TD Biologie Moleculaire L2 BCGS-2017-1
TD Biologie Moleculaire L2 BCGS-2017-1
TD Biologie Moleculaire L2 BCGS-2017-1
PLATEFORME DE GENOMIQUE
FONCTIONNELLE
Exercice 2
On veut amplifier un fragment du gène dont la séquence est représentée ci-dessous.
1-5’ gcttcaacagttttggaagcaaaggctcttttgaaagaagccctccaagcagaagttgga
61 ttgccggtggacgaaaaaattcctctcattggtttcattggtaggcttgaagagcaaaag
121 ggttcagatattcttgcagaagccattccccaatttatcaaggagaatgttcagctggta
181 gccctaggaacaggaaaaaaacaaatggaaaaacagcttcaggaacttgaaatcgcatac
241 cctgacaaggccagaggagtggcaaaattcaatgttcccctggcccacatgataattgct
301 ggtgctgattttatattggttcctagcagatttgagccttgtggtctcattcagttacaa
361 gctatgcgctatggaacagtacctattgttgcctcaaccggtggattagttgacactgtt
421 aaagaaggcttcacaggatttcagatgggttccttcaatgtagagtgtgaagctgtggat
481 gctgctgatgtggatgctatagcaaagactgtcacaagggcccttgcagtctacggaact 3’
Choisissez deux amorces de 20 nucléotides chacune parmi celles indiquées ci-dessous sachant
que la région à amplifier va de 277 à 522 ddATP ddGTP ddCTP ddTTP
A : 5’cccctggcccacatgataat3’ B : 3’cccctggcccacatgataat5’
C : 3’ggggaccgggtgtactatta5’ D : 5’ggcccttgtgacagtctttg3’
E : 3’ggcccttgtgacagtctttg5’ F : 5’caaagactgtcacaagggcc3’
Exercice 3
On séquence un fragment d’ADN dont le résultat est indiqué sur la
figure d’en face. Donner la séquence de son brin complémentaire et son
orientation. (1 pt)
Quel est le rôle des ddNTP ? (1 pt)
A : Les ddNTP bloquent l’élongation du fragment d’ADN naissant
B : Les ddNTP permettent l’élongation du fragment d’ADN naissant
Exercice 4
5. Deux colonies bactériennes ont été isolées du milieu solide (voir 4) et cultivées sur milieu
liquide pendant une nuit puis on procède à l’extraction de l’ADN plasmidique bactérien. Quel
liquide doit-on utiliser pour précipiter l’ADN ?
A : Ethanol 100% B : Chloroforme C : Aucun
6. Après extraction de l’ADN plasmidique, on quantifie la concentration de l’extrait à l’aide
d’un spectrophotomètre programmé à 260 nm. On dispose d’une cuve en quartz dont le
diamètre est de 0,5 cm dans laquelle on ajoute 250 µl d’H20 ultra pure et 2 µl d’extrait
d’ADN plasmidique. La cuve contenant ce mélange est placée dans le spectrophotomètre puis
ce dernier affiche une densité optique de 0,02. A l’aide ces valeurs, calculer la concentration
de l’ADN plasmidique contenu dans l’extrait.
A : 125 ng/µl B : 250 ng/µl C: 500 ng/µl D: Autre valeur
7. On digère l’ADN plasmidique (voir 5) avec Hind III puis les produits de digestion ont été
séparés par migration sur un gel d’agarose, colorés au bromure d’éthidium, visualisés aux
rayonnements UV (Figure 2). Les profils obtenus sont-ils ceux attendus ?
A : Oui B : Non
8. Une seconde méthode pour démontrer que le gène Bt est effectivement cloné dans le
plasmide pBM203 consiste à amplifier un fragment du gène Bt (Figure 3) en utilisant l’extrait
de l’ADN plasmidique. La portion du gène Bt à amplifier va du nucléotide 2314 à 2532, les
amorces ayant chacun une longueur de 20 nucléotides. Donner la séquence de chaque amorce.
