Polymerase Chain Reaction (PCR)

POLYMERASE CHAIN
REACTION (PCR)
Pengertian PCR
Reaksi Polimerase Berantai atau dikenal
sebagai Polymerase Chain Reaction (PCR),

merupakan suatu proses sintesis enzimatik
untuk melipatgandakan suatu sekuens
nukleotida tertentu secara in vitro. Metode ini
dikembangkan pertama kali oleh Kary B.
Mulis pada tahun 1985.
Pada awal perkembanganya metode ini
hanya digunakan untuk melipatgandakan

molekul DNA, tetapi kemudian
dikembangkan lebih lanjut sehingga dapat
digunakan pula untuk melipatgandakan dan
melakukan kuantitas molekul mRNA.
Komponen Komponen PCR

1. DNA cetakan
2. Oligonukleotida primer
3. Deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP)
4. DNA Polimerase
5. PCR buffer dan konsentrasi Mg2+
DNA cetakan
DNA cetakan, yaitu fragmen DNA yang akan
dilipatgandakan. Fungsi DNA templat di

dalam proses PCR adalah sebagai cetakan
untuk pembentukan molekul DNA baru yang
sama. Templat DNA ini dapat berupa DNA
kromosom, DNA plasmid ataupun fragmen
DNA apapun asal di dalam DNA templat
tersebut mengandung fragmen DNA target
yang dituju.
Oligonukleotida primer
Oligonukleotida primer, yaitu suatu sekuen
oligonukleotida pendek (15 25 basa

nukleotida) yang digunakan untuk mengawali
sintesis rantai DNA. Primer yang digunakan
dalam PCR ada dua yaitu oligonukleotida
yang mempunyai sekuen yang identik
dengan salah satu rantai DNA cetakan pada
ujung 5-fosfat, dan oligonukleotida yang
kedua identik dengan sekuen pada ujung
3OH rantai DNA cetakan yang lain.
Deoksiribonukleotida trifosfat
(dNTP)
campuran dNTP adalah larutan air pada pH
7,0 yang mengandung dATP, dCTP, dGTP dan

dTTP, masing-masing pada konsentrasi akhir
baik 10mm atau 25mm. dNTP yang siap
digunakan merupakan solusi yang dirancang
untuk menghemat waktu dan untuk
menyediakan reproduktifitas yang lebih
tinggi dalam aplikasi PCR dan lainnya.
DNA Polimerase
DNA polymerase yang digunakan dalam PCR
adalah fragmen Klenow DNA polymerase I

yang berasal dari Escherichia coli (Mullis dan
Fallona, 1989). Fragmen Klenow adalah DNA
polymerase yang telah dihilangkan aktivitas
eksonuklease (5 3)-nya.
Taq DNA Polimerase

Taq DNA polymerase yang beraasal dari
bakteri Thermus aquaticus BM, yaitu suatu

strain yang tidak mempunyai endonuklease
retriksi TaqI. Taq DNA polymerase tersusun
atas satu rantai polipeptida dengan berat
molekul kurang lebih 95 kD.
Tth DNA polimerse

Enzim DNA polimerse lain yang juga dapat
digunakan untuk melakukan PCR adalah Tth

DNA polimerse. Enzim ini diisolasi dari
eubakteri thermofilik Thermus thermophilus
HB8. Tth DNA polimerse mempunyai
prosesivitas yang tinggi dan tidak
mempunyai aktivitas eksonuklease 3 5.
Enzim ini menunjukkan aktivitas tertinggi
pada pH 9 (pada suhu 25 ) dan suhu sekitar .
Pwo DNA polymerase

Enzim Pwo DNA polymerase diisolasi dari
archaebacterihiperthermofilik Pyrococcus
woesei. Enzim Pwo DNA polymerase
mempunyai berat molekul sekitar 90 kD.
Enzim ini mempunyai prosesivitas polimerasi
5 3 yang tinggi, mempunyai aktivitas
eksonuklease , dan tidak menunjukkan
aktivitas eksonuklease
Sifat enzim
1) Cloning produk PCR
2) Studi polimorfisme alel dalam transkrip
RNA individual
3) Karakterisasi mutasi yang jarang di dalam
suatu jaringan
4) Karakterisasi status alel suatu sel tunggal
atau DNA molekul tunggal
5) Karakterisasi populasi sel dalam suatu
kultur
Pfu
dan Tli DNA polymerase
DNA polymerase lain yang dapat digunakan
untuk PCR adalah Pfu DNA polymerase dan

Tli DNA polymerase. Pfu DNA polymerase
diisolasi dari Pyrococcus furiosis, mempunyai
berat molekul 92 kD, aktif pada suhu dan
mempunyai aktivitas eksonuklease
PCR buffer dan konsentrasi

Mg2+
Konsentrasi ion magnesium dalam PCR
buffer merupakan faktor yang sangat kritikal,

karena kemungkinan dapat mempengaruhi
proses annealing primer, temperatur
dissosiasi untai DNA template, dan produk
PCR. Hal ini disebabkan konsentrasi optimal
ion Mg2+ itu sangat rendah.
Peralatan Khusus yang

