NAMA : ASDIANA ANUGRAH DUHRI

NIM : G011191209
KELAS : GENETIKA A
EKSPRESI GEN

Ekspresi gen merupakan proses dimana informasi yang dikode di dalam gen
terjemahkan menjadi urutan asam amino selama sintesis protein. Pogmasentral mengenai
ekspresi gen, yaitu DNA yang membawa informasi genetic yang ditranskripsi oleh RNA, dan
RNA diterjemahkan menjadi polipeptida. Ekspresi gen merupakan sintesis protein yang
terdiri dari 2 tahap yaitu:

 Tahap pertama urutan rantai nukleutida tempale (cetakan) dari suatu DNA untai
ganda disalin untuk menghasilkan satu rantai molekul RNA. Proses ini disebut
transkripsi dan berlangsung di inti sel.
 Tahap kedua merupakan sintesis polipeptida dengan urutan spesifik berdasarkan
rantai DNA yang dibuat pada tahap pertama, proses ini disebut translasi.

Ekspresi gen adalah proses penentuan sifat suatu organism oleh gen. Suatu sifat yang
dimiliki oleh organism merupakan hasil metabolism yang terjadi di dalam sel. Proses
metaboisme dapat berlangsung karena adanya enzim yang berfungsi sebagai katalisator
proses-proses biokimia. Enzim dan protein lainnya diterjemahkan dari urutan nukleotida yang
ada pada molekul mRNA, dan molekul mRNA itu sendiri disintesis berdasarkan utas cetakan
DNA. Gen tersusun dari molekul DNA, sehingga gen menentukan sifat suatu organism.

Transkripsi

Transkripsi merupakan proses pembentukan molekul RNA dengan menggunakan

DNA sebagai cetakannya. Tidak semua bagian DNA akan ditranskripsikan, tetapi hanya
bagian tertentu saja. Bagian tertentu tersebut disebut dengan gen. keseluruhan DNA baik gen
maupun sekuensi DNA bukan penyandi (non-coding) yang dikandung oleh suatu organism
disebut genom. Ruas DNA uang ditranskripsikandibatasi oleh prometer dan terminator.
Hanya satu dari dua utas DNA yang digunakan sebagai cetakan sintesis RNA. Utas DNA
yang digunakan sebagai cetakan bagi sintesis RNA disebut dengan utas cetakan (template),
sedangkan utas yang lain disebut utas pendamping. Walaupun hanya satu utas yang berfungsi
sebagai cetakan, tetapi tidak selalu utas yang sama digunakan sebagai utas cetakan sepanjang
molekul DNA di dalam genom suatu organism. Jadi pada gen, utas yang satu digunakan
sebagai cetakan, tetapi pada gen lainnya kemungkinan utas yang lain digunakan sebagai
cetakan.

Proses transkripsi menghasilkan tiga jenis RNA yaitu: RNA duta (mRNA= messenger
RNA), RNA transfer (tRNA = transfer RNA) dan RNA ribosomal (rRNA =ribosomal RNA).
Ketiga jenis RNA ini berperan dalam proses translasi. Hanya mRNA yang akan
diterjemahakan ke dalam protein. tRNA berperan sebagai molekul pembawa asam amino
yang akan dirangkaikan menjadi polipeptida yang sesuai dengan sandi yang terdapat pada
mRNA. rRNA berfungsi sebagai salah satu penyusun ribosom.
 Proses transkripsi dikatalis oleh enzim transcriptase atau RNA polymerase. Pada
organism prokariot seperti E. Coli, hanya terdapat satu jenis RNA polymerase untuk
mengkatalisis sintesis semua jenis RNA. Pada organism eukariot, terdapat tiga jenis RNA
polymerase, yaitu: (1) RNA polymerase I yang berfungsi untuk mengkatalisis pembentukan
RNA. (2) RNA polymerase II yang berperan dalam sintesis tRNA dan beberapa molekul
rRNA, dan (3) RNA polymerase III yang bertugas mengkatalisis proses sintesis mRNA.

Enzim RNA polymerase lengkap (disebut holoenzim) tersusun dari enzim inti dan
faktor transkripsi. Enzim inti terdiri dari dua subunit. Proses transkripsi mempunyai beberapa
karakteristik yaitu bahwa: proses sintesis mempunyai arah dari 5’P ke 3’OH, berlangsung
secara anti parallel bila dibandingkan dengan utas cetakannya, dan mengikuti aturan Chargaff
atau basa-basanya berpasangan secara komplementer (A-T ; G-C). Proses transkripsi dapat
terbagi menjadi tiga tahap, yaitu inisiasi sintesis RNA, pemanjangan (elongasi) RNA dan
penyelesaian (terminasi ) sintesis RNA.