A : Amorce 1 : 5’aggcacctttgatgagtgct3’ B : Amorce 1 : 3’tccgtggaaactactcacga5’
C : Amorce 2 : 5’ gagagccgaatcgatgcgcg3’ B : Amorce 2 : 3’ctctcggcttagctacgcgc5’
2/2
Figure 1b : Carte de restriction du plasmide pBM203
Exercice 5
On réalise une extraction d’ADN à partir de jeunes feuilles de niébé puis on se livre à la quantification
de l’extrait. A cet effet, on prélève 2 µl de l’extrait d’ADN auxquels on ajoute 500 µl d’eau ultra pure,
le tout est mélangé et mis dans une cuve en quartz. La cuve est placée dans un spectrophotomètre
lequel nous donne une densité optique de 0,2. Calculer la concentration de l’ADN dans votre extrait
(exprimer l’unité en ng/µl).
Exercice 6
Quelles sont les conséquences de l’intégration d’un rétrotransposon (RT) dans l’expression des gènes
humains comme indiqué en figure 1 (A à E).
A
Exercice 7
L’amorce indiquée ci-dessous peut-elle se fixer sur la séquence 1 ? Si oui représenter la zone
fixation en indiquant l’appariement des bases.
5’CCGATTTCGCCATATCCCCA3’
Séquence 1 :
5’TAGATGTCCAAATATCTGGGGATATGGCGAAATCGGTAGATAATTCTCATAAGGCCC3’
Exercice 8
On introduit un transposon (mPing) (Figure A) dans le Soja (Glycine max) grâce aux
techniques du génie génétique (bombardement à l’aide d’un canon à particules). Trois plantes
(2-9 ; 3-3 ; et 2-5) ont été régénérées puis on suit l’activité du transposon au stade 1 et 2 de
leur développement à l’aide de la PCR. Les résultats obtenus après électrophorèse sont
représentés sur la figure B.
Exercice 9
Soit le fragment d’ADN (figure 1) dont seules les extrémités sont représentées d’une façon
détaillée. La flèche grisée contient une séquence bornée par un ATG et un codon Stop, codant
une protéine X. On veut digérer ce fragment afin de le cloner dans le plasmide pUC19
représenté sur la figure 2 mais on ne dispose que de deux enzymes de restriction BamHI et
PvUII dont les sites de coupure (restriction) sont :
BamHI : 5’G/GATCC3’
PvUII : 5’CAG/CTG3’
La barre indique les nucléotides entre lesquels la coupure a lieu.
a. Indiquer l’enzyme capable de couper ce fragment (1 pt)
b. Représenter le fragment après coupure en indiquant l’orientation de chaque brin (2 pts)
c. Comment s’appellent les extrémités du fragment obtenu après digestion (2 pts)
d. Avec quelle enzyme faudra-t-il couper le plasmide pUC19 pour pouvoir cloner le
fragment digéré dans le MCS (multiple cloning site ou polylinker) (1 pt)
e. On incube ce fragment et le pUC19 digérés ensemble dans un tube, quelle enzyme
doit-on ajouter pour favoriser leur soudure (1 pt)
f. Si le clonage a réussi, le gène LacZ sera-t-il toujours fonctionnel (1 pt)
PvUII
Exercice 11
Indiquer la ou les réponses justes
a. La RNAase est une enzyme capable de: (1 pt)
digérer des fragments ARN,
digérer des fragments ADN,
ligaturer des acides nucléiques
b. Les techniques de mutagénèse appliquées aux plantes permettent de:
créer de nouvelles variétés végétales
tuer la plante
rendre la plante toxique
c. Chez Vibrio cholerae agent responsable du choléra, les intégrons sont responsables de
la:
Mort de la bactérie
Résistance à de nombreux antibiotiques
Sensibilité à plusieurs antibiotiques
d. Les transposons sont des
Protéines
Fragments ARN mobiles
Fragments ADN mobiles
e. Les MITES et les Hélitrons sont des :
Intégrons
Transposons
Rétrotransposons
f. Le rétrotransposon L1 est responsable chez l’homme:
Du cancer de la peau
Du cancer du sein
Du cancer du colon
De l’hémophilie
Exercice 12
Un fragment d’ADN d’une taille de 5 Kpb isolé chez le Niébé est digéré par des enzymes de
restriction. Les produits de digestion sont faits migrer dans un gel d’agarose puis colorés au
bromure d’éthidium et photographiés sous ultraviolets (Figure 1).
