Cours de Microbiologie
Cours de Microbiologie
Cours de Microbiologie
CHAPITRE 1 : INTRODUCTION À LA
MICROBIOLOGIE & À LA MICROBIOLOGIE
MARINE
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Microbiologie
Depuis une 20ène d’années, le monde des « virus » & celui des « bactéries et
archées » n’ont cessé de se rapprocher jusqu’a
s’interpénétrer rendant caduque la
discrimination basée sur la taille, la
complexité génomique, etc.
Exemple : les Plantae & métazoaires sont colonisés par des microorga qui façonnent leurs
traits.. Concept d’holobionte = unité biologique compose de l’hôte & de tous les
microorga qui le colonise.
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Microbiologie
L’Homme est aussi colonisé par des microorga : notre tube dig abrite pas moins de
1012 microorga soit 2 à 10 fois + que le nbr de ¢ qui constituent notre corps.
Les microorga peuvent réaliser des fonctions supplémentaires, peuvent nous aider à
réaliser une fonction & ont un rôle de protection car tapissent l’intérieur de notre corps.
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Microbiologie
2) Certains microorga sont des agents pathogènes des autres formes de vie, dont l’Homme
⇒ Virus (environ 150 types susceptibles d’infecter le tube digestif de l’Homme)
⇒ Bactéries (salmonelles, Shigelles, Campylobacters, Escherichia, Vibrio…)
⇒ Fungi (mycoses par Aspergillus, Candida, etc.)
⇒ Cyanobactéries (Microcystis : production de toxines)
⇒ Microeucaryotes (Giardia, Entamoeba)
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Microbiologie
Apparition spontanée au bout de quelques temps des moisissures sur les aliments,
des mites sur la laine, des souris là ou on entasse de vieux vêtements
Exemples : chine ancienne: bambou —> pucerons ; Inde : sueur —> mouches ; Égypte
antique : limon du Nil —> grenouilles et crapauds
• Louis Pasteur (1822 - 1895) scientifique français, chimiste & physicien de formation
1857 : expérimentations réalisées avec des ballons à « col de cygne » non-chauffés au
rouge. Il réfuta définitivement la
théorie de la génération spontanée
avec son exp.
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Microbiologie
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Microbiologie
Colonnes de Winogradsky
Mise en évidence de a diversité des métabolismes
microbiens permettant la prod d’E
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Microbiologie
Avancées considérables durant le 20ème siècle sur le rôle des microorga dans la fixation du
diazote, décomposition de MO, photosynthèse bactérienne, structures trophiques, concept
de la boucle microbienne …
CONCLUSION
Avancées considérables de la microbiologie marine cette dernière décennie grâce à
l’introduction des outils moléculaires & au dvlpmt des outils analytiques.
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Microbiologie
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Microbiologie
Dimensions extrêmes :
- Mycoplasma (+ petite bactérie connue, bactérie parasite de diamètre 0,2 µm).
Ultramicobacteria = bactéries ayant des diamètres < à 0,2-0,3 µm
- Thiomargarita namibiensis (géante bactérie, longueur = 750 µm). Découverte récente
dans les mangroves de Guadeloupe de Thiomargarita magnifica (longueur = 1cm,
génome bcp + complexe)
3 formes ≠ :
-Forme de bâtonnet (bacillus, bacilli)
-Forme sphérique, de coque (coccus, cocci)
-Forme spiralée (bâtonnet présentant des
incurvations)
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Microbiologie
2) BACILLES :
Bactéries peuvent s’arranger
- 2 bacilles : diplobacilli
- Chaînette : streptobascilli
- Pallisades
- Coccobacilli (exemple : Escherichia coli)
3) FORME SPIRALÉE :
- Vibrio : bacille avec une seule incurvation
- Spirilla : bacille tordu en hélices rigides
- Spirochetes : flexibles
Des bactéries peuvent changer de forme durant les cycle de vie (exemple :
Corynebacterium) : elles sont pléomorphes.
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Microbiologie
⇒ Rapport Surface (en contact avec l’environnement) / Volume (élevé par rapport aux
eucaryotes) avantageux. En effet, le V cellulaire à soutenir d’un pdv énergétique est petit
tandis que la S d’échange nutritionnelle est grande.
