UNIVERSITE MARIEN NGOUABI

FACULTE DES SCIENCES ET TECHNIQUES

DEPARTEMENT DE BIOLOGIE

PARCOUR: LICENCE
NIVEAU: LICENCE Ш BIOLOGIE

GROUPE N°25
COMPTE RENDU DU TP DE
BIOPHYSIQUE

NOMS ET PRENOMS
1. MOTONDE-DAKAUD ALSHEN
2. YOLOUKA BOUYOU CHERYL
3. ITANGUISHAKA ANGELIQUE
4. BATCHI REGIE BERDIE
5. BAKALA NGUIMBI SEPHORA DEGRACE
6. BOUCKOU JOSIAS WILFRID BARLONE
7. OYANNDZA EDY CHATAIN
8. MANOUNGANANA BONAZEBI
9. ONDZE NDINGA ARMANI FAREL
10.MANANGA BOUANGA DIVINE

THEME
GENE OMPG
Introduction
Dans le but précis de lier la biologie à l’informatique, nait l’idée de la
bio-informatique qui est un champ de recherche multidisciplinaire de la
biotechnologie dont l’objectif est de résoudre un problème scientifique
poser par la biologie. De ce fait plusieurs techniques ont été mise en
place pour étudier, comprendre, prédire, les phénomènes et les
processus biologiques. En effet, plusieurs genes font objet d’une etude
in silico. Parmi lesquels figure OMPG. OMPG est un gene qui code pour
la proteine(porine) souvent trouvée chez certaines bactéries comme
Escherichia Coli, jouant un rôle crucial dans le transport de molécules à
travers la membrane externe de la cellule. Elle agit comme un canal
pour permettre le passage sélectif des composés éssentiels tels que les
ions et les petites molécules. Notre travail consistera en une etude in
silico du gene et de la protéine ompg de E.Coli en utilisant une
methodologie bioinformatique au moyen de lanalyse de diverses bases
des donnees et navigateur web open source telle que ncbi, string
uniprot .

