PELATIHAN ONLINE 2019

BIOLOGI – PAKET 1
PELATIHAN ONLINE 2019
BIOLOGI – PAKET 1

BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER

PCR (Polymerase Chain Reaction)

PCR (polymerase chain reaction) merupakan salah satu teknik perbanyakan DNA dengan
enzim. Dalam bioteknologi, DNA yang digunakan harus berjumlah banyak, sementara
biasanya DNA yang diektraksi berjumlah sedikit sehingga perlu diperbanyak. PCR dapat
memperbanyak DNA dengan enzim DNA polimerase yang akan memperbanyak DNA melalui
jumlah siklus tertentu. Komponen PCR antara lain enzim DNA polimerase, yang biasanya
digunakan adalah Taq polymerase dan Pfu polymerase sebagai agen biokatalis dalam
perbanyakan DNA, DNA template yang mengandung gen target, dan primer yang akan
menempel pada bagian DNA target yang akan diperbanyakan dan akan menjadi situs awal
penempelan enzim DNA polimerase. Komponen lain adalah dNTP yang akan menjadi
building block DNA, buffer PCR yang berfungsi menjaga larutan dalam kondisi optimum dan
Mg2+ yang berfungsi sebagai kofaktor enzim DNA polimerase. Ada beberapa jenis PCR, salah
satunya adalah RT-PCR (reverse-transcriptase PCR). Berbeda dengan PCR tradisional yang
menggunakan DNA sebagai template, RT-PCR menggunakan RNA sebagai template. RNA ini
kemudian akan di transkripsi balik menjadi cDNA yang kemudian akan diperbanyak. RT PCR
biasanya digunakan untuk memperbanyak genom virus yang memiliki genom RNA dan
untuk mengkloning gen eukariot di sel prokariot. PCR terdiri dari 3 siklus, yang pertama
adalah denaturasi, yaitu pemutusan rantai dsDNA menjadi ssDNA pada suhu 95 oC. Tahap
yang kedua adalah annealing, yaitu penempelan primer pada template DNA target pada
suhu sekitar 55-60oC. Tahap ketiga adalah elongasi, yaitu pemanjangan primer oleh DNA
polymerase pada suhu 72oC. Tahap ini biasanya diulang 25-30 kali hingga pada akhirnya
jumlah DNA target menjadi banyak.
PELATIHAN ONLINE 2019
BIOLOGI – PAKET 1

Gambar 1. Siklus PCR (Polymerase Chain Reaction) (Alberts, et. al fourth edition)
PELATIHAN ONLINE 2019
BIOLOGI – PAKET 1

SOAL
1. Pada peristiwa kanker paru-paru, sel-sel tersebut teramati mengalami titik (single
point mutation) yang menyebabkan perubahan asam amino sistein menjadi
fenilalanin pada lokasi mutasi tersebut. Akibatnya, protein yang dihasilkan defektif
dalam fungsi fosforilasinya.
Hilangnya fungsi tersebut kemungkinan besar disebabkan oleh :

A. Meningkatnya solubilitas protein pada lingkungan aquous

B. Alterasi konformasi esensial protein untuk interaksi antar protein
C. Meningkatknya muatan total protein yang berakibat pada hilangnya sisi aktif
D. Menurunnya interaksi hidrofobik protein dengan protein lainnya
E. Seluruh pernyataan diatas salah

2. Manakah protein-protein dibahaw ini yang aktif selama proses mitosis

i. Telomerase
ii. Primase
iii. Topoisomerase
iv. Kinesin

A. ii, iii, & iv

B. iii, & iv
C. i, ii, & iii
D. hanya iv
E. i & iv

3. Apoptosis merupakan proses kematian sel yang terprogram yang dapat diamati
melalui adanya badan apoptotik (apoptotic bodies) sedangkan nekrosis dapat
diamati melalui meledaknya sel (bursting). Manakah pilihan dibawah ini yang
merupakan kondisi yang menyebabkan terjadinya nekrosis?
i. Pembentukkan gap dan nick pada DNA selama proses replikasi yang tidak
dapat diperbaiki
ii. Perkembangan neuron-neuron yang gagal membentuk sinaps dengan sel
tetangganya
iii. Sel-sel otot jantung yang rusak akibat penipisan oksigen yang diikuti dengan
cardiac infarction