Translasi

Dalam proses translasi asam amino akan dirangkaikan dengan asam amino lainnya
untuk membentuk polipeptida atau protein. Jenis asam amino yang dirangkaikan ditentukan
oleh urutan nukleotida yang terdapat pada molekul mRNA. Jadi, mRNA digunakan sebagai
model cetakan bagi sintesis protein. Asam amino dirangkaikan dengan asam amino lain
denag ikatan peptide yang dilakukan oleh ribosom.

Prinsip Dasar Transkripsi

Fungsi dasar yang harus dijalankan oleh DNA sebagai materi genetik adalah fungsi
fenotipik. Artinya, DNA harus mampu mengatur pertumbuhan dan diferensiasi individu
organisme sehingga dihasilkan suatu fenotipe tertentu.  Fungsi ini dilaksanakan melalui
ekspresi gen, yang tahap pertamanya adalah proses transkripsi, yaitu perubahan urutan basa
molekul DNA menjadi urutan basa molekul RNA. Dengan perkataan lain, transkripsi
merupakan proses sintesis RNA menggunakan salah satu untai molekul DNA sebagai cetakan
(template)nya.;

Perbedaan transkripsi dengan proses replikasi DNa adalah :

1. Molekul gula pentosanya berupa Ribosa dan adanya basa urasil sebagai pengganti
basa timin pada proses replikasi DNA.
2. Menggunakan untai DNA sebagai cetakan. Dalam hal ini, hanya salah satu untai saja
yang menjadi cetakan untuk mensintesis RNA
3. Sintesis berlangsung dengan arah 5’→ 3’ seperti halnya arah sintesis DNA.
4. Gugus 3’- OH pada suatu nukleotida bereaksi dengan gugus 5’- trifosfat pada
nukleotida berikutnya menghasilkan ikatan fosofodiester namun Enzim yang berperan
dalam proses transkripsi ini adalah enzim RNA polymerase.
 Secara garis besar transkripsi berlangsung dalam empat tahap, yaitu pengenalan
promoter, inisiasi, elongasi, dan teminasi. Masing-masing tahap akan dijelaskan secara
singkat sebagai berikut.

 Pengenalan promoter

Agar molekul DNA dapat digunakan sebagai cetakan dalam sintesis RNA, kedua
untainya harus dipisahkan satu sama lain di tempat-tempat terjadinya penambahan basa
pada RNA. Selanjutnya, begitu penambahan basa selesai dilakukan, kedua untai DNA
segera menyatu kembali. Pemisahan kedua untai DNA pertama kali terjadi di suatu tempat
tertentu, yang merupakan tempat pengikatan enzim RNA polimerase di sisi 5’ (upstream)
dari urutan basa penyandi (gen) yang akan ditranskripsi. Tempat ini dinamakan promoter.

 Inisiasi

Setelah mengalami pengikatan oleh promoter, RNA polimerase akan terikat pada suatu
tempat di dekat promoter, yang dinamakan tempat awal polimerisasi atau tapak inisiasi
(initiation site). Tempat ini sering dinyatakan sebagai posisi +1 untuk gen yang akan
ditranskripsi. Nukleosida trifosfat pertama akan diletakkan di tapak inisiasi dan sintesis
RNA pun segera dimulai.

 Elongasi

Pengikatan enzim RNA polimerase beserta kofaktor-kofaktornya pada untai DNA

cetakan membentuk kompleks transkripsi. Selama sintesis RNA berlangsung kompleks
transkripsi akan bergeser di sepanjang molekul DNA cetakan sehingga nukleotida demi
nukleotida akan ditambahkan kepada untai RNA yang sedang diperpanjang pada ujung 3’
nya. Jadi, elongasi atau polimerisasi RNA berlangsung dari arah 5’ ke 3’, sementara RNA
polimerasenya sendiri bergerak dari arah 3’ ke 5’ di sepanjang untai DNA cetakan.

 Terminasi

Berakhirnya polimerisasi RNA ditandai oleh disosiasi kompleks transkripsi atau

terlepasnya enzim RNA polimerase beserta kofaktor-kofaktornya dari untai DNA cetakan.
Begitu pula halnya dengan molekul RNA hasil sintesis. Hal ini terjadi ketika RNA
polimerase mencapai urutan basa tertentu yang disebut dengan terminator.

