CBR Biokim
CBR Biokim
CBR Biokim
PENDAHULUAN
I. LATAR BELAKANG
Di dalam kehidupan, karbohidrat merupakan molekul yang sangat penting
bagi tubuh makhluk hidup. Kata karbohidrat berasal dari kata karbon dan air.
Secara sederhana karbohidrat didefinisikan sebagai polimer gula. Karbohidrat
adalah senyawa karbon yang mengandung sejumlah besar gugus hidroksil.
Karbohidrat paling sederhana bisa berupa aldehid (disebut polihidroksialdehid
atau aldosa) atau berupa keton (disebut polihidroksiketon atau ketosa). Pokok
bahasan ini erat kaitannya dengan kerja tubuh kita sehari-hari.
Metabolisme karbohidrat yaitu metabolisme mencakup sintesis
(anabolisme) dan penguraian (katabolisme) molekul organik kompleks.
Metabolisme biasanya terdiri atas tahapan-tahapan yang melibatkan enzim, yang
dikenal pula sebagai jalur metabolisme. Metabolisme sel mencakup semua proses
kimia di dalam sel. Tanpa metabolisme, makhluk hidup tidak dapat bertahan
hidup.
Karbohidrat adalah senya'a yang terbentuk dari molekul karbon, hidrogen,
dan oksigen. Sebagai salah satu jenis zat gizi, fungsi utama karbohidrat adalah
penghasil energi di dalam tubuh. Tiap 1 gram karbohidrat yang di konsumsi akan
menghasilkan energi sebesar 4 kkal dan energi hasil proses oksidasi
(pembakaran)karbohidrat ini kemudian akan digunakan oleh tubuh untuk
menjalankan berbagai fungsi-fungsinya, seperti bernafas, kontraksi jantung dan
otot, serta juga untuk menjalankan berbagai aktivitas fisik, seperti berolahraga
atau bekerja.
1
III. TUJUAN
a. Untuk mengetahui pengertian metabolisme karbohidrat beserta prosesnya.
b. Untuk mengetahui proses glikolisis.
c. Untuk mengetahui proses glikogenesis dan glikogenolisis.
d. Untuk mengetahui proses siklus asam sitrat.
2
BAB II
PEMBAHASAN
1. IDENTITAS BUKU
1.1 Judul Buku : Principles of Biochemistry
1.2 Pengarang : Geoffrey L. Zubay, William W. Parson, Dennis E.Vance
1.3 Penerbit : Wm. C. Brown Communication
1.4 Tahun Terbit : 1995
1.5 Kota Terbit : Amerika
2. RINGKASAN BUKU
METABOLISME KARBOHIDRAT
I. STRATEGI METABOLISME
3
Autotroph memanfaatkan lingkungan anorganik tanpa jalan lain untuk
senyawa yang dihasilkan oleh organisme lain. Photoautotroph mendapatkan ATP
oleh transfer elektron fosforilasi selama bersepeda elektron fotokimia
bersemangat. Beberapa photoautotrophs, termasuk tanaman, juga dapat
menggunakan enrgy sinar matahari untuk mengekstrak elektron dari air,
kemandirian sehingga photoautotrophs telah mencapai semua sumber energi
kecuali matahari, dan dari semua sumber elektron karbon kecuali untuk air dan
karbon dioksida (CO2). Untuk alasan ini, fiksasi fotoautotropik karbon dioksida
adalah dasar utama dari rantai makanan di biosfer.
Sebagian besar enzim yang dikatalisasi reaksi dalam sel hidup disusun
dalam urutan atau jalur. Dalam jalur itu adalah urutan keseluruhan yang melayani
fungsi, bukan reaksi individu. Misalnya, konversi dari chorismate senyawa
organik untuk tryptophan terjadi dalam lima langkah diskrit, masing-masing
membutuhkan aktivitas enzimatik tertentu. Intermediet antara chorismate dan
tryptophan melayani fungsi kecuali sebagai prekursor triptofan. Akhir prosuct,
triptofan, memiliki banyak kegunaan, termasuk peran sebagai sebuah blok
bangunan dalam sintesis protein.
Enzim dengan fungsi terkait sering terkotak dalam organel tertentu, sebuah
proses yang meningkatkan efisiensi metabolisme dalam berbagai cara. Pertama,
konsentrasi yang lebih tinggi dari enzim dan zat yang dihasilkan dari lokalisasi
menyebabkan tingkat lebih cepat reaksi. Kedua, ini konsentrasi yang lebih tinggi
memfasilitasi regulasi jalur dengan membatasi bahan awal atau intermediet kunci
organel dan memungkinkan interaksi langsung dari satu enzim dengan yang lain.
metabolisme asam lemak pada eukariota luar biasa menggambarkan jenis
4
pengaturan. Enzim yang terlibat dalam katabolisme asam lemak semua terletak di
dalam mitokondria, sedangkan semua enzim yang terlibat dalam sintesis asam
lemak berada di luar mitokondria dalam sitosol.
