Coursdemicrobiologieindustrielle 2022

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Cours de Microbiologie industrielle " Polycopié Réalisé dans le cadre de

l'habilitation universitaire " Département de biologie Cours: Microbiologie
industrielle-3ème année Licence...
Research · October 2022

DOI: 10.13140/RG.2.2.17297.71525
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1 author:
Sidaoui Abouamama
University of Oran 1 Ahmed Ben
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Dr SIDAOUI ABOU AMAMA
Cours de Microbiologie industrielle
" Polycopié Réalisé dans le cadre de l’habilitation universitaire "
Département de biologie
Université de Tamanrasset
Dr SIDAOUI Abouamama
Maître de Conférences « B »
[email protected]
Cours: Microbiologie industrielle-3ème année Licence-Microbiologie

Cours de Microbiologie industrielle Dr SIDAOUI Abouamama, 2022
1. Structuration et planification du cours

1.1. Informations sur le cours
[email protected]
1.2. Objectifs du cours
Après la réussite à ce module, l’étudiant est censé avoir acquis les compétences
suivantes:
 Apporter et approfondir les connaissances sur les microorganismes utiles en

adéquation avec les besoins de l’industrie fermentaire.
 Acquérir et approfondir les connaissances sur les bioréacteurs et les types de
fermentation, ainsi que les différents milieux de culture employés par l’industrie
 Connaître les différents produits élaborés par fermentation à partir des sous-
produits (co-produits) des industries agroalimentaires.
 Maitriser les techniques de conservation des souches microbiennes industrielles
 Maitriser les voies fermentaires nécessaires pour l’élaboration des nouveaux
produits tels que les enzymes.
1.3. Présentation du cours
Ce cours intitulé « Microbiologie industrielle » est destiné à former des étudiants issus
de filières scientifiques aux enjeux les plus fondamentaux de la microbiologie d’intérêt
industriel. Ce module permettra d’acquérir les connaissances indispensables à la
microbiologie industrielle, via la compréhension des différentes procédures de fermentations

industrielles et des micro-organismes utiles, d’apporter des connaissances sur les principaux
produits synthétisés à l’échelle industrielle par des microorganismes (vaccins, antibiotiques,
enzymes…), ainsi que, les milieux de culture et les méthodes d’extraction et de purification
des molécules après fermentation.
Le cours est scindé en un ensemble d’unités d’apprentissage qui vous permettent

d’acquérir des compétences en matière d’utilisation des techniques d’isolement, de
purification, d’identification et de conservation des microorganismes utiles à partir du sol, de
l’eau...etc.
Il vous permet d’une part, l’acquisition des connaissances sur les outils moléculaires,
appliqués notamment pour l’amélioration des souches isolées en vue d’une production
maximale de métabolites, d’autre part, les méthodes de sélection des microorganismes
producteurs d’enzymes industrielles.
1.4. Pré-requis
 Bonnes connaissances en biologie, microbiologie générale, génétique
Pour évaluer ces pré-requis, un test est mis à votre disposition sur la plateforme
d’enseignement à distance: http://elearning.univ.tam.dz
Pour accédr à cette plateforme, utilisez votre identifiant (username et password)

fourni par votre département pour vous connecter, puis cliquez sur le bloc « mes cours » et
choisir le cours « Microbiologie industrielle »
Le test est disponible dès la première semaine et est accessibletout au long du semestre
pour permettre une évaluation continue de ces connaissances, fournir des ressources
supplémentaires et faciliter le suivi et l’assimilation des cours.
Ces ressources se trouvent sur la même plateforme d’enseignement à distance, vous

pouvez y accéder en suivant les mêmes instructions précédentes.
1.5. Activités d'enseignement-apprentissage
Afin que vous puissiez assimiler les informations et les connaissances en microbiologie
industrielle, le cours propose plusieurs méthodes ayant leurs spécificités et leurs avantages.
En présentiel
Les savoirs sont transmis à travers des cours magistraux. En effet, vous êtes invités à
prendre des notes qui vous aideront à maîtriser les concepts essentiels à la réalisation
d'activités d'apprentissage.
 Afin de mobiliser vos connaissances, vous êtes également invités à participer à des
débats, initiés par des questions posées pendant la séquence pédagogique, où vous
pouvez interagir librement en proposant des solutions et des perspectives dans une
atmosphère dynamique et compétitive, et vous encourageant ainsi à développer des
échanges scientifiques en partageant des points de vus variés, loin de toute forme
d’évaluation.
 Des travaux pratiques sont programmés sous forme de TP à la fin de chaque chapitre
afin de vous entraîner à mobiliser toutes les notions théoriques présentées, ils vous
permettent également de vous familiariser avec les techniques classiques d’isolement,
d’identification et de conservation des souches microbiennes industrielles, ainsi,
qu'avec les méthodes de criblage des microorganismes producteurs des enzymes.
 Des projets collectifs sont également proposés, pour préparer les comptes rendus de
TP, ce travail collectif va vous aider à développer vos compétences quant au travail
d’équipe qui vous permettra d’échanger vos idées afin d’assurer la qualité de votre
production et de développer des aptitudes de collaboration qui seront utiles dans votre
vie professionnelle.
A distance
Vous êtes appelés à:
 Consulter vos comptes sur la plateforme de votre établissement, et télécharger vos

chapitres, ainsi que les fichiers de TP qui vous aiderons à organiser vos prises de notes
en présentiel.
 Participer au forum de discussion intitulé « discussion chapitre 1, discussion
chapitre 2,…» qui se trouve au début de la section contenant le chapitre, en suivant le
fil de discussion lancé par votre enseignant, des questions sont posées sur le forum et
autour desquelles un débat doit se construire, en répondant, en prenant connaissance
des réponses des autres, en les analysant, en comparant vos réponses afin de
déduire vos lacunes. ce forum facilitera le contact entre vous et votre enseignant pour
une discussion scientifique riche.
 Faire le quiz, contenant différents types de questions (QCM, QCU, question à

trou,…), à la fin de chaque chapitre, ce qui devrait vous aider à compléter vos
informations et faire une synthèse sur ce que vous avez appris et de détecter vos
lacunes.
 Faire les ateliers de chaque chapitre, ce qui vous aidera dans votre évaluation.
1.6. Modalités d'évaluation des apprentissages
L’évaluation finale se fait à travers:
a. Un examen final sur table et qui porte sur tout ce que vous avez vu dans ce module
pendant le semestre, lors de cet examen, qui compte pour 60% de la note finale.
b. Évaluation continue à raison de 40 % restant, elle vous permet d’engranger des

points tout au long du semestre, cette évaluation continue est réalisée par différentes formes, il
s’agit:
 De la présence au TP
 De la moyenne des notes des TP
 De la moyenne des notes des interrogations écrites
Liste des tableaux
Tableau 1: Exemples de formes de moisissures sur le milieu PDA……………. 04

Tableau 2: Principaux constituants des milieux de culture industriels………… 14
Tableau 3: Paramètres d’optimisation de la fermentation………………………. 15
Tableau 4: Diverses fermentations microbiennes employées par l’industrie…… 23
Tableau 5: Provenances des antibiotiques………………………………………. 31
Tableau 6: Microorganismes producteurs des vitamines……………………….. 38
Tableau 7: Principaux homopolysaccharides naturels…………………………... 42
Tableau 8: Exemple des microorganismes producteurs des enzymes………….. 46
Liste des figures
Figure 1: Importance des microorganismes en industrie……………………… 02

Figure 2: Principaux domaines d’activité de la microbiologie industrielle…… 02
Figure 3: Forme de cellules bactériennes et leurs modes de regroupement…… 03
Figure 4: Différents domaines d’utilisation de la levure………………………. 05
Figure 5: Propriétés des microorganismes d’intérêt industriel………………… 06
Figure 6: Exemple de Galeries API……………………………………………. 09
Figure 7: Hybridation ADN-AND…………………………………………….. 12
Figure 8: Bioréacteur industriel à agitation rotative…………………………… 17
Figure 9: Schéma simplifié d'un Chémostat. …………………………………. 20
Figure 10: Modèle de développement d’un champignon filamenteux en FMS… 22
Figure 11: Fermentations primaire et secondaire……………………………….. 24
Figure 12: Types de fermentations lactiques……………………………………. 27
Figure 13: Etapes de production du yaourt……………………………………... 27
Figure 14: Etapes du processus de production de biogaz……………………….. 29
Figure 15: Production du vaccin anti-HBV par un plasmide recombiné……….. 30
Figure 16: Inhibition de la synthèse protéique par les antibiotiques……………. 33
Figure 17: Mécanismes d’action des antibiotiques sur les bactéries……………. 34
Figure 18: Etapes de production des antibiotiques……………………………… 35
Figure 19: Procédé de purification de la pénicilline……………………………. 36
Figure 20: La structure des pénicillines naturelles et semi-synthétiques……….. 37
Figure 21: Structure de B12…………………………………………………….. 39
Figure 22: Classification des polysaccharides d'origine microbiens……………. 41
Figure 23: Chaîne de dextrane avec trois points de départ de chaînes latérales... 42
Figure 24: Etapes d'extraction et de purification des enzymes…………………. 48
Figure 25: Schéma représentant la production industrielle des levures……........ 50
Contenu de la matière
CHAPITRE I: Introduction
I. Introduction………………………………………………………………… 01
II. Importance des microorganismes en industrie…………………………….. 01
III. Les domaines d’activité de la microbiologie industrielle…………………. 02
CHAPITRE II: Les microorganismes utiles
I. Les microorganismes utiles les plus utilisé en industrie …………………... 03
I.1. Bactéries…………………………………………………………………… 03
I.2. Champignons………………………………………………………………. 04
I.3. Archéobactéries ………………………….………………………………... 05
I.4. Algues …………………………………………………………………….. 06
I.5. Virus…………………………………………………………………….…. 06
II. Propriétés des microorganismes d’intérêt industriel……………………….. 06
III. Rappel de Taxonomie……………………………………………………… 07
III.1. Taxonomie phénotypique………………………………………………….. 07
III.2. Taxonomie moléculaire……………………………………………………. 09
III.2.1. Comparaison en bases des acides nucléiques……………………………… 10
III.2.2. Hybridation des acides nucléiques…………………………………………. 11
III.2.3. Le séquençage des acides nucléiques……………………………………… 12
III.2.4. Comparaison des protéines………………………………………………… 13
CHAPITRE III: Les milieux de culture industriels
I. Définition…………………………………………………………………... 14
II. Composition des milieux de culture industriels…………………………… 14
III. Le choix du milieu de culture……………………………………………… 15
IV. Contrôle et optimisation de paramètres……………………………………. 15
CHAPITRE IV: Les fermentations industrielles
I. La fermentation……………………………………………………………. 16
I.1. La fermentation en milieu submergé………………………………………. 16
I.1.1. Bioréacteurs ou fermenteurs……………………………………………….. 16
I.1.2. Les diverses techniques de culture (fermentation) en bioréacteurs………... 18
a. Culture discontinue (batch)……………………………………………… 18
b. Discontinue alimentée (Feed-Batch)…………………………………….. 18
c. Culture continue………………………………………………………… 19
I.2. Fermentation en milieu solide……………………………………………... 21
CHAPITRE V: Les produits de fermentations industrielles
I. Les métabolites primaires………………………………………………... 24
I.1. Les acides aminés………………………………………………………….. 24
I.2. Les acides organiques……………………………………………………… 25
a. Production d’acide citrique……………………………………………… 25
b. Production d’acides lactiques…………………………………………… 26
I.3. Les Biogaz…………………………………………………………………. 28
I.3.1. Utilisations de biogaz……………………………………………………… 28
I.3.2. Avantages de la production de biogaz……………………………………... 28
I.3.3. Etapes du processus de production de biogaz……………………………… 28
I.4. Les vaccins………………………………………………………………… 29
II. Les métabolites secondaires……………………………………………… 30