⇒ Bcp moins couteux d’un pdv énergétique pour se déplacer
Les grosses bactéries elles, peuvent stocker des éléments nutritifs dans les vacuoles
(récupère éléments dans les sédiments puis monte en surface pour faire la respiration)
Bactéries pluricellulaires :
Caractéristiques d’un organisme de type procaryote pluricellulaire :
- Constitué de nbreuses cellules
- Chaque cellule contient un nucléoïde (son propre matériel génétique, son propre
génome)
- Spécialisation de certaines cellules (fonction ≠ des autres cellules & donc apporte un
avantage aux autres cellules)
Exemple : certaines espèces de Cyanobactéries comme les Cyanobactéries organisée en
trichomes genre Anabaena : enchaînement de cellules (thalle) avec ou sans gaine,
communication par des microplasmodesmes + cellules spécialisées dite hétérocystes
permettant la fixation du diazote atmosphérique (anaérobiose (pas d’oxygène à l’int de
l’hétérocyste) & nitrogénases : avantage pour se dvpler dans des milieux pauvres en
diazote)
Bactéries coloniales
= qui vivent à plusieurs
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Microbiologie
Développement du biofilm :
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Microbiologie
Cohésion forte entre les populations de bactéries qui composent ces biofilms.
Éléments constants :
- Membrane
- Cytoplasme
- Matériel génétique
- Ribosomes
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Éléments inconstants (pas présents chez toutes les bactéries, résultant de l’évolution,
conférant un avantage).
Exemple : flagelle (pas présent chez toutes les bactéries)
SAVOIR LEGENDER OU FAIRE UN SCHEMA DES ÉLÉMENTS CONSTANTS D’UNE CELLULE PROCARYOTE OU
EUCARYOTE
- Paroi qui fait partie d’une structure multi-stratifiée, appelée enveloppe (= paroi
cellulaire + membrane cytoplasmique)
Elle est composée de polymères avec une structure assez complexe qui forme une cage
localisée à l’ext de la membrane plasmique ⇒ confère un rôle de protection contre les
phénomènes d’osmose (évite l’explosion de la cellule)
- Absence de membrane nucléaire : le matériel génétique (acide désoxyribonucléique
bicaténaire) se retrouve compacté au niv d’une zone appelée nucléoïde, les bact &
archées généralement aploides càd qu’elles possèdent le gène en un seul exemplaire
- Absence de membranes internes dans le cytoplasme (sauf Planctomycetes)
Les bactéries & archées n’ont pas d’organites mais réalisent les mêmes fonctions que
les eucaryotes
De plus, on peut retrouver des inclusions avec des natures très diversifiées, des
fimbriae, un pilus sexuel (pont inter cytoplasmique ayant un rôle dans la conjugaison
bactérienne notamment), etc.
C’est un élément constant car structure nécessaire à la cellule car elle agit comme :
- Barrière permeable & sélective (nutriments & déchets)
- Sites d’activités biochimiques importantes (exemple : activités de production d’E,
éléments nécessaires à la production d’E via la respiration/la photosynthèse…)
- Limite mécanique (dans le cas des cellules qui ne possèdent pas de paroi)
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Microbiologie
⇒ Lipides à l’origine de la
barrière/perméabilité selective
qui rend notamment la membrane
imperméable aux ions
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Microbiologie
TRANSPORT PASSIF
• Diffusion simple (ou libre)
= diffusion d’un soluté au travers de la MP selon son gradient de concentration
(du compartiment où soluté est le + concentré vers compartiment où il est le - concentré)
Elle sera réalisée jusqu’à atteindre un équilibre des concertations des 2 côtés de la
membrane.
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C) POLYSACCHARIDES DE SURFACE
Ce sont des glucides liés soit :
- À des prot extrinsèques = glycoprotéines
- À des prot phospholipidiques = glycolipides
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Microbiologie
Les polysaccharides de surface sont des antigènes reconnus par les anticorps ou les
cellules du syst immunitaire d’1 organisme pouvant induire une réponse immunitaire.
