החברה נוסדה בתחילת שנת 1993 לאחר פירוקצ'כוסלובקיה תחת השם טרקס סלובקיה.
החברה הוקמה בגלל שחברת התעופה הצ'כוסלובקית CSA הפכה לחברת התעופה הלאומית של צ'כיה.
טיסתה הראשונה של החברה התקיימה בינואר1994 בין ברטיסלבה לתל אביב.
בשנת 1995 שינתה החברה את שמה לאייר סלובקיה. בסוף שנת 2008 התברר כי לחברה חובות גדולים, בין השאר לביטוח הלאומי הסלובקי. בתחילת מרץ 2010 איבדה החברה את הרישיון להפעלת טיסות בשל חובותיה, וב-25 במאי באותה שנה הודיעה על הליך פירוק החברה.
ברטיסלאבה, סלובקיה
אתר האינטרנט הרשמי של אייר סלובקיה