Departamento de Química Orgánica y Química Inorgánica

Área de Química Orgánica

Javier Carreras Pérez-Aradros (Grupo A)

Mª Luisa Izquierdo Ceinos (Grupo B)
Mª Selma Arias Pérez
 El objetivo fundamental de esta asignatura es la determinación de la estructura
molecular de compuestos orgánicos mediante la aplicación de diferentes técnicas

¿POR QUÉ ES IMPORTANTE

ESTABLECER LA ESTRUCTURA
MOLECULAR?
✓ La estructura molecular es clave para la interpretación de las propiedades y el
comportamiento de los compuestos orgánicos incluyendo reactividad química,
actividad biológica
✓ Se encuentra en la base de sus aplicaciones de gran trascendencia para la sociedad
actual

PROPIEDADES
FÍSICAS

SÍNTESIS

ESTRUCTURA REACTIVIDAD
MOLECULAR QUÍMICA
elucidación estructural
APLICACIONES
Desarrollo industrial,
biológico, médico

ACTIVIDAD
BIOLÓGICA
El hecho esencial es que todo en la vida es química
y todas las enfermedades reflejan una distorsión
de la química.
Roger D. Kornberg
 Crear moléculas útiles
NUEVAS COMPUESTOS CON UNA FUNCIÓN ESPECÍFICA
MOLÉCULAS Industrias farmacéutica, química, agroquímica,
veterinaria, alimentaria, etc.
ORGÁNICAS

ESTRUCTURAS COMPLEJAS CON INTERÉS

ESPECULATIVO
Investigación en el ámbito académico
4
 Imaginemos que un genio salido de una botella,
un mago o un extraterrestre le dice a la persona
más rica del mundo «la molécula de la vida eterna
y de la eterna juventud es un hidrocarburo de 167
átomos de carbono: en cuanto la veas, la
reconocerás inmediatamente” (C167H336, ya saben
H = 2n+2, eso excluye los anillos que son de
fórmula H = 2n). No les voy a pedir que lo calculen. Créanme
La persona se dice “voy a montar una empresa si les digo que la respuesta es 1080. Aunque los
gigantesca en la India donde hay 700.000 químicos 700.000 químicos indios sintetizaran una
y les voy a pedir que empiecen a sintetizar molécula cada segundo, la humanidad se habría
compuestos de fórmula C167H336 ”. extinguido muchísimo antes de que hubieran
Ustedes habrán oído hablar de isómeros y de preparado la mitad de ellas (la mitad de 1080 no
isomería. Si no es así, es muy sencillo. Los es 1040, es solo 1079.7).
eslabones de carbono que los químicos usamos ¡Pero es que 1080 es un número mayor que el
para hacer cadenas (o anillos) tienen cuatro de partículas elementales que hay en el
agujeros en lugar de uno, lo cual da muchas más Universo! No hay bastante materia, ni de lejos,
posibilidades, pues las cadenas pueden crecer en en el Universo para preparar todos los isómeros
varias dimensiones, dando lugar en algunos casos de nuestro hidrocarburo.
a objetos que son como las imágenes de los HoyHoydía día
hayhay
unos
unos6060millones
millones dede moléculas
moléculas
espejos. Bueno, ¿cuántas cadenas diferentes se conocidas. Cuando
conocidas. Cuando se extinga
extinga la humanidad
humanidad
pueden hacer con 167 átomos de carbono? habrá quizás
habrá quizás unos
unos cuantos
cuantos billones
billones (10
(1012
12))
cantidad ínfima
cantidad ínfima comparada
comparadacon conlas posibles.
las posibles.
 Profesor “Honoris causa” UAH. 2000