Developpement*
Recherche du gène
Definition du gène
Le gène est une portion de l’ADN portant l’information génétique
codant pour une protéine donnée qui assure une fonction biologique
donnée indispensable pour la vie des êtres vivants.
Nom du gène : ompG, b1319, JW13
OMPG est un gene qui code pour une porine souvent trouvée chez
certaines bactéries comme Escherichia Coli, jouant un rôle crucial dans
le transport de molécules à travers la membrane externe de la cellule.
Recherche de la séquence nucléotidique
Definition
La sequence nucléotidique est l’ordre specifique des nucléotides le
long d’une molécule d’acide nucléique. Cette séquence constitue le
code génétique qui détermine les instructions pour la synthèse des
protéines et d’autres processus cellulaires.
Séquence nucléotidique (FASTA)
GATCTCGGTTGGGCTGGCTTCTGTCTCCCTGAATGCGCCGACGATTTTAGCGGCGCTGGAGCTGCGCGAG
TTTTTCACCTTCTGCGCGGATGCTTCCCAACTTAAAAACTCGAAACCGGACCCGGAAATCTTTCTCGCCG
CCTGTGCAGGGCTGGGCGTGCCGCCGCAGGCATGTATCGGCATTGAAGATGCGCAGGCGGGCATTGACGC
CATTAACGCCAGCGGTATGCGCTCGGTGGGGATCGGCGCGGGCTTAACCGGGGCGCAATTACTGTTGCCT
TCAACGGAATCACTCACCTGGCCGCGGTTATCGGCCTTCTGGCAAAACGTATAGCAAAGGAATCAACATG
GCTCAGCTTTCGTTACAACATATTCAAAAAATCTACGATAACCAGGTGCATGTGGTGAAGGACTTCAACC
TGGAAATTGCCGATAAAGAGTTCATCGTGTTTGTCGCCGCGTCGGGCTGCGGTAAGTCGACCACCCTGCG
CATGATTGCCGGGCTTGAGGAGATCAGCGGCGGCGATCTGTTGATCGACGGCAAACGAATGAATGACGTT
CCAGCCAAAGCACGCAATATAGCGATGGTGTTCCAGAACTACGCGTTGTATCCGCATATGACGGTTTACG
ACAACATGGCGTTTGGTCTGAAGATGCAAAAAATCGCCAAAGAGGTGATTGATGAGCGGGTGAACTGGGC
GGCGCAAATTCTCGGCCTGCGTGAGTACCTGAAACGTAAGCCGGGGGCGCTTTCCGGCGGGCAACGTCAG
CGAGTGGCGCTTGGGCGGGCGATTGTACGCGAAGCGGGCGTGTTTTTAATGGATGAACCGCTCTCTAACC
TTGATGCCAAGCTGCGCGTGCAAATGCGCGCAGAGATCAGCAAGCTGCATCAGAAACTGAACACCACCAT
GATCTACGTGACCCACGATCAGACCGAAGCGATGACCATGGCGACGCGGATTGTGATTATGAAAGACGGG
ATTGTTCAGCAAGTAGGTGCGCCGAAAACCGTTTATAACCAACCCGCGAATATGTTTGTTTCCGGATTTA
TTGGATCACCAGCGATGAATTTTATTCGCGGCACGATCGATGGCGATAAATTCGTTACGGAAACGCTTAA
ATTAACCATTCCCGAAGAGAAATTAGCGGTTCTGAAAACACAGGAAAGTTTGCATAAGCCCATCGTGATG
GGAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGG
CAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGT
GCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGAAAATATCACTATTCATTTTGATATGACGAAATGTCATTTCTTTG
ATGCAGAAACGGAAATAGCAATTCGCTAAATACAGGGGGAAGGCATTCCCCAGGATAATACAAGGAACAA
TAATGAAAAAGTTATTACCCTGTACCGCACTGGTGATGTGTGCGGGAATGGCCTGCGCACAGGCCGAGGA
AAGGAACGACTGGCACTTTAATATCGGCGCGATGTACGAAATAGAAAACGTCGAGGGTTATGGCGAAGAT
ATGGATGGGCTGGCGGAGCCTTCAGTCTATTTTAATGCCGCCAACGGGCCGTGGAGAATTGCTCTGGCCT
ATTATCAGGAAGGGCCGGTAGATTATAGCGCGGGTAAACGTGGAACGTGGTTTGATCGCCCGGAGCTGGA
GGTGCATTATCAGTTCCTCGAAAACGATGATTTCAGTTTCGGCCTGACCGGCGGTTTCCGTAATTATGGT
TATCACTACGTTGATGAACCGGGTAAAGACACGGCGAATATGCAGCGCTGGAAAATCGCGCCAGACTGGG
ATGTGAAACTGACTGACGATTTACGTTTCAACGGTTGGTTGTCGATGTATAAATTTGCCAACGATCTGAA
CACTACCGGTTACGCTGATACCCGTGTCGAAACGGAAACAGGTCTGCAATATACCTTCAACGAAACGGTT
GCCTTGCGAGTGAACTATTATCTCGAGCGCGGCTTCAATATGGACGACAGCCGCAATAACGGTGAGTTTT
CCACGCAAGAAATTCGCGCCTATTTGCCGCTGACGCTCGGCAACCACTCGGTGACGCCGTATACGCGCAT
TGGGCTGGATCGCTGGAGTAACTGGGACTGGCAGGATGATATTGAACGTGAAGGCCATGATTTTAACCGT
GTAGGTTTATTTTACGGTTATGATTTCCAGAACGGACTTTCCGTTTCGCTGGAATACGCGTTTGAGTGGC
AGGATCACGACGAAGGCGACAGTGATAAATTCCATTATGCAGGTGTCGGCGTAAATTACTCGTTCTGATA
ATGGGCTAAATTGCCGGATGCGGCGCGAGTACTTTATCCGATCTATAAATGTAGGCCGGATAAGATGCGC
TAGCATCGCATCTGGCATTCAGGCAAGGTAGCTGGTATTTATTTCAGCGTCATATGCGTGGCAACGGTAA
TATTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTG
CGTCGGAACATCGAT