II.1. Production des antibiotiques……………………………………………….. 30
II.1.1. Généralité…………………………………………………………………... 30
II.1.2. Définition…………………………………………………………………... 31
II.1.3. Classification des antibiotiques……………………………………………. 31
II.1.4. Le mécanisme d’action des antibiotiques………………………………….. 32
II.1.5. Production industrielles des antibiotiques…………………………………. 34
II.2. Production des vitamines…………………………………………………... 37
II.2.1. Généralité…………………………………………………………………... 37
II.2.2. Classification des vitamines……………………………………………….. 37
II.2.3. Biosynthèse des vitamines par les microorganismes………………………. 38
II.2.4. La vitamine B12…………………………………………………………… 38
II.3. Production des polysaccharides……………………………………………. 40
II.3.1. Classification des polysaccharides microbiens……………………………. 40
II.3.2. Utilisations et applications industrielles…………………………………… 43
II.3.3. Milieu de culture et récupération…………………………………………... 43
III. Les enzymes……………………………………………………………….. 44
III.1. Généralités sur les enzymes industrielles………………………………….. 44
III.2. Utilisation………………………………………………………………….. 44
III.3. Nomenclature et classification officielle des enzymes…………………….. 45
III.4. Choix des microorganismes producteur des enzymes……………………... 45
III.5. Milieux de production des enzymes……………………………………….. 46
III.6. Méthodes d'extraction et de purification des enzymes…………………….. 46
IV. Les protéines d’organismes unicellulaires: les P.O.U………………….. 48
IV.1. Intérêt de la production des P.O.U………………………………………… 48
IV.2. Productions des levures……………………………………………………. 49
IV.2.1. Objectifs de la production de la levure…………………………………….. 49
IV.2.2. Les étapes de la production des levures……………………………………. 49
Références bibliographiques
CHAPITRE I: INTRODUCTION
I. Introduction
Considérés comme une révolution industrielle, les microorganismes ont apporté

un immense bénéfice à l’humanité jouant un rôle très important dans notre vie
quotidienne. Surtout avec l'apparition de la crise alimentaire dans le monde, les
chercheurs ont découvert que ces microorganismes (bactéries, champignons, algues,….)
peuvent aider à résoudre ce problème en produisant des protéines unicellulaires (Singl
Cell Protein) car ils se développent et se multiplient rapidement par rapport aux
animaux et plantes qui ont besoin de beaucoup de temps pour doubler leur poids.
La naissance de la microbiologie industrielle a commencé en grande partie avec

les études de Pasteur en 1857 sur la production de bière et de vin, pour lui la
fermentation alcoolique était le résultat d'une activité microbienne (Saccharomyces
cerevisiae), plutôt que d'être un processus chimique. Ensuite, les applications
industrielles de la microbiologie ont visé la fermentation mise en œuvre pour la
production de nombreux produits biologiques d'importance économique avec des
quantités importantes tels que l’acide lactique, éthanol, antibiotiques, hormones…etc.
De nos jours, la microbiologie industrielle est élaborée en grande partie sur la base
de la technologie mise au point pour l’utilisation d’une grande variété d’organismes
génétiquement modifiés afin de révolutionner la microbiologie industrielle et de créer
un large panel de substances et produits utiles pour l’homme, les animaux et
l’environnement.
II. Importance des microorganismes en industrie
La première tâche d’un microbiologiste industriel est de trouver des

microorganismes convenables pour le processus qu’il a en vue. Cependant, les sources
principales des cultures microbiennes utilisées en microbiologie industrielle furent des
matières naturelles (sol, eaux …..). Dans le but d’identifier des souches possédant les
caractéristiques souhaitées (Fig. 1).
1
Figure 1: Importance des microorganismes en industrie
III. Domaines d’activité de la microbiologie industrielle
Les principaux domaines d’application de la microbiologie industrielle sont

illustrés dans la figure ci-dessus:
Figure 2: Principaux domaines d’activité de la microbiologie industrielle
2
CHAPITRE II: LES MICROORGANISMES UTILES

I. Les microorganismes utiles les plus utilisés en industrie
I.1. Les bactéries
Les bactéries sont des organismes unicellulaires qui possèdent les éléments
essentiels à la vie cellulaire, relativement simple dont le matériel génétique (ADN),
représenté par un seul chromosome circulaire et éventuellement des plasmides, sans
enveloppe nucléaire (nucléoïde). Les cellules bactériennes se présentent sous plusieurs
formes, vues sous microscope optique: bacilles, cocci, spirochètes… (Fig. 3), avec une
très grande diversité de taille. La plupart d’entre elles ont de 0,2 à 2 µm de diamètre et
de 2 à 8 µm de long. Elles possèdent une paroi rigide composée principalement de
peptidoglycanes. On distingue deux grandes classes de bactéries qui se caractérisent par
une différence de la paroi cellulaire: les bactéries à Gram positif et les bactéries à
Gram négatif.
Les bactéries sont très nombreuses et peuvent coloniser différents milieux: sol,
milieux aquatiques et air. Certaines d’entre elles sont indispensables pour notre corps et
améliorent notre santé par l'élaboration de produits qu'on ne peut pas synthétiser par
nous-mêmes tels que les vitamines. Mais aussi un important apport via des mécanismes
de fermentation industrielle afin de produire des aliments fermentés (ex: fromages et
yaourts). Cependant, il existe parmi les bactéries identifiées, des centaines qui jouent un
rôle péjoratif en contaminant et en dégradant les aliments et pathogènes, provoquent
des maladies chez les humains et les animaux.
Figure 3: Forme de cellules bactériennes et leurs modes de regroupement
3
I.2. Les champignons
a. Moisissures
Ce sont des eucaryotes hétérotrophes dont la structure forme des filaments, ils
appartiennent au règne des Mycètes (Fungi), la reproduction de ces organismes se fait
par voie asexuée par des spores (conidies) qui sont disséminées dans l’environnement,
ou par voie sexuée par brassage génétique pour certaines espèces (Tableau 1). Les
moisissures ont des capacités d’adaptation élevées, et se trouvent généralement à des pH
acides. Cependant, ils sont largement utilisés dans la médecine, fabrication des aliments
et des produits de santé, grâce à leurs capacités de produire une large gamme d’enzymes
hydrolytiques, des antibiotiques, des arômes alimentaires…etc.
Tableau 1: Exemples de formes de moisissures sur le milieu PDA.
Moisissures observation macroscopique observation microscopique
Penicillium sp.
Aspergillus sp.
b. Levures
Ce sont des champignons unicellulaires, capables de se reproduire par

bourgeonnement ou scissiparité. Les cellules de levure sont délimitées par une paroi
rigide qui représente 20% de son poids sec. Elles jouent un rôle capital dans les
procédures de fermentation (Figure 4) principalement dans l’industrie agroalimentaire
(boulangerie, vinification, fromagerie), par l’élaboration de nombreux produits, elles
contribuent à la revalorisation des déchets agricoles et industriels et à la production de
protéines. Cependant, elles jouent un rôle négatif en contaminant et en dégradant les
4
aliments et certains sont pathogènes et provoquent des maladies chez les humains et les
animaux.
Figure 4: Différents domaines d’utilisation de la levure
I.3. Archéobactéries " Archaea"
Les Archaea (du grec archaios=ancien), un type particulier de cellules

procaryotes, tellement différentes qui se distinguent des eubactéries par certains
caractères chimiques dont la paroi cellulaire dépourvue de peptidoglycane. Le domaine
des archéobactéries regroupe des organismes qui se développent souvent dans des
conditions environnementales très difficiles (certaines espèces se développent à des
températures allant de 200°C à 350°C, d’autres peuvent proliférer en présence de NaCl
à 30 %, à un pH=0).
Les archéobactéries présentent une grande diversité morphologique où la plupart

de ces microorganismes ont des structures ordinaires: sphérique, hélicoïdale ou en
forme de bâtonnets mais dans quelques cas elle est tout à fait exceptionnelle. Certaines
sont à Gram positif et d’autres à Gram négatif. La multiplication se fait par scissiparité,
par fragmentation ou bourgeonnement. L’absence de paroi cellulaire rend ces
organismes insensibles aux antibiotiques inhibiteurs de la synthèse de la paroi tels que
la pénicilline, vancomycine et au lysozyme.
Les Archaea ont plusieurs caractéristiques en commun avec les eucaryotes, et

d’autres avec les bactéries. En général, les gènes liés à l’information, ceux qui encodent
les protéines impliquées dans la réplication, la transcription et la traduction, ressemblent
à ceux des Eucarya tandis que les gènes du métabolisme sont similaires aux gènes
5
bactériens. Les chromosomes archéo-bactériens sont des ADN uniques, circulaires avec
une grande variation dans le contenu en GC, ainsi que la présence de quelques
plasmides.
Les archéobactéries ont été divisées en trois grands groupes:
• Les archéobactéries méthanogènes

• Les archéobactéries halophiles
• Les archéobactéries thermophiles
I.4. Les algues
Les micro-algues sont des microorganismes unicellulaires ou pluricellulaires,

présentent un grand intérêt pour l’industrie pharmaceutique, cosmétique et plus
particulièrement alimentaire (les algues sont riches en iode, polysaccharides…). Par
exemple la micro-algue spirulina contient environ 70 % de protéines.
I.5. Les virus
Ce sont des parasites intracellulaires obligatoires, qui possèdent un seul type

d’acide nucléique soit ADN soit ARN, ces dernières sont simples ou double brin.
II. Propriétés des microorganismes d’intérêt industriel
Les critères qui doivent guider le choix des microorganismes sont illustrés dans la
figure 5 ci-dessus:
Figure 5: Propriétés des microorganismes d’intérêt industriel
6
III. Rappel de Taxonomie
La principale application de la systématique est l’identification, qui consiste à

étudier les caractères d’un microorganisme (caractères morphologiques, biochimiques,
moléculaires, cytologiques…) afin de pouvoir le placer dans un taxon préalablement
décrit.
Les microorganismes, dans chaque niveau ou rang, partagent un ensemble de

caractères spécifiques. Les rangs sont organisés en une hiérarchie non chevauchante. Le
rang le plus élevé est le domaine, dans chaque domaine, le microorganisme est placé (en
descendant la classification) dans un phylum, une classe, un ordre, une famille, un genre
et une espèce. Certains microorganismes sont aussi attribués à une sous espèce.
Le système de nomenclature des organismes utilisés aujourd’hui a été mis au

point en 1735 par Carl von Linné. C’est l’ensemble de règles qui permet de nommer
les groupes ou taxons. Les noms scientifiques sont en latin parce que c’était la langue
employée traditionnellement par les savants. L’appellation de chaque organisme est
formée de deux mots: le premier désigne le genre et il porte toujours la majuscule ; le
second désigne l’espèce sans majuscule. On utilise les deux mots soulignés ou écrits
en italique.
Ainsi, un organisme donné est désigné par un nom de genre et une épithète
spécifique, et il appartient à une famille (se terminent par aceae), un ordre (« ales »
parfois les ordres sont subdivisés en sous-ordres dont les noms se terminent par ineae),
une classe et un embranchement. Tous les embranchements apparentés constituent un
règne, et les règnes apparentés sont regroupés dans un domaine.
III.1. Taxonomie phénotypique

