Chap 1 Les Outils de Genie Genetique
Chap 1 Les Outils de Genie Genetique
Chap 1 Les Outils de Genie Genetique
UNIVERSITE BATNA - 2
DEPARTEMENT DE MICROBIOLOGIE ET DE BIOCHIMIE
3ème Année Licence Biochimie
MODULE : GENIE GENETIQUE
RESPONSABLE DU MODULE : Dr BOUSSIF A.
(Mars 2022)
I. Le génie génétique
Le génie génétique est la partie de la biologie moléculaire qui exploite les connaissances
recueillies par celle-ci dans le laboratoire. Dans les laboratoires de recherches, on est souvent amené à
effectuer de véritables constructions d’ADN, d’où le terme de "génie génétique" (genetic engineering en
Anglais) qui a été forgé par les biologistes pour désigner ce nouveau type de techniques. Le génie
génétique représente ainsi l’application technologique des connaissances de la biologie moléculaire.
II. Les outils de la biologie moléculaire
II.1. Le matériel génétique, ADN et ARN
Support de l’information génétique, l’ADN représente sans doute l’outil de base de toutes les
techniques de biologie moléculaire et du génie génétique. Le protocole classique de l’extraction de l’ADN
commence généralement par une lyse des cellules ou des tissus d’intérêt, consistant éventuellement en un
broyage, suivi d’une extraction par des détergents qui vont disperser les bicouches lipidiques des
membranes et la dénaturation des leurs protéines, on dissous cet homogénat avec une solution de lyse
(tampon sans pression osmotique, faisant éclater les membranes fermées) en présence d’EDTA et de
laurylsulfate de Sodium (SDS) qui inhibent les nucléases. L’étape suivante est la déprotéinisation
(élimination des protéines contaminant l’ADN) de la solution par des solvants organiques, en générale du
phénol additionné de plus ou moins de chloroforme. Les protéines dénaturées forment un précipité à
l’interface phénol-eau, tandis que l’ADN reste en solution dans la phase aqueuse qui est récupérée par
décantation ou par centrifugation, l’ADN est ensuite récupéré par précipitation par addition de l’éthanol
ou de l’isopropanol à la phase aqueuse.
La préparation d'ARN est plus délicate que celle d'ADN car les ribonucléases (RNAses) sont très
répandues (par ex. sur les doigts) et sont fréquemment capables de se renaturer après de nombreux
traitements.
Actuellement, des kits d’extraction rapide à l'aide de réactifs prêts à l'emploi sont proposés par un
certain nombre d’industriels (pour plus de détails voire le module de Techniques de Biologie Moléculaire)
- La Vent ADN polymérase : Elle provient de Thermococcus littoralis et a les activités 5’-3’ polymérase
et 3’-5’ exonucléase. Cette dernière activité a été retirée pour permettre une meilleure amplification.
b. ADN polymérase ARN dépendante : Reverse Transcriptase
Cette enzyme a la même activité que l’ADN polymérase ADN dépendante, mais elle fabrique
unADN à partir d’un ARN. Elle a donc une activité 5’3’ ADN polymérase à la suite d'une amorce
hybridée sur un ARN. L’utilisation principale de cette enzyme est la synthèse d’ADN complémentaire
(ADNc) à partir des ARN messagers de cellules eucaryotes.
b. Les endonucléases : Les endonucléases ont diverses spécificités de substrat, certaines coupent l'ADN
double brin d'autre l'ADN simple brin enfin certaines reconnaissent et coupent au niveau de séquences
caractéristiques. Exemple :
- DNase I : endonucléase qui coupe l’ADN double ou simple brin. On l’utilise par exemple
lorsque l’on veut éliminer l’ADN d’une solution ou pour faire des « nicks » sur l’ADN comme dans la
technique de marquage par déplacement de coupure (nick translation).
- Nucléase S1 : dégrade principalement l’ADN simple brin et l’ARN. On l’utilise par exemple
lorsque l’on veut réduire la taille d’un fragment d’ADN en l’attaquant par ses extrémités.