5
Reaksi umumnya adalah :
6
memikirkan kaku pengelompokan planar peptida sebagai sebuah blok bangunan
struktural dalam rantai polipeptida. Hal ini juga memungkinkan untuk
menentukan twwo sudut φ dan ψ trsional untuk rotasi tentang glikosidik C-O
linkage. Hanya β (1,4) polyglucose -linked memiliki kapasitas untuk membentuk
rantai lurus. Sebuah rantai lurus dapat dibuat dengan membalik setiap unit glukosa
oleh 180 ° relatif terhadap satu prevous. Hasil proses ini dalam polisakarida rantai
hampir sepenuhnya diperpanjang, yang merupakan karakteristik dari struktur
celullose.Salah satu strctures heliks pertama yang ditemukan (1943) adalah heliks
kidal dari amilosa molekul luka dari oidine. Struktur ini bertanggung jawab untuk
warna biru karakteristik kompleks amilosa-yodium.
Langkah pertama dalam pemanfaatan sel pati yang disimpan atau glikogen
melibatkan penghapusan residu terminal glukosa, reaksi melibatkan sama-sisi
pemindahan pada residu C-1. Karena glikogen adalah struktur cabang ada
mekanisme untuk menghapus cabang sebelum tahap fosforilase. Dalam proses
pemecahan glikogen cabang transportasi enzim α (1,4) bersambung dan membuat
unit glukosa lebih tersedia untuk katalisis phosphorolysis phosphorylase. Sisanya
α (1,6) obligasi yang menghubungkan residu glikosil utama di cabang pada rantai
utama dihidrolisis oleh cabang enzim yang sama.
7
biologis mudah. Dalam sel heksosa Terfosforilasi yang diinginkan karena mereka
tidak hilang oleh difusi keluar dari sel.
8
antara enzim bebas dan negara-negara terfosforilasi di setiap konversi glukosa-1-
fosfat menjadi glukosa-6-fosfat (atau glukosa-6-fosfat menjadi glukosa-1-fosfat).
9
Aldolase memotong Fruktosa-1,6-bifosfat
10
Jalur glikolitik menyerupai serangkaian "danau" (kolam metabolik) yang
dihubungkan dengan singkat "sungai" (reaksi antara kolam renang). Pola ini
tercermin dalam cara bahwa hubungan metabolik fungsional telah berevolusi.
Reaksi yang melibatkan ATP dan ADP terjadi pada reaksi interconecting, atau
sungai. Jelas ini adalah di mana mereka diharapkan, karena ATP - reaksi terkait
dalam kolam metabolik tidak membuat lebih masuk akal daripada pembangkit
listrik tenaga air di tengah danau.
Sel berbeda dalam penggunaan jalur fosfat pentosa. Dalam otot jaringan di
mana karbohidrat dimanfaatkan hampir secara eksklusif untuk pembangkit energi
mekanik, enzim dari jalur pentosa fosfat kurang. Sebaliknya, sel-sel darah merah
benar-benar tergantung pada lintasan pentosa fosfat sebagai sumber NADPH yang
mereka butuhkan untuk menjaga besi hemoglobin dalam nya keadaan normal + 2
valensi. Kekurangan glukosa - 6 - fosfat dehidrogenase, enzim pertama dalam
jalur fosfat pentosa, dapat menyebabkan penghancuran sel darah merah dan
acondition dikenal sebagai anemia hemolitik.
11
Dua molekul NADPH yang dihasilkan oleh jalur fosfat pentosa
12
adalah indikator nyaman dalam percobaan ini karena dikonversi dari biru menjadi
bentuk berwarna dengan reduksi. Asam organik yang ditemukan Szent-Gyorgyi
ditambah oksaloasetat, α-ketoglutarat, isositrat, dan cis-aconitate. Seperti Szent-
Gyorgyi, Krebs menemukan bahwa jumlah katalitik dari asam organik yang sama
merangsang oksidasi piruvat atau karbohidrat, dan bahwa efek katalitik mereka
diblokir oleh malonat. Asam organik dengan potensi katalitik bisa diatur dalam
rantai terkait dengan konversi biokimia:
Dukungan lebih lanjut untuk sifat siklus rantai datang dari pengamatan
irisan otot malonat-terhambat. Dalam persiapan seperti penambahan salah satu
intermediet dari rantai menyebabkan akumulasi suksinat. Bahkan penambahan
fumarat, produk langsung dari oksidasi suksinat, menyebabkan akumulasi
suksinat.