Jusqu’au début des années 1960, toute la taxonomie bactérienne reposait sur une
classification phénotypique. Cette dernière utilise un faible nombre de caractères
considérés comme importants (une centaine au maximum) telle que la morphologie, la
mise en évidence d’un caractère biochimique jugé essentiel, l’habitat, le pouvoir
pathogène…etc, par rapport au nombre de gènes habituellement présents chez les
bactéries, cette classification a l’inconvénient de ne refléter qu’une quantité
d’informations réduite. De plus le choix des critères qualifiés « d’importants » est
subjectif et il peut varier d’un auteur à un autre ce qui est une source potentielle
d’instabilité.
7
L’identification de l’espèce repose sur la comparaison de divers caractères

phénotypiques de la souche à étudier vis-à-vis de ceux d’une souche de référence.
a. Identification et caractères morphologiques
 Observation macroscopique: c’est l’étude des caractères macrobiologiques des

microorganismes (aspect des colonies, forme, contours, couleur, odeur…).
 Examen direct (observation microscopique)
L’examen direct peut être à lui seul très informatif, et même suffisant dans un
contexte d’urgence (mais restant à confirmer). Il est soit à l’état frais soit après
coloration.
 Morphologie: la forme de la bactérie: coque, coccobacille, bacille, bacille

filamenteux…
 Mobilité: mobiles ou non
 Coloration: La majorité des bactéries sont soit Gram positif (violet), soit
Gram négatif (rose).
 La présence d’endospores
b. Caractères biochimiques (tests métaboliques)
Utilisation des milieux de croissance, des nutriments, des produits chimiques

(Réduction du tellurite, recherche de la catalase, oxydase, fermentation, pH optimal,
température optimale, test de l’uréase, sensibilité aux antibiotiques…), afin d’obtenir
une identification et caractérisation des microorganismes.
c. Méthodes automatisées (galeries d’identification)
Les galeries sont des systèmes de micotests prêts à l’emploi. Cette méthode
permet de traiter rapidement un grand nombre de souches et la réalisation des tests
biochimiques à partir des substrats déshydratés dans des cupules, auxquels on ajoute
une suspension du germe à étudier (Fig. 6).
La galerie est alors incubée et les réactions lues après 24h.
Les réactions dans les galeries peuvent être:
Des réactions biochimiques classiques comme la production d’indole,

d’acétylméthylcarbinol (acétoine), la dégradation de l’urée……
Des réactions utilisant des substrats ensymatiques synthétiques dont la
couleur signalera l’attaque par le système enzymatique adapté (ONPG)
8
Des réactions recherchant la fermentation de substrats

Les tests d’utilisation du glucose, acétate……..
Une fois ces différents critères déterminés à l’aide des techniques appropriées,
l’identification fait appel à une base de données, c’est-à-dire un catalogue contenant les
caractères des différents taxons, et revient à déterminer, dans cette base, le ou les taxons
compatibles avec les résultats obtenus. Deux méthodes sont alors proposées:
-une méthode dichotomique: les caractères sont hiérarchisés afin de construire

un schéma d’identification que l’on suit pas à pas en fonction des résultats obtenus.
–une méthode probabiliste: basée sur le principe de l’égalité des caractères,

c’est-à-dire chacun est considéré comme ayant la même valeur discriminatrice. La base
de données peut être fournie sous la forme d’un tableau donnant, pour chaque taxon et
pour chaque caractère, sa probabilité d’être positif. À l’aide de logiciels adaptés, ou en
suivant ligne par ligne, on recherche le profil d’identification le plus proche de celui
obtenu par la lecture de la galerie.
Figure 6: Exemple de Galeries API
III.2. Taxonomie moléculaire

Une des meilleures approches de la taxinomie est l’étude des protéines et des
acides nucléiques, ces derniers étant soit les produits directs des gènes, soit les gènes
eux-mêmes. La comparaison des protéines et des acides nucléiques fournit une
information considérable sur les parentés véritables. Ces approches moléculaires plus
récentes ont pris de plus en plus d’importance dans la taxinomie des procaryotes.
9
III.2.1. Comparaison en bases des acides nucléiques

Les génomes microbiens peuvent être directement comparés et évalués pour la
similitude taxonomique de plusieurs façons. Les taxinomistes utilisent fréquemment une
technique de classification appelée détermination de la composition des bases d’ADN.
C’est une technique plus simple consistant à déterminer la composition en bases de
l’ADN. L’ADN contient quatre bases puriques et pyrimidiques: l’adénine (A), la
guanine (G), la cytosine (C) et la thymine (T). Dans l’ADN double brin, A s’apparie à T
complémentaire et G s’apparie à C. ainsi le pourcentage de GC dans l’ADN, le rapport
GC/AT ou le contenu en GC, est un reflet de la séquence en bases, il varie avec les
modifications de séquence comme suit:
%GC= (G+C/G+C + A+T) x100
La composition en bases d’un AND se détermine de plusieurs manières, bien que

le contenu en GC puisse être mesuré après hydrolyse de l’AND et analyse de ses bases
par chromatographie liquide à haute performance (HPLC), des méthodes physiques plus
simples sont souvent utilisées. Le contenu en GC est déterminé à partir de la
température de fusion (Tm pour « melting temperature ») de l’ADN. Dans l’ADN
double brin il y a trois liaisons hydrogène plus stables dans les paires GC que les deux
liaisons qui unissent les paires AT. Par conséquent, l’ADN ayant un contenu en GC plus
grand aura plus de liaisons hydrogène et ses chaines ne se sépareront qu’à des
températures plus élevées ; c'est-à-dire qu’il aura un point de fusion plus élevé. On peut
suivre facilement la fusion d’un ADN par spectrophotométrie, car l’absorbance de la
lumière ultra-violette à 260nm augmente avec la séparation des chaines. Lorsqu’un
ADN est chauffé lentement, l’absorbance augmente avec la cassure des ponts
hydrogène, elle atteint un plateau lorsque tout l’ADN est devenu simple brin. Le point
médian de cette courbe croissante donne la température de fusion, une mesure directe
du contenu en GC. Comme la densité de l’ADN augmente aussi linéairement avec le
contenu en GC, le pourcentage en GC peut être obtenu par centrifugation de l’ADN
dans un gradient de densité en chlorure de césium.
Le contenu en GC d’ADN procaryotique est le plus variable allant d’environ 25 à

80%. En dépit de cette variation, le contenu en GC des souches à l’intérieur d’une
espèce particulière est constant. Si deux organismes diffèrent de plus de 10% dans leur
contenu en GC, leurs génomes ont des séquences en bases très différentes. D’autre part,
on ne peut affirmer que des séquences en bases d’ADN sont similaires, car deux
10
séquences très différentes peuvent être construites avec les mêmes propositions de
paires de bases AT et GC. C’est seulement si deux organismes se ressemblent
phénotypiquement qu’un contenu en GC similaire suggère une parenté étroite (Les
bactéries par exemple de même espèce ont le même %GC mais un %GC identique peut
caractériser des bactéries très différentes).
III.2.2. Hybridation des acides nucléiques (hybridation moléculaire)

La similitude entre génomes peut se comparer de façon directe par hybridation
des acides nucléiques, si on refroidit un mélange d’ADN simple brin formé par
chauffage d’ADN double brin et si on le maintien à une température d’environ 25°C
inférieure à sa Tm, les chaines dont les séquences en bases sont complémentaires se
réassocieront pour former de l’ADN double brin stable tandis que des chaines non
complémentaires resteront simples. Des chaines dont les séquences sont similaires mais
non identiques s’associeront pour former des ADN double brin hybrides moins stables
et l’incubation des mélanges à une température de 30 à 50°C sous la Tm permettra la
formation d’hybrides entre des ADN simple brin plus divergents. Une incubation à 10 –
15°C sous la Tm permet seulement l’hybridation de chaines presque identiques.
Dans les techniques d’hybridation les plus courantes, des filtres de nitrocellulose
où sont fixées des chaines d’ADN non radioactives, sont incubés à la température
adéquate avec des fragments d’ADN simple brin, rendus radioactifs pour s’hybrider
avec des P32, du 3H ou du 14C. On laisse les fragments radioactifs s’hybrider avec
l’ADN simple brin fixé, la membrane est ensuite lavée pour enlever l’ADN non hybridé
et la radioactivité est mesurée. La quantité de radioactivité fixée au filtre reflète le degré
d’hybridation, donc la similitude entre les séquences d’ADN. Le degré de similitude ou
d’homologie s’exprime en pourcentage d’ADN expérimental radioactif retenu sur le
filtre par rapport au pourcentage d’ADN radioactif homologue fixé dans les mêmes
conditions.
Si des molécules d’ADN ont une séquence très différente, elles ne formeront pas
d’hybrides stables détectables. Ainsi l’hybridation ADN-ADN ne peut être utilisée que
pour l’étude de microorganismes très apparentés. On compare des microorganismes
plus distants en réalisant des hybridations ADN-ARN avec des ARN radioactifs,
ribosomiaux ou de transfert (Fig. 7).
11
Figure 7: Hybridation ADN-AND
III.2.3. Le séquençage des acides nucléiques

A l’heure actuelle, le séquençage de l’ARNr sert à caractériser la diversité des
microorganismes et les relations phylogénétiques entre eux ; cette technique a
notamment permis d’établir les relations phylogénétiques entre les bactéries. L’emploi
de l’ARNr présente plusieurs avantages:
 Structure bien conservée (les gènes de l’ARNr ont peu changé au cours des ans),
car toute modification pourrait nuire à la synthèse protéique de la cellule.
 Présence universelle (certaines séquences d’ARNr sont identiques chez toutes
les bactéries)
 Abondants dans les cellules (purification facile).
 Il n’est pas nécessaire de faire la culture de cellules en laboratoire
L'ARNr 16S est le plus utilisé dans la classification phylogénétique et à
l’identification bactérienne puisqu’il est présent dans toutes les bactéries, il est utile
pour analyser les relations des bactéries au niveau de l'espèce et ce à des niveaux
hiérarchiques plus élevés.
La tendance actuelle est de travailler sur le gène correspondant. La séquence du

gène codant l’ARNr 16S est connu pour environ 4000 souches et est accessible par
interrogation de bases de données (EMBL, GenBank). Les programmes FASTA et
BLAST permettent de comparer une séquence nucléotidique de l’ARNr 16S d’une
12
souche inconnue avec les souches déposées dans des banques de données
internationales et retiennent les séquences les plus proches.
III.2.4. Comparaison des protéines

Les séquences en acides aminés des protéines reflètent directement les séquences
des ARNm et sont donc étroitement reliées à la structure des gènes qui les encodent.
Les comparaisons de protéines de différents microorganismes sont donc très utiles à la
taxonomie. Il y a plusieurs façons de comparer des protéines.
L’approche la plus directe est de déterminer, la séquence en acides aminés de

protéines ayant la même fonction. Les séquences des protéines de fonctions différentes
se modifient souvent à des rythmes différents ; certaines séquences changent
rapidement, tandis que d’autres sont très stables. Cependant, si des séquences de
protéines de même fonction sont similaires, il est probable que les organismes qui les
possèdent sont étroitement apparentés. Comme il est long et couteux de déterminer la
séquence d’une protéine, des méthodes plus indirectes de comparaison ont été
fréquemment employées. La mobilité électrophorétique des protéines est utile à l’étude
relationnelle au niveau de l’espèce et de la sous-espèce.
13
CHAPITRE III: Les milieux de culture industriels