- Endonucléases Spécifiques : Enzymes de Restriction
Les enzymes de restriction sont des endonucléses spécifiques qui reconnaissent et coupent des
séquences spécifiques sur l’ADN, ces séquences spécifiques sont dites « sites de restriction ». Il existe
trois grandes classes (type I, II et III) seules les enzymes du type II sont utilisées en biologie moléculaire.
Elles reconnaissent une séquence et coupent au niveau d’un site fixe appartenant à cette séquence ou à sa
proximité. (les types I et III ne sont pas utilisés en biologie moléculaire, en effet ils portent aussi une
activité de méthylation et l'activité de coupure est ATP dépendante. De plus les enzymes de type I ne
coupent pas au niveau du site de reconnaissance, elles digèrent l’ADN au hasard après la séquence de
reconnaissance) (Voir détails ci-après).
3. Autres enzymes de modification: d’autres enzymes sont utilisées également dans les techniques
de biologie moléculaire telles que : la ligase, les phosphatases, les nucléotides kinases ainsi que d’autres
enzymes.
- Terminal transférases: C’est une polymérase qui n'a pas besoin de matrice comme les autres
polymérases, elle ajoute des nucléotides en 3' à l'extrémité du brin d'ADN. C’est une enzyme rare (on n'en
parle pas dans les mécanismes généraux de la cellule), elle ajoute des nucléotides en 3' en présence de
dNTP. Si on veut en ajouter qu'un seul, on ajoute un ddNTP.
Ces enzymes sont utilisées pour la fabrication d'une queue homopolymérique (répétition d’un seul
nucléotide), la fabrication d'une extrémité cohésive en 3’, ou encore le marquage des extrémités 3’OH
(ajout de nucléotides marqués).
- Les ligases : Ce sont une famille d’enzymes qui catalysent la formation d'un pont phosphodiester
entre un 3' OH et un 5' phosphate, elles ont besoin d'ATP et d’ions divalents. Elles liguent de l’ADN
double brin. Elles sont utilisées pour la ligation d'extrémités cohésives, ou d'extrémités franches de
fragments de restriction dans des condition spécifique(Dans le cas d’extrémités franches, la ligation est
souvent effectuée à 15-20°C pendant 4 à 16 heures pour favoriser l’interaction entre les extrémités). Si les
deux extrémités sont déphosphorylées, la ligation ne peut avoir lieu, par contre si une seule est
déphosphorylée, la ligation a lieu sur un des deux brins, l'autre reste avec un nick (brèche).
- Phosphatases : La plus utilisée est la phosphatase alcaline bovine (CIP). Elle catalyse le retrait
du phosphate en 5'. Elle a besoin de zinc et d’un pH entre 9 et 10 pour fonctionner et est stimulée par le
magnésium (Mg++). Elle est thermolabile, elle peut être inactivée par incubation à 65°C pendant une
heure. On peut aussi utiliser une phosphatase alcaline de crevette (SAP), cette phosphatase n’a pas besoin
de zinc pour être active et peut donc être utilisée dans la plupart des tampons compatibles avec les
enzymes de restriction. Elle est encore moins stable que la CIP et est inactivée par une incubation de 15
min à 65°C.
Les phosphatases alcalines sont utilisées par exemple pour déphosphoryler les vecteurs avant de
liguer un insert pour éviter sa recircularisation.
Dr. BOUSSIF (2022)
Génie Génétique 5
- Les polynucléotide kinases : elles transfèrent le phosphate en γ de l'ATP sur le 5'OH de l'ADN
(double ou simple brin) ou sur l'ARN, elles catalysent donc la réaction inverse des phosphatases. Elles
sont utilisées pour le marquage de l'extrémité 5' de l'ADN, et le marquage des oligonucléotides.