Imaginemos que un genio salido de una botella,

un mago o un extraterrestre le dice a la persona
más rica del mundo «la molécula de la vida eterna
y de la eterna juventud es un hidrocarburo de 167
átomos de carbono: en cuanto la veas, la
reconocerás inmediatamente” (C167H336, ya saben
H = 2n+2, eso excluye los anillos que son de
fórmula H = 2n). No les voy a pedir que lo calculen. Créanme
La persona se dice “voy a montar una empresa si les digo que la respuesta es 1080. Aunque los
gigantesca en la India donde hay 700.000 químicos 700.000 químicos indios sintetizaran una
y les voy a pedir que empiecen a sintetizar molécula cada segundo, la humanidad se habría
compuestos de fórmula C167H336 ”. extinguido muchísimo antes de que hubieran
Ustedes habrán oído hablar de isómeros y de preparado la mitad de ellas (la mitad de 1080 no
isomería. Si no es así, es muy sencillo. Los es 1040, es solo 1079.7).
eslabones de carbono que los químicos usamos ¡Pero es que 1080 es un número mayor que el
para hacer cadenas (o anillos) tienen cuatro de partículas elementales que hay en el
agujeros en lugar de uno, lo cual da muchas más Universo! No hay bastante materia, ni de lejos,
posibilidades, pues las cadenas pueden crecer en en el Universo para preparar todos los isómeros
varias dimensiones, dando lugar en algunos casos de nuestro hidrocarburo.
a objetos que son como las imágenes de los HoyHoydía día
hayhay
unos
unos6060millones
millones dede moléculas
moléculas
espejos. Bueno, ¿cuántas cadenas diferentes se conocidas. Cuando
conocidas. Cuando se extinga
extinga la humanidad
humanidad
pueden hacer con 167 átomos de carbono? habrá quizás
habrá quizás unos
unos cuantos
cuantos billones
billones (10
(1012
12))
cantidad ínfima
cantidad ínfima comparada
comparadacon conlas posibles.
las posibles.
 Los productos químicos desempeñan un papel importante en la sociedad moderna y en el
logro de los objetivos de la Agenda 2030 para el Desarrollo Sostenible

La química, pese a tener una mala imagen que la asocia a problemas ambientales, aporta
en realidad soluciones a estos problemas

Contaminación
ambiental

Controlar sus efectos

QUÍMICA MEDIOAMBIENTAL
▪ Los procesos químicos que tienen lugar en el medio ambiente
▪ El impacto de las actividades humanas sobre nuestro entorno y la
problemática que ello ocasiona
▪ El impacto ambiental de vertidos antropogénicos su estudio,
disminución y/o eliminación
▪ La aplicación de la química al estudio de los problemas y la
conservación del medio ambiente

QUÍMICA SOSTENIBLE O QUÍMICA VERDE

Optimización de los procesos productivos, eliminando productos
secundarios, empleando condiciones más respetuosas con el medio
ambiente
https://www.feique.org/covid-19/
https://rseq.org/quimica-y-sociedad/la-quimica-y-el-covid-19
El remdesivir es un profármaco (una sustancia inocua que se transforma en fármaco dentro del
organismo cuando es metabolizada) antiviral. Pertenece a la familia de los análogos de los
nucleótidos y actúa inhibiendo una enzima del virus indispensable para su multiplicación. Ha
demostrado tener actividad in vitro contra el SARS-CoV-2
 No se puede pensar en sintetizar nuevos compuestos o controlar
sus efectos sin una buena comprensión de la estructura molecular

CREAR NUEVAS
MOLÉCULAS

ESTRUCTURA
MOLECULAR

CONTROLAR
SUS EFECTOS
 clave para PROCESOS DE
ESTRUCTURA interpretar SEÑALIZACIÓN MOLECULAR
ACTIVIDAD
MOLECULAR BIOLÓGICA

CARBOHIDRATOS PRESENTES EN BIOMOLÉCULAS

BACTERIA
MARCADORES DE RECONOCIMIENTO
VIRUS

TOXINA

HORMONA

GLICOPROTEÍNA
 ¿Por qué interesarnos
en la Espectroscopía?

