Comité Internacional de Taxonomía de Virus

O Comité Internacional de Taxonomía de Virus (International Committee on Taxonomy of Viruses) ou ICTV é un comité que autoriza e organiza a clasificación taxonómica dos virus.^[1]^[2] O Comité elaborou un esquema taxonómico universal para os virus no que se pretende describir todos os virus dos organismos vivos. Os membros deste comité son considerados expertos no eido da viroloxía. O comité está formado e dirixido pola División de Viroloxía da Unión Intrernacional de Sociedades Microbiolóxicas (International Union of Microbiological Societies). Os traballos detallados, como poden ser delimitar os límites entre as especies dunha familia, realízanos grupos de estudo, que están formados por expertos nesas familias.^[2]

O Comité tamén prepara unha base de datos autorizada (a ICTVdB) que en 2005 (ano da referencia) contiña información taxonómica de 1.950 especies de virus.^[2]

Obxectivos

Os obxectivos oficiais do ICTV son:

Procurar un acordo internacional sobre a taxonomía dos virus.
Procurar un acordo internacional sobre os nomes dos taxons víricos, incluíndo as especies e axentes subvirais
Comunicar as decisións taxonómicas a todos os usuarios dos nomes de virus, en especial á comunidade internacional de virólogos, por medio de publicacións ou vía Internet.
Manter un índice de nomes de virus.
Manter unha base de datos da ICTV en Internet, no que se arquiven os datos que caracterizan cada taxon viral nomeado, xunto cos nomes comúns de cada taxon nos principais idiomas.

Principios de nomenclatura

Os principios esenciais do ICTV para a nomenclatura vírica son:

Estabilidade.
Evitar ou rexeitar o uso de nomes que puidesen causar erro ou confusión.
Evitar a creación innecesaria de nomes.

O sistema de clasificación de virus universal do ICTV utiliza unha versión lixeiramente modificada do sistema de clasificación biolóxica estándar. Só recoñece os taxons orde, familia, subfamilia, xénero, e especie. Cando é inseguro clasificar unha especie nun xénero pero a súa clasificación nunha familia está clara, deberá clasificarse como unha especie non asignada pertencente a esa familia. Moitos taxons permanecen non clasificados. En 2005 (ano da referencia) había tamén secuencias de GenBank asignadas a 3.142 "especies", que non aparecen no informe do ICTV (pero debido ao modo en que traballa GenBank, o número de verdadeiras especies dentro desa cifra é probablemente significativamente menor).^[2] Espérase que o número de secuencias de virus non identificados se incremente, xa que a rapidez con que se secuencian virus está aumentando drasticamente.^[2]

O ICTV foi sorprendentemente exitoso en conseguir estabilidade, desde os seus comezos en 1962. Todos os xéneros e familias que foron recoñecidos na década de 1980, por exemplo, continuaban en uso en 2005.^[2]

Por debaixo do nivel de especie o ICTV non establece subdivisións obrigatorias, pero os virólogos especialistas de cada grupo agrupan as cepas establecendo subagrupacións dentro das especies, que, segundo os casos, se chaman "subgrupos", "grupos", "virus" ou "subespecies". Por exemplo, a especie Marburgvirus Marburg contén dous virus: virus Marburg e virus Ravn.

Nomeamento e cambio de taxon

As propostas de novos nomes, os cambios de nomes, e o establecemento e situación taxonómica dos novos taxons son manexados polo Comité Executivo do ICTV en forma de propostas. Antes de tomar unha decisión consúltase a todos os subcomités relevantes do ICTV e grupos de estudo.

O nome dun taxon non ten status oficial ata que é aprobado polo ICTV, e os nomes só se aceptan se están vinculados a un taxon xerárquico aprobado. Se non se propón ningún nome axeitado para un taxon, o taxon pode ser aprobado sen darlle un nome ata que se adopte un nome internacional aceptable, unha vez proposto ao ICTV e aprobado. Os nomes dos taxons non deben ter un significado que pareza que exclúe a virus que son membros plenamente aceptados no taxon, ou que exclúa membros que poderían máis adiante considerarse pertencentes a ese taxon, ou que inclúa virus que son membros de diferentes taxons.