13
Dekarboksilasi Oksidatif Asam Piruvat Dalam Proses Acetil KoA
14
Pada titik ini dalam oksidasi glukosa, empat elektron per molekul glukosa
telah hilang dalam oksidasi gliseraldehida-3-fosfat dan empat lagi dalam konversi
piruvat menjadi asetil -CoA. Dengan demikian, dari total 24 elektron yang hilang
dalam oksidasi glukosa menjadi CO2, 16 masih harus ditransfer ke agen oksidasi
dalam perjalanan oksidasi dua molekul asetil-CoA.
Langkah pertama dari siklus TCA adalah reaksi dikatalisis oleh sitrat sintase, di
mana asetil -CoA memasuki siklus dan sitrat terbentuk.
Enzim yang mengkatalisis isomerisasi ini, adalah nama untuk fakta bahwa
senyawa tak jenuh yang terbentuk dengan menghapus H2O baik dari sitrat atau
isicitrate, cis-aconitate, juga dapat berfungsi sebagai substrat atau produk.
Aconitase mengkatalisis pencapaian keseimbangan antara sitrat, isositrat, dan cis-
aconitate.
15
α-Ketoglutarat Dehidrogenase MengkatalisisDekarboksilasi α- Ketoglutarat
menjadi Succinil-CoA
16
Flavoprotein adalah agen oksidasi yang lebih kuat dibanding
NAD+, dan suksinat dehidrogenase, yang mempercepat oksidasi suksinat menjadi
fumarat, sebuah flavoprotein enzim. Oksidasi suksinat oleh akseptor suksinat
dehidrogenasi sekitar 16 kkal(65 kJ) yang mungkin terjadi apabila akseptor
elektronnya adalah NAD+.
Fumarat diubah ke L- malat dengan penambahan air pada ikatan rangkap duanya.
Diawal tahun 1940an, sebelum penemuan 14C dan ketika Asetil Koenzim-
13
A belum diketahui, dua penelitian menggunakan isotop stabil C dan massa
spektro meter untuk mempelajari Aliran karbon dalam siklus TCA. Piruvat dan
13
CO2 ditambahkan kedalam hati merpati untuk membentuk karboksil
Oksaloasetat. Malonat ditambahkan untuk menghentikan siklus TCA pada
Suksinat.
17
Asetil Ko-A + 2H2O + 3NAD+ + FAD + ADP + Pi 2CO2 + 3NADH + 2H+
+ FADH2 + CoA + ATP.
Fungsi utama siklus TCA adalah oksidasi asetat menjadi CO2 . Siklus
TCA memiliki substrat tunggal yaitu : Asetil Ko-A. Dalam kebnayakan sel ada
fluks atau empat, lima dan enam karbon yang menjadi antara masuk dan keluar
siklus yang terjadi dalam tambahan fungsi katabolisme siklus. Cabang reaksi
memiliki 2 tujuan utama yaiyu : 1. Menyediakan sintesis senyawa menjadi
beberapa intermediet siklus, dan 2. Mengisi dan mengumpulkan tambahan
intermediet siklus yang dibutuhkan.
18
Siklus Glikosilat pada Pertumbuhan Dua Sumber Karbon
Sitrat Sintase Secara Negatif Diatur oleh NADH dan Mengisi Energi
Isositrat Dehidrogenase Diatur oleh NADH untuk NAD + Ratio dan The
Mengisi Energi
Asetil koA diproduksi di sitosol dari pembntukan sitrat yang digunakan dalam
reaksi biosintesis termasuk pembentukan lipid, beberapa asam amino,kofaktor dan
pigmen.ini adalah sumbersatu – satunya asetil koA dalam sitosol karena produksi
asetil koA diproduksi dalam mitokondria yang tidak dapat berdifusi melalui
membran mitokondria. NADPH diproduksi secara tak langsung dalam sitosol dari
sitrat
19
α – Ketoglutarat Sebagai Regulasi Negatif oleh NADH
1
NADH + H+ + 2 NAD+ + H2O
1
FADH2 + O2 FAD + H2O
2
20
Aspek yang paling penting dari reaksi ini adalah sejumlah besar energi
bebas mereka rilis. Bahkan, sebagian besar energi gratis yang tersedia dari
oksidasi glukosa masih hadir dalam koenzim berkurang dihasilkan selama
glikolisis dan siklus TCA.