A. i dan ii
B. ii dan iii
C. i saja
PELATIHAN ONLINE 2019
BIOLOGI – PAKET 1

D. iii saja
E. ii saja

4. Terdapat beberapa tipe enzim dalam mengkatalisis reaksi. Pada salah satu tipe
katalisis reaksi oleh enzim, selain memiliki situs katalitik dimana substrat (X)
beriktan, enzim juga memiliki sisi untuk senyawa lain (Y) berikatan. Ketika Y
berikatan dengan enzim, enzim tetap dapat mengikat substrat namun tidak dapat
mengubahnya menjadi produk.
Manakah pilihan dibawah ini yang akan terjadi pada kasus tersebut?
i. Reduksi afinitas enzim terhadap substrat
ii. Penurunan nilai Vmax reaksi
iii. Senyawa Y akan mengubah konformasi senyawa X
iv. Alterasi konformasi situs katalitik akibat pengikatan senyawa Y
v. Efek senyawa Y dapat dikalahkan dengan meningkatkan konsentrasi senyawa
X

A. i, iii dan v
B. ii. iv dan v
C. i, ii dan v
D. ii dan iv
E. Hanya iv

5. Pada sebuah eksperimen, sel-sel E. coli yang ditumbuhkan pada suhu 37oC
dipindahkan pada suhu 20oC dan tumbuh hingga beberapa generasi. Manakah
adaptasi perubahan membran dibawah ini yang akan membantu E. coli dalam
beradaptasi pada lingkungan yang baru tersebut?

A. Meningkatkan konten asam lemak tak-jenuh

B. Meningkatkan jumlah protein integral membran
C. Meningkatkan konten fosfolipid
D. Meningkatkan panjang ekor hidrofobik
E. Meningkatkan konten asam lemak jenuh

6. Gen shaker (sh) pada Drosophila, ketika dimutasi akan menunjukkan perilaku tipikal
menggetarkan kaki secara kontinu. Ketika potensial aksi dari akson Drosophila mutan
shaker dipelajari menunjukkan grafik seperti dibawah ini.
PELATIHAN ONLINE 2019
BIOLOGI – PAKET 1

Grafik tersebut menunjukkan adanya kegagalan pada :

A. Fungsi aktivasi gerbang voltage-gated Na+ channel

B. Fungsi inaktivasi gerbang voltage-gated Na+ channel
C. Fungsi voltage-gated K+ channel
D. Kekuatan stimulus elektrik
E. Tidak ada jawaban yang benar

7. Membran inti menghilang ketika pembelahan sel terjadi. Setelah sel membelah
secara sempurna, membran inti muncul kembali selama interfase. Manakah pilihan
dibawah ini yang berkontribusi dalam pembentukan membran inti ?

A. Protein serabut spindel

B. Elemen sitoskeletal
C. Retikulum endoplasma
D. Badan golgi
E. Membran sel

8. Eosin merupakan pewarna asam yang secara luas digunakan untuk mewarnai
sitoplasma sel eukaryotik. Manakah pilihan dibawah ini yang menunjukkan
spesifisitas dari eosin?

A. Kemampuan eosin untuk berikatan dengan molekul air di sitoplasma

B. Kemampuan eosin untuk berikatan dengan asam amino di sitoplasma
C. Eosin dapat melewati membran plasma tapi tidak membran inti sehingga
terakumulasi dalam sitoplasma
D. Kemampuan esin dalam berikatan dengan bagian karbohidrat dalam sitoplasma
E. Tidak ada jawaban yang benar
PELATIHAN ONLINE 2019
BIOLOGI – PAKET 1

9. Pada sebuah eksperimen sel-sel hewan yang sedang membelah secara mitosis, inti
sel dari sel-sel yang berada pada fase G1 dan G2 dihilangkan. Selanjutnya inti sel fase
G2 dimasukkan kedalam sel fase G1 yang telah dihilangkan inti selnya. Apabila sel-sel
tersebut dikultur, apakah yang akan terjadi?

A. Sel-sel akan mengabaikan siklus sel dan memasuk fase G0

B. Sel-sel akan berubah secara langsung dari fase G1 menjadi G2
C. Sel-sel akan melanjutkan fase G1
D. Sel-sel akan berproses dari fase G1 menuju fase S
E. Tidak ada jawaban yang benar

10. Propidium Iodida (PI) merupakan pewarna yang dapat berinterkalasi dan mewarnai
genom seluler selama fiksasi sel. Kadar DNA diindikasikan dengan intensitas
florosens PI pada populasi sel yang berada pada fase siklus sel berbeda-beda
ditampilkan pada grafik dibawah ini. P, Q dan R mengindikasikan :