I. Définition
Un milieu de culture est une préparation solide ou liquide, utilisée pour faire
croître, transporter et conserver des microorganismes. Le milieu de culture d’un
microorganisme est critique parce qu’il peut influencer la compétitivité économique
d’un procédé particulier. Fréquemment, des matières brutes peu couteuses servent de
sources de carbone, d’azote, de phosphate et de facteurs de croissance.
La concentration en vitamines, la disponibilité en nutriments azotés ou carbonés

ou encore l’état de croissance de la culture, sont des facteurs (paramètres) qui contrôlent
un produit spécifique. En plus, la température, la concentration en oxygène, le pH et
l’activité de l’eau sont des paramètres qui favorisent ou inhibent la croissance des
microorganismes. Ce qui nécessite une connaissance parfaite de ces interactions pour
optimiser chaque procédé.
II. Composition des milieux de culture industriels
La composition précise d’un bon milieu, dépend de l’espèce à cultiver, car les
besoins en éléments nutritifs sont très spécifiques (Tableau 2). Il doit toutefois favoriser
la croissance des microorganismes et assurer une production maximale de métabolites.
Tableau 2: Principaux constituants des milieux de culture utilisés dans les procédés
industriels.
Sources Matières brutes
Carbone et énergie Mélasse, Petit-lait, Déchets agricoles
Azote Farine de soja, Déchets d'abattoir, nitrate, Vinasse
Vitamines Produits végétaux et animaux.
Fer, oligo-éléments Dérivés chimiques inorganiques
Anti-mousses Alcools, Silicones, Huiles végétales
Tampons de pH Craie, carbonates bruts, phosphates
14
III. Le choix du milieu de culture
Les milieux de culture utilisés dans les procédés industriels doivent répondre aux
exigences nutritionnelles imposées par la croissance et la multiplication des cellules
microbiennes et doit respecter:
Les besoins des microorganismes

Le prix (moins couteux)
La qualité du substrat
L’absence de substances toxiques
Les coûts de stérilisation
IV. Contrôle et optimisation des paramètres
L’évolution de la fermentation est suivie par l’évolution de paramètres

directement mesurables sur la cuve ou par l’examen de prélèvement. Un ensemble de
paramètres physiques, chimiques et biologiques (tableau 3) est mesuré afin de contrôler
la fermentation et de rassembler des informations permettant une optimisation
maximale pour un rendement important.
Tableau 3: Paramètres d’optimisation de la fermentation
Paramètres Mesures
Potentiel hydrogène (pH) Sondes à électrodes
Température Thermocouples, thermistors ou résistances de platine
Oxygène dissous Sondes polarographiques, électrodes galvaniques
Bilan gazeux Spectrophotomètre de masse
Niveau de la mousse La tension superficielle (substances « anti-mousses »)
Bilan CO2 Analyseur infrarouge
Substrat et métabolites Dosages chimiques et physico-chimiques, électrodes
spécifiques
La pression Manomètres
Communautés cellulaires Examen microscopique, poids sec, volumes de culots
de centrifugation,
15
CHAPITRE IV: Les fermentations industrielles
I. La fermentation
La fermentation est le processus qui permet la décomposition de la matière

organique par des microorganismes (bactéries, levures, et moisissure). En microbiologie
industrielle, le terme fermentation désigne l’opération unitaire qui permet de produire
de la biomasse ou de produits de bioconversions par la culture de microorganismes.
Du point de vue technologique on distingue principalement les procédés de

fermentation en milieu solide et les procèdes en milieu submergé:
I.1. La fermentation en milieu submergé
C’est la fermentation en milieu liquide agité qui a été utilisé en premier, elle a été
traditionnellement utilisée pour la production industrielle des enzymes en raison de la
facilité du contrôle des différents paramètres comme le pH, la température, l’aération
et l’humidité.
Ce type de fermentation s’effectue dans des récipients agités (Bioréacteurs) et

nécessite des conditions aseptiques strictes.
I.1.1. Bioréacteurs ou fermenteurs
On appelle bioréacteurs les cuves utilisées pour la fermentation industrielle (Fig.

8). Les principaux facteurs dont on tient compte dans la conception de ces cuves sont
l’aération, le pH et la régulation de la température. Il existe plusieurs types de
bioréacteurs, mais les plus communs sont les appareils à brassage continu. L’air entre
dans le bioréacteur par un diffuseur situé au fond (qui fractionne l’air entrant pour
maximaliser l’aération), et une roue à aubes planes assure l’agitation continue de la
suspension microbienne.
La valeur considérable des substances obtenues à l’aide de microorganismes et de

cellules eucaryotes génétiquement modifiés a stimulé la mise au point de nouveaux
types de bioréacteurs et d’équipement de surveillance informatisée de ces appareils.
Les bioréacteurs doivent permettre une stérilisation facile et un maintien de

l’asepsie pendant toute la durée de la culture, et être caractérisés par une résistance
mécanique et chimique aux contraintes liées à la culture de microorganismes. Selon
l'usage désiré, les fermenteurs à agitation rotative ont une taille qui varie entre 4, 100
16
000, 500 000L, ce type de fermenteurs est conçu pour la culture de microorganismes en
conditions aérobies ou anaérobies.
Il s’agit alors d’une combinaison de deux composantes principales, l’une

biologique (culture vivante), et l’autre artificielle (dispositif commandant les conditions
de culture) qui doit être adaptée à la technologie employée pour atteindre un objectif de
production et/ou de bioconversion préalablement défini.
Figure 8: Bioréacteur industriel à agitation rotative avec ses accessoires
a. Choix des bioréacteurs

 Selon les types des microorganismes utilisés on distingue: bioréacteurs
aérobies ou anaérobies
 Ils doivent assurer un contact parfait entre la phase liquide (milieu) et la
phase solide (la biomasse)
 Permettre un bon transfert de matière entre la cellule et le milieu de culture
 Assurer un bon transfert d’oxygène
 Faciliter le transfert de la chaleur du milieu vers les cellules, puis des
cellules vers l’extérieur
 Faciliter la collecte de produits
 Tenir compte des risques de contamination
17
I.1.2. Les diverses techniques de culture (fermentation) en bioréacteurs
Plusieurs modes de culture sont possibles pour la culture en bioréacteurs. Les trois
grandes techniques de culture utilisées dans les bioréacteurs pour la production des
différents produits microbiens; culture discontinue (en batch), discontinue alimentée
(Feed-Batch) et culture continue (renouvelée).
a. Culture discontinue (batch)
Cette technique consiste à cultiver les microorganismes dans un système fermé

(réacteur) dans lequel un même volume de milieu non renouvelé (pour les récolter et
extraire les produits formés après une période de temps déterminée), est utilisé pour la
croissance des microorganismes.
La croissance cellulaire dans ce cas-ci peut être limitée soit par l’accumulation de
déchets métaboliques ou bien par l’épuisement d’un ou plusieurs nutriments clés dans le
milieu de culture (la quantité de nutriments est donc limitée).
Durant le temps de la fermentation, on n'introduit pas de milieu de culture. De la

même façon, les produits, qu'ils soient intra- ou extracellulaires, sont récoltés
uniquement à la fin de la culture.
 Le volume reste donc constant

 La biomasse augmente selon la courbe de croissance microbienne.
 La production se fait uniquement en phase exponentielle
 Le substrat S est consommé et le produit P attendu apparait
b. Discontinue alimentée (Feed-Batch)
Fermentation en fed-batch, en mode progressif ou semi-continu (discontinu

alimenté), est le mode de culture le plus utilisé industriellement. La fermentation
commence dans un petit volume de milieu de culture (appelé pied de cuve), ensemencé
par l'inoculum. Dans le cas où la concentration de l'inoculum ensemencé est importante,
la fermentation démarre plus vite. En phase exponentielle de la croissance bactérienne,
le milieu de culture stérile est introduit dans le bioréacteur sans soutirer de produit,
conduisant à une augmentation du volume dans la cuve au cours du temps.
Le bouillon de culture est récolté habituellement seulement à la fin de la période

d'exploitation, que ce soit entièrement ou partiellement (le reste servant d’inoculum
pour la prochaine production). Ce mode de fermentation est très utilisé en pratique, il
18
permet de gagner du temps et de ce fait d'améliorer la productivité du bioréacteur.

Cependant, la principale problématique liée au mode feed-batch est l’accumulation de
déchets métaboliques dans les milieux de culture, déchets qui sont susceptibles
d’inhiber la croissance cellulaire et la production.
c. Culture continue
Jusqu’à présent, nous avons étudié des systèmes fermés (batch), dans lesquels les
éléments nutritifs nécessaires ne sont pas renouvelés ni les déchets éliminés. La
croissance exponentielle à lieu seulement pendant quelques générations et rapidement la
phase stationnaire est atteinte. Cependant, il est possible de cultiver des
microorganismes dans un système ouvert (non clos). En effet, l’alimentation et le
soutirage se font en continu de telle sorte que le volume du bioréacteur reste constant
(entrée = sortie par unité de temps), ainsi que les produits indésirables du métabolisme,
ce qui assura la continuité de la production pour une durée plus importante (peut
dépasser les 6 mois). C’est-à-dire la culture du microorganisme se fait de façon à se
maintenir en permanence en phase exponentielle grâce au:
 Renouvèlement constant du milieu de culture.