REAKSI POSPORILASI
21
Reaksi oksidasi dapat mendorong dalam pembentukan ATP yang
diperoleh sekitar tahun 1940 oleh Herman, bahwa sel sel aerobik membuat proses
ATP tergantung pada respirasi yang oksidatif dan melibatkan NADH. Menunggu
perkrmbangan mitokondria dan ADH selular di sisi matriks. Pada akhir tahun
1940 an, eugene kenedy dan albert lehninger menemukan bahwa mitokondria
mengoksidasi NADH endogen dan ada dua ATP yang dihasilkan untuk setiap oxi
NADH dized.
Tiga jumlah molekul ATP dibentuk per sepasang trons dan ditransfer
kebawah rantai pernafasan untuk O2. Ketika NADH digunakan sebagai substrat,
diuukur rasio sekitar 2,5 dengan suksinat sekitar 1,5. Reduktor yang memberi
terhadap elektron langsung ke sitokrom c dan memberi pada P ke O dari sekitar
1.0. Observasi terakhir ini menunjukkan bahwa kompleks i yang melakukan
elektron.
22
Reaksi transfer elektron yang hilang akibat panas tidak ditangkap oleh
ATP, jika uncoupler menyebabkan kerusakan dari efek elektron, pembawa
elektron akan diatur jalannya dan elektron bisa melanjutkan sampai pada O2. Di
sisi lain sebuah molekul yang bertindak sebagai uncoupler disalah satu dari ketiga
kopling fosforilasi oksidatif selalu memiliki efek yang sama dengan yang lain. Hal
ini menunjukkan bahwa skrup menyebabkan perpecahan sesuatu yang telah
dibentuk pada sebstrat tersebut.
23
Lebih pengukuran terakhir bahwa sekitar 10 proton dipompa keluar untuk setiap
pasangan elektron yang bergerak ke bawah rabtai pernapasan dari NADH ke O2,
dan sekitar 6 pasangan elektron yang berasal dari suksinat gradien dibuat oleh
resoirasi colla tiba juka uncoupler ditambahkan. Mitchell dan moyle memperkuat
kesimpulan ini dengan eksperimen dimana mereka menambahkan sejumlah HCL
untuk suspensi mitokondria dan diukur tingkat di kebocoran proton melalui
membran. Fakta bahwa uncoupller adalah asam lemah lipofilik menjelaskan
kemampuan untuk meruntuhkan kemampuan membran dalam meningkatkan ph.
Karena asam lemah, uncoupler dapat melepaskan satu ton proton untuk membran
dan kemudian berdifusi melewati membran untuk mengambil proton yang
lainnya. Teori kemiosmotik demikian memberi penjelasan sederhana efek
uncouplers pada fosforilasi oksidatif.
Transportasi dari Substrat, ADP, dan ATP Masuk dan Keluar dari
Mitokondria
Dari prinsip-prinsip yang mendasari teori kemiosmotik adalah bahwa
membran dalam mitokondria relatif impermeabel ke ion. Hal ini menimbulkan
24
pertanyaan tentang bagaimana 𝑃𝑃 nukleotida adenin, dan substrat, seperti piruvat
dan sitrat, bergerak masuk dan keluar dari mitokondria.
Elektron dari Kitosolik NADH Diimpor oleh Sistem Membran Secara Acak
Dalam mitokondria memiliki sistem transportasi untuk NAD atau NADH.
Pada sel-sel hewan, sebagian besar NADH yang harus dioksidasi oleh rantai
pernafasan dihasilkan dalam matriks mitokondria oleh siklus TCA atau oksidasi
asam lemak. Sel hewan menggunakan beberapa elektron jenis transfer dari NADH
sitosol ke t rantai pernafasan. Sistem ini mengkonsumsi energi sekitar 15 miolekul
ATP siap NADH sitosol.
25
Hasil Oksidasi Lengkap Glukosa Sekitar 30 Molekul ATP
Angkutan yang beroperasi antara sitosol dan mitokondria harus
diperhitungkan ketika kita menghitung total hasil ATP dari molekul glukosa yang
dioksidasi menjadi CO2 dan H2O. untuk membuat perhitungan seperti itu,
pertama-tama ingat yang dua molekul ATP yang dibuat dari setiap molekul
glukosa dalam glikolisis, dan dua lagi dilakukan via GTP dalam daur TCA. Dua
molekul NADH yang dihasilkan dalam sitosol oleh glikolisis, dan delapan
molekul NADH yang dihasilkan dalam matriks mitokondria oleh komplekspiruvat
dehidrogenase dan siklus A. Reoksidasi dari 8 molekul NADH mitokondria oleh
rantai pernpasan mendorong ekspor sekitar 20 molekul ATP kesitosol (2,5 untuk
setiap molekul NADH). Dua molekul NADH yang terbentuk di latosol bisa
berkontribusi sekitar tiga ATP.