A. [G2], [S&G1], dan [M]

B. [G1], [G2&M], dan [S]
C. [G1], [G2], dan [S&M]
D. [S&G2], [G1], dan [M]
E. [M], [G1], dan [S&G2]

11. Pilihan mana di bawah ini yang merupakan suatu antikodon?

A. Bagian molekul DNA yang mengkode terminasi rantai.

B. Urutan 3-nukleotida molekul mRNA
C. Bagian spesifik molekul tRNA.
D. Nukleotida triplet molekul rRNA.
E. Bagian subunit ribosom yang berinteraksi dengan aminoasil-tRNA sintetase.
PELATIHAN ONLINE 2019
BIOLOGI – PAKET 1

12. Seorang wanita berumur 32 tahun menderita kanker payudara. Ibunya dan salah
satu adik ibunya yang wanita juga menderita kanker payudara, serta neneknya dari
pihak ibu menderita kanker ovarium. Pilihan berikut yang paling tepat menjelaskan
tentang masalah yang diturunkan tersebut adalah?

A. Suatu tumor suppressor menyebabkan hilangnya kemampuan apoptosis.

B. Suatu tumor supresor menyebabkan ketidakmampuan memperbaiki DNA.
C. Suatu tumor supresor menyebabkan aktifnya jalur MAP kinase secara terus
menerus.
D. Suatu onkogen menyebabkan ketidakmampuan memperbaiki DNA.
E. Suatu onkogen menyebabkan aktifnya jalur MAP kinase secara terus-menerus.

Pertanyaan No. 13 dan 14 berdasarkan keterangan dibawah ini

Clustered regularly-interspaced short palindromic repeats atau yang lebih dikenal

dengan singkatannya “CRISPR”, merupakan suatu daerah di DNA Prokaryotik yang
berfungsi untuk menghasilkan segmen nukleotida yang dapat mengenali agen
penginfeksi yang masuk ke sel seperti misalnya virus. Mekanisme pembentukan daerah
ini di DNA prokaryotik dan fungsinya ditampilkan pada diagram berikut.

Salah satu komponen penting dari sistem pertahanan ini adalah kehadiran enzim CAS III
yang secara presisi dapat mengenali DNA target dan kemudian memotong DNA
tersebut. Belajar dari sistem alaminya, teknologi CRISPR/Cas system saat ini mulai
PELATIHAN ONLINE 2019
BIOLOGI – PAKET 1

dikembangkan dan diaplikasikan secara luas di bidang rekayasa genetika dan diprediksi
akan menjadi salah satu tool molekuler yang sangat dominan di masa depan.

13. Tergolong ke dalam sistem pertahanan apakah sistem CRISPR/CAS di atas

A. Humoral
B. Seluler
C. Peripheral
D. Innate
E. Adaptif

14. Berdasarkan keterangan diatas manakah pernyataan di bawah ini yang tepat
mengenai protein CAS pada sistem CRISPR/CAS

A. Berfungsi seperti enzim ligase

B. Dapat mengenali DNA target melalui bantuan RNA guide
C. Mengenali daerah palindrom pada DNA target
D. Degradasi RNA virus oleh CAS III otomatis menghambat pertumbuhan virus
tersebut didalam sel
E. Berfungsi seperti enzim exonuclease

15. Molekul pembawa pesan (second messenger) manakah di bawah ini yang akan
memberikan sinyal pelepasan Ca2+ dari retikulum endoplasma?

A. Siklik AMP
B. Siklik GMP
C. inositol trifosfat
D. 1,2 diasilgliserol
E. ATP

16. Pada penyakit kolera, terdapat sekresi tidak terkontrol ion-ion natrium dan air ke
dalam lumen usus karena aksi dari toksin kolera pada sistem reseptor terikat protein
G. Bagaimana toksin ini bekerja?

A. Toksin kolera mengaktifkan protein Gi (inhibitor).

B. Toksin kolera menghambat fosfodiesterase sehingga sinyal melalui sistem
reseptor terikat protein G tidak dinonaktifkan.
C. Toksin kolera menghambat pengikatan vasoaktif polipeptida intestinal pada
reseptor.
D. Kolera toksin menghambat aktivitas GTPase dari subunit alfa protein G.
E. Kolera toksin menghambat polimerisasi fimalen aktin pada saat sel bergerak.
PELATIHAN ONLINE 2019
BIOLOGI – PAKET 1

Pertanyaan No. 17 - 20 berdasarkan keterangan dibawah ini

Gambar dibawah ini menunjukkan struktur suatu virus influenza dan organisasi
genomnya

17. Virus influenza merupakan virus dengan genom berupa RNA namun bukan
merupakan retrovirus. Mengapa virus ini tidak dikelompokkan kedalam retrovirus?