Proporciona las herramientas

básicas en diferentes campos
de la Ciencia y es esencial
para la determinación de la
estructura molecular
THE NOBEL PRIZE
La trascendencia de la determinación de la estructura molecular se ve reflejada en los
Premios Nobel concedidos

http://www.nobelprize.org/
 2017

THE NOBEL PRIZE 2006

J. Dubochet J. Frank R.Henderson

2003

R.D. Kornberg

2002 P. Lauterbur P. Mansfield

1991

J. B. Fenn K. Tanaka K. Wüthrich

R. Ernst http://www.nobelprize.org/
THE NOBEL PRIZE

Richard Ernst
El Premio concedido a Ernst es un premio que marca
la mayoría de edad de la RMN. De hecho los trabajos de Ernst han conformado
la espectroscopía de RMN moderna.

Richard Ernst empieza su Conferencia Nobel diciendo:

"El mundo de los spines nucleares es un verdadero paraíso para los físicos teóricos
y experimentales"
para decir más adelante:
"Pero la resonancia magnética no solo fascina a los físicos. Cada vez más químicos,
biólogos y médicos descubren la RMN, no tanto por su belleza conceptual como
por su extraordinaria utilidad"
THE NOBEL PRIZE

John B. Fenn Koichi Tanaka Kurt Wüthrich

The Royal Swedish Academy of Sciences has decided to award the

with
one half jointly to John B. Fenn and Koichi Tanaka for "their development
of soft desorption ionisation methods for mass spectrometric analyses of
biological macromolecules“ and the other half to Kurt Wüthrich "for his
development of nuclear magnetic resonance spectroscopy for determining
the three-dimensional structure of biological macromolecules in solution"
Living cells consist of myriads of molecules. The large molecules, which include the proteins,
interact with one another and with other molecules in a never-resting molecular machinery. How
can we understand what is happening inside the cell?. One important step is to develop tools to
"see" with, and this is what this year's Nobel Laureates in Chemistry have done.
MASS SPECTROMETRY

With mass spectrometry we can now quickly identify a substance in a sample by accurately determining
its molecular mass. Mass spectrometry is a very widely used method for small and medium-sized
molecules.
John B. Fenn and Koichi Tanaka showed, in different ways, that macromolecules could also be studied.
The trick was to get the proteins to fly, or as John Fenn himself said, to give “wings to molecular
elephants".

Of course proteins can fly!

John B. Fenn is the chemist Koichi Tanaka worked as a research

who invented the electrospray engineer at Shimadzu Corp. in Kyoto,
method. Today it is used in Japan when he was telephoned by the
laboratories all over the world. Royal Swedish Academy of Sciences in
Fenn has worked mainly as Stockholm: you have been awarded
Professor of Chemistry at Yale the Nobel Prize! Tanaka's idea was to
University, USA, and at Virginia use the energy from laser light,
Commonwealth University, USA. ingeniously transferred to the
proteins, to get them to let go of one
another and hover freely. It worked!
NMR
To understand, we need to see With NMR the three-dimensional structure of different substances
can be studied. Unlike the alternative method, X-ray crystallography, NMR can be applied to
molecules in solution. This is a great advantage since the natural environment of the protein is the
living cell. In NMR the sample is placed in a strong magnetic field.
Pulses of radio waves are beamed into the sample, the atoms of which "answer” by emitting new
radio waves. The result is a spectrum in which each atomic nucleus causes one or more peaks. This
is because the magnetic field around each atom is affected by its neighbouring atoms. A large
protein gives rise to a very complicated spectrum with numerous peaks.

Many peaks in the spectrum – no problem! Kurt Wüthrich had an idea for how to find out which
peaks correspond to which atoms. His method is called sequential assignment. It involves
starting with a signal from a known atomic nucleus and then finding the nucleus in the peptide
chain that is signalling that it is a neighbour of the first. Wüthrich matched each signal
successively with its atom. With a similar method, which senses the distance between nuclei, he
then determined a large number of pairwise distances in the protein, wich gave the three-
dimensional structure of that protein.