1. Compléter le tableau 1 en indiquant le nombre de sites de restriction pour chaque enzyme.
(5 Pts)
Tableau 1 : Nombre de sites de restriction identifiés
au niveau du génome X
Piste (puits) du Enzyme de Nombre de site de
gel restriction restriction
1 Aucun
2 EcoRI
3 BamHI
4 HindIII
5 PvuII
Le plasmide pBR322 (Fig. 2) contient des gènes de résistance à des antibiotiques (amp :
Ampicilline ; tet : Tétracycline). On veut utiliser ce plasmide pour cloner des fragments. A cet
effet, le plasmide et les fragments à cloner sont digérés au préalable par des enzymes de
restriction représentés dans le Tableau 2. Indiquer dans le Tableau 3 le ou les antibiotiques à
utiliser pour sélectionner les bactéries contenant le plasmide recombinant. (6 Pts)
Tableau 2 : Enzymes et sites de restriction. La barre indique le lieu de coupure
Exercice 14
On veut amplifier un fragment du gène dont le produit est impliqué dans la biosynthèse de
l’amidon (séquence ci-dessous) chez le Niébé.
Choisissez deux amorces de 20 nucléotides chacune parmi celles indiquées ci-dessous sachant
que la région à amplifier va de 1173 à 1663. (5 Pts)
A : 5’GAAAGAAGCCCTCCAAGCAG3’ B : 3’CTTTCTTCGGGAGGTTCGTC5’
C : 5’CAAAGACTGTCACAAGGGCC3’ D : 5’GGCCCTTGTGACAGTCTTTG3’
Exercice 15
début de la transcription
2. La séquence ci-dessous a été isolée du génome de maïs (Zea mays). Elle contient le
transposon mPIF dont la séquence va du nucléotide 1322 au nucléotide 1681 soit 360 bp.
a. Donner la séquence du site d’insertion de ce transposon, justifier votre réponse (5 pts)
Vous avez appris en cours qu’il existe des transposons autonomes qui codent pour une
transposase et des transposons non autonomes ne codant pas pour une transposase.
b. Sachant que le début d’une partie codante est ATG dans quelle catégorie classeriez-vous le
transposon mPIF, justifier votre réponse (5 pts).
c. Quel rôle les transposons de cette catégorie peuvent-ils jouer dans le génome (3 pts)
Exercice 17
On veut amplifier par PCR la région allant du nucléotide 3 au nucléotide 255 du fragment
représenté ci-dessous. A cet effet, on choisit deux amorces de 20 nucléotides chacune.
L’amorce de gauche est appelée amorce 1 et celle de droite amorce 2
1 5’ctccggaaag ctggcaaagt tactgtgagg gagtcaagtt tgaaaaagtt gggtgcttcc
61 cactttaaac atggagtggc cgatgaacac tttgaggtag tatccccacc catctggaaa
121 tgtcctgtca ataaataagc tgtaaatgct tatctttcaa tttagtaact aagtggctga
181 ttcttttcct gcctttgtaa atggctcaca ggtaacaaaa tttgcgttgc tggaaacaat
241 caaggaagca gtcccag3’
La séquence de l’amorce 1 est : 3 Pts
A: 5’ctccggaaagctggcaaagt3’
B : 5’ccggaaagctggcaaagtta3’
C: 3’ccggaaagctggcaaagtta5’
D: 3’ggcctttcgaccgtttcaat5’
La séquence de l’amorce 2 est :
A: 5’acaatcaaggaagcagtccc3’
B: 3’acaatcaaggaagcagtccc5’
C: 3’tgttagttccttcgtcaggg5’
D: 3’ttgttagttccttcgtcagg5’
Exercice 18
On réalise une extraction d’ADN d’un fragment d’une jeune feuille de plante puis évalue la
densité optique (D.O.) aux longueurs d’ondes 260 nm, 280 nm, 230 nm et on trouve
respectivement 0,047 ; 0,026 et 0,12. Pour calculer le degré de contamination en protéines on
procède de la façon suivante :
A: DO260/DO230
B: DO260/DO280
C: DO280/DO260
D: on ne peut pas calculer le degré de contamination en protéines
Si on peut calculer le degré de contamination en protéines de l’extrait quelle est votre
conclusion?
