Bab Ii
Bab Ii
Bab Ii
TINJAUAN PUSTAKA
6
Tumbuhan cengkodok Berbunga majemuk yang keluar diujung cabang,
berwarna ungu kemerahan dengan jumlah bunga dalam setiap helai 4-18 bunga,
berbentuk periuk yang ditutupi oleh sisik-sisik berukuran 1-2 mm. Buah masak
akan merekah yang terbagi dalam beberapa bagian dan berwarna ungu tua
kemerahan. Biji kecil-kecil berwarna coklat. Buahnya dapat dimakan,
sedangkan daun muda dapat dimakan sebagai lalapan atau sayur.19
8
tanaman umumnya melalui akar, namun bagian tanaman yang terpapar udara
langsung seperti daun, bunga, batang dan kotiledon, juga dapat menjadi jalur
masuk bakteri endofit. Bakteri endofit yang telah masuk ke dalam tanaman
dapat tumbuh hanya di satu titik tertentu atau menyebar ke seluruh tanaman.
Mikroorganisme ini dapat hidup di dalam pembuluh vaskular atau di ruang
intersel.28
Bakteri endofit pada satu tanaman inang umumnya terdiri atas beberapa
genus dan spesies. Bakteri endofit dapat beradaptasi terhadap stres biotik dan
abiotik dibandingkan dengan bakteri pada rizosfer. Pada banyak tanaman, akar
mempunyai jumlah endofit lebih banyak dibandingkan jaringan diatas
permukaan.27 Kerapatan populasi bakteri endofit pada akar adalah 105, batang
104 dan daun sekitar 103. Bakteri endofit dilaporkan menghasilkan antibiotik
dan enzim pendegradasi yang dapat menghambat perkembangan patogen secara
in vitro, meningkatkan ketahanan tanaman terhadap patogen dengan
menginduksi reaksi ketahanan tanaman, dan memacu pertumbuhan tanaman.
29,30,31
9
menghasilkan beberapa senyawa antibiotika seperti phemazines, pyrolnitrin,
pycocyanin, pholoroglucianol dan asam pseudomonat.34,35
b. Bakteri endofit penghasil enzim ekstra seluler
Enzim ekstraseluler yang dihasilkan bakteri endofit diantaranya adalah
kitinase, protease dan selulase. Enzim kitinase merupakan enzim penting
yang dihasilkan oleh bakteri antagonis untuk mengendalikan patogen telur
tanah, karena enzim ini dapat mendegradasi dinding sel patogen yang terdiri
dari kitin seperti dinding sel cendawan, nematode dan serangga. Semua
enzim yang dapat mendegradasi kitin disebut dengan kitinase total atau
kitinase non-spesifik. Enzim yang mendegradasi kitin secara acak dari dalam
disebut endokitinase, sedangkan yang membebaskan N-asetilglukosamina
dari kitin disebut N-asetil-beta-Dglukosaminidase (NAGase) dan yang
membebaskan unit dimer dari beta-1,4-Nasetilglukosamina (kitobiosa)
disebut eksokitinase. Enzim protease berperan dalam mendegradasi dinding
sel patogen, protease dapat digunakan oleh bakteri tersebut untuk melakukan
penetrasi secara aktif ke dalam jaringan tanaman.36
c. Bakteri endofit menginduksi ketahanan tanaman
Bakteri endofit dapat menghasilkan senyawa bioaktif yang berperan
sebagai penghasil hormon pertumbuhan dan memacu pertumbuhan melalui
proses peningkatan ketersediaan nutrisi tertentu bagi tanaman.