Regras para os taxons

Especies

O nome dunha especie^[3] deberá constar das menos palabras posibles pero non pode constar soamente do nome do hóspede seguido da palabra virus. O nome dunha especie debe proporcionar unha identificación non ambigua apropiada para a especie. Poden usarse números, letras, ou combinacións delas como epítetos das especies cando ditos números e letras son xa de uso xeral. Porén, os números de serie, letras ou combinacións delas de nova designación non son aceptados por si sos como epítetos de especie. Se un número ou letra de serie existe xa, pode continuarse a serie.

Xéneros

O xénero dun virus é un grupo de especies relacionadas que comparten algunhas propiedades significativas e a miúdo difiren só no rango de hóspedes aos que infectan e na súa virulencia. Un nome de xénero debe ser unha soa palabra que acabe en virus. A aprobación de novos xéneros debe ir acompañada da aprobación dunha especie tipo dese xénero.

Subfamilias

Unha subfamilia é un grupo de xéneros que comparten certas características comúns. Este taxón usarase só cando é necesario para resolver un complexo problema xerárquico. O nome dunha subfamilia debe ser unha soa palabra que acabe en virinae.

Familias

Unha familia é un grupo de xéneros, organizados ou non en subfamilias, que comparten certos caracteres comúns. O nome dunha familia debe ser unha soa palabra que acaba en viridae.

Ordes

Unha orde é un grupo de familias que comparten certas características. O nome das ordes debe ser unha soa palabra que acabe en virales.

Regras de ortografía

No uso taxonómico formal os nomes aceptados para as ordes, familias, subfamilias e xéneros de virus escríbense en cursiva e a primeira letra do nome en maiúscula.
Os nomes de especies tamén se escriben en cursiva e coa primeira letra da primeira palabra en maiúscula. As outras palabras non van en maiúscula a non ser que sexan nomes propios, ou partes de nomes propios.

Base de datos do ICTV (ICTVdb)

A ICTVdb é unha base de datos de especies e illados de virus que pretendía servir de complemento á base de datos de taxonomía da ICTV. A ICTV mantivo o desenvolvemento da ICTVdB desde 1991 e pretendíase inicialmente que fose unha axuda para a investigación taxonómica. A base de datos clasifica os virus baseándose principalmente nas súas características químicas, tipo de xenoma, modo de replicación do ácido nucleico, enfermidades que produce, vectores, e distribución xeográfica, entre outras características.

A base de datos foi desenvolvida pola Universidae Nacional Australiana co apoio da Fundación da Ciencia Nacional dos EEUU, e patrocinada pola Colección de Cultivos Tipo Americana (ATCC).^[4] Utiliza o sistema Description Language for Taxonomy Arquivado 03 de xaneiro de 2007 en Wayback Machine. (DELTA), que é un estándar mundial para o intercambio de datos taxonómicos desenvolvido pola Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation (CSIRO) de Australia. O DELTA pode almacenar unha ampla variedade de datos e traducilos a unha linguaxe axeitada para os informes tradicionais e publicación de webs. Por exemplo, a ICTVdB non contén como tal información sobre secuencias xenómicas pero pode converter os datos DELTA a formato NEXUS.^[5] Foi pensada para manexar grandes entradas de datos e para compilar longas listas de propiedades de virus, textos con comentarios e imaxes.^[6]

A ICTVdB creceu en concepto e capacidade ata converterse nunha fonte de referencia principal e ferramenta de investigación, que en 1999 recibiu uns 30.000 accesos online combinados por día desde o seu sitio web principal na Universidade Nacional de Australia, e dos seus dous sitios espello baseados en Reino Unido e EEUU. Porén, as cousas cambiarían en 2011.