A: pas de contamination en protéines
B: forte contamination en protéines
C: On ne peut pas calculer le degré de contamination en protéines
Exercice 19
Pour séquencer le génome d’une espèce végétale les méthodes classiques étaient basées sur
l’extraction de l’ADN, digestion puis clonage des fragments dans des :
A: Plasmides
B: Cosmides
C: BAC ou YAC
Exercice 20
Agrobacterium tumefaciens possède
A: un plasmide uniquement
B: un chromosome uniquement
C: Un chromosome et un plasmide
Exercice 21
On incube l’enzyme de restriction XhoI avec le fragment ci-dessous sachant que son site de
restriction c/tcgag (le lieu de coupure est indiqué par la barre).
gagccggagctatccctgttacgtgcgctatataagctactcgagatttgccagtaagtcccataacagtagccatttttccaacgctcctg
Exercice 22
1. Citer deux agents chimiques mutagènes étudiés en cours.
2. Un transposon non autonome a un gène qui code pour une transposase.
Réponse
a. vrai b. faux
3. Agrobacterium tumefaciens est une bactérie phytopathogène qu’on peut utiliser pour
introduire un gène dans :
Réponse : A : Plante B : Animale C : un plasmide
3. La séquence ci-dessous représente celle d’une portion d’un gène d’ATPase de la Luzerne
choisissiez les amorces permettant d’amplifier la région du nucléotide 1822 à 2071. Les
amorces ont chacune une longueur de 20 nucléotides.
Exercice 23
Soit le fragment d’ADN (figure 1) dont seules les extrémités sont représentées d’une façon
détaillée. La flèche grisée contient une séquence bornée par un ATG et un codon Stop, codant
une protéine X. On veut digérer ce fragment afin de le cloner dans le plasmide pUC19
représenté sur la figure 2 mais on ne dispose que de deux enzymes de restriction BamHI et
PvUII dont les sites de coupure (restriction) sont :
BamHI : 5’G/GATCC3’
PvUII : 5’CAG/CTG3’
La barre indique les nucléotides entre lesquels la coupure a lieu.
g. Indiquer l’enzyme capable de couper ce fragment (1 pt)
h. Représenter le fragment après coupure en indiquant l’orientation de chaque brin (2 pts)
i. Comment s’appellent les extrémités du fragment obtenu après digestion (2 pts)
j. Avec quelle enzyme faudra-t-il couper le plasmide pUC19 pour pouvoir cloner le
fragment digéré dans le MCS (multiple cloning site ou polylinker) (1 pt)
k. On incube ce fragment et le pUC19 digérés ensemble dans un tube, quelle enzyme
doit-on ajouter pour favoriser leur soudure (1 pt)
l. Si le clonage a réussi, le gène LacZ sera-t-il toujours fonctionnel (1 pt)
Exercice 24
La séquence en figure 3 représente celle de la partie codante d’un gène d’hémoglobine de
plante (filao ou Casuarina glauca). On veut amplifier par PCR la région allant de 100 à 460.