Vraie séquence
ATGAAGAAGCTGCTGCCCTGCACCGCCCTGGTGATGTGCGCCGGCATGGCCTGCGCCCAG
GCCGAGGAGAGGAACGACTGGCACTTCAACATCGGCGCCATGTACGAGATCGAGAACGTG
GAGGGCTACGGCGAGGACATGGACGGCCTGGCCGAGCCCAGCGTGTACTTCAACGCCGCC
AACGGCCCCTGGAGGATCGCCCTGGCCTACTACCAGGAGGGCCCCGTGGACTACAGCGCC
GGCAAGAGGGGCACCTGGTTCGACAGGCCCGAGCTGGAGGTGCACTACCAGTTCCTGGAG
AACGACGACTTCAGCTTCGGCCTGACCGGCGGCTTCAGGAACTACGGCTACCACTACGTG
GACGAGCCCGGCAAGGACACCGCCAACATGCAGAGGTGGAAGATCGCCCCCGACTGGGAC
GTGAAGCTGACCGACGACCTGAGGTTCAACGGCTGGCTGAGCATGTACAAGTTCGCCAAC
GACCTGAACACCACCGGCTACGCCGACACCAGGGTGGAGACCGAGACCGGCCTGCAGTAC
ACCTTCAACGAGACCGTGGCCCTGAGGGTGAACTACTACCTGGAGAGGGGCTTCAACATG
GACGACAGCAGGAACAACGGCGAGTTCAGCACCCAGGAGATCAGGGCCTACCTGCCCCTG
ACCCTGGGCAACCACAGCGTGACCCCCTACACCAGGATCGGCCTGGACAGGTGGAGCAAC
TGGGACTGGCAGGACGACATCGAGAGGGAGGGCCACGACTTCAACAGGGTGGGCCTGTTC
TACGGCTACGACTTCCAGAACGGCCTGAGCGTGAGCCTGGAGTACGCCTTCGAGTGGCAG
GACCACGACGAGGGCGACAGCGACAAGTTCCACTACGCCGGCGTGGGCGTGAACTACAGC
TTC

Taille de la séquence
La taille d’une séquence nucléotidique est déterminée par le nombre
de nucléotide qui la compose. Elle est généralement exprimée en
nombre de bases. Cette taille peut varier énormement allant de
quelques paires de bases pour des courtes séquences à des miliers voir
des milions de paires de bases pour des séquences génomiques
complets.
Notre séquence contient 301 acides aminés.

Réalisation de la PCR
Définition
La réaction en chaine par polymérisation (PCR) est une technique
d’amplification ciblée in vitro de l’ADN permettant à partir des
quantités peu abondante d’obtenir d’importante quantité d’ADN.

Principe
Le principe consiste à amplifier une région spécifique d’une
séquence d’ADN à partir des amorces spécifiques capable de
s’hybrider avec notre séquence en présence de l’ADN
polymérase.
Analyse et interprétation
Les resultats de la PCR indiquent la présence ou l’absence d’une
séquence d’ADN spécifique dans l’échantillon testé. Cela peut être
interpreté de différente manière en fonction de l’objectif de la PCR. Si
la séquence cible est detectée, cela peut signifier la présence de l’agent
pathogène ou de l’ADN étudié. Par contre, si la séquence n’est pas
détectée cela suggère son absence dans l’échantillon analysé.
L’interprétation peut varier en fonction du contexte spécifique de la
PCR, qu’il s’agisse de diagnostiquer une maladie, de détecter des gènes
spécifiques, ou d’autres applications scientifiques.

Réalisation de l’electrophorèse sur gel d’ Algarose

Definition
L’electrophorèse sur gel d’Algarose est une technique utilisée pour
séparer les molécules en fonction de leur taille en lesfaisant migrer à
travers un gel par application d’un champ electrique.
Principe
C’est une technique qui permet aux molécules de traverser une couche
de gel sous l’impulsion d’un champ électrique en fonction de leur taille :
Les molécules de petite taille se déplacent plus rapidement et
migreront plus loin que les molécules de taille inférieure en fonction
des paramètres physicochimiques.

Séquence en acides aminés

Une séquence en acide aminés est une série ordonnée en acides
aminés qui constitue une protéine spécifique. Ces aminés sont liés
entre eux par des liaisons peptidiques en unissant leur coté N-terminal
et leur coté C-terminal.
MKKLLPCTALVMCAGMACAQAEERNDWHFNIGAMYEIENVEGYGEDMDGLAEPSVYFNAA
NGPWRIALAYYQEGPVDYSAGKRGTWFDRPELEVHYQFLENDDFSFGLTGGFRNYGYHYV
DEPGKDTANMQRWKIAPDWDVKLTDDLRFNGWLSMYKFANDLNTTGYADTRVETETGLQY
TFNETVALRVNYYLERGFNMDDSRNNGEFSTQEIRAYLPLTLGNHSVTPYTRIGLDRWSN
WDWQDDIEREGHDFNRVGLFYGYDFQNGLSVSLEYAFEWQDHDEGDSDKFHYAGVGVNYSF