- Les méthylases : Elles ajoutent des groupements Méthyl sur le carbone 5 de la cytosine ou
l’azote 6 de l’adénine. Les cytosines méthylées les plus connues précédent un résidu guanine dans ce que
l'on appelle les îlots CpG. La méthylation de l’ADN est un phénomène épigénétique, qui est transmise au
cours des divisions cellulaires et qui peut être réversible (Déméthylation).
Les enzymes de type I reconnaissent des séquences sur l’ADN sans aucune symétrie. Ces enzymes
coupent non pas au niveau de la séquence de reconnaissance mais 1000 à 5000 paires de bases plus loin.
Les enzymes de type III présentent également un site de reconnaissance mais coupent une
vingtaine de nucléotides plus loin.
II.3.3. Séquences d’ADN reconnues par les enzymes de restriction (Sites de restriction)
Les séquences de nucléotides reconnues par les enzymes de restriction sont habituellement des
séquences dites palindromiques. Les séquences palindromiques sont des séquences où la succession des
nucléotides lue dans le sens 5’à3’ (gauche-droite) pour le premier brin est identique à la séquence lue
dans le sens droite-gauche pour le second brin (sens 5’à3’). Ces séquences palindromiques sont le plus
souvent constituées de 4, 5 ou 6 paires de bases.
- Spécificités des sites de restriction :
- Séquence double brins
- Formés souvent de 4, 6 ou 8 paires de base
- Séquences palindromiques (la même séquence de base sur les deux brins d’ADN
mais dans deux sens inversés) ex : 5’-GAATTC-3’ sur un brin et 5’-CTTAAG-3’ sur l’autre.
- Disposition symétrique des bases par rapport au centre de la séquence
(généralement).
quatrième lettre écrite en majuscule correspondant à la souche bactérienne. Enfin pour terminer, un
chiffre romain indique l’ordre de caractérisation de ces enzymes.
Exemples:
EcoRI Extraite de Escherichia coli RYB site reconnu: G / AATTC
SmaI Extraite de Serratia marcescens site reconnu: CCC / GGG
PstI Extraite de Providencia stuartii site reconnu: CTGCA / G
Les sites de restriction sont repérés dans l’ADN par l’enzyme de restriction qui coupe l’ADN en
principe autant de fois qu’il y a de sites de restriction. Ceci est valable pour une enzyme de restriction
donnée, pour une autre enzyme, la coupure se fera en une position différente sur l’ADN. On voit tout de
suite les possibilités considérables de ce type d’outils enzymatiques. L’ADN est découpé en fragments
variables et ceci aussi bien l’ADN circulaire des bactéries ou des plasmides que l’ADN linéaire.
II.3.10. Méthylation des sites de restriction et inactivation des enzymes de restriction
L’ADN bactérien présente des sites de restriction susceptibles d’être repérés par les enzymes de
restriction que possèdent la bactérie. Pour éviter une autodestruction, les enzymes de modification de
l’ADN bactérien interviennent. Ces enzymes de modification sont des méthylases bactériennes (ou
enzymes de méthylation). La méthylation de la cytosine (sur le carbone 5) ou de l’adénine (sur l’azote 6)
appartenant à des sites de restriction aboutit à une inactivation de l’enzyme de restriction correspondante.
Cette méthylation peut se réaliser sur une base ou sur plusieurs bases appartenant au site de restriction.
Les méthylases bactériennes sont très spécifiques.
II.3.11. Utilisations des enzymes de restriction
Les utilisations des enzymes de restriction sont très nombreuses en biologie moléculaire. Par
exemple, elles permettent de fractionner l’ADN en multiples fragments susceptibles d’être séparés par les
Dr. BOUSSIF (2022)
Génie Génétique 9
techniques d’électrophorèse. Les enzymes de restriction peuvent être utilisées pour préparer un fragment
d’ADN d’un gène donné (insert) à être inséré dans un vecteur comme un plasmide. Les enzymes de
restriction sont utilisées couramment pour rechercher des mutations dans le génome.