If one knows all the measurements of a house one can

draw a three-dimensional picture of that house.
In the same way, by measuring a vast number of short
distances in a protein, it is possible to create a three-
dimensional picture of that protein.
 The different nuclei are identified one after the other in a two-
dimensional NMR spectrum, here in a composite diagram in
which one can navigate between 'cross-peaks’ that signal atom
proximity

El Nobel de Química de 2002 reconoce no

solo los múltiples méritos de Kurt
Wüthrich sino también la aportación de la
RMN a la Biología Estructural

Kurt Wüthrich preparing a protein solution in an NMR

tube. His measurement gives a three-dimensional picture
of the protein structure in solution.
Wüthrich works at ETH in Zürich, Switzerland and at the
Scripps Research Institute, La Jolla, USA.
From early diagnosis to new medicines

Mass spectrometry and NMR have been around for a long time, but the ability to use them on
molecules as large as proteins was something most scientists considered impossible. This year's
Nobel prize laureates showed that it could in fact be done! Their methods quickly turned out to be
outstanding and have been further developed by other researchers to increase our understanding
of the complicated life processes. To understand, we need to see - this year's Nobel prize has given us
sharper sight.

Mass spectrometry has recently been

NMR is used in the pharmaceutical industry reported as a successful method for
for determining the structure of proteins and early diagnosis of malaria. Different
other macromolecules that can be of forms of cancer, such as breast,
interest as target molecules for new drugs. It prostate and ovarian cancer, can also
is also possible to find out what small be discovered much earlier than with
molecules bind to a given protein, thus present-day methods
making them into candidates for new drugs.
The picture shows HIV protease with a
molecule (in green) that blocks its function
THE NOBEL PRIZE

Paul Lauterbur Peter Mansfield

The . The Nobel Assembly at

Karolinska Institutet has awarded the Nobel Prize in Physiology or Medicine
jointly to Paul Lauterbur and Peter Mansfield for their discoveries
concerning .
These discoveries made it possible to develop modern magnetic resonance
imaging, MRI, which represents a breakthrough in medical diagnostics and
research. Worldwide, more than 60 million investigations with MRI are
performed each year.
 THE NOBEL PRIZE

Roger D. Kornberg
USA Stanford University
Stanford, CA, USA b. 1947
Structure of an RNA polymerase II transcribing complex.
The bridge helix is shown in green and the active site
metal as a pink sphere.
The DNA helix is colored blue while the newly synthesized
RNA is in red.

The large size of yeast RNA polymerase II – 12 subunits, 0.5x106 daltons - and the scarcity and the instability
of the purified complex made structural studies very difficult. Kornberg approached the problem using a
combination of electron microscopy and X-ray crystallography and finally solved the problem after 20 years
of biochemical work.
THE NOBEL PRIZE

Severo Ochoa Arthur Kornberg

"Pienso que si pudiera volver a empezar de nuevo

sería otra vez bioquímico, pero comenzaría con
química en vez de con medicina"
Severo Ochoa 1905-1993
THE NOBEL PRIZE

Jacques Dubochet Joachim Frank Richard Henderson

Univ. de Lausana. Suiza Univ. de Columbia. U.S.A. Univ. de Cambridge. U.K.

Jacques Dubochet, Joachim Frank and Richard Henderson are awarded the
for their
. Using
, researchers can now freeze biomolecules mid-movement and portray
them at atomic resolution. This technology has taken biochemistry into a new era.