 Récupération des produits du métabolisme et des déchets
Deux types principaux de systèmes de culture continue sont généralement utilisés:

Chémostats et Turbidostats. Un Chémostats est construit de telle façon que le milieu
stérile soit introduit dans la chambre de culture à la même vitesse que le produit est
éliminé. Dans le Chémostat le milieu de culture contient un élément nutritif essentiel en
quantité limitante (ex: acide aminé). Déterminé par la variation de la vitesse de
croissance dans différentes concentrations de l’élément nutritif dans le milieu de culture
frais (Fig. 9).
La vitesse d’échange du nutriment est exprimée sous forme de vitesse de dilution

(D), vitesse à laquelle le milieu passe au travers de la chambre de culture par rapport au
volume de la cuve, où f est la vitesse d’écoulement (mL/h) et V est le volume du
récipient (mL).
D = f/V
Exemple: si f est de 30mL/h et V est 100 mL, la vitesse de dilution D sera 0,3h-1
19
La densité de la population microbienne et le temps de génération sont tous les

deux liés à la vitesse de dilution. Cette densité reste inchangée pour une gamme large de
vitesse de dilution. Si la vitesse de dilution est trop élevée, les microorganismes peuvent
être éliminés de la chambre de culture avant d'être divisés, ceci parce que la vitesse de
dilution est plus grande que la vitesse de croissance.
Figure 9: Schéma simplifié d'un Chémostat.
[1] Enceinte du bioréacteur ; [2] Milieu de culture et cellules [3] ; Agitateur ; [4]
Diffuseur d’air ; [5] Suppresseur ; [6] Capteurs divers (t°, pH, O2,…) ; [7] Appareils de
mesure (CO2) ; [8a,b] Pompe et débitmètre volumétrique [9] ; Milieu de culture stérile
[10] ; Sortie du produit ; [11] Enceinte thermostatée ; [12] Bouchon poreux stérilisant ;
Qin et Qout: sont respectivement les flux volumiques d'entré et de sortie ; VT: est le
volume utile total ; S0 et S: sont les concentrations en substrat limitant à l'entrée et à la
sortie du Chémostat.
Le second type de système de culture continue, est équipé d’une cellule

photoélectrique afin de mesurer l’absorbance ou la turbidité dans la chambre de culture.
La vitesse d’écoulement du milieu au travers de la cuve est automatiquement réglée
pour maintenir une turbidité ou densité cellulaire prédéterminée. Dans ces conditions le
20
milieu de culture ne contient pas de nutriment limitant. Le turbidostat fonctionne mieux

à des vitesses de dilutions élevées, alors que le chémostat est plus stable est plus
efficace à des vitesses de dilutions réduites.
La fermentation continue utilisée généralement pour la production de protéines

unicellulaires, l’éthanol, l’acide acétique…etc à partir de matières premières peu
coûteuses comme l’amidon, la mélasse et la cellulose. Elle est aussi utilisée dans
l’épuration des eaux usées afin d’éliminer par digestion continue les déchets chimique.
I.2. Fermentation en milieu solide (FMS)
La fermentation en milieu liquide (FML) est généralement plus utilisée pour les
cultures de microorganismes unicellulaires comme les bactéries et les levures, alors que
la FMS est bien adaptée aux champignons filamenteux (la croissance apicale des
champignons permet une colonisation rapide du milieu). Pour les microorganismes
aérobies, l’agitation est nécessaire pour homogénéiser les milieux liquides. Cela,
entraîne des contraintes de cisaillement, que peu de souches mycéliennes sont capables
de supporter. Par contre, il n’y a pas de contraintes de transfert vers le milieu lors de
l’oxygénation en FMS, cependant, les microorganismes sont en contact direct avec
l’oxygène de l’air. Elle a été définie de plusieurs façons selon les auteurs. Quelques
définitions sont présentées ci-après:
Bioprocédé réalisé en l'absence d'eau ou en la quasi-absence d'eau libre.

Cependant, le substrat doit posséder suffisamment d'humidité pour supporter la
croissance et l'activité métabolique des microorganismes. La matrice solide peut être la
source de carbone (ou d'autres nutriments), ou un matériau inerte pour soutenir la
croissance des microorganismes (Thomas et al., 2013).
Culture de microorganismes sur des matrices solides soit sur des supports inertes
(Fig. 10), en l'absence ou la quasi-absence de l’eau (Lizardi-Jiménez1 et Hernàndez-
Martınez, 2017).
a. Étapes suivies en fermentations solides

 Préparation du substrat carboné
 Inoculation du milieu de culture
21
Figure 10: Modèle de développement d’un champignon filamenteux en FMS
b. Avantages de la fermentation solide
La FMS présente un certain nombre d’avantages économiques et technologiques:
 Le cout des équipements et des opérations faible.

 Simplicité des équipements (ne nécessitant pas d’équipement sophistiqué
pour les contrôles permanents des paramètres environnementaux).
 Réduction considérable du volume des installations de fermentation
 Le risque de contamination par les bactéries et les levures est moins
important (absence d’eau libre)
 Il n’y a pas de production de mousses lors des fermentations solides.
 Permettre une grande stabilité des structures mycéliennes
 Caractérisée par une forte productivité en métabolites (meilleurs
rendements pour la production d’enzymes).
 La valorisation des coproduits solides agro-industriels.
c. Inconvénients de la fermentation solide
Divers obstacles peuvent être rencontrés au cours d’une fermentation en milieu

solide, dont les principaux sont:
 Les microorganismes étant inséparables du substrat, l’estimation de la

biomasse est délicate (difficulté de récupération des microorganismes).
 La culture continue est quasiment impossible.
 Accumulation en concentration élevée des produits inhibiteurs dans le
milieu de culture.
 Le passage à grande échelle
22
 Difficultés de suivi des paramètres de fermentation (substrats hétérogènes et

solides).
Le tableau 4 ci-dessous dresse une liste de diverses fermentations microbiennes

employées par l’industrie.
Tableau 4: Diverses fermentations microbiennes employées par l’industrie.
23
CHAPITRE V: Les produits de fermentations industrielles
En général, les microorganismes utilisés en fermentation industrielle permettent

d’obtenir soit des métabolites primaires, comme l’éthanol, soit des métabolites
secondaires, comme la pénicilline. Un métabolite primaire se forme essentiellement au
moment où les cellules se divisent, durant la phase de croissance logarithmique, appelée
trophophase; la courbe de production et la courbe de population cellulaire sont presque
parallèles, avec un léger écart. Les microorganismes ne produisent pas de métabolites
secondaires avant d’avoir terminé leur phase de croissance et d’être entrés dans la phase
stationnaire, appelée idiophase (Fig. 11A et B).
A B
A
Figure 11: Fermentations primaire et secondaire
I. Les métabolites primaires
I.1. Production des acides aminés
De nos jours, les acides aminés constituent un important produit industriel issu de
microorganismes.
 L’acide glutamique qui sert à la production de glutamate monosodique, un

renforçateur de gout.
 La lysine utilisée comme supplément alimentaire dans les céréales.
Dans la nature, les microorganismes synthétisent rarement une quantité d’acides

aminés dépassant leurs besoins, donc au niveau industriel, pour augmenter la
production des acides aminés désirés, des mutants ont été isolés et sélectionnés pour
24
caractériser des souches microbiennes hyperproductrices (Ex: Corynebacterium

glutamicum, Brevibacterium flavum, Escherichia coli).
Pour des applications ou seul l’isomère L d’un acide aminé est recherché, la
production par des microorganismes est plus avantageuse, car elle ne donne que ce type
d’isomère, alors que la fabrication par voie chimique donne à la fois l’isomère D et L.
I.2. Production des acides organiques
Un acide organique est un composé capable de libérer un cation (ion chargé

positivement) H+ en milieux aqueux. Les acides organiques les plus courants sont:
Aacide lactique
Acétique
Propionique
Butyrique
Citrique…etc.
Les acides organiques sont des additifs très utilisés dans la préparation d’aliments
comme agent d’équilibration du pH, agents de conservation, d'acidifiants,
d'antioxydants…
a. Production d’acide citrique
L’acide citrique (C6H8O7) est un constituant des agrumes, tels que l’orange et le
citron, qui étaient à une certaine époque la seule source industrielle de cet acide.
Cependant, il y a plus d’un siècle, on a découvert que l’acide citrique était un produit du
métabolisme de moisissures, et plus particulièrement d’Aspergillus niger (le meilleur
champignon producteur). En effet, la production d’acide citrique par Aspergillus niger
est fortement influencée par le type et la concentration de:
La source de carbone, principalement le saccharose, doit être compris entre 140

et 220 g/L.
La source d’azote ne doit pas excéder 0,4 g/L.
L’utilisation de sels d’ammonium, comme le sulfate d’ammonium (NH4)2SO4, est

préférée pour la production d’acide citrique. Il est largement utilisé dans l’alimentation,
comme additif alimentaire, mais aussi dans la composition des détergents et des
cosmétiques.
25
Selon la souche et les conditions de fermentation, la production d’acide citrique

peut varier de:
- 88 à 264 mg/g de matière sèche (souche sauvage)

- 616,5 mg/g de matière sèche (souche mutée)
b. Production d’acides lactiques
L’élément principal de tous les produits laitiers acidifiés, l'acide lactique ou

l’acide 2-hydroxypropanoïque, fut identifié pour la première fois en 1847 par
Blondeau comme produit de la fermentation bactérienne, auxquels il donne leurs
caractéristiques fondamentales les plus importants. Il existe en deux isomères
optiquement actifs qui sont les formes L(+) et le D(-).
La fermentation lactique, est une transformation du lactose en acide lactique. Elle

produit environ 90% de l’acide lactique annuellement dans le monde, le reste étant
produit synthétiquement par voie chimique. En effet, une molécule de glucose
transformée par oxydation en deux molécules d’acide pyruvique, qui seront directement
réduites par deux molécules de NADH pour donner deux molécules d’acide lactiques,
sans libérer de CO2. Elle est dite homolactique quand elle est réalisée par des bactéries
homofermentaires appartenant aux genres Lactococcus et Streptococcus et donne
naissance que de l’acide lactique (Figure 12-A-).
1Glucose → 2 acide lactique + 2ATP
Elle est qualifiée hétérolactique quand elle est assurée par des bactéries
hétérofermentaires appartenant aux genres Leuconostoc et Lactobacillus et mène à la
production d’acide lactique ainsi que d’autres acides ou alcools selon les souches
considérées (Figure 12-B-).
1Glucose → 1Acide lactique +1 éthanol (acétate) + 1CO2+1ATP
La fermentation lactique intervient dans la production industrielle de plusieurs

produits:
 Laits fermentés: yaourts, fromages (Leurs apports bénéfiques consistent à

améliorer la qualité des produits fermentés)
 Produits végétaux fermentés: olives, Lait de soja
 Conservation des aliments: inhibition de la flore pathogène ou d'altération
(propriétés probiotiques et bactériocines)
26
 Fermentation malolactique: désacidification contrôlée des vins rouges
Figure 12: Types de fermentations lactiques
Parmi les applications industrielles de la fermentation lactique, on trouve les

ferments lactiques (une préparation comprenant un grand nombre de micro-
organismes), qui est ajoutée au lait pour produire un aliment fermenté en accélérant et
en orientant son processus de fermentation (Figure 13).
Figure 13: Etapes de production du yaourt
27
I.3. Les Biogaz
Les microorganismes ont un intérêt majeur dans la production de l'énergie et dans

le nettoyage de l'environnement des polluants. Certaines bactéries méthanogènes, sont
capables de produire le méthane, un gaz naturel largement utilisé par l'homme comme
source d'énergie.
Le biogaz est un mélange contenant principalement du méthane, la partie la plus

importante (50 à 72%), du dioxyde de carbone (25 à 50%), et d’autres gaz comme le
sulfure d’hydrogène, de l’azote, de l’hydrogène et de la vapeur.
I.3.1. Utilisations de biogaz
Combustion dans un moteur à gaz ou une turbine, pour produire de l'électricité,

alimentation de centrale thermoélectrique, chaufferie collective, chauffage et
enrichissement en CO2 de serres.
I.3.2. Avantages de la production de biogaz
 Réduction des émissions de gaz à effet de serre
 Substitut à d'autres énergies exogènes (fossile et nucléaire), source de revenus pour

l'exploitant qui éco
nomise sur ses dépenses énergétiques
 Diminution de la charge en carbone des déchets végétaux.
I.3.3. Etapes du processus de production de biogaz
Les réactions de production de biogaz qui se déroulent dans un fermenteur

anaérobie (digesteur) sous l’action de populations bactériennes comprennent 4 phases
principales (Fig. 14):
1. Hydrolyse: dans cette étape les polymères organiques de la matière première