Terminasi transkripsi dapat terjadi oleh dua macam sebab, yaitu terminasi yang hanya
bergantung kepada urutan basa cetakan (disebut terminasi diri) dan terminasi yang
memerlukan kehadiran suatu protein khusus (protein rho). Di antara keduanya terminasi diri
lebih umum dijumpai. Terminasi diri terjadi pada urutan basa palindrom yang diikuti oleh
beberapa adenin (A). Urutan palindrom adalah urutan yang sama jika dibaca dari dua arah
yang berlawanan. Oleh karena urutan palindom ini biasanya diselingi oleh beberapa basa
 tertentu, maka molekul RNA yang dihasilkan akan mempunyai ujung terminasi berbentuk
batang dan kala (loop)

Inisiasi transkripsi tidak harus menunggu selesainya transkripsi sebelumnya. Hal ini
karena begitu RNA polimerase telah melakukan pemanjangan 50 hingga 60 nukleotida,
promoter dapat mengikat RNA polimerase yang lain. Pada gen-gen yang ditranskripsi
dengan cepat reinisiasi transkripsi dapat terjadi berulang-ulang sehingga gen tersebut akan
terselubungi oleh sejumlah molekul RNA dengan tingkat penyelesaian yang berbeda-beda.

Transkripsi pada Prokariot

Telah dikatakan di atas bahwa transkripsi merupakan proses sintesis RNA yang
dikatalisis oleh enzim RNA polimerase. Berikut ini akan diuraikan sekilas enzim RNA
polimerase pada prokariot, khususnya pada bakteri E.coli, promoter s70, serta proses
transkripsi pada organisme tersebut.

 RNA polimerase E. coli

Enzim RNA polimerase pada E. coli sekurang-kurangnya terdiri atas lima subunit,
yaitu alfa (a), beta (b), beta prima (b’), omega (w), dan sigma (s). Pada bentuk lengkapnya,
atau disebut sebagai holoenzim, terdapat dua subunit a dan satu subunit untuk masing-
masing subunit.  Holoenzim RNA polimerase diperlukan untuk inisiasi transkripsi.

Laju sintesis RNA oleh RNA polimerase E. coli dapat mencapai sekitar 40 nukleotida
per detik pada suhu 37°C. Untuk aktivitasnya enzim ini memerlukan kofaktor Mg 2+. Setiap
berikatan dengan molekul DNA enzim RNA polimerase E. coli dapat mencakup daerah
sepanjang lebih kurang 60pb.

Seperti proses transkripsi pada umumnya, transkripsi pada prokariot berlangsung

dalam empat tahap, yaitu pengikatan promoter, inisiasi, elongasi, dan teminasi.

Transkripsi pada Eukariot

Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai mekanisme pada
prokariot. Namun, begitu banyaknya polipeptida yang berkaitan dengan mesin transkripsi
pada eukariot menjadikan mekanisme tersebut jauh lebih kompleks daripada mekanisme pada
prokariot.

Ada tiga macam kompleks RNA polimerase, yang masing-masing diperlukan untuk
transkripsi tipe-tipe gen eukariot yang berbeda. Perbedaan ketiga macam RNA polimerase
tersebut dapat diketahui melalui pemurnian menggunakan teknik kromatografi dan elusi pada
konsentrasi garam yang berbeda. Masing-masing RNA polimerase mempunyai sensitivitas
yang berbeda terhadap toksin jamur α-amanitin, dan hal ini dapat digunakan untuk
membedakan aktivitasnya satu sama lain.
  RNA polimerase I (RNA Pol I) mentranskripsi sebagian besar gen rRNA. Enzim
ini terdapat di dalam nukleoli dan tidak sensitif terhadap α-amanitin.
 RNA polimerase II (RNA Pol II) mentranskripsi semua gen penyandi protein dan
beberapa gen RNA nuklear kecil (snRNA). Enzim ini terdapat di dalam
nukleoplasma dan sangat sensitif terhadap α-amanitin.
 RNA polimerase III (RNA Pol III) mentranskripsi gen-gen tRNA, 5S rRNA, U6
snRNA dan beberapa RNA kecil lainnya. Enzim ini terdapat di dalam
nukleoplasma dan agak sensitif terhadap α-amanitin.

Di samping enzim-enzim nuklear tersebut, sel eukariot juga mempunyai RNA polimerase
lainnya di dalam mitokondria dan kloroplas.

Aktivitas RNA polimerase eukariot

Seperti halnya RNA polimerase bakteri, masing-masing RNA polimerase eukariot

mengatalisis transkripsi dengan arah 5’ ke 3’ dan menyintesis RNA yang komplementer
dengan urutan DNA cetakan. Reaksi tersebut memerlukan prekursor berupa ATP, GTP, CTP,
UTP, dan tidak memerlukan primer untuk inisiasi transkripsi. Namun tidak seperti pada
bakteri, RNA polimerase eukariot yang dimurnikan memerlukan adanya protein inisiasi
tambahan sebelum enzim ini dapat berikatan dengan promoter dan melakukan inisiasi
transkripsi.