IV. FOTOSINTESIS
26
Tumbuhan dan bakteri fotosintetik setiap tahun mengkonversikan atau
menetapkan sekitar 10 ton karbon dari CO2 menjadi senyawa organik. Secara
keseluruhan persamaan reaksi pada fiksasi CO2 yang terjadi pada tumbuhan
adalah:
27
bakteri fotosintetik, cyanobacteria, menghasilkan reaksi yang identik. Tipe lain
dari fotosintesis bekteri menghasilkan proses yang keseluruhan sama. Tetapi tidak
meningkatkan O2, spesies spesies ini menggunakan bahan bahan lain selain H2O
sebagai sumber elektron. Jika kita mengabaikan cahaya, kesetimbangan pada
sintesis glukosa dari CO2 dan H2O berkurang. Kesetimbangan konstan pada 27o
adalah 10-496.
Klorofil a dan b mengandung alkohol fitol, bakteri klorofil a dan b memiliki baik
fitol atau geranilgeraniol, bergantung pada spesies dari bakteri tersebut.
Organisme fotosintetik juga mengandung sejumlah kecil pheophytins atau
bakteriopheophytins yang sama dengan klorofil yang sesuai atau bakterioklorofil
kecuali kedua hidrogen menggantikan Mg2+. Kita akan melihat bahwa
pheophytins dan bakteriopheophytins memiliki peran penting sebagai pengangkut
elektron pada fotosintesis.
28
yang lebih tinggi. Dua persyaratan harus dipenuhi untuk ini terjadi. Pertama,
perbedaan antara energi dari dua orbital harus sama dengan energi foton, hv.
Inilah sebabnya mengapa jenis tertentu dari molekul menyerap cahaya dari
beberapa panjang gelombang, bukan dari orang lain. Kedua, dua orbital harus
memiliki simetri geometris yang berbeda dan harus berorientasi tepat sehubungan
dengan medan listrik osilasi dari cahaya.
29
dalam hal ini, fotosistem I menyerupai fotosistem II dan fotosintesis bakteriungu,
yang menggunakan pheophytin atau bacteri pheophytin .
fotosistem I berisi tiga kluster zat besi-sulfur terkait dengan pusat reaksi.
sistein dari Fe-SX disediakan oleh dua polipeptida utama. elektron bergerak ke
ferredoxin, protein besi-sulfur larut ditemukan dalam stroma kloroplas, kemudian
ke flavoprotein dan akhirnya ke NADP.
30
itu terutama terdiri dari gradien Ph, yang dapat lebih besar dari 3 unit Ph selama
kuat illumination.skema Z, photosystem beroperasi di seri untuk memindahkan
+
elektron dari H2O ke NADP dan menciptakan potensi gradien elektrokimia
untuk proton melintasi membran tilakoid.
31
Enzim lain dalam stroma dapat mengkonversi gliseral-3-fosfat kembali
ke ribulosa-1,5-bifosfat. 3-fosfogliserat pertama terfosforilasi untuk gliseral-1,3-
bifosfat dengan mengorbankan ATP dan kemudian dikurangi menjadi
gliseraldehid-3-fosfat oleh NADPH.
32
H2O. konsentrasi dua gas yang sering berada di urutan nilai Km, membuat O2
menjadi pesaing serius. Tumbuhan yang hidup di daerah beriklim kering
menghadapi dilema tambahan yaitu membuka stomata pada daun untuk
meningkatkan pertukaran CO2 dan O2 dengan suasana yang dapat mengakibatkan
dehidrasi.
Karena biosintesis dari o- dan N- melalui rute yang relative berbeda, maka dari itu
pembahasan ini akan dipisah secara spesifik.
33
Tahapan awal dari sintesis inti umum semua oligosakarida mencakup 5
gula terkait. Hal ini menggambarkan jalur biosintesis umum dimana gula
ditambahkan ke membrane lipid terkait poliprenol disebut dolicholfosfat.
34
ditemukan dalam ruang ekstraseluler dalam organisme multisel, di mana
mereka menghasilkan matriks kental yang tahan kompresi.
35
BAB III
PENUTUP
KESIMPULAN
SARAN
Berdasarkan critical book yang saya buat, mungkin ada tambahan untuk
mengisi kekurangan-kekurangan dalam critical book ini. Saran dari semuanya
akan saya kumpulkan untuk memberi semangat dan acuan dalam penulisan
critical book ini.
36