Keanekaragaman bakteri endofit merefleksikan banyaknya mekanisme kerja
yang mungkin terjadi untuk melawan patogen, yang memungkinkan patogen
memproduksi senyawa antibiotik untuk melawan bakteri endofit tersebut.35
2.2.2 Mekanisme Kerja Bakteri Endofit
Mekanisme kerja bakteri endofit sebagai agen pengendali hayati
diantaranya memproduksi bahan campuran antimikroba, kompetisi ruang dan
nutrisi, kompetisi mikronutrisi seperti zat besi dan siderofor, serta dapat
menyebabkan tanaman inang menjadi resisten.35 Sedikit yang mengetahui
mekanisme lain yang digunakan oleh antagonis bakteri endofit terhadap
patogen seperti antibiotik, kompetisi dan lisis. Mikroba endofit terdiri atas
bakteri, fungi atau jamur dan aktinomisetes, namun yang paling banyak
ditemukan adalah golongan bakteri dan fungi.37
10
Mikroba endofit ini dapat menghasilkan senyawa bioaktif yang dapat
berpotensi sebagai antibiotik disebabkan karena aktivitasnya yang besar dalam
membunuh mikroba-mikroba patogen. Senyawa antimikroba yang mampu
dihasilkan oleh mikroba endofit juga mampu menghasilkan senyawa-senyawa
antibakteri, antifungi, antivirus, antikanker, antidiabetes, antimalaria, dan
antiimunosupresif. Beberapa bakteri endofit mampu menghasilkan metabolit
sekunder yang diduga sebagai akibat koevolusi antara tanaman inang dengan
mikroba endofit.38,39
11
tebal dan keras. Sifat inilah yang menyebabkan dibutuhkannya perlakuan yang
keras untuk mewarnainya. Pewarnaan akan menembus spora jika dilakukan
pemanasan yang cukup dan sesuai. Namun jika pewarna sudah memasuki
endospora, maka pewarna akan sulit untuk dihilangkan.40
Sel-sel bakteri yang bersifat gram positif merupkan bakteri yang dapat
mengikat zat warna utama dengan kuat sehingga dapat dilunturkan oleh zat
peluntur dan tidak dapat diwarnai lagi oleh zat lain. Pada pemeriksaan
mikroskopik, sel bakteri gram positif akan menunjukkan warna biru ungu
(violet). Sedangkan bakteri gram negatif merupakan bakteri yang daya pengikat
warna utamanya tidak kuat, sehingga dapat dilunturkan dan dapat diwarnai
kembali oleh zat warna lain. Pada pemeriksaan mikroskopik sel-sel bakteri
pada gram negatif tampak berwarna merah.40
Perbedaan gram positif dan gram negatif adalah gram positif
merupakan organisme yang dapat menahan kompleks pewarna primer ungu
Kristal iodium sampai pada akhir prosedur (sel tampak biru gelap atau ungu).
Sedangkan gram negatif merupakan organisme yang kehilangan kompleks
warna ungu kristal pada saat pembilasan dengan alkohol namun kemudian
terwarnai oleh pewarnaan tandingan safranin (sel tampak merah atau merah
muda).40 Menurut Bailey (2007) terdapat beberapa faktor yang mempengaruhi
pewarnaan bakteri yaitu fiksasi, peluntur warna, substrat, intensifikasi
pewarnaan dan penggunaan zat warna penutup. Jika suatu zat warna sudah
sudah meresap ke preparat, kemudian dilakukan pencucian dengan asam encer
maka semua zat warna akan terhapus.41
2.3.3 Pengamatan Karakter Biokimia
Suatu bakteri tidak dapat dideterminasi hanya berdasarkan sifat-sifat
morfologinya saja, sehingga perlu diteliti sifat-sifat biokimia dan faktor yang
mempengaruhi pertumbuhannya. Uji biokimia bakteri merupakan suatu cara
yang dilakukan untuk mengidentifikasi dan mendeterminasi suatu biakan murni
bakteri hasil isolasi melalui sifat-sifat fisiologisnya. Beberapa jenis uji biokimia
itu antara lain:
a. Uji Kebutuhan Oksigen
Uji ini digunakan untuk mengetahui sifat pertumbuhan bakteri
dengan menggunakan medium NB. Sifat pertumbuhan bakteri adalah aerob,
12
anaerob, fakultatif atau mikroaerofil. Bakteri anaerob akan tumbuh
mengelompok pada dasar medium, bakteri anaerob fakultatif akan tumbuh
tersebar diseluruh medium, bakteri mikroaerofil akan tumbuh mengelompok
sedikit di bawah permukaan medium, sedangkan bakteri aerob akan tumbuh
pada permukaan medium.42
b. Tes oksidase
Uji ini berfungsi untuk menentukan adanya oksidase sitokrom yang
ditemukan pada mikrobia tertentu.40
c. Uji Katalase
Katalase adalah enzim yang mengkatalisasikan penguraian hidrogen
peroksida ( H2O2 ) menjadi air dan O2. Pada bakteri yang bersifat katalase-
positif terlihat pembentukan gelembung udara sekitar koloni.40
d. Tes Fermentasi Karbohidrat
Uji gula bertujuan untuk mendeterminasi kemampuan bakteri dalam