(graisses, protéines, hydrates de carbone) sont séparés en monomères (molécules
simples = acides gras, sucres, acides aminés…).
2. Acidogénèse: les composés simples sont utilisés par des bactéries acidogènes
qui vont produire des alcools, des acides organiques….
3. Acétogénèse: cette étape permet la transformation des divers composés de

l’étape précédente en acides acétiques, hydrogène et dioxyde de carbone.
28
4. Mthanogénèse: cette étape aboutie à la formation du méthane à partir du CO2.
Figure 14: Etapes du processus de production de biogaz
I.4. Les vaccins
Un vaccin est un produit biologique dont l’objectif est de protéger les individus
auxquels il est administré. Les antigènes génétiquement modifiés sont devenues une
réalité grâce aux avancées des biotechnologies. Ces antigènes présentent plusieurs
avantages par rapport aux antigènes extraits de bactéries pathogènes ou de virus, et sont
généralement plus efficaces que les préparations bactériennes ou virales atténuées.
La mise au point d'un vaccin de grande qualité est un processus complexe, qui
demande entre 6 et 36 mois pour la production, le conditionnement et la livraison auprès
des populations concernées. Cependant, le premier vaccin contre l'hépatite B (maladie
du foie causée par le virus HBV « Hepatitis B Virus »), provenait du sang de personnes
infectées par ce virus. On isolait, dans le sang de personnes malades, un fragment de
virus susceptible d'être reconnu par notre système immunitaire. Administré à des
personnes saines, ce fragment donnait alors l’occasion au corps d’identifier le virus pour
ensuite l’éliminer.
29
Cette méthode de vaccination comportait des risques sur la santé des êtres
humains malgré les étapes de purification. En effet, il peut parfois arriver qu’un virus
entier se retrouve dans le vaccin sans le vouloir, c’est alors la maladie elle-même qu’on
donnait à une personne saine.
Par ailleurs, le recours à des personnes malades pour fabriquer un vaccin n'est plus
pratiqué. On s'est donc tourné vers les microorganismes afin de produire des fragments
du virus (Fig. 15), afin de prévenir l’infection causée par les virus tels que l’HBV.
Figure 15: Production du vaccin anti-HBV par un plasmide recombiné
II. Les métabolites secondaires
II.1. Production des antibiotiques
II.1.1. Généralité
Le métabolisme secondaire est défini comme l’ensemble des voies permettant la

synthèse de petites molécules, non essentielles mais pouvant procurer un avantage
sélectif dans certaines conditions. Ces molécules sont appelées métabolites secondaires,
tels que les antibiotiques. L’apparition de ces dernières est considérée comme la plus
grosse avancée thérapeutique de la médecine dans la seconde moitié du XXème siècle.
En 1929, Alexander Fleming observa que la croissance de la bactérie

Staphylococcus aureus était inhibée autour d’une colonie de moisissure ayant
contaminé la boite de Petri. La moisissure fut déterminée comme étant Penicillium
notatum, et l’agent actif, isolé peu de temps après, fut nommé pénicilline. Il fut le
premier à publier un article sur les effets antibactériens de la pénicilline. Des réactions
similaires d’inhibition entre les colonies d’un milieu solide sont couramment observées
30
en microbiologie. Ce mécanisme d’inhibition s’appelle antibiose. De ce mot dérive le

terme antibiotique (ATB). Soit une substance produite par un microorganisme –
habituellement une bactérie ou un mycète (tableau 5) et qui, en petite quantité inhibe un
autre microorganisme. Par conséquent, les médicaments entièrement synthétiques, tels
que les sulfamides par exemple, ne sont pas des ATB sur le plan technique. Cependant,
on ne fait pas toujours cette distinction dans la pratique médicale.
II.1.2. Définition
Du grec « anti » (contre) et « bios » (vie), le terme antibiotique désigne toute

substances (molécules) d’origine naturelle (biologique) et/ou synthétique et/ou semi-
synthétique, et qui, en très faible concentration entraine la destruction des bactéries
(effet bactéricide), ou empêche leur croissance (effet bactériostatique), par une action au
niveau d’une étape métabolique indispensable à la survie de la bactérie.
Tableau 5: Provenances des antibiotiques
Microorganismes Antibiotiques
Bâtonnets à Gram positif
Bacillus subtilis Bacitracine
Bacillus polymyxa Polymyxine
Actinomycètes
Streptomyces nodosus Amphotéricine B
Streptomyces venezuelae Chloramphénicol
Streptomyces erythraeus Erythromycine
Streptomyces griseus Streptomycine
Mycètes
Cephalosporium spp. Céfalotine
Penicillium notatum Pénicilline
II.1.3. Classification des antibiotiques
 classification selon le mode d’action (action sur la membrane plasmique, sur le

noyau, sur la paroi …).
 classification selon le spectre d’action: sur les cocci à Gram (+), cocci à Gram
(-)
 classification selon l’origine de la molécule: naturelle, synthétique ou semi
synthétique.
31
 classification selon la structure chimique: c’est la plus adaptée pour laquelle

les antibiotiques sont classés en familles.
II.1.4. Le mécanisme d’action des antibiotiques
Théoriquement, les antibiotiques visent la destruction des agents agresseurs

(bactéries) en s’attaquant directement à leurs structures essentielles (paroi cellulaire,
ribosomes, membrane plasmique, le génome « réplication et réparation d’ADN ») et/ou
en perturbant leur métabolisme et leur fonction.
Les mécanismes d’action des antibiotiques sont très variables et caractéristiques

de chaque famille d’antibiotiques. Parmi des centaines d’antibiotiques connus, la
plupart sont toxiques pour les cellules eucaryotes.
Les cibles les plus communs des antibiotiques sont illustrées dans la figure 17.
 Inhibition de la synthèse de la paroi cellulaire
Le peptidoglycane est un composé propre aux parois cellulaire, qui protège les
bactéries en fonction de la pression osmotique. Or, la pénicilline et d’autres
antibiotiques empêchent la synthèse du peptidoglycane ; par conséquent, la paroi
cellulaire est grandement affaiblie, et la cellule finit par se lyser, et puisque la
membrane des cellules humaines ne possède pas de peptidoglycane, la pénicilline n’a
pas d’effet toxique direct sur la cellule hôte. Parmi les antibiotiques s’attaquant à la
paroi cellulaire, on compte les pénicillines, les céphalosporines, la bacitracine et la
vancomycine.
 Inhibition de la synthèse des protéines
Rappelons que, au cours de la synthèse protéique, les ribosomes sont les organites
responsables de la traduction de l’ARNm et de l’assemblage des acides aminés en
protéines. Donc cibler les ribosomes, c’est perturber le processus de synthèse des
protéines et, par conséquent, tuer la cellule. Parmi les antibiotiques inhibant la synthèse
protéique, on compte le chloramphénicol, l’érythromycine, la streptomycine et les
tétracyclines (Fig. 16).
32
Figure 16: Inhibition de la synthèse protéique par les antibiotiques.
 La détérioration de la membrane cellulaire
Certains antibiotiques, en particulier les antibiotiques polypeptidiques, influent sur

la perméabilité de la membrane plasmique. Ces modifications engendrent la rupture de
la membrane et, par conséquent, la perte d’importants métabolites cellulaires. Par
exemple, la polymyxine B provoque une rupture de la membrane plasmique en se fixant
aux phospholipides de cette dernière (fuite des substances intracellulaires provoquant la
mort de la bactérie).
 Inhibition de la structure et de la fonction des acides nucléiques
Certains antibiotiques agissent de plusieurs façons et perturbent la réplication, la

transcription de l’ADN, ainsi que la traduction de l’ARNm.
- Ils provoquent des erreurs de lecture du code lors de la transcription en

s’intercalant entre les bases azotées de l’ADN.
- Ils empêchent la séparation des brins de la molécule d’ADN et perturbent sa

réplication, sa transcription et sa réparation.
- Ils bloquent l’action de l’ADN gyrase qui participe à la réplication de l’ADN

(facilite la séparation des chaines). Parmi les antibiotiques inhibant la synthèse des
acides nucléiques, on compte les quinolones, les nitrofuranes et les rifamycines.
 Inhibition de la synthèse des métabolites essentiels
L’activité enzymatique particulière d’un microorganisme pouvait être inhibée de

manière compétitive par une substance (l’antimétabolite ou analogues structuraux) qui
33
ressemble au substrat normal de l’enzyme. Par exemple, le sulfanilamide (un sulfamide)

qui est un antimétabolite, et l’acide para-aminobenzoique (APBA) est un exemple
d’inhibition compétitive. Chez beaucoup des microorganismes, le PABA est le substrat
normal de la réaction enzymatique qui aboutit à la synthèse de l’acide folique, vitamine
jouant le rôle de coenzyme dans la synthèse de certains constituants des acides
nucléiques et de certains acides aminés. En présence de sulfanilamide, l’enzyme
transformant habituellement le PABA en acide folique, se combine avec cet agent plutôt
qu’avec le PABA. La formation de ce complexe prévient la synthèse de l’acide folique
et, par conséquent, bloque la croissance du microorganisme.
Figure 17: Mécanismes d’action des antibiotiques sur les bactéries
II.1.5. Production industrielle des antibiotiques
Tous les antibiotiques étaient initialement des produits du métabolisme microbien.

Nombre d’entre eux sont encore fabriqués par fermentation microbienne et on continue
à sélectionner des mutants à rendement élevé par manipulation nutritionnelle ou
génétique. Six mille antibiotiques au moins ont déjà été décrits. Un seul
microorganisme, Streptomyces hydroscopius, présente différentes souches que
fournissent près de 200 antibiotiques différents. La production industrielle
d’antibiotiques se fait généralement par inoculation d’une solution d’un milieu de
culture avec des spores d’une moisissure (Fig. 18).
34
Le milieu de production doit initialement assurer une croissance significative pour

conduire à une concentration élevée en cellule au moment de la production. Il doit
assurer ensuite la maintenance de la vitalité des cellules et la production optimisée des
antibiotiques. Il doit de ce fait fournir des sources d’énergie et maintenir les conditions
physico-chimiques désirées (pH, T°, oxygénation).
Lorsque la croissance des microorganismes a donné une concentration

d’antibiotiques satisfaisante, on extrait ce dernier de la solution par précipitation et au
moyen d’un autre procédé industriel (Fig. 19).
Figure 18: Etapes de production des antibiotiques.
a. Exemple d’antibiotiques
* La pénicilline
Le terme pénicilline regroupe plus de 50 antibiotiques chimiquement apparentés,

avec une structure commune dans laquelle le cycle B-lactame tient lieu du noyau. Elles
se distinguent par les chaines latérales chimiques qui sont rattachées au noyau. Les
pénicillines sont produites par voie naturelle ou par voie semi-synthétique.
Les pénicillines extraites de cultures de Penicillium existent sous plusieurs formes

apparentées ; on les appelle pénicillines naturelles. Le composé type de toutes les
pénicillines est la pénicilline G, cette molécule possède un spectre d’action étroit mais
néanmoins utile, et constitue souvent le traitement de choix contre les Staphylocoques et
Streptocoques.
Les pénicillines naturelles comportent toutefois des désavantages, notamment leur

spectre d’action étroit et leur sensibilité aux pénicillinases (pénicillinases ou B-
35
lactamases, sont des enzymes qui clivent le cycle B-lactame de la molécule de

