Alors qu'il joue de l'accordéon, Jim reçoit mystérieusement une vache sur la tête. Très mal en point, il est transféré à l'hôpital. Pour pouvoir le sauver, un Jim miniature pénètre dans son cerveau.
Jim doit parcourir quatre mondes composés de plusieurs niveaux dans lesquels il doit récupérer toutes les billes vertes et les mamelles qui sont équivalentes aux étoiles dans Super Mario 64.