A. Virus influenza menggunakan enzim reverse transcriptase untuk

mengekspresikan genomnya
B. Virus influenza mensintesis mRNA dari genomnya secara langsung
PELATIHAN ONLINE 2019
BIOLOGI – PAKET 1

C. Virus influenza mensintesis DNA dari genomnya terlebih dahulu kemudian

mensintesis mRNA dari DNA tersebut
D. Genom virus influenza dapat ditranslasi langsung menjadi protein struktural dan
non-strukturalnya
E. RNA polimerase yang dibawa virus influenza memiliki aktivitas reverse
transcriptase sedangkan retrovirus memiliki aktivitas RNA dependent-RNA
polymerase

18. Dilihat dari strukturnya manakah komponen dibawah ini yang tidak dimiliki oleh
virus influenza?

A. Kapsul
B. Kapsid
C. Protein reseptor
D. dsRNA segmented
E. nucleoprotein

19. manakah pernyataan dibawah ini yang benar mengenai genom virus influenza?

A. Beberapa segmen RNA virus influenza mengalami modifikasi post-transkripsi

sebelum ditranslasikan
B. Menghasilkan 9 jenis protein struktural dan non-struktural
C. Masing-masing segmented RNA menghasilkan satu jenis protein
D. Terdapat protein yang dihasilkan tanpa proses translasi
E. Beberapa segmented RNA virus influenza ditranslasikan secara langsung

20. Pernyataan dibawah ini mendukung tentang bagaimana virus influenza dapat
menghasilkan tipe protein yang lebih banyak dari yang diprediksi berdasarkan
ukuran genomnya, KECUALI:

A. Beberapa transkrip primer genom virus influenza mengalami splicing untuk

menghasilkan mRNA yang berbeda.
B. Untai RNA pada segmen yang sama dapat mensintesis protein yang berbeda.
C. Virus influenza memiliki ORF (Open Reading Frame) yang tumpang tindih pada
beberapa genomnya
D. Virus influenza mengkombinasikan mekanisme ekspresi gen pada bakteri dan
eukariot
E. Sebagian genom virus influenza dapat ditranslasikan tanpa harus ditrankripsi
terlebih dahulu
PELATIHAN ONLINE 2019
BIOLOGI – PAKET 1

21. Makrofag merupakan sel darah putih yang dapat memfagosit patogen sedangkan sel
plasma merupakan efektor sel B yang memproduksi antibody. Ketika kedua sel aktif,
organel yang dominan berfungsi adalah :

A. Reticulum endoplasma kasar dan reticulum endoplasma halus

B. Badan golgi dan lisosom
C. Lisosom dan reticulum endoplasma kasar
D. Peroksisom dan lisosom
E. Sentriol dan lisosom

22. Perlakuan yang mana paling efektif dalam memutuskan ikatan hydrogen dalam
larutan (pH 7.0) DNA 1 mg/ml dan protein 10 mg/ml?
A. Penambahan HCl hingga pH mencapai 1,0.
B. Penambahan NaOH hingga pH 13,0.
C. Penambahan urea hingga 6 mol/L.
D. Penambahan SDS hingga 10 mg/ml.
E. Pemanasan hinga 121C.

23. Pada sintesis biopolymer, ada dua mekanisme pemanjangan rantai. Pada tipe I,
gugus pengaktivasi (diberi tanda X) dilepaskan dari rantai yang memanjang. Pada
tipe II, gugus pengaktivasi dilepaskan dari kompleks yang datang ke rantai yang
memanjang. Pemanjangan rantai pada sintesis DNA (D), RNA (R) dan protein (P)
terjadi dengan mekanisme yang mana?

Type I Type II

A (D) (R), (P)

B (P) (D), (R)

C none (D), (R), (P)

PELATIHAN ONLINE 2019
BIOLOGI – PAKET 1

D (R), (P) (D)

E (D), (R) (P)

24. Gejala penyakit Alzheimer muncul akibat akumulasi peptida β-amyloid (A-β, 40-42
residu). Produksi A-β terjadi melalui pemotongan protein APP yang terikat
membran, oleh dua protease. Gambar di bawah menunjukkan hipotesis produksi
molekul A-β (kotak abu-abu). APP dipotong secara bertahap, oleh β-secretase untuk
menghasilkan ujung N protein A-β dan γ-secretase yang memotong substrat dalam
membran fosfolipid untuk menghasilkan ujung C dari A-β. Monomer A-β yang
dihasilkan membentuk oligomer dan serat toksik yang tidak larut.