Chaque amorce doit avoir une taille de 20 nucléotides.
a. Donner la séquence de chacune des amorces, son orientation et son pourcentage en GC (6
pts)
1 cgctaacaaa gtgagtgtgt gagcttgtga gagaaagaga taaagaaatg gctttgacag
61 agaggcaaga agctttgtta aaacaatcat gggaggtctt gaagcaaaac atccctgggc
121 atagtcttcg tctctttgcc ttgatcatag aagcagcacc agaatccaag tatgtgttct
181 cctttttgaa agactcgaat gaaattcctg aaaataatcc aaagctcaag gcccatgctg
241 cagtgatttt caagacaata tgtgagtcag ccactgagct gcggcaaaaa ggccaggccg
301 tgtgggataa taatactttg aagcgcttgg gttcaattca tcttaagaac aaaatcactg
361 atccacattt tgaggtgatg aaaggagcct tactaggaac aatcaaagag gcagttaaag
421 agaattggag tgatgagatg ggttgtgctt ggactgaagc ctacaaccag ctggttgcca
481 ccatcaaggc tgagatgaaa gaataagcct atcctatatc tttaaattga gatatttaaa
541 tatatgtgtg tacttttatg cacatttact tatatgtatt tgaggtatca acccacatca
601 tacactttca catacttcat gtttgtgatt tgtgtataaa gggtgtaatg cttacaaagg
661 ttctcctagt aggcaagtaa atttcccatc tataataaat aaattttttt attggggttg
721 taaaaaaaaa
Figure 3 : Séquence d’un fragment d’un gène d’hémoglobine de Casuarina glauca
Exercice 25
Indiquer la ou les réponses justes
a. La RNAase est une enzyme capable de: (1 pt)
digérer des fragments ARN,
digérer des fragments ADN,
ligaturer des acides nucléiques
b. Les techniques de mutagénèse appliquées aux plantes permettent de: (1 pt)
créer de nouvelles variétés végétales
tuer la plante
rendre la plante toxique
c. Chez Vibrio cholerae agent responsable du choléra, les intégrons sont responsables de
la: (1 pt)
Mort de la bactérie
Résistance à de nombreux antibiotiques
Sensibilité à plusieurs antibiotiques
d. Les transposons sont des (1 pt)
Protéines
Fragments ARN mobiles
Fragments ADN mobiles
e. Les MITES et les Hélitrons sont des : (1 pt)
Intégrons
Transposons
Rétrotransposons
f. Le rétrotransposon L1 est responsable chez l’homme: (1 pt)
Du cancer de la peau
Du cancer du sein
Du cancer du colon
De l’hémophilie
Exercice 26
1. On veut amplifier par PCR la région allant du nucléotide 43 au nucléotide 143 du fragment
représenté ci-dessous en vue de l’utiliser comme sonde.
a. Choisissez deux amorces qu’on peut utiliser pour amplifier ladite région sachant que
l’amorce sens et antisens ont respectivement une longueur de 18 et 20 nucléotides. Parmi les
amorces proposées (A, B, C, D, E) choisir celles qui peuvent amplifier cette région ?
1 5’tggttggaac ttaccaagta ataattttca aattcagaga aaccctggaa ttcacaatgg
61 gcaatcctga gccaaatcct gttttctgaa aacaaagaaa aattcagaaa gttataataa
121 aaaagggata ggtgcagaga ctctatggaa gctgttctaa caaacgaaat tgacgacttt
181 ttttattgca ttagtaaaag aatcctttca ccaaaattac aggaatggat cactgaaata 3’
A. 5’CCCTGGAATTCACAATGG 3’ B. 5’CCATTGTGAATTCCAGGG 3’
C. 5’ AGGGATAGGTGCAGAGACTC 3’ D. 5’GAGTCTCTGCACCTATCCCT 3’
E. autres
b. Chez les individus à peau blanche, le fragment d’ADN représenté ci-dessus, sous
l’influence des UV peut subir une altération, laquelle ? Quelle peut être la conséquence de
cette altération ?