Kontrol Ekspresi Gen pada Eukariot

Kontrol ekspresi gen yang terjadi pada eukariot diawali pada tahap:

1. Inisiasi transkripsi
Dengan adanya pengaruh enhancer yang akan berikatan dengan daerah promotor
untuk meningkatkan aktivitas RNA polimerase.

2. Proses transkripsi dan modifikasi

Hal ini berupa adanya proses intron splicing sehingga hanya tersisi bagian ekson.

3. Kestabilan transkripsi
Saat hasil transkripsi dibawa dari inti sel menuju sitosol akan terjadi pemendekan ekor
poli-A oleh enzim (DAN)pada 3' ke 5' yang berasosiasi dengan 5'cap.

4. Modifikasi translasi
Modifikasi ini terjadi dalam bentuk modifikasi kovalen disebabkan adanya modifikasi
kimia seperti asetilasi, metilasi, dan disulfida bond formation. Contoh, molekul
insulin dihasilkan dalam bentuk inaktif yang terdiri dari satu polipeptida dan untuk
aktivasinya polipeptida tersebut akan dipotong menjadi dua bagian dan dihubungkan
dengan jembatan disulfida.

Kontrol Ekspresi Gen

 Terdapat dua poin dalam kontrol ekspresi gen ini, yang pertama adalah ‘Pada jenis sel
yang berbeda dari organisme multiseluler berisi DNA yang sama’.Jenis sel dalam organisme
multiseluler berbeda satu sama lain karena mereka mensintesis dan mengumpulkan set RNA
yang berbeda dan molekul protein. Pada umumnya mereka melakukan hal ini tanpa
mengubah urutan DNA mereka. Ini terbukti ketika inti sel katak yang sepenuhnya dibedakan,
disuntikkan ke dalam telur katak yang telah dihilangkan inti selnya, maka inti donor yang
telah disuntikkan mampu mengarahkan telur penerima untuk menghasilkan kecebong
normal.Dan hasilnya inti sel donor tersebut tidak kehilangan urutan DNA nya. Percobaan ini
juga dilakukan pada tumbuhan dan mamalia seperti sapi, domba, babi. Pada tumbuhan
percobaan dilakukan dengan cara membedakan potongan jaringan dari tumbuhan dan
dipisahkan dalam sel tunggal. Sedangkan pada mamalia dengan memperkenalkan inti dari sel
somatik ke dalam telur enucleated, ditempatkan di ibu penerima (pengganti), dan hasilnya
beberapa telur tetap berkembang menjadi binatang yang sehat. Bukti DNA tidak hilang atau
berulang selama perkembangan vertebrata berasal dari membandingkan pola pita rinci yang
terdeteksi dalam kromosom yang terkondensasi pada mitosis. Selain itu, perbandingan genom
sel yang berbeda berdasarkan pada teknologi DNA rekombinan telah menunjukkan bahwa
perubahan dalam ekspresi gen yang mendasari perkembangan organisme multiselular tidak
disertai oleh perubahan dalam urutan DNA dari gen yang sesuai.

Poin kedua adalah ‘Sinyal eksternal dapat menyebabkan sel mengubah ekspresi
gennya’. Sebagian sel dalam organisme multiseluler mampu mengubah pola ekspresi gen, ini
sebagai respon terhadap isyarat ekstraseluler. Misalnya sel hati, apabila sel ini diberi hormon
glukokortikoid maka produksi protein yang spesifik akan meningkat. Hormon ini dikeluarkan
ketika tubuh kita merasa kelaparan dan sinyal hati digunakan untuk meningkatkan produksi
glukosa dari asam amino dan molekul-molekul lain. Sedangkan set protein yang produksinya
diinduksi, seperti enzim aminotransferase tirosin yang berfungsi mengubah tirosin menjadi
glukosa. Ketika hormon ini tidak ada lagi maka pembuatan protein ini turun dari tingkat
normal.

Enam tahap ekspresi gen eukariotik yang dapat dikontrol

1. kontrol transkripsi ini yang akan mengontrol gen pada saat di transkripsi
2. kontrol proses RNA ini yang akan mengontrol penyambungan dan proses transkripsi
RNA
3. kontrol penempatan dan transpor RNA ini yang akan memilih mRNA yang lengkap
untuk diekspor dari nukleus ke sitosol dan membagi di dalam sitosol
4. kontrol translasi ini yang akan memilih mRNA dalam sitoplasma untuk ditranslasi
oleh ribosom
5. kontrol degradasi mRNA ini yang akan menstabilkan secara selektif molekul mRNA
dalam sitoplasma
6. kontrol aktivitas protein ini yang akan mengaktifkan secara selektif, menurunkan, atau
menempatkan molekul protein spesifik setelah mereka selesai dibuat