La saison 2016 du championnat des Comores de football est la trente-deuxième édition de la première division comorienne. Après une phase régionale se déroulant de février à , les champions de première division des trois îles des Comores (Anjouan, Grande Comore et Mohéli) s'affrontent dans une triangulaire en matchs aller et retour au sein d'une poule unique.
C’est le représentant de l’île de Grande Comore, le Ngaya Club, qui est sacré cette saison après avoir terminé en tête du tournoi triangulaire. Il s’agit du tout premier titre de champion des Comores de l’histoire du club.
La phase régionale se déroulant de février à . Le classement est établi sur le barème de points classique (victoire à 3 points, match nul à 1, défaite à 0).