Berdasarkan mekanisme di atas, terapi anti Alzheimer di bawah yang mana yang
efektif?
I. Menghambat aktivitas β-secretase.
II. Menghambat kemampuan mentarget membran dari γ-secretase
III. Menghambat oligomerisasi dari A-β .
IV. Meningkatkan kemampuan sel untuk menghilangkan dan mendegradasi
oligomer A-β.

A. Only I, II, IV
B. Only I, II, III
C. Only I, III, IV
PELATIHAN ONLINE 2019
BIOLOGI – PAKET 1

D. Only II, III, IV

E. I, II, III, IV

25. Pada tahun 1961, Mitchell mengajukan penjelasan sintesis ATP, yang dia sebut
model perpasangan kemiosmotik. Pernyataan di bawah ini yang maa yang benar?
A. Sintesis ATP dalam mitokondria dapat dijelaskan oleh model kemiosmotik, tetapi
di kloroplast tidak.
B. Sintesis ATP dalam mitokondria dan kloroplast dapat dijelaskan oleh model
kemiosmotik hanya bila konsentrasi ion H+ di dalam sel lebih besar dari pada 0.1
mmol/L.
C. Sumber energy untuk mitokondria adalah electron dari makanan, tetapi pada
kloroplast adalah air.
D. Dalam mitokondria, ion H+ dipompa ke dalam matriks, tetap di dalam kloroplast
dipompa ke dalam lumen tilakoid.
E. Ion H+ ditransfer melalui ATP sintase, baik dalam mitokondria maupun dalam
kloroplast.

26. Peneliti yang mempelajari proses fotosintesis, menyinari kultur ganggang hijau
bersel satu selama waktu tertentu. Kemudian lampu dimatikan dan CO2 radioaktif
ditambahkan ke dalam kultur selama 30 menit. Radioaktivitas sel segera diukur.
Bagaimana hasil pengamatannya?
A. Sel-sel tidak radioaktif karena cahaya diperlukan untuk menghasilkan gula dari
CO2 dan air.
B. Sel-sel tidak radioaktif karena CO2 digunakan untuk menghasilkan O2 selama
reaksi yang tergantung cahaya.
C. Sel-sel tidak radioaktif karena CO2 diambil oleh sel tumbuhan hanya selama
disinari.
D. Sel-sel radioaktif, karena CO2 digunakan untuk menghasilkan gula walaupun
keadaan gelap.
E. Sel-sel radioaktif karena CO2 masuk ke dalam NADPH pada saat gelap.

27. Suatu organisme tidak mempunyai membran inti dan mitokondria. Apa yang dimiliki
oleh organisme ini?

A. Lysosome
B. Cilium
C. Endoplasmic reticulum
D. Chloroplast
E. Ribosome
PELATIHAN ONLINE 2019
BIOLOGI – PAKET 1

28. Pada sel eukariot, reaksi fosforilasi oksidatif dikatalisis oleh berbagai enzim.
Pernyataan mana yang benar?
A. Semua enzim dikode oleh DNA inti, disintesis di ribosom dan dikirim ke
mitokondria.
B. Beberapa enzim dikode oleh DNA mitokondria. mRNAnya dikirim keluar
mitokondria dan enzimnya disintesis di ribosom. Enzim dikirim kembali ke
mitokondria.
C. Beberapa enzim dikode DNA mitokondria dan disintesis ribosom mitokondria.
D. Semuanya dikode DNA mitokondria dan disintesis ribosom mitokondria.
E. Sebuah kopi DNA mitokondria dikirim keluar mitokondria. Enzim yang disintesis
dikirim ke dalam mitokondria.

29. Enzim restriksi AvaI mengenal urutan nukleotida CYCGRG, dimana Y adalah
pyrimidine dan R adalah purin. Berapa jarak yang diharapkan (dalam pasang basa =
bp) antara sisi restriksi AvaI pada urutan DNA yang acak?
A. 4096 bp
B. 2048 bp
C. 1024 bp
D. 512 bp
E. 256 bp

30. Operon arabinosa pada Escherichia coli tidak diekspresi bila tidak ada arabinosa.
Protein AraC yang terikat promoter akan menghambat transkripsi operon ara.
Operon akan diekspresi bila ada arabinosa.
Pada mutan yang tidak mempunyai gen araC, operon ara tidak diekspresi walaupun
ada arabinosa. Berdasarkan informasi di atas, mana yang dapat menjelaskan cara
kerja AraC?.
A. Transkripsi araC dinduksi oleh arabinosa.
B. Transkripsi araC dihambat oleh arabinosa.
C. Protein AraC berubah menjadi activator bila ada arabinosa.
D. Protein AraC didegrdasi bila ada arabinosa.
E. Tidak ada jawaban yang benar