pénicilline).
Figure 19: Procédé de purification de la pénicilline
Pour tenter de pallier les désavantages des molécules naturelles, les scientifiques
font appel aux deux méthodes pour fabriquer des pénicillines semi-synthétiques.
Premièrement, ils bloquent la synthèse de la molécule par la moisissure Penicillium
pour n’obtenir que le noyau commun de pénicilline. Deuxièmement, ils éliminent les
chaines latérales des molécules naturelles complètes, puis ajoutent chimiquement
d’autres chaines latérales (Fig. 20) qui, entre autre choses, confèrent une augmentation
de la résistance à la pénicillinase (Ex: la méthicilline).
II.1.6. Les notions de sécurité entourant les antibiotiques
Ils sont susceptibles d’entrainer des réactions indésirables, telles que les
dommages au foie ou aux reins. L’administration de presque tous les médicaments
antimicrobiens doit comporter une évaluation des risques et des bienfaits, c’est-à-dire
une mesure de l’indice thérapeutique. Parfois, une combinaison de deux médicaments
peut engendrer une toxicité qui n’apparait pas lorsque le médicament est pris
individuellement.
36
Figure 20: La structure des pénicillines naturelles et pénicillines semi-

synthétiques.
II.2. Production des vitamines
II.2.1. Généralité
Les vitamines sont des substances organiques (composées de carbone, d’azote…,

et des oligoéléments), sans valeur énergétique propre, qui sont nécessaires en petite
quantité au bon fonctionnement de l'organisme. Le corps humain ne peut généralement
pas les produire seul, et leur apport alimentaire est donc indispensable. Il s'agit d'un
groupe de molécules chimiquement très hétérogènes souvent complexes. Ce sont des
substances de faible poids moléculaire.
Le terme « vitamine » vient du latin « vita » qui signifie vie, et du suffixe « amine
» molécule organique ; Cependant, les vitamines ne sont pas toutes des amines.
II.2.2. Classification des vitamines
On distingue deux groupes de vitamines selon leur solubilité:
a. Les vitamines hydrosolubles (cofacteurs enzymatiques)
Ce sont les vitamines du groupe B (B1, B2, B3 ou PP, B5, B6, B8, B9 et B12) et
la vitamine C. Elles sont caractérisées par leurs solubilités dans l’eau, et par conséquent
restent dans l’organisme, sans être stockées, et les surplus sont filtrés puis évacués
rapidement dans les urines. De manière générale, les vitamines hydrosolubles sont
apportées en majorité par les fruits et légumes.
37
b. Les vitamines liposolubles (aux propriétés antioxydantes)
Ce sont les vitamines A, D, E et K, elles sont dissoutes et stockées dans le foie et

les tissus adipeux, ce qui peut les rendre toxiques à haute dose, et par conséquent elles
ne s'éliminent pas facilement. De manière générale, les vitamines liposolubles sont
apportées par les lipides alimentaires (huiles, poissons gras, jaunes d’œufs, abats, foie,
etc.), à l’exception de la vitamine D dont la seule source vraiment intéressante reste le
soleil.
II.2.3. Biosynthèse des vitamines par les microorganismes
Les vitamines B12, B2 et riboflavine ont un grand intérêt industriel, elles sont
produites à faible coût par voie microbiologique (tableau 6).
Tableau 6: Microorganismes producteurs des vitamines
Vitamines Microorganismes producteurs
Pseudomonas denitrificans; Bacillus megaterium;

B12
Propionibacterium; Agrobacterium; Azotobacter …..
B2 (riboflavine) Clostridium acetobutylium ; Pichia miso, Ashbya gossypii
A Rhodotorula gracilis (levure) ; Dunaliella sp. (algue)
II.2.4. La vitamine B12
La vitamine B12 (B12, cobalamine (Cbl)) est une macromolécule hydrosoluble,

formée de quatre molécules de pyrrole (Fig. 20), et qui nécessite des mécanismes très
complexes pour son assimilation, son transport sanguin et son métabolisme
intracellulaire. Cette vitamine est essentielle au fonctionnement normal du cerveau. Elle
participe à la synthèse de neuromédiateurs du système nerveux et à la formation du
sang.
a. Milieu de culture pour la production de B12
Du fait de la complexité et du coût de la synthèse chimique de la vitamine B12, la

production industrielle de cette vitamine par fermentation est réalisée à partir de
souches bactériennes sélectionnées pour leur productivité, et se déroule généralement à
27°C, pendant 3 jours dans un milieu de culture composé essentiellement de:
o Source de carbone (Glucose ou mélasses de betterave).
38
o Source d'azote (farines de poisson, corn steep (fraction protéique soluble et

concentrée du grain de maïs), hydrolysat de caséine.
o Source de cobalt (CoCl2).
o Tampon (CaCO3).
b. Production de vitamine B12 par Propionibacterium shermanii
Plus de 20 gènes (1 % du génome bactérien), encodant près d’une trentaine de

réactions enzymatiques, sont impliqués dans la biosynthèse de la vitamine B12, ce qui
en fait la vitamine la plus complexe à produire (Raux et al., 2000).
Les molécules précurseurs sont soit le glutamate (glutamyl-ARNt) (voie à 5

carbones) pour la majorité des bactéries et les Archées, soit la glycine et le succinyl-
CoA (voie à 4 carbones) pour les alpha-protéobactéries.
 Phase anaérobie (voie -oxygène-indépendante-): cette voie est caractérisée par

la chélation rapide du cobalt et la production d’acétaldéhyde.
 Phase aérobie (voie -oxygène-dépendante-): l’insertion du noyau de cobalt dans
la molécule est différente entre les deux voies de biosynthèse: le cobalt est inséré
plus tardivement dans la voie aérobie et la biosynthèse produit de l’acide
acétique. La B12 est un métabolite intracellulaire dont l’extraction nécessite la
détérioration des bactéries.
Figure 21: Structure de B12: 1: groupe Tetrapyrrol ; 2: amino-1-propanol-2, 3: groupe

ribose3P ; 4: groupe 5,6-diméthyl-benzimidazole, X: groupe hydroxyle, méthyle, 5'-
désoxy, cyanate ou adénosyle.
39
II.3. Production des polysaccharides
Les polysaccharides, également nommés glycanes, sont très répandus dans la

nature et sont connus et exploités depuis de nombreuses années du fait de leur caractère
renouvelable, de leur non-toxicité, et de leur biodégradabilité. Ce sont des
macromolécules sous forme de polymères condensés complexes (parfois appelés
polyosides), composés de longues molécules droites ou ramifiées de plusieurs oses
monosaccharidiques reliés entre eux par des liaisons osidique. Leurs nombre, degré de
polymérisation et la longueur de leurs chaînes varient selon la source: champignons,
bactéries, levure, algues, animaux et végétaux supérieurs (Fig. 22).
De part leurs diverses fonctions et propriétés importantes, notamment

structurelles, technologiques, physiologiques et pharmaceutiques, les polysaccharides
et, en particulier, les polysaccharides microbiens représentent une classe importante de
produits de fermentation d'un intérêt croissant dans de nombreux secteurs industriels
tels que l'alimentation et la pharmacie, et sont donc des acteurs importants dans
l'économie mondiale.
Ex: Le gellan produit par Pseudomonas elodea ; xanthane produit par

Xanthomonas campestris.
II.3.1. Classification des polysaccharides microbiens
a. Classification en fonction de la localisation cellulaire

 Les polysaccharides de la paroi cellulaire
Sont des polysaccharides de structure constituant la paroi cellulaire tels que les
peptidoglycanes et les acides téichoïques.
Ex: Chez les bactéries Gram-négatives: Les lipopolysaccharides (LPS).
Les LPS sont d’une partie osidique débordant de la membrane externe, cette
dernière comprend un cœur oligosidique sur lequel est fixée une chaîne
polysaccharidique parfois appelée (antigène-O).
 Les polysaccharides du cytoplasme ou intracellulaires
C’est un type de polysaccharides qui se trouvent à l’intérieur de la cellule (dans le

cytoplasme), généralement difficiles à extraire, où ils sont utilisés généralement comme
source d’énergie par les microorganismes (rôle de réserve).
40
 Les polysaccharides extracellulaires ou exopolysaccharides (EPS)
Groupe de polysaccharides qui ne sont pas liés à la surface cellulaire, ils se

présentent soit sous forme d’une capsule enrobant la cellule soit secrétés à l'extérieur de
la cellule (dans le milieu environnant); EX: dextranes, levanes, xanthanes…
Figure 22: Classification des polysaccharides d'origine microbiens.
b. Classification des polysaccharides en fonction de leur composition en

monomères
Selon Sutherland (1972) les polysaccharides, peuvent être subdivisés en deux

groupes: les homopolysaccharides et les hétéropolysaccharides en fonction de leur
composition chimique.
1. les homopolysaccharides
Contenant un seul type de monosaccharide (monomère saccharidique =

homogène).
Ex: α-glucanes: généralement composés par des monomères de D-glucose (Fig.

23) comme:
- Dextranes produits par Leuconostoc mesenteroides ;
- Mutane produits par Streptococcus mutans ;
41
B-fructanes: constitués de résidus de fructose comme:
- levanes produits par Streptococcus salivarius (Tableau 7)
Figure 23: Chaîne de dextrane avec trois points de départ de chaînes latérales (Heinze
et al., 2006).
2. Hétéropolysaccharides
Polysaccharides hétérogènes, contiennent de deux à huit unités

monosaccharidiques différentes, parmi lesquels (le galactose, le glucose, le rhamnose, la
N-acétyl-glucosamine…).
Tableau 7: Principaux homopolysaccharides naturels (Ramawat et Merillon, 2005)
42
II.3.2. Utilisations et applications industrielles
En fonction de la force de gel du polymère remis en solution, il est possible de

décliner une gamme de produits ayant des applications dans divers secteurs
économiques.
 La gamme Xanthane: a été utilisée dans un grand nombre d'applications, en tant

qu'agent de suspension, un stabilisateur d'émulsion, un amplificateur de mousse
ou un améliorant du volume de la pâte…..
 les dextranes: additifs alimentaires,….
 Les polysaccharides bactériens sont antigéniques et quelques-uns sont utilisés
comme vaccins
 Outil thérapeutique en tant que plasma artificiel
 Utilisés dans le domaine de la cosmétique entant que patchs anticernes et dans
les crèmes de la peau
 La substitution de l’agar-agar utilisé en microbiologie
II.3.3. Milieu de culture et récupération
Le choix du milieu convenable est un paramètre crucial pour un meilleur

rendement. Cependant, le milieu de fermentation industriel retenu pour la production du
polysaccharide contient les éléments indispensables à la bonne croissance des
microorganismes, mais aussi à une bonne production de polymère (l’azote, le carbone,
le fer, le magnésium, le cuivre, le zinc, le manganèse,…etc).
Les méthodes utilisées pour récupérer les polysaccharides à partir du moût de

culture vont dépendre de la pureté requise, pour cela, les étapes ci-dessous sont
généralement utilisées à la fin des processus de fermentation:
 Un traitement enzymatique sur le moût de culture pour hydrolyser les protéines

et les débris cellulaires
 Une centrifugation et/ou une filtration pour retirer les insolubles qui peuvent
être suivies d'une ultrafiltration pour éliminer les composés de bas poids
moléculaire (protéines, sels) et/ou pour concentrer le polysaccharide
 Précipitation à l'aide d'alcool, d'acétone ou de méthanol
 Les culots récupérés par centrifugation passent à une dialyse appropriée
dans de l'eau distillée
 Enfin, lyophiliser les polysaccharides afin d'obtenir des EPS bruts
43
Exemples de microorganismes producteurs: Pseudomonas elodea, Xantomonas

