción mediante enlace
Intercalante hidrógeno de ligandos coordinados; (c) Intercalación.

Química Bioinorgánica, J.S. Casas, V. Moreno, A, Sánchez, T2-Dra. Caubet 32

J.L. Sánchez, J. Sordo. Ed. Síntesis, Madrid, 2002.
 H2
2H+
+ 2e-

FAD

NAD+/NADH

FMN
Nucleótidos que participan en
o 2H+ + 2 e-
procesos redox

FMNH2

T2-Dra. Caubet 33
 Hidròlisi

Reserva Ca

Metabolisme
Producció d’energia
Síntesi d’ATP
Redox
Fe, Cu

T2-Dra. Caubet 34