mendegradasi gula dan menghasilkan asam organik yang berasal dari tiap-
tiap jenis gula. Proses fermentasi gula-gula sejumlah besar asam (acid) dan
beberapa bakteri akan menghasilkan gas yang dapat diamati denagn tabung
durham yang diletakkan pada media gula-gula. Media gula-gula merupakan
media cair (liquid) yang berwarna merah.42
e. Tes Dekarboksilasi
1. Uji Lysin Iron Agar (LIA)
Uji ini bertujuan menunjukkan kemampuan bakteri dalam
mendekarboksilasi berbagai asam amino40
2. Uji Ornitin
Tujuan uji ornithin adalah mengamati pertumbuhan bakteri pada
daerah anaerob.40
3. Uji Arginin
Uji arginin dilakukan dengan cara mengambil biakan bakteri
dengan menggunakan jarum ose lurus kemudian ditusukkan secara
vertical ke media arginin dan diinkubasi selama 24 jam.40
f. Tes Urease
Uji Urease untuk mengetahui kemampuan bakteri dalam menghidrolisa
urea menjadi amoniak karena adanya bakteri yang dapat mensintesa enzim
13
urease dengan cara menginokulasikan isolat bakteri pada media urea dengan
suhu 35°C selama 24 jam. Timbulnya warna merah muda berarti reaksi
positif dan negatif warna tidak berubah.42
g. Uji TSIA (Triple Sugar Iron Agar)
Tes TSA bertujuan untuk mengetahui kemampuan kuman untuk
memfermentasikan karbohidrat. Pada media TSIA berisi 3 macam
karbohidrat yaitu glukosa, laktosa, dan sukrosa. Indikatornya yaitu phenol
red yang menyebabkan perubahan warna dari merah orange menjadi kuning
dalam suasana asam. Glukosa berada di dasar media sedangkan laktosa dan
sukrosa berada dibagian lereng. Fermentasi pada TSIA juga disertai dengan
pembentukan gas CO2 yang dapat dilihat dari pecahnya dan terangkatnya
agar. Media TSIA juga dapat digunakan untuk mengetahui pembentukan
H2S yaitu melihat apakah kuman memfermentasi metionin dan sistein (Asam
amino yang mempunyai gugus S). Pada media TSIA terdapat asam amino
metionin dan/sistein, jika kuman memfermentasi kedua asam amino ini
maka gugus S akan keluar dan gugus S akan bergabung dengan H2O
membentuk H2S. Selanjutnya H2S bergabung dengan Fe+ membentuk FeS
berwarna hitam dan mengendap.40
g. Uji Indol
Uji indol ini digunakan untuk mengetahui apakah kuman
mempunyai.enzim triptophanase sehingga kuman tersebut mampu
mengoksidasi asam.amino tryptophan membentuk indol. Media yang
digunakan dalam uji indol yaitu pepton 1%. Adanya indol dapat diketahui
dengan penambahan reagen Ehrlich/Kovac’s yang berisi paradimetil amino
bensaldehid. Hasil negatif.menunjukkan tidak terbentuknya lapisan cincin
warna merah pada permukaan biakan. Sedangkan hasil positif jika lapisan
cincin berwarna merah pada.permukaan biakan.42
h. Uji MR (Methyl Red)
Uji MR digunakan untuk mengetahui adanya fermentasi asam
campuran (metilen glikol). Media yang digunkan pada uji ini yaitu pepton
glukosa phosphat. Tidak terbentuknya perubahan warna media menjadi
merah setelah,ditambah methyl red 1% menunjukkan hasil negatif.
14
Sedangkan jika terjadi.perubahan warna media menjadi merah setelah
penambahan methyl red 1%.menunjukkan hasil poditif.42
i. Uji Simmon Citrat Agar
Tujuan dari uji ini yaitu untuk mengetahui apakah kuman
menggunakan.sitrat sebagai sumber karbon. Media yang digunakan pada uji
citrate yaitu Simons citrate. Dalam media cimons citrate berisi indicator
BTB (Brom Tymol.Blue). Apabila bakteri menggunakan citrate sebagai
sumber karbon maka media berubah menjadi basa dan berubah warna
menjadi biru.42
j. Uji Motilitas
Media yang dipakai pada uji motilitas ini merupakan media yang bersifat
semi solid dengan kandungan agar-agar 0,2-0,4%. Tujuan dari uji ini yaitu
untuk mengetahui pergerakan kuman, bias memakai media MO
(Motilitas.Ornitin) atau SIM (Sulfida Indol Motility). Pada media SIM selain
untuk melihat motilitas dapat juga untuk tes indol dan pembentukan H2S.40
k. Uji Glukosa OF
Uji ini digunakan untuk mengetahui apakah kuman memfermetasi
masing-masing gula membentuk asam. Media gula-gula ini terpisah dalam 5
tabung yang berbeda dan media yang digunakan adalah masing-masing gula
dengan.konsentrasi 1% dalam pepton. Masing-masing gula-gula
ditambahkan dengan/indicator phenol red. Hasil negatif jika tidak terjadi
perubahan warna media dari merah menjadi kuning. Sedangkan pada hasil
positif terjadi perubahan warna media dari merah menjadi kuning.40