Premio Nobel de Química a un método para observar “la vida

privada de las moléculas” que ha permitido congelar biomoléculas
en movimiento y hacerles una foto con resolución atómica
Por su aportación al desarrollo de tecnologías para generar imágenes
tridimensionales de las moléculas de la vida, algo que está sirviendo ya
para entender mejor procesos biológicos como las infecciones o nuestros
ciclos de sueño. En palabras de la academia, su mérito consiste en "el
desarrollo de la criomicroscopía electrónica para la determinación a alta
resolución de la estructura de biomoléculas en una solución“.
La estructura de las moléculas está directamente relacionada con lo que
son capaces de hacer y conocerla y fotografiarla ayuda a entender su
función. La criomicroscopía electrónica ha permitido congelar esas
biomoléculas en movimiento y hacerles una foto con resolución atómica.
Según explicaba la academia en una nota, esta tecnología ha permitido
observar con precisión proteínas que provocan resistencias a
quimioterapias contra el cáncer o a los antibióticos que empleamos contra
las infecciones, el funcionamiento de los complejos moleculares que
regulan el reloj circadiano (que recibió el Nobel de Medicina de este año) o
los mecanismos por los que se captura la luz durante la fotosíntesis.
En un caso muy práctico mencionado, se recuerda cómo cuando los
investigadores empezaron a sospechar que el virus del Zika era la causa de
la epidemia de bebés nacidos con daños cerebrales en Brasil, emplearon la
criomicroscopía para obtener fotografías del virus. Gracias a las imágenes
tridimensionales que obtuvieron, pudieron empezar a buscar fármacos con
los que combatir la infección.
 Estructura molecular de la enzima
bacteriana beta-galactosidasa
Esta imagen compuesta revela los
avances recientes de la criomicroscopía
electrónica, que han logrado aumentar
la resolución de la estructura más de
diez veces (naranja) , en comparación
con hace unos pocos años (azul).
[VERÓNICA FALCONIERI/SUBRAMANIAM
AB/CCR/NCI/NIH; datos de Bartesaghi et al.,
Science, 2015. Bacteriorhodopsin structure at
https://electron.nci.nih.gov/] atomic resolution (Henderson 1990)

Estructura en 3D de: a) una proteína compleja que regula el ritmo circadiano, (b) un sensor que detecta
cambios de presión en el oído y nos permite escuchar, (c) el virus del Zika. NobelPrize.org
 SONSOLES MARTÍN SANTAMARÍA
Universidad San Pablo CEU - Madrid
Año en el que celebramos cómo los logros de la química (SEBBM:Sociedad Española de Bioquímica y
Biología Molecular)
contribuyen a la mejora del bienestar de la humanidad.

Sin duda, nos encontramos en un momento apasionante. La ciencia moderna requiere la combinación
de distintas disciplinas que permitan un abordaje multidisciplinar para dar solución a problemas
biomédicos relevantes para la humanidad.
Esta aproximación debe contribuir a un mejor conocimiento de los procesos de la vida. No resulta
descabellado pensar en aunar
técnicas y protocolos químicos
y biológicos de muy distinta
naturaleza y nivel de complejidad
para conseguir soluciones a estos
problemas esenciales.

http://www.sebbm.com/pdf/169/d04169.pdf
 150⁰ aniversario de la creación de la Tabla Periódica de los
elementos químicos porel químico ruso Dimitri Mendeleev
Asamblea General de la organización de las Naciones Unidas

El objetivo principal de esta iniciativa es reconocer la función crucial que desempeñan los elementos y la química, en el
desarrollo sostenible a la hora de aportar soluciones a muchos de los desafíos que afronta la sociedad en su conjunto y
dar a conocer a un público más amplio su importancia.
La Tabla Periódica es:
➢ Una herramienta única que permite a los científicos predecir la apariencia y
las propiedades de la materia que compone el universo.
➢ Un sistema considerado uno de los hitos más representativos de la historia
de la ciencia.

Con esta conmemoración se pretende:

a) Reconocer la importancia de la química, los avances en la investigación y los descubrimientos relacionados con la
tabla periódica de los elementos químicos para el desarrollo sostenible y el bien de la humanidad.
b) Subrayar que la tabla periódica se utiliza ampliamente en esferas vitales del conocimiento científico como la
química, la física y la biología.
c) Ofrecer una oportunidad para destacar el carácter continuo de los descubrimientos científicos en diferentes
contextos, haciendo especial hincapié en la promoción de la enseñanza científica en todos los niveles entre los
jóvenes de ambos sexos, en particular en los países en desarrollo.

https://www.quimicaysociedad.org/pdf/Dossier-ABC-Tabla-Periodica.pdf
El Santo Grial de la Tabla Periódica
Todo avance científico y tecnológico está basado en la materia, incluso las innovaciones aparentemente
intangibles dependen de los elementos químicos. Por tanto, se puede afirmar que la Tabla Periódica es
una de las pocas herramientas del mundo que conoce el secreto de la vida eterna, pues los elementos
forman parte de todo lo que nos rodea, incluso antes de que los descubriéramos.
https://studylib.es/doc/5492446/elementos-quimicos-
descubiertos-por-españoles
 “La gente se resiste a la idea, pero la vida es solo química”
Manuel Asende,
El Pais, 16/07/2019

¿Usted se imagina un futuro sin enfermedades?