Les enzymes de restriction sont utilisées pour rechercher dans l’ADN des cellules eucaryotes les
méthylations de bases. Ces méthylations ont une signification complètement différente des méthylations
de bases observées chez les procaryotes. Elles sont en relation directe avec des modifications de
l’expression des gènes des eucaryotes. La méthylation provoque le verrouillage de l’expression de tel ou
tel gène dans un tissu. Les méthylations dans le génome des eucaryotes concernent les cytosines
impliquées dans les doublets dinucléotidiques CG. La recherche de ces doublets et de la présence ou non
d’une méthylation sur les cytosines est réalisée à l’aide de deux enzymes de restriction, une enzyme
insensible à la méthylation des cytosines et une autre enzyme sensible à la méthylation des cytosines.
a. Analyse RFLP
Le polymorphisme de longueur des fragments de restriction (RFLP, restriction fragment length
polymorphism) est une technique qui se base l’analyse des fragments obtenus après digestion par une
enzyme de restriction. La distance entre les sites de clivage d'une certaine endonucléase de restriction
diffère entre les personnes ou les organismes. Par conséquent, la longueur des fragments d'ADN produits
par une endonucléase de restriction différera entre les différents organismes et molécules d’ADN.
Si deux individus diffèrent par un ou plusieurs sites ou, même, par la distance séparant deux sites
identiques consécutifs, il se crée une différence dans la longueur des fragments générés par l'enzyme de
restriction. Une fois transféré sur une membrane de nylon ou de nitrocellulose et hybridé avec une sonde
DNA, le DNA cible digéré est visualisé par autoradiographie, si la sonde est marquée au P32 (sonde
chaude) ou par méthodes biochimiques si la sonde est non radioactive (sonde froide).
Les causes du polymorphisme sont :
- Abolition (perte) ou créatiogain (abolition) d'un site de restriction
- mutation de type insertion-déletion
Cette techniques permet de voir même si les deux loci d’un gène sont bialléliques (les deux allèles sont
modifiés) et si l'expression des allèles est codominante.
Applications de RFLP
Le RFLP a été employé pour plusieurs applications d'analyse génétique depuis son invention. En
effet, la RFLP (Polymorphisme de longueur des fragments de restriction) couplé à une PCR permet
l’établissement de l'empreinte génétique. Après isolement et purification de l’ADN, celui-ci est incubé
avec différentes enzymes de restriction. Les produits de digestion sont alors séparés par électrophorèse et
comparés avec un marqueur de taille lorsqu’il s’agit de déterminer les fragments d’un gène donné. Ou
avec les produits de digestion de l’ADN d’une personne saine (prévalence d’une maladie) ; du suspect
(médecine légale) ; de l’ADN parental (paternité). Certaines de ces applications de RFLP sont citées ci-
dessous :
- Pour déterminer le statut de maladies génétiques telles que la mucoviscidose dans une personne.
- Pour déterminer ou confirmer la source d'un échantillon d'ADN comme dans des tests ou des enquêtes
criminelles de paternité.
- Dans le mappage génétique pour déterminer les régimes de recombinaison qui montrent la distance
génétique entre les lieux.
- Pour recenser un transporteur d'une mutation de pathogène dans une famille.
b. Technologie de l’ADN recombinant
Les enzymes de restriction sont utilisés en biotechnologie pour l’insertion de gènes ou de fragment
d’ADN dans des molécules appartenant à d’autres organismes. Ces enzymes génèrent des extrémités qui
peuvent s’apparier entre elles. Ainsi un gène de d’intérêt pourrait être cloné dans un vecteur de clonage.
c. Cartographie de restriction
En utilisant les propriétés des enzymes de restriction, qui reconnaissent des points précis du génome au
nucléotide près, l'identification des sites de coupure permet d'établir une carte extrêmement détaillée
appelée carte de restriction. Ce qui fournit des informations utiles pour la caractérisation des molécules
d’ADN. Cette cartographie a trouvée de nombreuses applications.