Digunakan dalam PCR
1. Mighty-small II SE-250 vertical gel
electrophoresis unit (Hoefer)
2. Perkin-Elmer/Cetus Thermal Cycler
3. Perkin-Elmer/Cetus Thermal Cycler adalah
peralatan laboratorium yang digunakan untuk
analisis PCR, atau replikasi cepat dari urutan
DNA tertentu.
4. Sterile Thin-wall 0.5 ml Thermocycler microfuge
tubes: (TC-5, Midwest Scientific). Alat ini
memiliki sebuah thermal block dengan lubanglubang untuk memasukkan tabung campuran
PCR.
Tahapan Proses PCR

Denaturasi
Denaturasi merupakan proses memisahkan

DNA menjadi utas tunggal. Tahap denaturasi
DNA biasanya dilakukan pada kisaran suhu
92 95 oC. Denaturasi awal dilakukan selama
1 3 menit diperlukan untuk meyakinkan
bahwa DNA telah terdenaturasi menjadi
untai tunggal.
Annealing
Annealing merupakan proses penempelan

primer. Tahap annealing primer merupakan
tahap terpenting dalam PCR, karena jika ada
sedikit saja kesalahan pada tahap ini maka
akan mempengaruhi kemurnian dan hasil
akhir produk DNA yang diinginkan.
Extension
Extension merupakan proses pemanjangan

DNA. Dalam tahap extension atau sintesis
DNA, enzim polimerase bergabung bersama
dengan nukleotida dan pemanjangan primer
lengkap untuk sintesis sebuah DNA utas
ganda. Reaksi ini akan berubah dari satu
siklus ke siklus selanjutnya mengikuti
perubahan konsentrasi DNA.
Aplikasi PCR
PCR telah digunakan untuk memperkuat DNA
dari berbagai macam sumber misalnya fragmen
DNA kuno dari gajah purba (mammoth) berbulu

yang telah membeku selama 40.000 tahun; DNA
dari sedikit darah;, jaringan, atau air mani yang
ditemukan di tempat kejadian perkara kriminal;
DNA dari sel embrionik tunggal untuk diagnosis
kelainan genetik sebelum kelahiran dan DNA
gen virus dari sel yang diinfeksi oleh virus yang
sulit terdeteksi seperti HIV (Campbell dkk.,
2004:395).
Kelebihan dan
Kelemahan PCR
Kelebihan
1. Memiliki spesifisitas tinggi

2. Sangat cepat, dapat memberikan hasil yang
sama pada hari yang sama
3. Dapat membedakan varian mikroorganisme
4. Mikroorganisme yang dideteksi tidak harus
hidup
5. Mudah di set up
Kelemahan
1. Sangat mudah terkontaminasi
2. Biaya peralatan dan reagen mahal
3. Interpretasi hasil PCR yang positif belum
tervalidasi untuk semua penyakit infeksi

(misalnya infeksi pasif atau laten)
4. Teknik prosedur yang kompleks dan
bertahap membutuhkan keahlian khusus
untuk melakukannya.
Daftar Pustaka
John E. Smith. (1985). Prinsip
bioteknologi. Jakarta: Gramedia.

Triwibowo, . (2010). Teori dan Aplikasi PCR.
Yogyakarta: Penerbit ANDI.
Campbell, N.A., J.B. Reece, L.G. Mitchell.
(2002). Biologi jilid 1. Jakarta: Erlangga

Polymerase Chain Reaction (PCR)

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

Polymerase Chain Reaction (PCR)

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Deskripsi Asli:

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Polymerase Chain Reaction (PCR)

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

POLYMERASE CHAIN

sebagai Polymerase Chain Reaction (PCR),

Pada awal perkembanganya metode ini

hanya digunakan untuk melipatgandakan

Komponen Komponen PCR

dilipatgandakan. Fungsi DNA templat di

oligonukleotida pendek (15 25 basa

7,0 yang mengandung dATP, dCTP, dGTP dan

adalah fragmen Klenow DNA polymerase I

Taq DNA Polimerase

bakteri Thermus aquaticus BM, yaitu suatu

Tth DNA polimerse

digunakan untuk melakukan PCR adalah Tth

Pwo DNA polymerase

dan Tli DNA polymerase

DNA polymerase lain yang dapat digunakan

untuk PCR adalah Pfu DNA polymerase dan

PCR buffer dan konsentrasi

buffer merupakan faktor yang sangat kritikal,

Peralatan Khusus yang

Tahapan Proses PCR

Denaturasi merupakan proses memisahkan

Annealing merupakan proses penempelan

Extension merupakan proses pemanjangan

DNA kuno dari gajah purba (mammoth) berbulu

1. Memiliki spesifisitas tinggi

tervalidasi untuk semua penyakit infeksi

bioteknologi. Jakarta: Gramedia.

Anda mungkin juga menyukai