campestris, Streptococcus, Rhizobium, Azotobacter vinelandii, Agrobacterium,
Alcaligenes, Vibrio diabolicus…
III. Les enzymes
III.1. Généralités sur les enzymes industrielles
Le métabolisme cellulaire est constitué par un grand nombre de réactions

chimiques très diverses, ces réactions se déroulant à des vitesses remarquables, alors
qu’elles ont lieu dans des conditions peu favorables (T°=37, pH=7). Cependant, dans la
cellule, il existe des accélérateurs qui, par leur présence, augmentent considérablement
la vitesse de la réaction. Ces accélérateurs sont appelés enzymes. Cependant, au cours
des dernières années, la demande d'enzymes industriellement importantes telles que les
cellulases, les xylanases, les lignines, les pectinases et les protéases a augmenté en
raison de leurs applications étendues dans diverses industries.
Les enzymes sont des catalyseurs biologiques (bio-catalyseurs) de nature

protéique qui, en raison de leurs propriétés spéciﬁques, participent à la synthèse de
plusieurs molécules. Elles sont responsables de la catalyse et de l'accélération de
certaines réactions chimiques.
Elles peuvent être extraites des tissus végétaux, animaux ou produites par certains
microorganismes (Tableau 8) et sont appréciées pour leurs grandes efficacités et
spécificités (elles n’agissent que sur des composés moléculaires bien précis), ainsi que
pour leur contribution à la mise en œuvre plus respectueuse de l’environnement.
III.2. Utilisation
Les enzymes sont utilisées dans toutes les industries de la fermentation, que ce
soit pour:
 Les produits agroalimentaires (jus de fruit, sucre, condiments, additifs,

viandes, céréales, laits, fromages, plats cuisinés, pain, biscuiterie).
• Amylase: pour la dégradation d’amidon (glucose) ; accéleration de l’activité de

levure pour la production du pain ; conversion de l'amidon de céréales utilisé
dans la production de sirop (goût sucré) ; clarification du vin et de la bière.
• Cellulase et pectinase: clarification des jus de fruit (dégradation de la pectine

des fruits dans l’élaboration des jus de fruits et des vins).
44
 L’industrie pharmaceutique et cosmétique (antibiotiques, vitamines, produits

d’application aux crèmes de beauté….).
 L’industrie biomédicale (protéines recombinantes, réactifs….).
 Les industries biochimiques du nettoyage et de la décontamination (lessives,
détergents, dégradation des taches de graisse, traitement de l’eau et des
surfaces).
III.3. Nomenclature et classification officielle des enzymes
En 1961, l’Union internationale de Biochimie et de Biologie Moléculaire

(UIBMB) a donné une nouvelle classification des enzymes selon le type de réaction
catalysée. Toutes les enzymes actuellement connues sont désignées par un nom
systématique (indiquant la nature du ou des substrats, le type de réaction catalysée), et
sont répertoriées sous un numéro portant 4 chiffres précédés par les lettres E.C. (=
Enzyme Commission) et dont le premier chiffre indique la classe, le deuxième la sous-
classe, le troisième la sous-sous-classe, le quatrième le numéro d’ordre dans la sous-
sous-classe. De cette façon, les enzymes sont divisées en six principales classes:
Les oxydoréductases (E.C 1)

Les transférases (E.C 2)
Les hydrolases (E.C 3)
Les lyases (E.C 4)
Les isomérases (E.C 5)
Les ligases (E.C 6)
Soixante-quinze pourcent des enzymes sont des hydrolases (amylases, cellulases,

hémicellulases, pectinases). Au niveau commercial, les protéases sont les plus
importantes (environ 40 % du total des ventes), viennent ensuite les hydrolases,
généralement, les producteurs d’enzymes industrielles utilisent la fermentation solide.
Les enzymes fongiques restent toujours les outils clés de la biotechnologie et

reflètent de plus en plus l’importance et le rôle infini des moisissures dans les
différentes applications industrielles.
III.4. Choix des microorganismes producteur des enzymes
Le choix des souches n'est pas soumis aux mêmes contraintes. De façon générale,
les microorganismes sont sélectionnés selon les principaux critères suivants:
45
* Un rendement très important (production d'enzymes supérieur/ En un

minimum de temps).
* Les microorganismes qui produisent des enzymes exo ou extracellulaires
(généralement des hydrolases) sont préférables aux endo ou intracellulaires
(dont l'extraction est difficile à réaliser).
* Facile à cultiver (le micro-organisme doit pouvoir se développer sur des
substrats moins couteux).
* Non pathogène
Remarque: S’il y a une production de mutants pour améliorer la production des

enzymes, il doit y avoir une absence de répression dans leur synthèse, et associée à une
production minimale de sous-produits (toxines, antibiotiques, protéases…).
III.5. Milieux de production des enzymes
Les milieux de productions doivent être riches (complets), apportant tous les
éléments nutritifs (source de carbone, azote, phosphore, oligoéléments, vitamines…).
De plus, il faut ajouter les substrats de l’enzyme recherchée par exemple:
Amidon α-amylase
Cellulose cellulase
Tableau 8: Exemple des microorganismes producteurs des enzymes
Enzymes Microorganismes producteurs
α-amylase Aspergillus niger, Bacillus subtilis, Aspergillus oryzae…
Pectinases Aspergillus niger, Rhizopus
cellulase Aspergillus niger, Penicillium, Trichoderma harzianum
Protéases Aspergillus niger, Bacillus subtilis
Trichoderma harzianum, Aspergillus niger, Penicillium, Mucor,

Lipases
Pseudomonas
L-Asparaginase Cladosporium sp.
III.6. Méthodes d'extraction et de purification des enzymes
Une fois l’enzyme souhaitée produite, elle peut être excrétée à l’extérieur du
corps microbien dans le milieu de culture (enzymes exo-cellulaires) ou peut être
46
présente dans les cellules (enzymes endo-cellulaires). Pour cette localisation, les
enzymes n’ont pas la même accessibilité, selon l'exigence, les étapes de récupération et
de purification utilisées dépendront de la nature de l'enzyme et du degré de pureté
souhaitée (Fig. 24).
1) Extraction
Cette méthode consiste à séparer l’enzyme du composé dont elle fait partie, par
des procédés physique ou chimique. Afin de lyser la paroi ou la membrane cellulaire et
de libérer l’enzyme.
En général, le rétablissement d'une enzyme intracellulaire présente dans le

bouillon est relativement plus difficile. Pour cela, des techniques spéciales sont
nécessaires pour le broyage ou la lyse des cellules microbiennes (haute pression, perles
de verre) ou chimiques (solvants organiques). Exemple: Les parois cellulaires des
bactéries peuvent être lysées par lysozyme et les levures par β-glucanase.
2) La purification
La purification consiste à enlever toutes les impuretés d’un extrait brut contenant
l’enzyme d’intérêt pour de nombreuses applications industrielles. Cependant, les
enzymes à usage médical doivent être hautement purifiées par des procédures spéciales
(la cristallisation, l'électrophorèse et la chromatographie).
d. Les étapes de la purification (séparation)
Les étapes de récupération et de purification (brièvement décrit ci-dessous) seront

les mêmes pour les enzymes intracellulaires et extracellulaires, une fois que les cellules
sont perturbées et que les enzymes intracellulaires sont libérées, la considération la plus
importante est de minimiser la perte de l'activité enzymatique souhaitée.
 Éliminer les débris cellulaires par filtration ou centrifugation

 Précipiter et éliminer les acides nucléiques: Les acides nucléiques peuvent
être précipités et éliminés en ajoutant des substances spécifiques comme
les polyamines et la polyéthylèneimine.
 Précipitation enzymatique: Les enzymes peuvent être précipitées en
utilisant des sels (sulfate d'ammonium) ou solvants organiques
(isopropanol, éthanol et acétone).
47
Figure 24: Etapes d'extraction et de purification des enzymes
IV. Production des organismes unicellulaires POU ou SCP
Dans le domaine industriel, les micro-organismes sont produits par leurs cellules
elles-mêmes ou par le contenue extrait de ces cellules. Cependant, la production de
protéines d'organismes unicellulaires (P.O.U.-Single cell protein) à partir de divers
substrats fait l'objet, depuis quelques années, d'une recherche très active. Ces P.O.U
sont définies comme biomasses protéiques occupant une place importante sur le marché
des produits alimentaires, obtenues par fermentation microbiennes (levures, bactéries,
champignons filamenteux) sur des substrats organiques simples (hydrocarbures,
paraffines, sucres, amidon hydrolysé).
IV.1. Intérêt de la production des P.O.U.
Leurs production est moins couteuse

Riche en protéines et acides aminés essentiels
Riche en fibres alimentaires
Pauvre en graisses
48
IV.2. Productions des levures
Certains microorganismes sont en soi des produits industriels. Actuellement on

fabrique une dizaine de levures utilisées dans différentes industries. La plus exploitée
étant Saccaromyces cerevisiae utilisée dans la vinification, la panification, la fabrication
de bière et de levure de boulanger. Ces levures sont mise en culture dans de grandes
cuves de fermentation aérées des milieux à base de mélasses qui contiennent une
quantité importante de sucres comme source de carbone et d’énergie, ainsi que des
minéraux, des vitamines et des acides aminés nécessaires à leur multiplication. Pour
compléter le milieu, on ajout une source de phosphore (l’acide phosphorique), une
source d’azote et de soufre (le sulfate d’ammonium). Pour atteindre des volumes de
fermenteurs allant de 40000 à 200000 L (Fig. 24).
IV.2.1. Objectifs de la production de la levure
La production industrielle des cellules de levure revêt une importance capitale

dans la réalisation d’un double objectif:
Le premier est d’ordre qualitatif: c'est-à-dire sélectionner une souche qui doit
répondre aux critères suivants:
 Une meilleure capacité fermentative

 Une grande stabilité
 Un produit fini adapté au client (panification, vinification, levure pressée, levure
sèche, etc…).
Le second est d’ordre économique, le fabricant doit obtenir la qualité recherchée

au meilleur coût.
IV.2.2. Les étapes de la production des levures
La production industrielle par voie microbiologique doit prendre en considération

les quatre points suivants:
o Le milieu de culture
o L’inoculum,
o Le bioréacteur
o La séparation et la purification.
 A partir d’une souche pure reçue du laboratoire, ensemencer la levure en tubes
pour préparer l’inoculum
49
 L’inoculum est destiné à être propagé dans des fermenteurs de tailles

croissantes, depuis le tube à essais initial jusqu’à la phase finale en
fermenteur commercial.
 Le fermenteur est ensemencé par la levure, avec des apports précis de chaque
paramètre de fermentation (mélasse, sels nutritifs, d’air, température, pH)
pour assurer une bonne croissance ainsi que une productivité importante
 A la fin du processus, le contenu renferme environ 4% de levures solides, qui
sont recueillies au moyen de décanteuses continues
 Centrifuger les cellules jusqu’à ce qu’elles soient de couleur claire
 On presse la levure de manière à former des paquets de levures vendus à l’état
sec (durée de vie plus longue) dans les supermarchés pour la fabrication
de pain et de pâtisseries.
 La levure diététique stérilisée et séchée à l’air, puis vendue comme
complément alimentaire parce qu’elle est riche en vitamine B et en
protéines. Elle peut être par exemple ajoutée à la farine de blé pour
augmenter la valeur nutritionnelle.
Figure 25: Schéma représentant la production industrielle des levures
50
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