+ Acides teichoïques liés au peptidoglycane & acides lipoteichoïques liés aux lipides
membranaires :
- Acides ont un rôle dans la stabilité de la paroi (arrimage de la paroi à la membrane)
- Sites de fixation des bactériophages
1 Lyse = apport massif d'eau dans la cellule, ce qui va la faire éclater par choc osmotique
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Microbiologie
- Propriétés antagoniques
Composition ME :
- Bicouche de phospholipides (ester de glycerol)
- Feuillet externe (lipopolysaccharides), feuillet interne (lipoprotéines de Braun)
- Barrière supplémentaire (protection supplémentaire de l’entrée de composés nocifs) &
prévient la perte de constituants excrétés dans le périplasme
- Protéines de structure consolidant la membrane ext & des canaux protéiques
(porines) permettant les transferts
Composition périplasme :
= compartiment aqueux représentant 20 à 40% du Vcellulaire
Riche en prot solubles ayant des rôles variés :
- Protéines de liaisons : aidant à l’absorption des sucres, vitamines & minéraux
- Enzymes de dégradation (phosphatases, nucléases, protéases)
- Enzymes de détoxification (inactivent certains antibiotiques par exemple)
- Protéines impliquées dans la biogenèse du peptidoglycane
- Protéines impliquées dans le chimiotactisme (déplacement des cellules dirigé en
fonction de l’env chimique)
Fabriquées au niv du cytoplasme & ensuite amenées au périplasme
Membrane externe
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Microbiologie
Bactéries à Gram - Bactéries à Gram +
1) Frottis sur lequel on applique un colorant primaire (crystal violet) : le colorant traverse
la paroi, il est transporté vers le cytoplasme des cellules ⇒ tts les cellules sont colorées
indifféremment
2) On applique une solution iodée, le lugol (mordant = substance chimique qui facilite la
coloration)
3) On applique une solution d’alcool qui permet la décoloration des bactéries Gram - :
l’alcool est transporté jusque dans le cytoplasme des bactéries à Gram - & lave les
molécules colorantes qui se trouvent dans le cytoplasme des bactéries
Difficile d’observer des bact non colorées donc,
4) On applique un colorant rose (safranin) qui va colorer le cytoplasme de tts les cellules
(les incolores deviennent roses, les violettes restent violettes)
celui-ci est recouvert de lipides (couche très épaisse & très complexe) qui va représenter
jusqu’à 70% du poids de la paroi
Couche imperméable à des nbreux agents comme l’éthanol, les détergents ou les
antibiotiques classiques ⇒ BAAR : bactéries acido-alcoolo résistantes.
B) ARCHÉES
Les enveloppes des Archées apparaissent très variées, & aussi ≠ de celles des bactéries que
de celle des eucaryotes.
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Microbiologie
D) COUCHE S-LAYER
Environ 10% des procaryotes connus possèdent une couche S (S-layer) située à la surface
cellulaire, composée de prot ou de glycoprotéines qui forment une structure régulière
ressemblant à celle d’un cristal.
⇒ Rôle : protection contre fluctuations ioniques, variations de pH, stress osmotique,
enzymes ou bact prédatrices
2.3. LE GLYCOCALYX
Élément facultatif (⇒ pas pst chez tous les taxons)
Formé de polysaccharides, très hydraté qui entoure l’enveloppe de nbreuses bact
2 formes :
- Étroitement liée à la cellule = la capsule
(Bact capsulées = bact qui produisent cette capsule)
- Plus relâchée (presque visqueuse) = le slime
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1) Pili (fimbriae) = structures fibrillaire très fines & rigides situées en surface.
Polymères de polypeptidique (piline) assemblée à des polypeptides mineurs comme
l’adhésine
⇒ Pili communs : attachement des bact à des surfaces biotiques ou abiotiques (rôle dans
la formation des biofilms)
⇒ Pili sexuels : + longs & codés par des plasmides (facteur F). Rôle dans l’attachement
des bact entre elles (conjugaison) & sont un récepteur de virus bactériens
Observés au microscope électronique ME seulement.
Dans leur env, les bact sont soit mobiles & en suspension dans un milieu liquide
(phase pélagique), soit immobiles & adhérents (biofilm).
2 modes de déplacement :
- Déplacements passifs
- Déplacements actifs (mise en place d’une activité motrice)
Mobilité dans milieux liquides ou hydratés (surface gélose), +sieurs types de locomotion :
- La nage (grâce aux mvmts d’un ou +sieurs flagelles)
- La glisse (glissement bactérien implique pas utilisation de flagelles)
- L’essaimage bactérien : type de migration social d’un groupe de bact à partir d’une
colonie (coordination du déplacement)
1) Allongement des bact & synthèse des flagelles supplémentaire
2) Alignement des bact selon leur axe longitudinal (= formation de radeaux
multicellulaires)
3) Migration active vers l’ext de la colonie
⇒ En utilisant la propulsion de tt le groupe, elles peuvent migrer dans des endroits
qu’elles seraient incapables de coloniser individuellement
- La rétraction (du pili)
Chez les bact appartenant au phylum Spirochètes, les flagelles sont périplasmiques,
formant un faisceau inséré dans l’enveloppe.
Tactisme = mvmt orienté vers ou dans le sens opposé d’1 stimulus chimique ou
physique. Exemples : le chimiotactisme (éléments chimiques), le phototactisme
(lumière), le magnétotactisme (champs magnétiques).