l. Uji Voges Prouskuer (V-P)
Uji Voges Prouskuer ditunjukkan dengan adanya perubahan warna
larutan dari kuning menjadi merah tua yang menunjukkan adanya
kandungan aseton yang diproduksi oleh bakteri dalam larutan KOH 40%
dalam aquades steril dan á-napthol 5% dalam ethanol, yang bertindak
sebagai katalis.40
2.4 Antibakteri
Antibakteri didefinisikan sebagai zat aktif yang bersifat toksisitas selektif
yaitu membunuh bakteri yang merugikan manusia tanpa menimbulkan toksisitas
15
terhadap manusia. Zat semacam ini juga sering disebut zat kemoterapeutik yaitu
zat kimia yang digunakan untuk mengobati penyakit menular atau mencegah
penyakit. Antibiotic didefinisikan sebagai zat yang dihasilkan suatu
mikroorganisme baik langsung maupun analog sintesisnya yang dalam jumlah
amat kecil bersifat merusak atau menghambat mikroorganisme lain. Cara kerja
zat antibakteri dalam melakukan efeknya terhadap mikroorganisme adalah
sebagai berikut:43
a. Antibakteri yang menghambat metabolisme sel
b. Antibakteri yang menghambat sintesis dinding sel
c. Antibakteri yang mengganggu permeabilitas membran sel
d. Antibakteri yang menghambat sintesis asam nukleat sel
e. Antibakteri yang menghambat sintesis protein
16
media agar. Cakram yang diletakkan harus terdistribusi secara merata
sehingga tidak berjarak kurang dari 24 mm dari pusat ke pusat untuk
meminimalkan tumpang tindih zona hambat pertumbuhan bakteri. Biasanya,
tidak lebih dari 5 cakram pada lempeng berukuran 100 mm.45
Diameter zona hambat pertumbuhan bakteri yang tampak
menunjukkan adanya kepekaan bakteri tersebut terhadap antibiotik
bersangkutan. Penilaian terhadap zona hambat dilakukan dengan
membandingkan besarnya diameter zona hambat (dalam mm) dengan standar
interpretasi diameter zona hambat dan KHM. Hasil penilaiannya berupa
sensitif, intermediate, dan resisten. Sensitif, apabila diameter zona hambat ≥
diameter zona hambat standar; intermediate, apabila diameter zona hambat
diantara resisten dan sensitif dan resisten, apabila diameter zona hambat≤
diameter zona hambat standar.45
17
Gambar 2.2. Pewarnaan Gram Shigella spp46
Shigella spp. dapat tumbuh pada media seperti agar nutrisi dan agar
Mueller-Hinton. Media spesifik untuk Shigella spp. adalah Salmonella-
Shigella (SS) agar, MacConkey Agar, Deoxycholate Citrate Agar (DCA),
Xylose Lysine Deoxycholate (XLD) agar, dan Hectoen Enteric (HE) agar.
Shigella spp. bersifat fakultatif anaerob tetapi tumbuh paling baik secara
aerob. Temperatur pertumbuhannya berkisar antara 10-400C dan pH 7,4.
Koloni Shigella spp. pada agar nutrisi berbentuk konveks, bulat transparan,
dengan tepi yang utuh dan mencapai diameter sekitar 2 mm dalam 24 jam.46
19
polimorfonuklear) ke tempat infeksi dan akan mendestabilisasi barrier epitel,
eksaserbasi inflamasi dan menyebabkan colitis akut. Proses perluasan sel ke sel
secara radial membentuk ulkus fokal pada mukosa, terutama pada kolon. Ulkus
menambah komponen perdarahan dan menyebabkan Shigella untuk mencapai
lamina propria, dimana mereka membangkitkan respon inflamasi akut yang
intensif. 46,47
2.7.1 Gambaran Klinis
Setelah masa inkubasi sekitar 1-2 hari, secara mendadak akan timbul
gejala demam, malaise, dan diare cair. Diare ini disebabkan oleh kerja
enterotoksin di usus halus. Kemudian secara cepat berkembang menjadi diare
dengan mukus dan darah yang merupakan karakteristik infeksi Shigella ketika
infeksi telah mengenai ileum dan kolon. Disentri ditandai dengan diare sedikit
disertai darah dan lender diikuti dengan tenesmus (spasme rektum), kram perut
yang mengakibatkan nyeri perut bagian bawah saat akan defekasi. Tanda-tanda
dehidrasi ringan atau sedang kadang-kadang ditemukan sebagai akibat
kehilangan cairan lewat diare, peningkatan insensible water loss akibat demam,
dan penurunan asupan makan dan minum. Kebanyakan gejala Shigellosis ini
akan membaik sendiri tanpa terapi dalam waktu 1 minggu, tetapi dengan terapi
yang tepat maka proses penyembuhan terjadi dalam beberapa hari saja dan
tanpa ada gejala sisa. 46,47
Saponin
menghambat metabolisme sel
Steroid
menghambat sintesis dinding
sel flavonoid
mengganggu permeabilitas
membran sel
Identifikasi isolat
21
2.9 Kerangka Konsep
Variabel terkendali:
Sterilitas
Suhu dan waktu inkubasi
Medium
pH
Tekanan atmosfir
22