Paramètres physicochimiques
Les paramètres physicochimiques d’un gène renseigne sur divers
aspects liés à la structure et aux proprietés du matériel génétique. Ces
paramètres peuvent inclure la longueur du gène, la séquence
nucléotidique (composition en bases azotées : adénine, cytosine,
guanine et thymine), le point de départ de la transcription, site de
terminaison, etc.
Number of amino acids: 301

Molecular weight: 34913.25

Theoretical pI: 4.45

CSV forma t
Amino acid composition:
Ala (A) 20 6.6%
Arg (R) 16 5.3%
Asn (N) 21 7.0%
Asp (D) 27 9.0%
Cys (C) 3 1.0%
Gln (Q) 9 3.0%
Glu (E) 23 7.6%
Gly (G) 28 9.3%
His (H) 7 2.3%
Ile (I) 7 2.3%
Leu (L) 22 7.3%
Lys (K) 8 2.7%
Met (M) 8 2.7%
Phe (F) 18 6.0%
Pro (P) 9 3.0%
Ser (S) 12 4.0%
Thr (T) 16 5.3%
Trp (W) 10 3.3%
Tyr (Y) 22 7.3%
Val (V) 15 5.0%
Pyl (O) 0 0.0%
Sec (U) 0 0.0%

(B) 0 0.0%
(Z) 0 0.0%
(X) 0 0.0%

Total number of negatively charged residues (Asp + Glu): 50

Total number of positively charged residues (Arg + Lys): 24

Atomic composition:

Carbon C 1567
Hydrogen H 2253
Nitrogen N 411
Oxygen O 482
Sulfur S 11

Formula: C1567H2253N411O482S11
Total number of atoms: 4724
Extinction coefficients:

Extinction coefficients are in units of M-1 cm-1, at 280 nm measured in water.

Ext. coefficient 87905

Abs 0.1% (=1 g/l) 2.518, assuming all pairs of Cys residues form cystines

Ext. coefficient 87780

Abs 0.1% (=1 g/l) 2.514, assuming all Cys residues are reduced

Estimated half-life:

The N-terminal of the sequence considered is M (Met).

The estimated half-life is: 30 hours (mammalian reticulocytes, in vitro).

>20 hours (yeast, in vivo).
>10 hours (Escherichia coli, in vivo).

Instability index:

The instability index (II) is computed to be 36.32

This classifies the protein as stable.

Aliphatic index: 58.67

Grand average of hydropathicity (GRAVY): -0.672

Interaction protéine-protéine
La protéine omp interagit avec plusieurs autres protéines :
Domaines membranaires
Les domaines membranaires d’un gène font référence aux régions
proteiques qui sont suceptibles d’interagir avec les membranes
cellulaires. Ces domaines peuvent inclure des séquences ou des motifs
spécifiques dans la structure d’une proteine qui facilitent son insertion,
son ancrage ou son interaction avec les membranes lipidiques.
Sequence signal
La séquence signal est une chaîne de 20 à 30 acides aminés
qui destine la protéine synthétisée à un certain organite de la cellule.
De manière imagée, on peut voir cette séquence signal comme le
code postal du destinataire.
Recherche des coiled-coils
Les coiled-coils sont des structure en helice formees par lassemblage de
deux ou plusieur chaine polypeptidique .elle joue un role essentiel dans
la formation de proteines et structure biologiqur .ces structure en
helice sont courante dans les proteine notamment dans les dommaines
de liaison de reglulation et dinteraction moleculaire au sien des
cellules .elles contribuent a la stabilite des a la regulationdes processus
biologiques

Interpretation
Struture 3D
Recherche des homologue
. Deux protéines sont homologues lorsqu’elles descendent d’une même
protéine ancestral. Dans ce cas, leurs séquences présentent des
similarités. Ce sont ces similarités qui nous permettent de les identifier
comme homologues. De meilleurs performances dans la recherche de
ces protéines homologues est un but pour la bio-informatique, qui
permettrait de nombreuses avancées scientifiques et de réduire le coût
de manipulations réalisées dans les laboratoires de biologie.
Cependant, ce problème demande de traiter de très grande bases de
données alimentées depuis plusieurs années afin d’en extraire les
informations sur les protéines homologues.
Les epitopes
s