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Microbiologie
Comment les bact s’orientent dans un espace contenant attractants & répulsifs ?
Conditions non neutres
⇒ Si direction prise après culbute
dirige la cellule vers une orientation
préférentielle (une augmentation du
gradient d’une substance attractive, ou
une diminution d’un répulsif) : la
course reprend
⇒ Si orientation pas bonne : cellule
recommence à culbuter
Chez les organismes modèles Escherichia coli & Bacillus subtilis, chimiotactisme &
rotation des flagelles controlés par une cascade de signalisation impliquant plusieurs
protéines,
Composants majoritaires :
- Eau (70%)
- Macromolécules (prot & acides nucléiques)
- Ribosomes
- Ions minéraux
Taille moyenne génome : chez E.coli 4,6 millions de pb (Mpb) & environ 4000 gènes.
Soit environ 1,5 mm pour une bact de 1 à 10 µm.
Génomes bactériens ont des tailles variant de 0,65 à 10 Mpb
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Microbiologie
Réserves organiques :
- Glycogène & amidon (= polymères de glucose)
- Poly-β-hydroxybutyrate (= composé lipidique)
Réserves minérales :
- Granules de polyphosphate : réserve
de phosphore pour biosynthèse des
phospholipides & acides nucléiques
- Inclusions de soufre élémentaire (S°)
: réserve de soufre réduit par des bact
chimiolitotrophes pour produire de l’E
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Microbiologie
• Thylakoïdes isolés à la périphérie de la cellule & non entourés par une enveloppe (pas
de plaste chez les bact)
Ils assurent la phototrophie grâce à la présence de divers pigments :
- La Chl a comme chez l’ensemble des végétaux photosynthétiques
- Des pigments surnuméraires : les phycobiliprotéines
A : hétérocystes
B : akinètes
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Microbiologie
STRUCTURE DE LA SPORE
- Exosporium qui recouvre une tunique sporale (spore
coat) : enveloppes riches en prot (couches protéiques) =>
protection & resistance
- Cortex : structure proche du peptidoglycane + acide
dipicolinique de calcium => imperméabilité à l’eau,
contenu préservé du milieu l’ext
- Cellule sporale : paroi sporale (core wall) entourant un
protoplasme contenant de l’ADN + quelques ribosomes
SPORULATION
GERMINATION
= placée dans des conditions favorables (eau, glucose), la spore redonne naissance à
une cellule végétative
Décomposée en 3 étapes :
- Activation : lorsque les conditions redeviennent favorables, activation de la spore
induite par une lésion des enveloppes sporales par des agents physiques (choc
thermique), chimiques (acides, lysozyme) ou mécaniques
- Initiation : débute en présence de conditions favorables d’hydratation & de
métabolites effecteurs qui pénètrent à travers les enveloppes endommagées. Des
enzymes hydrolytiques dégradent les constituants de la spore : il y a libération du
dipicolinate de calcium. Une fois le cortex détruit, la spore s’imbibe d’eau & gonfle
- Émergence de la nouvelle cellule végétative : grâce à l’altération des enveloppes
CONCLUSION
Structure cellulaire simple en comparaison de celle des organismes eucaryotes mais
aptitudes à exploiter les diverses ressources & à s’adapter aux fluctuations de l’env.
- Éléments constants : MP, cytoplasme, appareil nucléaire, ribosomes, paroi (bact)
- Éléments facultatifs : capsule/slime, endospore, plasmide, vacuole à gaz (bact
aquatiques), inclusions de réserves, pili/fimbriae, flagelles, thylakoïdes/chlorosomes
(bact photosynthétiques)
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Microbiologie
PHASE DE CROISSANCE (durée variable d’une esp à l’autre ou pour une esp considérée
variable selon les conditions environnementales)
- Cellule mère de longueur L
- Reconnaissance du site d’origine de réplication ori par le réplisome
- Formation de 2 fourches de réplication
- Copie de chaque brin séparément
- On observe une augmentation de la longueur de la cellule : 2L
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Microbiologie
• MÉTHODE DE NUMÉRATION
Mesure du nbr de cellules :
numération en gélose, cellules de
comptage
⇒ Inconvénient : pas de
distinction entre cellule vivantes &
cellules mortes
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Microbiologie
COURBE DE CROISSANCE
BACTÉRIENNE EN MILIEU NON-
RENOUVELÉ :
⇒ Milieu non-renouvelé = milieu
pour lequel on n’apporte pas de
nouveau substrat en cours de
culture, ainsi la croissance est
limitée & s’arrête par épuisement
des substrats + accumulation des
déchets
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Microbiologie
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