2. On réalise une extraction d’ADN d’un fragment d’une jeune feuille de plante. On prélève 4
µl de l’extrait d’ADN puis on le met dans une cuve dont le trajet optique (diamètre) est de 0,5
cm et on ajoute 500 µl d’eau ultra pure. Après avoir homogénéisé, la cuve est placée dans un
spectrophotomètre puis on évalue la densité optique (D.O.) avec les longueurs d’ondes 260
nm, 280 nm, 230 nm et on trouve respectivement 0,05; 0,03 et 0,14. On vous rappelle qu’une
unité de densité optique pour une solution d’ADN pure dans une cuve de 1 cm de diamètre est
50 µg/ml.
a. Quelle type de cuve doit-on utiliser ?
b. Calculer la concentration en ADN (en ng/µl) de l’extrait obtenu.
c. Calculer le degré de contamination en protéines et en polysaccharide.
d. L’extrait d’ADN est-il contaminé en protéines et en polysaccharides?
3. Le plasmide pBR322 ci-dessous possède un seul site de restriction EcoRI (G/AATTC) sur
lequel on réalise les opérations suivantes :
a. on incube pBR322 avec EcoRI
b. après le traitement en (a) on ajoute une phosphatase alcaline
c. Quelque temps après le traitement (b) on ajoute une T4 polynucléotide kinase en présence
d’ATP
d. on incube le fragment obtenu en (c) avec un fragment X ci-dessous digéré avec EcoRI et on
ajoute une T4 ligase en présence d’ATP
e. Schématiser la réaction qui se déroule à chaque étape.
pBR322
Exercice 27
1. on veut mettre en évidence dans le génome de la variété X d’arachide (Arachis hypogea), la
présence du gène Ara h 2.02 qui code pour une protéine responsable de l’allergie chez
l’homme. On synthétise par PCR, une sonde complémentaire au fragment du gène Ara h 2.02.
Sachant qu’on amplifie la région du gène Ara h 2.02 allant de 66 à 300, choisissez parmi les
amorces A, B, C et D le couple d’amorces sens et antisens (20 nucléotides chacune) à utiliser.
Quelle est la longueur du fragment amplifié ?
1- 5’atggccaagc tcaccatact agtagccctc gcccttttcc tcctcgctgc ccacgcatct
61 gcgaggcagc agtgggaact acaaggagac agaagatgcc agagccagct cgagagggcg
121 aaccttaggc cctgcgagca acatctcatg cagaaaatcc aacgtgacga ggattcatat
181 ggacgggacc cgtacagccc tagtcaggat ccgtacagcc ctagtcagga cccggacaga
241 cgtgatccgt acagccctag tccatatgat cggagaggcg ctggatcctc tcagcaccaa
301 gagaggtgtt 3’
Figure 1: Séquence de l’exon 1 du gène Ara h 2.02.
Séquence des amorces proposées
A. 5’gcagcagtgggaactacaag3’ B. 5’ctggatcctc tcagcaccaa3’
C. 5’cttgtagttcccactgctgc3’ D. 5’ttggtgctgagaggatccag3’
2. Des graines de la variété X d’arachide (Arachis hypogea) sont immergées dans une solution
contenant 1,2% d’acide sulfonique éthyl méthane (EMS) pendant 4 h 30 min, rincées à l’eau
puis semées au champ pour obtenir des plantes lesquelles produisent des graines M2. On sème
ces graines M2 pour obtenir des plantes M3. On séquence à nouveau l’exon 1 du gène de Ara
h 2.02 chez les plantes M3. Le début de la séquence est représenté ci-dessous.
a. Au vu des séquences présentées sur les figures 1 et 2, l’acide sulfonique éthyl méthane
(EMS) a-t-il un effet sur l’ADN ? Si oui lequel ?
b. Est-il probable que les graines des plantes M3 produisent une protéine allergène ? Justifiez
votre réponse.
7. La RNA ligase est capable de ligaturer une extrémité 5’-phosphate et une extrémité 3‘-OH
d’un acide nucléique simple brin.
Vrai Faux
8. La ribonucléase H clive la chaine d'ADN à partir de l'extrémité 3' des duplex ADN/ARN
libérant un ARN simple brin.
Vrai Faux
9. On réalise par la technique de Sanger, le séquençage d’un fragment d’ADN dont le résultat
est représenté sur la figure ci-dessous. Donner la séquence et l’orientation du fragment lu. 2
Pt
Sens de
migration