“Cuando entendemos las bases químicas de las enfermedades, automáticamente
podemos concebir estrategias químicas para corregirlas. No hay duda de que esto
se puede aplicar a enfermedades hereditarias y al envejecimiento. Obviamente,
cuando aprendamos a prevenir el envejecimiento crearemos nuevos problemas
Roger D. Kornberg para la sociedad. Pero la respuesta a la pregunta es sí.
USA Stanford University El hecho esencial es que todo en la vida es química y todas las enfermedades
Stanford, CA, USA b. 1947 reflejan una distorsión de la química.
Encontraremos medios químicos para corregirlas. Esto no ocurrirá pronto, y quizá
no ocurra a lo largo de nuestra vida, pero algún día ocurrirá”
“Es un error pensar que las farmacéuticas pueden sustituir a la investigación con fondos públicos.
Nuestra investigación es básica, en el sentido de que está movida por la curiosidad sobre la naturaleza,
sin saber dónde te va a llevar. Un descubrimiento, por definición, no se puede predecir. Nunca
descubres algo intencionadamente. Descubres cosas intentando comprender la naturaleza. Y estos
descubrimientos son la única base para el avance de la medicina. Lo que distingue a la iniciativa
académica de la farmacéutica es que la primera no está orientada a unos objetivos. Esa es la esencia de
la investigación académica.
Las farmacéuticas no pueden invertir dinero para hacer algo que quizá nunca tenga un beneficio y, al
mismo tiempo, sin ese tipo de investigaciones las farmacéuticas no tienen nada.
Mi mensaje fundamental es que el Gobierno, en representación de los ciudadanos, tiene que apoyar
las investigaciones que impliquen riesgos y puedan requerir mucho tiempo. Básicamente, esa es la
única solución para problemas como las infecciones, las enfermedades genéticas y el cáncer”
 "El conocimiento debe ser un bien público y no una cuestión de
dinero o de poder“
“Mi opinión es que se deben gastar fondos públicos tanto en
ciencia básica como aplicada, si no el mercado decidirá dónde
poner el dinero”
Nuria Jar,
Jacques Dubochet Público 04/09/2019
Universidad de Lausana –Suiza-
Nobel Prize in Chemistry 2017

“Hace unos días, el secretario de Estado de Estados Unidos dijo que el deshielo del Ártico era
una oportunidad para crear nuevas rutas comerciales. ¿Qué hacemos con esto? ¡Es una de las
personas más poderosas del mundo!
La ciencia y los hechos están en peligro”

“Los periodistas científicos tenéis un nicho del que no podéis ser eliminados. Ahora bien, ¿el
nicho está bien ocupado? Ese es un problema de vuestra profesión. Ahí yo no os puedo
ayudar. También es difícil ser científico, tenemos muchos problemas. La reproducibilidad, sin
ir más lejos. Deberíamos intentar hacerlo mejor. Deberíais intentar hacerlo mejor”

“Mi trabajo como científico es poner todo mi esfuerzo en falsear y poner todo mi esfuerzo en
la posible falsedad de una teoría, que intento refutar por todos los medios. Si después de
años y años de esfuerzo no puedo demostrar que sea falsa, entonces me atreveré a decir que
quizás sea correcta.
Ahora la ciencia ya no funciona así. Si tengo una teoría lucharé hasta demostrar que es
correcta, así que estaré terriblemente sesgado para demostrar que tengo razón y que el
resto de teorías son incorrectas. …….”