En 2011, o ICTV decidiu suspender o proxecto da ICTVdb e do sitio web da mesma. Esta decisión tomouse despois de que se fixese evidente que a taxonomía proporcionada na páxina estaba desactualizada en varios anos, e de que parte da información da páxina era inexacta debido a problemas no modo en como se procesaban os datos, que era complicado e lento. O ICTV empezou a discutir o modo en que se podían corrixir estes problemas, pero finalmente decidiu que o marco de tempo para facer as actualizacións e corrección de erros era demasiado longo e que era mellor pechar a páxina antes que perpetuar o envío de información inexacta.

Informes do ICTV

O informe do ano 2012 do ICTV, o noveno, estaba formado pola construción taxonómica acumulada dos oito informes previos feitos desde 1971 e rexistraba os procedementos do Comité desde a publicación do último informe en 2005. O informe representaba o traballo de máis de 500 virólogos de todo o mundo, e é unha referencia autorizada para a organización, distinción e estrutura dos virus. Pode atoparse máis información en:Taxonomía dos Virus: Noveno Informe. En 2018 a ICTV presentou unha nova publicación na que se fixeron varios cambios na taxonomía.^[7]

Notas

↑ Virus taxonomy: classification and nomenclature of viruses: Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. (2012) Ed: King, A.M.Q., Adams, M.J., Carstens, E.B. and Lefkowitz, E.J. San Diego: Elsevier. [1]
↑ ^2,0 ^2,1 ^2,2 ^2,3 ^2,4 ^2,5 Fauquet CM, Fargette D (2005). "International Committee on Taxonomy of Viruses and the 3,142 unassigned species". Virol. J. 2: 64. PMC 1208960. PMID 16105179. doi:10.1186/1743-422X-2-64. Arquivado dende o orixinal o 28 de maio de 2020. Consultado o 10 de maio de 2013.
↑ ICTV web site
↑ Buechen-Osmond, M. Dallwitz. Towards a universal virus database — progress in the ICTVdB. Archives of Virology 1996, Volume 141, Issue 2, pp 392-399 C. [2]
↑ Maddison DR, Swofford DL, Maddison WP (1997). "NEXUS: an extensible file format for systematic information". Syst. Biol. 46 (4): 590–621. PMID 11975335. doi:10.1093/sysbio/46.4.590.
↑ "Cornelia Büchen-Osmond. The Universal Virus Database ICTVdb. (2003)" (PDF). Arquivado dende o orixinal (PDF) o 22 de xaneiro de 2016. Consultado o 10 de maio de 2013.
↑ ICTV Code

Véxase tamén

Outros artigos

Ligazóns externas

Páxina web do ICTV Arquivado 03 de febreiro de 2017 en Wayback Machine.
Fórum de discusión e propostas taxonómicas do ICTV Arquivado 27 de febreiro de 2021 en Wayback Machine.

[1] Virus taxonomy: classification and nomenclature of viruses: Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. (2012) Ed: King, A.M.Q., Adams, M.J., Carstens, E.B. and Lefkowitz, E.J. San Diego: Elsevier. [1]

[fauquet2005-2] 2,0 ^2,1 ^2,2 ^2,3 ^2,4 ^2,5 Fauquet CM, Fargette D (2005). "International Committee on Taxonomy of Viruses and the 3,142 unassigned species". Virol. J. 2: 64. PMC 1208960. PMID 16105179. doi:10.1186/1743-422X-2-64. Arquivado dende o orixinal o 28 de maio de 2020. Consultado o 10 de maio de 2013.

[3] ICTV web site

[4] Buechen-Osmond, M. Dallwitz. Towards a universal virus database — progress in the ICTVdB. Archives of Virology 1996, Volume 141, Issue 2, pp 392-399 C. [2]

[5] Maddison DR, Swofford DL, Maddison WP (1997). "NEXUS: an extensible file format for systematic information". Syst. Biol. 46 (4): 590–621. PMID 11975335. doi:10.1093/sysbio/46.4.590.

[6] "Cornelia Büchen-Osmond. The Universal Virus Database ICTVdb. (2003)" (PDF). Arquivado dende o orixinal (PDF) o 22 de xaneiro de 2016. Consultado o 10 de maio de 2013.

[7] ICTV Code

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]